СобратьTF
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | база данных экспериментально подтвержденных сайтов связывания ТФ |
| Организмы | бактерии |
| Контакт | |
| Авторы | Килич и др. (2014) [1] |
| Первичное цитирование | ПМИД 24234444 |
| Дата выпуска | 2013 |
| Доступ | |
| Формат данных | ФАСТА , CSV , ARFF |
| Веб-сайт | собиратьf компбио |
| URL-адрес загрузки | [1] |
CollecTF представляет собой базу данных транскрипционных факторов сайтов связывания в домене Bacteria. [1]
CollectTF собирает только экспериментально подтвержденные сайты связывания TF. Это достигается путем ручного подбора рецензируемой литературы с особым акцентом на экспериментальный процесс, используемый для идентификации сайтов связывания ТФ.
Записи CollecTF периодически передаются в NCBI для интеграции в полные записи генома RefSeq в качестве функций связи, что обеспечивает максимальную видимость данных и обогащает аннотации файлов RefSeq нормативной информацией. Стремясь облегчить сравнительную геномику и анализ регуляторных взаимодействий с помощью машинного обучения, в своей первоначальной версии CollecTF обеспечивает охват всего домена двух семейств TF ( LexA и Fur ), а также обширное представление клинически важного семейства бактерий Vibrionaceae .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Килич, С.; Уайт, скорая помощь; Сагитова, Д.М.; Корниш, Япония; Эрилл, И. (14 ноября 2013 г.). «CollecTF: база данных экспериментально подтвержденных сайтов связывания факторов транскрипции у бактерий» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Д1): Д156–Д160. дои : 10.1093/нар/gkt1123 . ПМЦ 3965012 . ПМИД 24234444 .