Рам Самудрала
Рам Самудрала | |
|---|---|
 | |
| Рожденный | 23 марта 1972 г. |
| Альма-матер | Уэслианский университет Огайо , Мэрилендский университет , Стэнфордский университет |
| Известный | Предсказание структуры белка , свободной музыки философия |
| Награды |
|
| Научная карьера | |
| Поля | Вычислительная биология |
| Учреждения | Университет в Буффало , Вашингтонский университет |
| Докторантура | Джон Моулт |
| Другие научные консультанты | Майкл Левитт |
| Веб-сайт | баран компбио |
Рам Самудрала — профессор вычислительной биологии и биоинформатики в Университете Буффало , США. [3] Он исследует сворачивание белков , структуру, функции, взаимодействие, дизайн и эволюцию. [4]
Образование и карьера
[ редактировать ]Самудрала получил степень бакалавра в области компьютерных наук и генетики в Уэслианском университете Огайо и защитил докторскую диссертацию. получил степень доктора вычислительной биологии вместе с Джоном Моултом в Университете Мэриленда в 1997 году в качестве научного сотрудника по технологиям жизни. [ нужна ссылка ]
С 1997 по 2000 год он был научным сотрудником Майкла Левитта в Стэнфордском университете . В 2001 году Самудрала стал первым преподавателем, принятым на работу в Вашингтонский университет в рамках Инициативы по передовым технологиям в области инфекционных заболеваний, созданной Законодательным собранием штата Вашингтон «как мост между передовыми исследованиями и образованием и новой экономической деятельностью». [5] В 2006 году ему было присвоено звание доцента. В 2014 году он стал профессором и руководителем отдела биоинформатики в Государственном университете Нью-Йорка в Буффало. [6]
Исследовать
[ редактировать ]Исследования Самудралы сосредоточены на протеомике , и он регулярно принимал участие в задачах прогнозирования структуры белков CASP с момента их создания. Его работа с Моултом и Левиттом является одним из первых усовершенствований слепого предсказания структуры белка как в категориях сравнительного, так и в категории бесплатного моделирования. [7] [8] [9] Вместе с Моултом он первым разработал и применил вероятностные и теоретико-графовые методы для точного прогнозирования взаимодействий для сравнительного моделирования белковых структур. [10] [11] Вместе с Левиттом он разработал комбинированный иерархический подход для de novo. прогнозирования структуры [12] а также базу данных Decoys 'R' Us для оценки функций дискриминации. [13]
В Вашингтонском университете исследовательская группа Самудралы разработала серию алгоритмов и модулей веб-серверов для прогнозирования структуры белка. [14] функция, [15] и взаимодействие [16] известный как Протинфо. [17] [18] Затем группа применила эти методы к протеомам организмов, создав структуру, известную как Bioverse. [19] [20] для изучения взаимосвязей между атомным, молекулярным, геномным, протеомным, системным и организменным мирами. Платформа Bioverse выполняет анализ и прогнозы на основе данных геномной последовательности, чтобы аннотировать и понимать взаимодействие последовательности, структуры и функции белка как на уровне отдельной молекулы, так и на системном уровне. Структура использовалась для аннотирования готовой последовательности генома риса, опубликованной в 2005 году. [21]
Группа Самудралы также применила эти методы для открытия лекарств , в результате чего была создана платформа вычислительного анализа возможностей новых лекарств (CANDO), которая ранжирует терапевтические средства для всех показаний путем анализа и сравнения характеристик взаимодействия структурных соединений и протеомов. [22] [23] [24] [25] Сочетание новых методов стыковки и/или их использование на платформе CANDO привело к проспективно подтвержденным прогнозам о предполагаемых лекарствах против лихорадки денге. [26] [27] кариес зубов, герпес, волчанка и малярия [28] вместе с сотрудниками, специализирующимися на конкретных показаниях. [29]
Другие области применения включают прогнозирование лекарственной устойчивости/восприимчивости ВИЧ; [30] нанобиотехнология, где с помощью вычислений создаются небольшие многофункциональные пептиды, связывающиеся с неорганическими субстратами; [31] [32] [33] и интерактомика нескольких организмов, включая проект «Питательный рис для мира » (NRW). [34]
Награды и почести
[ редактировать ]В 2002 году Самудрала получил стипендиальную премию Сирла , которая финансирует выдающихся молодых ученых. [1] и был назван одним из лучших молодых новаторов в мире ( TR100 ) по версии MIT Technology Review в 2003 году. [2] [35] [36] В 2005 году он получил премию NSF CAREER Award . [37] который отмечает «выдающихся ученых и инженеров, демонстрирующих исключительный потенциал лидерства на передовых рубежах знаний». В 2008 году он получил премию приглашенного ученого Фонда наследия Альберты в области медицинских исследований и был награжден почетными дипломами городов Касма и Яутан , Перу , за свою работу по открытию вакцины. В 2010 году он получил премию директора НИЗ за платформу открытия лекарств CANDO. [23] [22] В 2019 году Самудрала была удостоена награды NIH NCATS ASPIRE Design Challenge. [38] [6] за которым последовал главный приз NIH NCATS ASPIRE Award за сокращение практики, врученный в 2022 году. [39] [40] [41]
Личная жизнь
[ редактировать ]Самудрала также является музыкантом, опубликовавшим и записавшим работы под псевдонимом TWISTED HELICES. [42] В 1994 году он опубликовал книгу «Философия свободной музыки ». [43] который предсказал, как легкость копирования и передачи цифровой информации через Интернет приведет к беспрецедентным нарушениям законов об авторском праве и новым моделям распространения музыки и других цифровых медиа. [44] [45] [46] О его работе в этой области сообщили еще в 1997 году различные средства массовой информации, включая Billboard , [47] и «Нью-Йорк Таймс» . [48]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б Профиль премии Сирла для Рама Самудралы
- ^ Перейти обратно: а б Профиль MIT Technology Review назвал Рама Самудралу одним из лучших молодых новаторов в мире
- ^ Персональный веб-сайт Рама Самудралы.
