Роберт Ф. Мерфи (вычислительный биолог)

Боб Мерфи
Боб Мерфи
Альма-матер	Колумбийский университет (бакалавр биохимии) ; Калифорнийский технологический институт (доктор философии, биохимия) ;
	Научная карьера
Поля	Вычислительная биология ; Машинное обучение ;
Учреждения	Университет Карнеги-Меллон ; Фрайбургский университет Альберта Людвига ;
Докторантура	Джеймс Ф. Боннер
Веб-сайт	www .Эндрю .cmu .edu /пользователь /Мерфи /

Роберт Ф. Мерфи — почетный профессор вычислительной биологии Рэя и Стефани Лейн и директор программы магистратуры по автоматизированным наукам в Университете Карнеги-Меллон. До выхода на пенсию в мае 2021 года он был профессором вычислительной биологии Рэя и Стефани Лейн, а также профессором биологических наук, биомедицинской инженерии и машинного обучения. Он был директором-основателем (совместно с Еленой Ковачевич). ^{[ 1 ]}) Центра информатики биоизображений в Карнеги-Меллоне и основал (совместно с Иветом Бахаром ) Совместный доктор философии CMU-Питта. Программа по вычислительной биологии . Он также основал факультет вычислительной биологии в Университете Карнеги-Меллон (первоначально Центр вычислительной биологии Лейна) и возглавлял его с 2009 по 2020 год.

Биография

До прибытия в Карнеги-Меллон Мерфи с 1979 по 1983 год работал научным сотрудником Фонда исследования рака Дэймона Раньона вместе с доктором Чарльзом Р. Кантором в Колумбийском университете. В 1974 году Мерфи получил степень бакалавра биохимии в Колумбийском колледже и степень доктора философии. Получил степень бакалавра биохимии в Калифорнийском технологическом институте в 1980 году. Он получил президентскую премию молодого исследователя. ^{[ 2 ]} из Национального научного фонда вскоре после того, как он поступил на факультет Карнеги-Меллон в 1983 году. В 2005 году НИЗ выбрал его первым председателем на полный срок своего нового отдела исследований по управлению и анализу биоданных. ^{[ 3 ]} В 2006 году он был назначен членом Американского института медицинской и биологической инженерии . ^{[ 4 ]} В 2019 году он был избран членом IEEE за вклад в разработку алгоритмов машинного обучения биологических изображений. ^{[ 5 ]} Мерфи получил исследовательские гранты от Национальных институтов здравоохранения , Национального научного фонда , Американского онкологического общества , Американской кардиологической ассоциации , Фонда артрита и Фонда братьев Рокфеллеров . Он был соредактором двух книг и двух специальных выпусков журнала на тему «Клеточная и молекулярная визуализация», а также опубликовал более 200 научных статей. ^{[ 6 ]} Он был президентом Международного общества развития цитометрии. ^{[ 7 ]} был назван первым внешним старшим научным сотрудником Школы естественных наук Фрайбургского (Германия) Института перспективных исследований и был назван почетным профессором Фрайбургского университета . Он был членом Национального консультативного совета по общим медицинским наукам и национальных институтов здравоохранения . Совета советов ^{[ 8 ]}

Карьера Мерфи была сосредоточена на сочетании методов измерения клеток на основе флуоресценции с количественными и вычислительными методами. Он и его сотрудники проделали обширную работу по применению проточной цитометрии для анализа трафика эндоцитарных мембран, начиная с начала 1980-х годов. ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]} первым применил методы машинного обучения с высоким разрешением, флуоресцентного микроскопа к изображениям изображающим структуру субклеточного расположения . и в середине 1990-х годов ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]} Эта работа привела к разработке первых систем автоматического распознавания всех основных структур органелл на 2D- и 3D-изображениях. ^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}^{[ 16 ]} Он основал проект CellOrganizer для изучения генеративных моделей клеточной организации непосредственно на изображениях микроскопа. Он также возглавляет работу по анализу изображений и моделированию в Национальном центре многомасштабного моделирования биологических систем. Он также проделал обширную работу по использованию активного машинного обучения для стимулирования биомедицинских открытий . ^{[ 17 ]}^{[ 18 ]}^{[ 19 ]} в мире и основал первый М.С. программа в области автоматизированных наук . Его исследовательские публикации цитируются более 13 000 раз, а его индекс Хирша равен 57. ^{[ 20 ]}

