Геном@дома
Genome@home был добровольным компьютерным проектом, которым руководил Стефан Ларсон из Стэнфордского университета , и дочерним проектом Folding@home . Его целью был дизайн белка и его применение, что имело значение во многих областях, включая медицину . Genome@home управлялась лабораторией Pande Lab. [1]
Функция
[ редактировать ]После проекта «Геном человека» ученым необходимо было знать биологические и медицинские последствия полученного богатства генетической информации. Genome@home использовала резервную вычислительную мощность персональных компьютеров для виртуального проектирования генов , соответствующих существующим белкам , хотя она также может создавать новые белки, которые не были обнаружены в природе. [2] Этот процесс требует больших вычислительных ресурсов, поэтому распределенные вычисления являются жизнеспособным вариантом. Исследователи могут использовать результаты проекта, чтобы лучше понять эволюцию природных геномов и белков, а также их функциональность. Этот проект нашел применение в медицинской терапии , новых фармацевтических препаратах и назначении функций недавно секвенированным генам. [2]
Genome@home напрямую изучала геномы и белки, виртуально создавая новые последовательности для существующих трехмерных белковых структур, которые другие ученые получили с помощью рентгеновской кристаллографии или методов ЯМР . Понимая взаимосвязь между последовательностями и конкретными белковыми структурами, лаборатория Панде решила современные проблемы структурной биологии , генетики и медицины . [1]
В частности, проект Genome@home помог понять, почему тысячи различных аминокислотных последовательностей образуют одни и те же структуры, а также помог областям протеомики и структурной геномики, предсказывая функции недавно открытых генов и белков. Это также имело значение в медицинской терапии, поскольку создавало и фактически создавало новые версии существующих белков. [1] Программное обеспечение Genome@home было разработано для однопроцессорных систем. Он начинается с большого набора потенциальных последовательностей и неоднократно просматривает и уточняет эти последовательности, пока не будет найдена хорошо продуманная последовательность. Затем он отправляет эту последовательность на сервер и повторяет процесс. [1]
Заключение
[ редактировать ]По финансовым причинам проект был официально завершен 8 марта 2004 г., хотя данные собирались до 15 апреля. После его завершения пользователям было предложено вместо этого сделать пожертвование в пользу Folding@home . [1] [3]
Результаты
[ редактировать ]Он накопил большую базу данных белковых последовательностей, которая в течение многих лет будет использоваться Лабораторией Панде и другими учеными по всему миру для важных научных целей. [1] [3]
четыре рецензируемые научные публикации . Благодаря Genome@home были опубликованы [4]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж Лаборатория Панде. «Часто задаваемые вопросы о Genome@home» . Стэнфордский университет . Архивировано из оригинала (FAQ) 27 июля 2011 г. Проверено 5 сентября 2011 г.
- ^ Jump up to: а б Лаборатория Панде. «Что такое Genome@home?» . Стэнфордский университет . Архивировано из оригинала 4 декабря 2011 г. Проверено 30 ноября 2011 г.
- ^ Jump up to: а б «Обновления Genome@home» . 04 марта 2004 г. Архивировано из оригинала 2 октября 2012 г. Проверено 30 ноября 2011 г.
- ^ Лаборатория Панде. «Научные результаты Genome@home» . Стэнфордский университет . Архивировано из оригинала 4 декабря 2011 г. Проверено 30 ноября 2011 г.