Транскрипционная память

Транскрипционная память – это биологический феномен, впервые обнаруженный у дрожжей. ^[1] во время которого клетки, обработанные определенным сигналом, демонстрируют повышенную скорость экспрессии генов после повторной стимуляции в более позднее время. Было показано, что это событие имеет место: у дрожжей при росте в галактозе ^[1]^[2] и инозитоловое голодание; ^[3] растения при экологическом стрессе; ^[4]^[5]^[6] в клетках млекопитающих во время ЛПС ^[7] и интерферон ^[8]^[9]^[10] индукция. Предыдущая работа показала, что определенные характеристики хроматина могут способствовать устойчивому состоянию транскрипции, обеспечивающему более быструю реиндукцию. К ним относятся: активность специфических факторов транскрипции, ^[11]^[12]^[13] удержание РНК-полимеразы II на промоторах готовых генов, ^[9] активность комплексов ремоделирования хроматина , ^[2] распространение H3K4me2 ^[8]^[13] и H3K36me3 ^[10] модификации гистонов , заселение варианта гистона H3.3 , ^[10] а также связывание компонентов ядерной поры . ^[9]^[14] Более того, было показано, что локально связанный когезин ингибирует установление транскрипционной памяти в клетках человека во время стимуляции гамма-интерфероном . ^[15]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Ачар, Мурат; Бечкей, Аттила; ван Ауденарден, Александр (12 мая 2005 г.). «Улучшение клеточной памяти за счет уменьшения стохастических переходов». Природа . 435 (7039): 228–232. Бибкод : 2005Natur.435..228A . дои : 10.1038/nature03524 . ISSN 1476-4687 . ПМИД 15889097 . S2CID 4429383 .
^ Jump up to: ^а ^б Кунду, Шармиштха; Хорн, Питер Дж.; Петерсон, Крейг Л. (15 апреля 2007 г.). «SWI/SNF необходим для транскрипционной памяти в кластере генов GAL дрожжей» . Гены и развитие . 21 (8): 997–1004. дои : 10.1101/gad.1506607 . ISSN 0890-9369 . ПМК 1847716 . ПМИД 17438002 .
^ Брикнер, Донна Гарви; Кахигас, Ивелисс; Фондюфе-Миттендорф, Ивонн; Ахмед, Сара; Ли, Пей-Чи; Видом, Джонатан; Брикнер, Джейсон Х (апрель 2007 г.). «H2A.Z-опосредованная локализация генов на ядерной периферии обеспечивает эпигенетическую память о предыдущем состоянии транскрипции» . ПЛОС Биология . 5 (4): е81. doi : 10.1371/journal.pbio.0050081 . ISSN 1544-9173 . ПМК 1828143 . ПМИД 17373856 .
^ Дин, Юн; Фромм, Майкл; Аврамова, Зоя (январь 2012 г.). «Многократное воздействие засухи «тренирует» транскрипционные реакции у Arabidopsis» . Природные коммуникации . 3 (1): 740. Бибкод : 2012NatCo...3..740D . дои : 10.1038/ncomms1732 . ISSN 2041-1723 . ПМИД 22415831 .
^ Дин, Юн; Лю, Нин; Вирлувет, Летиция; Ритховен, Жан-Жак; Фромм, Майкл; Аврамова, Зоя (2013). «Четыре различных типа генов памяти о стрессе от обезвоживания у Arabidopsis thaliana» . Биология растений BMC . 13 (1): 229. дои : 10.1186/1471-2229-13-229 . ISSN 1471-2229 . ПМЦ 3879431 . ПМИД 24377444 .
^ Сани, Эмануэла; Гержик, Павел; Перрелла, Джорджио; Колот, Винсент; Амтманн, Анна (июнь 2013 г.). «Гиперосмотическое праймирование проростков арабидопсиса устанавливает долговременную соматическую память, сопровождающуюся специфическими изменениями эпигенома» . Геномная биология . 14 (6): 59 р. дои : 10.1186/gb-2013-14-6-r59 . ISSN 1474-760X . ПМК 3707022 . ПМИД 23767915 .
