ЭМБиология
EmBiology (ранее EMBiology) — это веб- сервисное программное обеспечение от Elsevier, с помощью которого исследователи могут просматривать биологические взаимоотношения между объектами, такими как гены , белки и клетки . [1]
Запущенная в 2023 году программа Embiology запрашивает граф биологических знаний , содержащий 1,4 миллиона объектов, связанных 15,7 миллионами отношений. [1] Он использует диаграмму Сэнки для визуализации результатов поиска и отображает «фрагменты» текста из соответствующей научной литературы .
Предыдущая версия
[ редактировать ]Первоначально EmBiology была запущена как EMBiology в 2005 году как библиографическая база данных по биологическим наукам в партнерстве с Ovid Technologies как уменьшенная версия Embase . [2]
Охват контента
[ редактировать ]Источники данных эмбиологии включают: [3]
- 7,2 миллиона PubMed тезисов
- 430 000 с сайта Clinicaltrials.gov
- 7,2 миллиона полнотекстовых статей из 936 журналов Elsevier и 939 журналов, не принадлежащих Elsevier.
Биологические концепции
[ редактировать ]Следующие биологические концепции включены в ЭмБиологию: [4]
| Концепция | Описание |
| Наркотики и химикаты | Природные метаболиты, малые молекулы, обнаруженные в клетках, лекарства (включая малые молекулы и биологические препараты) |
| Болезни | Состояние здоровья и условия заболевания |
| Белки | Представляет как гены, так и генные продукты, включая белки и микроРНК. |
| Функциональные классы | Классы белков по биологической функции |
| Белковые комплексы | Один или несколько полипептидов, образующих комплекс посредством физических взаимодействий. |
| Генетический вариант | Варианты с возможностью поиска по SNPID и тексту |
| Клетки | Типы клеток и клеточные линии млекопитающих |
| Клеточные процессы | Биологические процессы (например, апоптоз, воспаление) |
| Органы | Типы органов млекопитающих |
| Ткани | Типы тканей млекопитающих |
| Вирусы | Агент, вызывающий инфекционные заболевания |
| Клинический параметр | Измеренные параметры организма человека, используемые в клинической практике |
| Уход | Нехимические обработки и условия окружающей среды |
| Объект ячейки | Органеллы, структурные компоненты клетки |
Биологические отношения
[ редактировать ]Следующие биологические взаимоотношения включены в ЭмБиологию. [5]
| Связь | Описание | Пример |
| Выражение | Изменяет содержание белка, влияя на уровень транскрипта или стабильность белка. | MDM2 имеет отрицательную связь «Экспрессия» с TP53. |
| Эффект микроРНК | Ингибирующее действие микроРНК на ее мишень мРНК | миР-30 имеет отрицательную связь «миРНКЭффект» с TP53. |
| Привязка промоутера | Связывается с промотором гена | FOXC1 имеет положительную связь «PromoterBinding» с MMP7. |
| Регулирование | Изменяет активность по неизвестному механизму (может быть прямым или косвенным) | SOCS3 имеет положительную «регуляторную» связь с сахарным диабетом. |
| Прямое регулирование | Влияет на активность путем прямого физического взаимодействия | BRCA1 имеет отношения «прямого регулирования» с BARD1. |
| Связывание | Прямое физическое взаимодействие между двумя молекулами | FANCD2 имеет «связывающие» отношения с BRCA1. |
| Модификация белка | Изменяет модификацию молекулы-мишени, обычно путем прямого взаимодействия. | SRC имеет отношения «ProtModification» с GRB2. |
| Биомаркер | Идентификация белков/комплексов/функциональных классов/метаболитов, которые являются прогностическими или диагностическими биомаркерами заболевания. | Рак легких имеет «биомаркерную» связь с IL6. |
| Генетические изменения | Генетические изменения, такие как делеции генов, амплификации, мутации или эпигенетические изменения. | Рак легких имеет связь «GeneticChange» с ALK. |
| Количественное изменение | Изменения численности/активности/экспрессии гена/белка/малой молекулы при болезненном состоянии | Рак молочной железы имеет положительную связь «количественных изменений» с AGK. |
| Изменение состояния | Изменения в статусе посттрансляционной модификации белка или события альтернативного сплайсинга. | Рак молочной железы имеет связь «StateChange» с рецептором эстрогена |
| Функциональный доц. | Между заболеванием и клеточным процессом или другим заболеванием | Хронический панкреатит имеет «функциональную ассоциацию» с раком поджелудочной железы. |
| Химическая реакция | Либо катализируемая ферментами, либо спонтанная химическая реакция. | CYP3A имеет связь «химической реакции» с тикагрелором. |
| Молекулярный синтез | Изменяет концентрацию цели | CYP3A имеет связь «MolSynthesis» с мидазоламом. |
| Молекулярный транспорт | Изменяет локализацию цели | Тамоксифен имеет положительную связь «МолТранспорт» с МАПК3. |
| Клиническое исследование | Клинические испытания лекарства против болезни (с сайта CT.gov) | Тамоксифен имеет положительную связь с раком молочной железы в ходе клинических испытаний. |
| Клеточная экспрессия | Экспрессия белков внутри или на поверхности клетки | Гепатоциты имеют связь «CellExpression» с EGFR. |
Ссылки
- ^ Jump up to: а б «Elsevier запускает Embiology, чтобы предоставить беспрецедентную информацию о биологической активности, которая ускоряет открытие лекарств» . elsevier.com . Проверено 18 сентября 2023 г.
- ^ Описание ЭМБиологии «Овидий и Elsevier объявляют об эксклюзивном партнерстве...» (Онлайн) . Овид Технологии, Инк. 2005 г. Проверено 30 января 2011 г. пресс-релиз
- ^ «Биологические данные, структурированные для понимания | ЭмБиология | Elsevier» . beta.elsevier.com . Проверено 18 сентября 2023 г.
- ^ «Какие биологические концепции входят в ЭмБиологию? – Центр поддержки эмбиологии» . service.elsevier.com . Проверено 18 сентября 2023 г.
- ^ «Какие биологические связи извлекаются в эмбиологии? – Центр поддержки эмбиологии» . service.elsevier.com . Проверено 18 сентября 2023 г.