Лидерский опыт Мерфи включает разработку первой официальной программы бакалавриата по вычислительной биологии в 1987 году и основание программы Merck по вычислительной биологии и химии в Карнеги-Меллоне в 1999 году. Эти программы стали важными предшественниками создания в 2005 году степени доктора философии. программа по вычислительной биологии в партнерстве с Питтсбургским университетом . Мерфи стал соучредителем компании Quantitative Medicine, LLC на основе работы своей исследовательской группы. ^{[ нужна ссылка ]} Компания была продана Predictive Oncology, Inc. ^{[ 21 ]} в 2020 году.

Ссылки

^ http://jelena.ece.cmu.edu/
^ «Поиск награды NSF: Премия № 8351364 — Президентская премия молодому исследователю» . www.nsf.gov . Проверено 29 марта 2016 г.
^ «Пресс-релиз Карнеги-Меллона: 3 марта 2005 г.» . www.cmu.edu . Проверено 4 марта 2016 г.
^ «Справочник товарищей — АИМБЕ» . сайт aimbe.org . Проверено 4 марта 2016 г.
^ «О программе сотрудничества IEEE» . ИИЭЭ . Проверено 9 декабря 2019 г.
^ «Роберт Ф. Мерфи — цитаты из Google Scholar» . ученый.google.com . Проверено 4 марта 2016 г.
^ Бывшие президенты Международного общества развития цитометрии
↑ Названы новые члены Совета советов НИЗ, 10 декабря 2011 г.
^ Мерфи, РФ; Йоргенсен, Эд; Кантор, ЧР (25 февраля 1982 г.). «Кинетика эндоцитоза гистонов в клетках яичника китайского хомячка. Проточный цитофлуориметрический анализ» . Журнал биологической химии . 257 (4): 1695–1701. дои : 10.1016/S0021-9258(19)68093-2 . ISSN 0021-9258 . ПМИД 7056738 .
^ Мерфи, РФ; Пауэрс, С.; Кантор, ЧР (1 мая 1984 г.). «РН эндосом, измеренный в отдельных клетках с помощью двойной флуоресцентной проточной цитометрии: быстрое подкисление инсулина до pH 6» . Журнал клеточной биологии . 98 (5): 1757–1762. дои : 10.1083/jcb.98.5.1757 . ISSN 0021-9525 . ПМК 2113196 . ПМИД 6144684 .
^ Каин, CC; Сайп, ДМ; Мерфи, РФ (1 января 1989 г.). «Регуляция рН эндоцитов с помощью Na+,K+-АТФазы в живых клетках» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (2): 544–548. Бибкод : 1989PNAS...86..544C . дои : 10.1073/pnas.86.2.544 . ISSN 0027-8424 . ПМК 286508 . ПМИД 2536168 .
^ Боланд, М.В.; Марки, МК; Мерфи, РФ (1 октября 1997 г.). «Классификация закономерностей локализации белков, полученных с помощью флуоресцентной световой микроскопии». Материалы 19-й ежегодной международной конференции Общества инженеров IEEE в медицине и биологии. «Великолепные вехи и новые возможности в области медицинской инженерии» (кат. № 97CH36136) . Том. 2. С. 594–597, т. 2. doi : 10.1109/IEMBS.1997.757680 . ISBN 978-0-7803-4262-0 . S2CID 13518296 .
^ Бейкер, Моня (1 июля 2012 г.). «Авторское дело: Роберт Ф. Мерфи» . Природные методы . 9 (7): 629. doi : 10.1038/nmeth.2088 . ISSN 1548-7091 .
^ Боланд, М.В.; Мерфи, РФ (1 декабря 2001 г.). «Классификатор нейронной сети, способный распознавать закономерности всех основных субклеточных структур на изображениях клеток HeLa, полученных с помощью флуоресцентного микроскопа». Биоинформатика . 17 (12): 1213–1223. дои : 10.1093/биоинформатика/17.12.1213 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 11751230 .
^ Слава, Эстель; Мерфи, Роберт Ф. (1 января 2007 г.). «Автоматическое определение субклеточного местоположения и высокопроизводительная микроскопия» . Развивающая клетка . 12 (1): 7–16. дои : 10.1016/j.devcel.2006.12.007 . ISSN 1534-5807 . ПМИД 17199037 .
^ Веллисте, М.; Мерфи, РФ (01 января 2002 г.). «Автоматическое определение субклеточного местоположения белков по изображениям трехмерного флуоресцентного микроскопа». Труды Международного симпозиума IEEE по биомедицинской визуализации . стр. 867–870. дои : 10.1109/ISBI.2002.1029397 . ISBN 978-0-7803-7584-0 . S2CID 2730192 .
^ Найк, Армаган В.; Кангас, Джошуа Д.; Лэнгмид, Кристофер Дж; Мерфи, Роберт Ф. (17 декабря 2013 г.). «Эффективное моделирование и активное обучение обнаружению биологических реакций» . ПЛОС ОДИН . 8 (12): е83996. Бибкод : 2013PLoSO...883996N . дои : 10.1371/journal.pone.0083996 . ПМЦ 3866149 . ПМИД 24358322 .
^ Найк, Армаган В; Кангас, Джошуа Д; Салливан, Девин П; Мерфи, Роберт Ф. (3 февраля 2016 г.). Олер, Уве (ред.). «Активные эксперименты на основе машинного обучения для определения сложного воздействия на структуру белков» . электронная жизнь . 5 : e10047. doi : 10.7554/eLife.10047 . ISSN 2050-084X . ПМЦ 4798950 . ПМИД 26840049 .
^ Сунь, Хуанцинбо (15 октября 2021 г.). «Оценка алгоритмов завершения категориальной матрицы: к улучшению активного обучения для открытия лекарств» . Биоинформатика . 37 (20): 3538–3545. doi : 10.1093/биоинформатика/btab322 . ПМЦ 8545350 . ПМИД 33983377 .
^ «Роберт Ф. Мерфи» . ученый.google.com . Проверено 10 февраля 2022 г.
^ «Прогностическая онкология завершает освоение количественной медицины» . GlobeNewsWire .