^ Фостер, Симми Л.; Харгривз, Диана С .; Меджитов, Руслан (30 мая 2007 г.). «Ген-специфический контроль воспаления с помощью TLR-индуцированных модификаций хроматина». Природа . 447 (7147): 972–978. Бибкод : 2007Natur.447..972F . дои : 10.1038/nature05836 . ISSN 0028-0836 . ПМИД 17538624 . S2CID 4426398 .
^ Jump up to: ^а ^б Гиалитакис, М.; Арампаци, П.; Макатунакис, Т.; Папаматекакис, Дж. (15 апреля 2010 г.). «Гамма-интерферон-зависимая транскрипционная память посредством релокализации генного локуса в ядерные тельца PML» . Молекулярная и клеточная биология . 30 (8): 2046–2056. дои : 10.1128/MCB.00906-09 . ISSN 0270-7306 . ПМЦ 2849471 . ПМИД 20123968 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Лайт, Уильям Х.; Фрини, Джонатан; Суд, Варун; Томпсон, Эбби; Д'Урсо, Агустина; Хорват, Курт М.; Брикнер, Джейсон Х. (26 марта 2013 г.). Мистели, Том (ред.). «Сохраняющаяся роль человеческого Nup98 в изменении структуры хроматина и содействии эпигенетической транскрипционной памяти» . ПЛОС Биология . 11 (3): e1001524. дои : 10.1371/journal.pbio.1001524 . ISSN 1545-7885 . ПМЦ 3608542 . ПМИД 23555195 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Камада, Руи; Ян, Вэньцзин; Чжан, Юбо; Патель, Мира К.; Ян, Яньцинь; Оуда, Рёта; Дей, Ануп; Вакабаяси, Ёсиюки; Сакагути, Кадзуясу (10 сентября 2018 г.). «Стимуляция интерфероном создает метки хроматина и устанавливает транскрипционную память» . Труды Национальной академии наук . 115 (39): Е9162–Е9171. Бибкод : 2018PNAS..115E9162K . дои : 10.1073/pnas.1720930115 . ISSN 0027-8424 . ПМК 6166839 . ПМИД 30201712 .
^ Д'Урсо, Агустина; Такахаши, Йо-Хей; Сюн, Бин; Мароне, Джессика; Кукос, Роберт; Рэндиз-Хинчлифф, Карло; Ван, Цзи-Пин; Шилатифард, Али; Брикнер, Джейсон Х. (23 июня 2016 г.). «Set1/COMPASS и Mediator перепрофилированы для развития эпигенетической транскрипционной памяти» . электронная жизнь . 5 . doi : 10.7554/eLife.16691 . ISSN 2050-084X . ПМЦ 4951200 . ПМИД 27336723 .
^ Суд, Варун; Кахигас, Ивелисс; Д'Урсо, Агустина; Лайт, Уильям Х.; Брикнер, Джейсон Х. (август 2017 г.). «Эпигенетическая транскрипционная память генов GAL зависит от роста глюкозы и фактора транскрипции Tup1 в Saccharomyces cerevisiae» . Генетика . 206 (4): 1895–1907. doi : 10.1534/genetics.117.201632 . ISSN 1943-2631 . ПМК 5560796 . ПМИД 28607146 .
^ Jump up to: ^а ^б Лямке, Йорн; Бжезинка, Кшиштоф; Альтманн, Симона; Бёрле, Изабель (18 января 2016 г.). «Фактор теплового шока управляет устойчивым метилированием гистонов и транскрипционной стрессовой памятью» . Журнал ЭМБО . 35 (2): 162–175. дои : 10.15252/embj.201592593 . ISSN 1460-2075 . ПМЦ 4718455 . ПМИД 26657708 .
^ Паскуаль-Гарсия, По; Дебо, Брайан; Герман, Дженнифер Р.; Таламас, Джессика А.; Лан, Йемин; Нгуен, Нха Х.; Отец, Кёнг Дж.; Капельсон, Майя (06 апреля 2017 г.). «Ядерные поры многоклеточных животных обеспечивают основу для готовых генов и опосредуют индуцированные контакты энхансер-промотор» . Молекулярная клетка . 66 (1): 63–76.e6. doi : 10.1016/j.molcel.2017.02.020 . ISSN 1097-4164 . ПМЦ 7439321 . ПМИД 28366641 .
^ Сивек, Войцех; Тегерани, Сахар Ш.; Мата, Жоау Ф.; Янсен, Ларс ET (ноябрь 2020 г.). «Активация кластерных генов-мишеней IFNγ управляет когезин-контролируемой транскрипционной памятью» . Молекулярная клетка . 80 (3): 396–409.e6. doi : 10.1016/j.molcel.2020.10.005 . ISSN 1097-2765 . ПМЦ 7657446 . ПМИД 33108759 . S2CID 225100808 .

