КОПАСИ

КОПАСИ
Первоначальный выпуск	11 октября 2004 г .; 19 лет назад
Стабильная версия	4.40 (сборка 278) / 31 мая 2023 г .; 13 месяцев назад
Репозиторий	github .с /копаси /КОПАСИ ;
Написано в	С++
Операционная система	Linux , macOS и Microsoft Windows
Платформа	Qt
Лицензия	Художественная лицензия
Веб-сайт	copasi.org

КОПАСИ ^[1] (COmplex PAthway SImulator) — это программное приложение с открытым исходным кодом для создания и решения математических моделей биологических процессов, таких как метаболические сети, клеточные сигнальные пути, регуляторные сети, инфекционные заболевания и многие другие.

История

COPASI основан на Гепаси. ^[2] программное обеспечение для моделирования, разработанное в начале 1990-х годов Педро Мендесом . Первоначальная разработка COPASI финансировалась Институтом биоинформатики Вирджинии и Фондом Клауса Чира . Текущие усилия по развитию поддерживаются грантами Национальных институтов здравоохранения , BBSRC и Министерства образования Германии.

Команда разработчиков

COPASI является результатом международного сотрудничества между Манчестерским университетом (Великобритания), Гейдельбергским университетом (Германия) и Институтом биоинформатики Вирджинии (США). Главными исследователями проекта являются Педро Мендес и Урсула Куммер. Главными архитекторами программного обеспечения являются Стефан Хупс и Свен Сале.

Функции

COPASI включает функции для определения моделей биологических процессов, моделирования и анализа этих моделей, создания отчетов об анализе и импорта/экспорта моделей в формате SBML .

Определение модели : Модели определяются как химические реакции между видами молекул. Динамика модели определяется законом скорости, связанным с отдельными реакциями. Модели также могут включать отсеки, события и другие глобальные переменные, которые могут помочь определить динамику системы.
Задачи : Задачи — это различные типы анализа, которые можно выполнить на модели. Они включают в себя стационарный анализ , стехиометрический анализ , моделирование динамики времени с использованием алгоритмов детерминированного и стохастического моделирования, анализ метаболического контроля , вычисление показателя Ляпунова , разделение временной шкалы, сканирование параметров, оптимизацию и оценку параметров.
Импорт и экспорт : COPASI может читать модели как в формате SBML , так и в формате Gepasi. COPASI может писать модели в нескольких различных форматах, включая SBML , исходный код на языке программирования C , файлы Мадонны Беркли и XPPAUT. Архивировано 18 апреля 2022 года в файлах Wayback Machine .

См. также

Список программного обеспечения для моделирования системной биологии

Ссылки

^ Хупс, С.; Сале, С.; Манометры, Р.; Ли, К.; Пале, Дж.; Симус, Н.; Сингхал, М.; Сюй, Л.; Мендес, П.; Куммер, У. (2006). «COPASI — симулятор сложного пути» . Биоинформатика . 22 (24): 3067–3074. doi : 10.1093/биоинформатика/btl485 . ПМИД 17032683 .
^ Мендес, П. (1993). «GEPASI: Пакет программного обеспечения для моделирования динамики, стационарных состояний и управления биохимическими и другими системами». Компьютерные приложения в биологических науках . 9 (5): 563–571. дои : 10.1093/биоинформатика/9.5.563 . ПМИД 8293329 .

Внешние ссылки

[1] Хупс, С.; Сале, С.; Манометры, Р.; Ли, К.; Пале, Дж.; Симус, Н.; Сингхал, М.; Сюй, Л.; Мендес, П.; Куммер, У. (2006). «COPASI — симулятор сложного пути» . Биоинформатика . 22 (24): 3067–3074. doi : 10.1093/биоинформатика/btl485 . ПМИД 17032683 .

[2] Мендес, П. (1993). «GEPASI: Пакет программного обеспечения для моделирования динамики, стационарных состояний и управления биохимическими и другими системами». Компьютерные приложения в биологических науках . 9 (5): 563–571. дои : 10.1093/биоинформатика/9.5.563 . ПМИД 8293329 .

[1]

[2]