[1] ttp://jelena.ece.cmu.edu/

[2] «Поиск награды NSF: Премия № 8351364 — Президентская премия молодому исследователю» . www.nsf.gov . Проверено 29 марта 2016 г.

[3] «Пресс-релиз Карнеги-Меллона: 3 марта 2005 г.» . www.cmu.edu . Проверено 4 марта 2016 г.

[4] «Справочник товарищей — АИМБЕ» . сайт aimbe.org . Проверено 4 марта 2016 г.

[5] «О программе сотрудничества IEEE» . ИИЭЭ . Проверено 9 декабря 2019 г.

[6] «Роберт Ф. Мерфи — цитаты из Google Scholar» . ученый.google.com . Проверено 4 марта 2016 г.

[7] Бывшие президенты Международного общества развития цитометрии

[8] Названы новые члены Совета советов НИЗ, 10 декабря 2011 г.

[9] Мерфи, РФ; Йоргенсен, Эд; Кантор, ЧР (25 февраля 1982 г.). «Кинетика эндоцитоза гистонов в клетках яичника китайского хомячка. Проточный цитофлуориметрический анализ» . Журнал биологической химии . 257 (4): 1695–1701. дои : 10.1016/S0021-9258(19)68093-2 . ISSN 0021-9258 . ПМИД 7056738 .

[10] Мерфи, РФ; Пауэрс, С.; Кантор, ЧР (1 мая 1984 г.). «РН эндосом, измеренный в отдельных клетках с помощью двойной флуоресцентной проточной цитометрии: быстрое подкисление инсулина до pH 6» . Журнал клеточной биологии . 98 (5): 1757–1762. дои : 10.1083/jcb.98.5.1757 . ISSN 0021-9525 . ПМК 2113196 . ПМИД 6144684 .