Эта микробиологии, статья, посвященная незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[:4-1] Jump up to: ^а ^б Ачар, Мурат; Бечкей, Аттила; ван Ауденарден, Александр (12 мая 2005 г.). «Улучшение клеточной памяти за счет уменьшения стохастических переходов». Природа . 435 (7039): 228–232. Бибкод : 2005Natur.435..228A . дои : 10.1038/nature03524 . ISSN 1476-4687 . ПМИД 15889097 . S2CID 4429383 .

[:3-2] Jump up to: ^а ^б Кунду, Шармиштха; Хорн, Питер Дж.; Петерсон, Крейг Л. (15 апреля 2007 г.). «SWI/SNF необходим для транскрипционной памяти в кластере генов GAL дрожжей» . Гены и развитие . 21 (8): 997–1004. дои : 10.1101/gad.1506607 . ISSN 0890-9369 . ПМК 1847716 . ПМИД 17438002 .

[3] Брикнер, Донна Гарви; Кахигас, Ивелисс; Фондюфе-Миттендорф, Ивонн; Ахмед, Сара; Ли, Пей-Чи; Видом, Джонатан; Брикнер, Джейсон Х (апрель 2007 г.). «H2A.Z-опосредованная локализация генов на ядерной периферии обеспечивает эпигенетическую память о предыдущем состоянии транскрипции» . ПЛОС Биология . 5 (4): е81. doi : 10.1371/journal.pbio.0050081 . ISSN 1544-9173 . ПМК 1828143 . ПМИД 17373856 .

[4] Дин, Юн; Фромм, Майкл; Аврамова, Зоя (январь 2012 г.). «Многократное воздействие засухи «тренирует» транскрипционные реакции у Arabidopsis» . Природные коммуникации . 3 (1): 740. Бибкод : 2012NatCo...3..740D . дои : 10.1038/ncomms1732 . ISSN 2041-1723 . ПМИД 22415831 .

[5] Дин, Юн; Лю, Нин; Вирлувет, Летиция; Ритховен, Жан-Жак; Фромм, Майкл; Аврамова, Зоя (2013). «Четыре различных типа генов памяти о стрессе от обезвоживания у Arabidopsis thaliana» . Биология растений BMC . 13 (1): 229. дои : 10.1186/1471-2229-13-229 . ISSN 1471-2229 . ПМЦ 3879431 . ПМИД 24377444 .

[6] Сани, Эмануэла; Гержик, Павел; Перрелла, Джорджио; Колот, Винсент; Амтманн, Анна (июнь 2013 г.). «Гиперосмотическое праймирование проростков арабидопсиса устанавливает долговременную соматическую память, сопровождающуюся специфическими изменениями эпигенома» . Геномная биология . 14 (6): 59 р. дои : 10.1186/gb-2013-14-6-r59 . ISSN 1474-760X . ПМК 3707022 . ПМИД 23767915 .

[7] Фостер, Симми Л.; Харгривз, Диана С .; Меджитов, Руслан (30 мая 2007 г.). «Ген-специфический контроль воспаления с помощью TLR-индуцированных модификаций хроматина». Природа . 447 (7147): 972–978. Бибкод : 2007Natur.447..972F . дои : 10.1038/nature05836 . ISSN 0028-0836 . ПМИД 17538624 . S2CID 4426398 .

[:0-8] Jump up to: ^а ^б Гиалитакис, М.; Арампаци, П.; Макатунакис, Т.; Папаматекакис, Дж. (15 апреля 2010 г.). «Гамма-интерферон-зависимая транскрипционная память посредством релокализации генного локуса в ядерные тельца PML» . Молекулярная и клеточная биология . 30 (8): 2046–2056. дои : 10.1128/MCB.00906-09 . ISSN 0270-7306 . ПМЦ 2849471 . ПМИД 20123968 .

