Вложенность

Вложенность является мерой структуры в экологической системе , обычно применяемой к системам видоводов (описывает распределение видов по местам) или сети взаимодействия видов (описывая взаимодействия между видами, обычно в виде двухпартных сетей, таких как хозяева-паразиты , заводы-то-карнизы и т. Д.).

Говорят, что система (обычно представленная в качестве матрицы), когда элементы, в которых есть несколько элементов в них (места с несколькими видами, виды с небольшим количеством взаимодействий), имеют подмножество элементов с большим количеством предметов. Представьте себе серию островов, которые заказаны на их расстоянии от материка. Если на материке есть все виды, у первого острова есть подмножество видов материка, у второго острова есть подмножество видов первого острова, и т. Д., Тогда эта система идеально вложена.

Меры вложенности

» системы, Одним из измерений для вложенности является « температура предлагаемая Atmar и Patterson в 1993 году. ^{[ 1 ]} Это измеряет порядок, в котором вымирание вида будет происходить в системе (или с другой стороны - порядок колонизации системы). Чем холоднее система, тем более фиксированным будет порядок вымирания. В более теплой системе вымирание потребует более случайного порядка. Температура переходит от 0 °, самых холодных и абсолютно фиксированных, до 100 ° абсолютно случайно.

По разным причинам калькулятор температуры вложенности не является математически удовлетворяющим (без уникального решения, недостаточно консервативного). ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Программное обеспечение (Binmatnest) доступно у авторов по запросу и из журнала биогеографии, чтобы исправить эти дефициты ^{[ 4 ]} Кроме того, Анинхадо решает проблемы большого размера матрицы и обработки большого количества рандомизированных матриц; Кроме того, он реализует несколько нулевых моделей для оценки значимости вложенности. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Bastolla et al. ввел простую меру вложенности на основе количества общих соседей для каждой пары узлов. ^{[ 7 ]} Они утверждают, что это может помочь уменьшить эффективную конкуренцию между узлами в определенных ситуациях. Например, два вида насекомых могут «помогать» друг другу, опыляя одну и ту же подмножество растений, тем самым уменьшая степень, в которой они вредны друг для друга. Авторы предполагают, что этот эффект стоит за корреляцией между вложенностью и разнообразием в экосистемах-заводах растений. Однако Johnson et al. показали, что эта мера, на самом деле, не учитывает желаемый эффект. ^{[ 8 ]} Эти авторы предлагают уточненную версию меры и продолжают показать, как определенные свойства сети влияют на недооценство.

Ссылки

^ Паттерсон и Атмр; Паттерсон, Брюс Д. (1993). «Мера порядка и беспорядка в распределении видов в фрагментированной среде обитания». Oecologia . 96 (3): 373–382. Bibcode : 1993oecol..96..373a . doi : 10.1007/bf00317508 . PMID 28313653 . S2CID 12177277 .
^ Rodríguez-gironés MA, Santamaría L (2006). «Новый алгоритм для расчета температуры Nestadness при наличии - матриц отсутствия». Журнал биогеографии . 33 (5): 924–935. Doi : 10.1111/j.1365-2699.2006.01444.x . S2CID 84989243 .
^ Guimarés, PR, P. Guimarães (2006). «Улучшение анализа вложенности для больших наборов матриц». Экологическое моделирование и программное обеспечение . 21 (10): 1512–1513. doi : 10.1016/j.envsoft.2006.04.002 . {{cite journal}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
^ Родригес-Гиронес, Мигель А.; Сантамария, Луис (2006). «Новый алгоритм для расчета вложенной температуры матриц с поправками присутствия». Журнал биогеографии . 33 (5): 924–935. doi : 10.1111/j.1365-2699.2006.01444.x . S2CID 84989243 .
^ Guimaraesjr, P.; Guimaraes, P. (2006). «Улучшение анализа вложенности для больших наборов матриц». Экологическое моделирование . 21 (10): 1512–1513. doi : 10.1016/j.envsoft.2006.04.002 .
^ http://www.iemss.org/shortcom/software/software.php?aid=201 ^{[ Постоянная мертвая ссылка ]}
^ Bastolla U, Fortuna MA, Pascual-García A, Ferrera A, Luque B, Bascompte J (2009). «Архитектура взаимных сетей сводит к минимуму конкуренцию и увеличивает биоразнообразие». Природа . 458 (7241): 1018–1020. Bibcode : 2009natur.458.1018b . doi : 10.1038/nature07950 . PMID 19396144 . S2CID 4395634 .
^ Johnson S, Domínguez-García V, Muñoz MA (2013). «Факторы, определяющие вложенность в сложных сетях» . Plos один . 8 (9): E74025. Arxiv : 1307.4685 . BIBCODE : 2013PLOSO ... 874025J . doi : 10.1371/journal.pone.0074025 . PMC 3777946 . PMID 24069264 .

Программное обеспечение

[1] Паттерсон и Атмр; Паттерсон, Брюс Д. (1993). «Мера порядка и беспорядка в распределении видов в фрагментированной среде обитания». Oecologia . 96 (3): 373–382. Bibcode : 1993oecol..96..373a . doi : 10.1007/bf00317508 . PMID 28313653 . S2CID 12177277 .

[2] Rodríguez-gironés MA, Santamaría L (2006). «Новый алгоритм для расчета температуры Nestadness при наличии - матриц отсутствия». Журнал биогеографии . 33 (5): 924–935. Doi : 10.1111/j.1365-2699.2006.01444.x . S2CID 84989243 .

[3] Guimarés, PR, P. Guimarães (2006). «Улучшение анализа вложенности для больших наборов матриц». Экологическое моделирование и программное обеспечение . 21 (10): 1512–1513. doi : 10.1016/j.envsoft.2006.04.002 . {{cite journal}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[4] Родригес-Гиронес, Мигель А.; Сантамария, Луис (2006). «Новый алгоритм для расчета вложенной температуры матриц с поправками присутствия». Журнал биогеографии . 33 (5): 924–935. doi : 10.1111/j.1365-2699.2006.01444.x . S2CID 84989243 .

[5] Guimaraesjr, P.; Guimaraes, P. (2006). «Улучшение анализа вложенности для больших наборов матриц». Экологическое моделирование . 21 (10): 1512–1513. doi : 10.1016/j.envsoft.2006.04.002 .

[6] ttp://www.iemss.org/shortcom/software/software.php?aid=201 ^{[ Постоянная мертвая ссылка ]}

[7] Bastolla U, Fortuna MA, Pascual-García A, Ferrera A, Luque B, Bascompte J (2009). «Архитектура взаимных сетей сводит к минимуму конкуренцию и увеличивает биоразнообразие». Природа . 458 (7241): 1018–1020. Bibcode : 2009natur.458.1018b . doi : 10.1038/nature07950 . PMID 19396144 . S2CID 4395634 .

[8] Johnson S, Domínguez-García V, Muñoz MA (2013). «Факторы, определяющие вложенность в сложных сетях» . Plos один . 8 (9): E74025. Arxiv : 1307.4685 . BIBCODE : 2013PLOSO ... 874025J . doi : 10.1371/journal.pone.0074025 . PMC 3777946 . PMID 24069264 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]