Минимальная информация о имитационном эксперименте

Минимальная информация о имитационном эксперименте ( МИАСЭ ) ^{[ 1 ]} представляет собой список общего набора информации, который необходим разработчику моделирования для выполнения и воспроизведения эксперимента численного моделирования, полученного на основе заданного набора количественных моделей.

MIASE является зарегистрированным проектом MIBBI ( минимум информации для биологических и биомедицинских исследований). ^{[ 2 ]}

История

Проект MIASE был запущен в 2007 году Дагмаром Кёном и Николя Ле Новером и впервые представлен на 12-м заседании форума SBML в октябре 2007 года. С тех пор MIASE обсуждался на различных встречах, не только в сообществе SBML. MIASE стал коллективным проектом, в котором участвуют представители различных сообществ по стандартизации, а также разработчики инструментов моделирования. В апреле 2009 года MIASE приняла участие в « CellML , SBGN , SBO , BioPAX и MIASE Super-Workshop 2009 ».

Рекомендации

Рекомендации MIASE состоят из следующих частей: информация об используемых моделях, информация об этапах моделирования и информация о результатах:

Информация об используемых моделях

Все модели, использованные в эксперименте, должны быть идентифицированы, доступны и полностью описаны.

Описание имитационного эксперимента должно быть предоставлено вместе с моделями, необходимыми для эксперимента, или с указанием точного и однозначного способа доступа к этим моделям.
Модели, необходимые для моделирования, должны быть снабжены всеми основными уравнениями, значениями параметров и необходимыми условиями (начальное состояние и/или граничные условия).
Если модель не закодирована в стандартном формате, код модели должен быть доступен пользователю. Если модель не закодирована в открытом формате или коде, необходимо предоставить ее полное описание, достаточное для ее повторной реализации.
Любая модификация модели (предварительная обработка), необходимая перед выполнением этапа имитационного эксперимента, должна быть описана.

Информация об этапах моделирования

Должно быть предоставлено точное описание этапов моделирования и других процедур, использованных в эксперименте.

Все этапы моделирования должны быть четко описаны, включая используемые алгоритмы моделирования, модели, к которым применяется каждое моделирование, порядок шагов моделирования и обработку данных, выполняемую между этапами моделирования.
Вся информация, необходимая для правильной реализации необходимых шагов моделирования, должна быть включена посредством точных описаний или ссылок на однозначные источники информации.
Если этап моделирования выполняется с использованием компьютерной программы, исходный код которой недоступен, должна быть предоставлена вся информация, необходимая для воспроизведения моделирования, а не просто его повторения, включая алгоритмы, используемые исходным программным обеспечением, и любую информацию, необходимую для реализации. такие как методы дискретизации и интегрирования.
Если известно, что этап моделирования даст разные результаты при выполнении в другой среде моделирования или на другой вычислительной платформе, необходимо дать объяснение того, как модель должна запускаться в указанной среде/платформе, чтобы достичь цель эксперимента.

Информация о выходе

Должна быть предоставлена вся информация, необходимая для получения желаемых числовых результатов.

Все этапы постобработки, применяемые к необработанным численным результатам этапов моделирования для получения окончательных результатов, должны быть подробно описаны. Это включает в себя идентификацию данных для обработки, порядок применения изменений, а также характер изменений.
Если ожидаемое понимание зависит от связи между различными результатами, например, от графика их сравнения с другим, необходимо указать результаты, подлежащие сравнению.

См. также

Минимальные информационные стандарты

Внешние ссылки

Ссылки

^ Д. Уолтемат; Ричард Адамс; Дэниел А. Бирд; ранг Т. Бергмана; Упиндер С. Бхалла; Рэндалл Бриттен; Виджаялакшми Челлиа; Майкл Т. Кулинг; Джонатан Купер; Эдмунд Дж. Крэмпин; Алан Гарни; Стефан Хупс; Майкл Хука; Питер Хантер; Эдда Клипп; Камилла Лайбе; Эндрю К. Миллер; Ион Морару; Дэвид Никерсон; Пол Нильсен; Маха Никольски; Свен Сале; Герберт М. Сауро; Хеннинг Шмидт; Джеки Л. Сноп; Доминик Толле; Олаф Волькенхауэр; Николя Ле Новер (2011). «Минимальная информация о моделирующем эксперименте (MIASE)» . PLOS Вычислительная биология . 7 (4): e1001122. Бибкод : 2011PLSCB...7E1122W . дои : 10.1371/journal.pcbi.1001122 . ПМК 3084216 . ПМИД 21552546 .
^ http://www.mibbi.org/ Минимальная информация для биологических и биомедицинских исследований.

[miase-1] Д. Уолтемат; Ричард Адамс; Дэниел А. Бирд; ранг Т. Бергмана; Упиндер С. Бхалла; Рэндалл Бриттен; Виджаялакшми Челлиа; Майкл Т. Кулинг; Джонатан Купер; Эдмунд Дж. Крэмпин; Алан Гарни; Стефан Хупс; Майкл Хука; Питер Хантер; Эдда Клипп; Камилла Лайбе; Эндрю К. Миллер; Ион Морару; Дэвид Никерсон; Пол Нильсен; Маха Никольски; Свен Сале; Герберт М. Сауро; Хеннинг Шмидт; Джеки Л. Сноп; Доминик Толле; Олаф Волькенхауэр; Николя Ле Новер (2011). «Минимальная информация о моделирующем эксперименте (MIASE)» . PLOS Вычислительная биология . 7 (4): e1001122. Бибкод : 2011PLSCB...7E1122W . дои : 10.1371/journal.pcbi.1001122 . ПМК 3084216 . ПМИД 21552546 .

[2] ttp://www.mibbi.org/ Минимальная информация для биологических и биомедицинских исследований.

[ 1 ]

[ 2 ]