- ^ Группа вычислительной биологии Самудралы
- ^ Розет Б. Финансирование перспективного видения. Университетская неделя , 1 марта 2001 г. Архивировано 4 июня 2011 г. в Wayback Machine.
- ^ Перейти обратно: а б Карьера Рама Самудралы
- ^ Самудрала Р., Педерсен Дж.Т., Чжоу Х., Луо Р., Фиделис К., Моулт Дж. Столкновение с проблемой взаимосвязанных структурных изменений в сравнительном моделировании белков. Белки: структура, функции и генетика 23: 327-336, 1995.
- ^ Самудрала Р., Моулт Дж. Управление контекстной чувствительностью в белковых структурах с использованием теории графов: достоверное предсказание. Белки: структура, функции и генетика 29S: 43-49, 1997.
- ^ Самудрала Р., Ся Ю., Хуанг Э.С., Левитт М. Ab initio предсказание структуры белка с использованием комбинированного иерархического подхода. Белки: структура, функции и генетика S3: 194-198, 1999.
- ^ Самудрала Р., Моулт Дж. Дискриминационная функция условной вероятности для всех атомов, зависящая от расстояния, для предсказания структуры белка. Журнал молекулярной биологии 275: 893-914, 1998.
- ^ Самудрала Р., Моулт Дж. Теоретико-графовый алгоритм для сравнительного моделирования структуры белка. Журнал молекулярной биологии 279: 287-302, 1998.
- ^ Ся Ю, Хуанг Э.С., Левитт М., Самудрала Р. Ab initio построение третичных структур белка с использованием иерархического подхода. Журнал молекулярной биологии 300: 171–185, 2000.
- ^ Самудрала Р., Левитт М. Приманки 'R' Us: База данных неправильных конформаций белков для улучшения прогнозирования структуры белков. Protein Science 9: 1399-1401, 2000.
- ^ Лю Т., Хорст Дж., Самудрала Р. Новый метод прогнозирования и использования ограничений расстояния с высокой точностью для уточнения прогнозирования структуры белка. Белки: структура, функции и биоинформатика 77: 220-234, 2009.
- ^ Ван К., Хорст Дж., Ченг Г., Никл Д., Самудрала Р. Метафункциональные сигнатуры белка, полученные в результате объединения информации о последовательности, структуре, эволюции и свойствах аминокислот. PLoS Вычислительная биология 4: e1000181, 2008.
- ^ Киттихотират В., Геркен М., Бамгарнер Р., Самудрала Р. Protinfo PPC: веб-сервер для прогнозирования белковых комплексов на атомном уровне. Исследования нуклеиновых кислот 37: W519-W525, 2009.
- ^ Хунг Л.Х., Самудрала Р. PROTINFO: Прогнозирование вторичной и третичной структуры белка. Nucleic Acids Research 31: 3296-3299, 2003.
- ^ Хунг Л.Х., Нган С.К., Лю Т., Самудрала Р. PROTINFO: Новые алгоритмы для улучшенного прогнозирования структуры белка. Исследования нуклеиновых кислот 33: W77-W80, 2005.
- ^ МакДермотт Дж., Самудрала Р. BIOVERSE: Функциональная, структурная и контекстуальная аннотация белков и протеомов. Nucleic Acids Research 31: 3736-3737, 2003.
- ^ МакДермотт Дж., Геркин М., Фрейзер З., Чанг А.Н., Самудрала Р. BIOVERSE: Улучшения в основе структурных, функциональных и контекстуальных аннотаций белков и протеомов. Исследования нуклеиновых кислот 33: W324-W325, 2005.
- ^ Ю Дж., Ван Дж., Линь В., Ли С., Ли Х., Чжоу Дж., ..., МакДермотт Дж., Самудрала Р., Ван Дж., Вонг Г.К. Геномы Oryza sativa: история дупликаций. PLoS Biology 3: e38, 2005.
