Среда систематических исследований белков
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | веб-инструмент масс-спектрометрического (МС) протеомного анализа |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Детский научно-исследовательский институт Сиэтла |
| Лаборатория | Лаборатория биоинформатики и высокопроизводительного анализа |
| Авторы | Юджин Колкер |
| Первичное цитирование | Колкер и др . [ 1 ] |
| Дата выпуска | 2011 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | ШПИЛЬ |
Среда систематических исследований белков для конкретных экспериментов в Интернете анализ масс-спектрометрии (МС) (SPIRE) обеспечивает протеомный с целью идентификации белков и пептидов, а также экспрессию без меток и анализ относительной экспрессии. SPIRE предоставляет веб-интерфейс и генерирует результаты как в интерактивном, так и в простом формате данных.
Методология
[ редактировать ]Анализы Spire основаны на экспериментальной схеме, которая генерирует частоту ложных обнаружений и локальную частоту ложных обнаружений (FDR, LFDR) и объединяет методы поиска с открытым исходным кодом и анализа данных. Объединив X! Tandem , OMSSA и SpectraST SPIRE могут обеспечить увеличение идентификаторов белков (50–90%) по сравнению с текущими комбинациями системы оценки и одиночных поисковых систем, а также обеспечить точную многогранную оценку ошибок. SPIRE объединяет результаты анализа с данными о функциях белков, путях и экспрессии белков в модельных организмах.
Интеграция с другой информацией
[ редактировать ]SPIRE также связывает результаты с общедоступными данными протеомики через свою базу данных выражений профилирования Multi-Omics (MOPED). SPIRE может предоставлять анализ и аннотацию для предоставленных пользователем идентификаторов белков и данных об их экспрессии. Пользователи могут загружать данные (соответственно стандартизированные) или отправлять почту в файлах данных.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Колкер Э., Хигдон Р., Морган П., Седенски М., Уэлч Д., Бауман А., Стюарт Э., Хейнс В., Брумалл В., Колкер Н. (декабрь 2011 г.). «SPIRE: Среда систематических исследований белков». J Протеомика . 75 (1): 122–6. дои : 10.1016/j.jprot.2011.05.009 . ПМИД 21609792 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Стельцер Г, Дала И, Стейн Т.И., Сатанауэр И., Розен Н., Натив Н., Оз-Леви Д., Олендер Т., Белинки Ф., Бахир И., Круг Х., Перко П., Майер Б., Колкер Е., Сафран М., Ланцет Д. ( октябрь 2011 г.). «In-silico геномика человека с помощью GeneCards» . Хм. Геномика . 5 (6): 709–17. дои : 10.1186/1479-7364-5-6-709 . ПМЦ 3525253 . ПМИД 22155609 .
- Колкер Э., Хигдон Р., Хейнс В., Уэлч Д., Брумалл В., Ланцет Д., Стэнберри Л., Колкер Н. (январь 2012 г.). «MOPED: База данных по экспрессии белков модельного организма» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (Проблема с базой данных): D1093–9. дои : 10.1093/nar/gkr1177 . ПМК 3245040 . ПМИД 22139914 .