[:1-9] Jump up to: ^а ^б ^с Лайт, Уильям Х.; Фрини, Джонатан; Суд, Варун; Томпсон, Эбби; Д'Урсо, Агустина; Хорват, Курт М.; Брикнер, Джейсон Х. (26 марта 2013 г.). Мистели, Том (ред.). «Сохраняющаяся роль человеческого Nup98 в изменении структуры хроматина и содействии эпигенетической транскрипционной памяти» . ПЛОС Биология . 11 (3): e1001524. дои : 10.1371/journal.pbio.1001524 . ISSN 1545-7885 . ПМЦ 3608542 . ПМИД 23555195 .

[:2-10] Jump up to: ^а ^б ^с Камада, Руи; Ян, Вэньцзин; Чжан, Юбо; Патель, Мира К.; Ян, Яньцинь; Оуда, Рёта; Дей, Ануп; Вакабаяси, Ёсиюки; Сакагути, Кадзуясу (10 сентября 2018 г.). «Стимуляция интерфероном создает метки хроматина и устанавливает транскрипционную память» . Труды Национальной академии наук . 115 (39): Е9162–Е9171. Бибкод : 2018PNAS..115E9162K . дои : 10.1073/pnas.1720930115 . ISSN 0027-8424 . ПМК 6166839 . ПМИД 30201712 .

[11] Д'Урсо, Агустина; Такахаши, Йо-Хей; Сюн, Бин; Мароне, Джессика; Кукос, Роберт; Рэндиз-Хинчлифф, Карло; Ван, Цзи-Пин; Шилатифард, Али; Брикнер, Джейсон Х. (23 июня 2016 г.). «Set1/COMPASS и Mediator перепрофилированы для развития эпигенетической транскрипционной памяти» . электронная жизнь . 5 . doi : 10.7554/eLife.16691 . ISSN 2050-084X . ПМЦ 4951200 . ПМИД 27336723 .

[12] Суд, Варун; Кахигас, Ивелисс; Д'Урсо, Агустина; Лайт, Уильям Х.; Брикнер, Джейсон Х. (август 2017 г.). «Эпигенетическая транскрипционная память генов GAL зависит от роста глюкозы и фактора транскрипции Tup1 в Saccharomyces cerevisiae» . Генетика . 206 (4): 1895–1907. doi : 10.1534/genetics.117.201632 . ISSN 1943-2631 . ПМК 5560796 . ПМИД 28607146 .

[:5-13] Jump up to: ^а ^б Лямке, Йорн; Бжезинка, Кшиштоф; Альтманн, Симона; Бёрле, Изабель (18 января 2016 г.). «Фактор теплового шока управляет устойчивым метилированием гистонов и транскрипционной стрессовой памятью» . Журнал ЭМБО . 35 (2): 162–175. дои : 10.15252/embj.201592593 . ISSN 1460-2075 . ПМЦ 4718455 . ПМИД 26657708 .

[14] Паскуаль-Гарсия, По; Дебо, Брайан; Герман, Дженнифер Р.; Таламас, Джессика А.; Лан, Йемин; Нгуен, Нха Х.; Отец, Кёнг Дж.; Капельсон, Майя (06 апреля 2017 г.). «Ядерные поры многоклеточных животных обеспечивают основу для готовых генов и опосредуют индуцированные контакты энхансер-промотор» . Молекулярная клетка . 66 (1): 63–76.e6. doi : 10.1016/j.molcel.2017.02.020 . ISSN 1097-4164 . ПМЦ 7439321 . ПМИД 28366641 .

[15] Сивек, Войцех; Тегерани, Сахар Ш.; Мата, Жоау Ф.; Янсен, Ларс ET (ноябрь 2020 г.). «Активация кластерных генов-мишеней IFNγ управляет когезин-контролируемой транскрипционной памятью» . Молекулярная клетка . 80 (3): 396–409.e6. doi : 10.1016/j.molcel.2020.10.005 . ISSN 1097-2765 . ПМЦ 7657446 . ПМИД 33108759 . S2CID 225100808 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]