ПСФ Лаборатория

ПСФ Лаборатория
	PSF Lab в Windows 7
Разработчик(и)	Михаэль Дж. Нассе, Йорг К. Вёль
Стабильная версия	3.0 / 24 сентября 2010 г .; 13 лет назад
Операционная система	Windows , macOS
Тип	Программное обеспечение для компьютерного моделирования
Лицензия	Бесплатное ПО для академического и некоммерческого использования.
Веб-сайт	одна молекула .chem .уум .edu /программное обеспечение

PSF Lab — это программа, которая позволяет рассчитывать функцию рассеяния точки освещения (PSF) конфокального микроскопа при различных условиях визуализации. Расчет векторов электрического поля основан на строгой векторной модели, которая учитывает поляризации в ближней области фокуса и с высокой числовой апертурой . объективы микроскопа эффекты ^[1]

Поляризация входного луча (предполагается, что он коллимированный и монохроматический ) может выбираться свободно (линейная, круговая или эллиптическая). постоянный или гауссовский Кроме того, можно предположить профиль интенсивности входного луча. На своем пути от объектива к фокусу свет освещения проходит через до трех стратифицированных оптических слоев, что позволяет моделировать иммерсионный масляно -воздушный (слой 1) объектив, который фокусирует свет через покровное стекло (слой 2) в среда образца (слой 3). Каждый слой характеризуется своим (постоянным) показателем преломления и толщиной. PSF Lab также может моделировать объективы микроскопа с поправкой на определенные показатели преломления и толщину покровного стекла (расчетные параметры). Таким образом, любые отклонения от идеальных условий визуализации, для которых был разработан объектив, должным образом учитываются.

Можно выбрать следующие оптические параметры: ^[2]

Входной луч
- Длина волны
- Параметр заполнения гауссова профиля (0 = постоянный профиль)
- Поляризация (линейная, круговая, эллиптическая)
Выходы
- Отдельные полевые компоненты
- Квадратные компоненты поля
- Интенсивность
Объектив микроскопа
- Числовая апертура
Оптические носители
- Показатель преломления (расчетный и фактический)
- Толщина (проектная и фактическая)
- Глубина (положение фокуса в пределах среднего 3)

Программа рассчитывает только 2D-сечение PSF, но можно объединить несколько вычислений (с помощью сторонней программы) для получения полного 3D-PSF. Расчеты организованы в «наборы», каждый со своим набором параметров. Циклы можно настроить так, чтобы PSF Lab рассчитывала один или несколько наборов, увеличивая разрешение вычисляемых изображений на каждой новой итерации. Полученное изображение отображается в PSF Lab в линейной или логарифмической цветовой шкале с выбираемой пользователем цветовой картой, а интенсивность, отдельные компоненты поля или квадратичные распределения компонентов поля можно экспортировать в различные форматы (форматы данных: .mat, .h5 ( HDF5), .txt (ASCII); форматы изображений: .fig, .ai, .bmp, .emf, .eps, .jpg, .pcx, .pdf, .png, .tif).

См. также

Ссылки

^ Нассе М.Дж., Вёль Дж.К. (2010). «Реалистическое моделирование функции рассеяния точки освещения в конфокальной сканирующей оптической микроскопии» . J. Опт. Соц. Являюсь. А. 27 (2): 295–302. Бибкод : 2010JOSAA..27..295N . дои : 10.1364/JOSAA.27.000295 . ПМИД 20126241 .
^ Руководство по началу работы с лабораторией PSF

Внешние ссылки

Официальный сайт
Молекулярные выражения , введение в деконволюцию с использованием PSF.

Эта оптике статья, посвященная , незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

Эта научная статья о программном обеспечении незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Нассе М.Дж., Вёль Дж.К. (2010). «Реалистическое моделирование функции рассеяния точки освещения в конфокальной сканирующей оптической микроскопии» . J. Опт. Соц. Являюсь. А. 27 (2): 295–302. Бибкод : 2010JOSAA..27..295N . дои : 10.1364/JOSAA.27.000295 . ПМИД 20126241 .

[2] Руководство по началу работы с лабораторией PSF

[1]

[2]