[11] Каин, CC; Сайп, ДМ; Мерфи, РФ (1 января 1989 г.). «Регуляция рН эндоцитов с помощью Na+,K+-АТФазы в живых клетках» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (2): 544–548. Бибкод : 1989PNAS...86..544C . дои : 10.1073/pnas.86.2.544 . ISSN 0027-8424 . ПМК 286508 . ПМИД 2536168 .

[12] Боланд, М.В.; Марки, МК; Мерфи, РФ (1 октября 1997 г.). «Классификация закономерностей локализации белков, полученных с помощью флуоресцентной световой микроскопии». Материалы 19-й ежегодной международной конференции Общества инженеров IEEE в медицине и биологии. «Великолепные вехи и новые возможности в области медицинской инженерии» (кат. № 97CH36136) . Том. 2. С. 594–597, т. 2. doi : 10.1109/IEMBS.1997.757680 . ISBN 978-0-7803-4262-0 . S2CID 13518296 .

[13] Бейкер, Моня (1 июля 2012 г.). «Авторское дело: Роберт Ф. Мерфи» . Природные методы . 9 (7): 629. doi : 10.1038/nmeth.2088 . ISSN 1548-7091 .

[14] Боланд, М.В.; Мерфи, РФ (1 декабря 2001 г.). «Классификатор нейронной сети, способный распознавать закономерности всех основных субклеточных структур на изображениях клеток HeLa, полученных с помощью флуоресцентного микроскопа». Биоинформатика . 17 (12): 1213–1223. дои : 10.1093/биоинформатика/17.12.1213 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 11751230 .

[15] Слава, Эстель; Мерфи, Роберт Ф. (1 января 2007 г.). «Автоматическое определение субклеточного местоположения и высокопроизводительная микроскопия» . Развивающая клетка . 12 (1): 7–16. дои : 10.1016/j.devcel.2006.12.007 . ISSN 1534-5807 . ПМИД 17199037 .

[16] Веллисте, М.; Мерфи, РФ (01 января 2002 г.). «Автоматическое определение субклеточного местоположения белков по изображениям трехмерного флуоресцентного микроскопа». Труды Международного симпозиума IEEE по биомедицинской визуализации . стр. 867–870. дои : 10.1109/ISBI.2002.1029397 . ISBN 978-0-7803-7584-0 . S2CID 2730192 .

[17] Найк, Армаган В.; Кангас, Джошуа Д.; Лэнгмид, Кристофер Дж; Мерфи, Роберт Ф. (17 декабря 2013 г.). «Эффективное моделирование и активное обучение обнаружению биологических реакций» . ПЛОС ОДИН . 8 (12): е83996. Бибкод : 2013PLoSO...883996N . дои : 10.1371/journal.pone.0083996 . ПМЦ 3866149 . ПМИД 24358322 .

[18] Найк, Армаган В; Кангас, Джошуа Д; Салливан, Девин П; Мерфи, Роберт Ф. (3 февраля 2016 г.). Олер, Уве (ред.). «Активные эксперименты на основе машинного обучения для определения сложного воздействия на структуру белков» . электронная жизнь . 5 : e10047. doi : 10.7554/eLife.10047 . ISSN 2050-084X . ПМЦ 4798950 . ПМИД 26840049 .

[19] Сунь, Хуанцинбо (15 октября 2021 г.). «Оценка алгоритмов завершения категориальной матрицы: к улучшению активного обучения для открытия лекарств» . Биоинформатика . 37 (20): 3538–3545. doi : 10.1093/биоинформатика/btab322 . ПМЦ 8545350 . ПМИД 33983377 .

[20] «Роберт Ф. Мерфи» . ученый.google.com . Проверено 10 февраля 2022 г.

[21] «Прогностическая онкология завершает освоение количественной медицины» . GlobeNewsWire .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

Базы данных авторитетного контроля
Международный	ЯВЛЯЮТСЯ ВИАФ WorldCat
Национальный	Франция Данные БнФ Германия Соединенные Штаты
академики	Google Академика ОРЦИД
Другой	ИдРеф