- ^ Перейти обратно: а б Мини М., Чопра Дж., Сетхи Дж., Хорст Дж., Уайт Дж., Рой А., Хатти К., Самудрала Р. КАНДО и бесконечные границы открытия лекарств. «Открытие наркотиков сегодня» 19: 1353-1363, 2014.
- ^ Перейти обратно: а б Компьютерный анализ возможностей новых лекарств (CANDO)
- ^ Сетхи Дж., Чопра Дж., Самудрала Р. Многомасштабное моделирование взаимосвязей между классами белков и поведением лекарств при всех заболеваниях с использованием платформы CANDO. Мини-обзоры по медицинской химии , 2015. в печати.
- ^ Хорст Дж. А., Лауренци А., Бернард Б., Самудрала Р. Вычислительное открытие многоцелевых лекарств. «Полифармакология» 263-301, 2012.
- ^ Костин Дж.М., Дженвитисук Э., Лок С.М., Хунспергер Э., Конрадс К.А., Фонтейн К.А., Рис С.Р., Россманн М.Г., Изерн С., Самудрала Р., Майкл С.Ф. Структурная оптимизация и разработка de novo пептидов, ингибирующих проникновение вируса денге. PLoS Забытые тропические болезни 4: e721, 2010.
- ^ Николсон К.О., Костин Дж.М., Роу Д.К., Лин Л., Дженвитисук Э., Самудрала Р., Изерн С., Майкл С.Ф. Ингибиторы проникновения вируса блокируют усиление, зависимое от антител к денге, in vitro. Противовирусные исследования 89: 71-74, 2011.
- ^ Дженвитисук Э., Хорст Дж.А., Ривас К., Ван Вурхис В.К., Самудрала Р. Новые парадигмы открытия лекарств: вычислительный многоцелевой скрининг. Тенденции в фармакологических науках 29: 62-71, 2008.
- ^ Вычислительный анализ показаний и сотрудничества возможностей новых лекарств (CANDO).
- ^ Дженвитисук Э., Ван К., Миттлер Дж., Самудрала Р. PIRspred: веб-сервер для надежного прогнозирования устойчивости/восприимчивости к белку-ингибитору ВИЧ-1. Тенденции в микробиологии 13: 150-151, 2005.
- ^ Цементомиметика - создание цементоподобного биоминерализованного микрослоя с помощью пептидов, производных амелогенина. Гангормус М., Орен Э.Э., Хорст Дж.А., Фонг Х., Хнилова М., Сомерман М.Дж., Снид М.Л., Самудрала Р., Тамерлер С., Сарикайя М. Международный журнал устных наук 2: 69-77, 2012.
- ^ Орен Э.Э., Тамерлер С., Сахин Д., Хнилова М., Секер УОС, Сарикайя М., Самудрала Р. Новый основанный на знаниях подход к разработке неорганических связывающих пептидов. Биоинформатика 23:2816–2822;
- ^ Эванс Дж.С., Самудрала Р., Уолш Т.Р., Орен Э.Э., Тамерлер К. Молекулярный дизайн неорганически связывающихся полипептидов. Бюллетень MRS 33: 514–518, 2008 г.
- ^ Веб-сайт «Питательный рис для мира»
- ^ Куриан В. 10 индийских новаторов в списке Массачусетского технологического института. The Hindu Business Line , 4 октября 2003 г.
- ^ 10 индийского происхождения в Обзоре технологий Массачусетского технологического института. Hindustan Times , 1 марта 2007 г. Архивировано 23 августа 2010 г. в Wayback Machine.
- ^ КАРЬЕРА Премия
- ^ Инициатива NIH HEAL вручает награды исследователям UB за разработку обезболивающих, не вызывающих привыкания, 30 сентября 2019 г.
- ^ «Победители конкурса NCATS ASPIRE 2020 по переходу на практику» . НАЦИОНАЛЬНЫЕ ИНСТИТУТЫ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ США . 28 октября 2021 г. . Проверено 5 мая 2023 г.
- ^ «Исследователи школы Джейкобса решают задачу ASPIRE» . Университет в Буффало . 21 февраля 2023 г. . Проверено 21 июля 2023 г.
- ^ «Самудрала, Фоллс получает финансирование для различных исследовательских проектов» . Университет в Буффало . 4 апреля 2023 г. . Проверено 21 июля 2023 г.
- ^ СКРУЧЕННЫЕ СПИРАЛЬ
- ^ Философия бесплатной музыки
- ^ Самудрала Р. Будущее музыки, 1997.
- ^ История революции: Napster и музыкальная индустрия. Музыкальное Блюдо , 2000
- ^ Шульман Б.М. Песню услышали во всем мире: последствия авторских прав на MP3 и будущее цифровой музыки. Гарвардский журнал права и технологий 12: 3, 1999. Архивировано 9 апреля 2012 г. в Wayback Machine.
- ^ Рис Д. Промышленность сталкивается с дилеммой MP3. Рекламный щит , 18 июля 1998 года.
- ^ Наполи Л. Поклонники MP3 вызвали проблему. «Нью-Йорк Таймс» , 16 декабря 1998 г.
