Направленная масс-спектрометрия
Целевая масс-спектрометрия — это метод масс-спектрометрии , в котором используются несколько стадий тандемной масс-спектрометрии (МС). н с n=2 или 3) для ионов определенной массы ( m/z ) в определенное время. [1] Значения m/z и времени определены в списке включений, полученном на основе предыдущего анализа.
Приложения
[ редактировать ]Целенаправленный анализ позволяет провести тщательный анализ всех ионов во всем диапазоне содержаний выше уровня шума в любом временном окне эксперимента. Напротив, нецелевой анализ, как правило, позволяет обнаружить только 50–100 наиболее распространенных ионов за все время эксперимента. Такое ограничение нецелевого анализа делает его менее подходящим для анализа очень сложных и динамичных образцов, таких как сыворотка крови человека. [2]
Однако методы использования таргетной масс-спектрометрии все еще находятся на примитивной стадии в том смысле, что список включений, используемый в таргетном анализе, обычно вводится учеными вручную. Кроме того, для всего эксперимента разрешен только один список включения. Такой ручной процесс является трудоемким и подвержен ошибкам. Во многом это связано с отсутствием программного обеспечения для управления масс-спектрометром.
Автоматизация
[ редактировать ]Были предприняты некоторые усилия по автоматизации формирования списков включения с помощью внешнего программного обеспечения. В 2010 году Ву и др. [3] представили полуавтоматический метод с целью выявления гликопептидов с низким содержанием. Они реализовали автоматизацию посредством итеративных экспериментов и программного обеспечения GLYPID с открытым исходным кодом. [4] С незначительной модификацией этот подход можно использовать при анализе любых других простых или сложных образцов. В дополнение к преимуществам, упомянутым ранее, этот полуавтоматический подход также экономит значительное количество времени и усилий ученых при ручном сборе ионов и повторной калибровке приборов.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Чикури, Навин; Анвин, Ричард Д.; Гриффитс, Джон Р. (2015). «Применение таргетных стратегий, основанных на масс-спектрометрии, для обнаружения и локализации посттрансляционных модификаций». Обзоры масс-спектрометрии . 34 (6): 595–626. Бибкод : 2015MSRv...34..595C . дои : 10.1002/mas.21421 . ISSN 0277-7037 . ПМИД 24737647 .
- ^ Джилетт, Майкл А. (2013). «Количественный анализ пептидов и белков в биомедицине методом таргетной масс-спектрометрии» . Нат-методы . 10 (1): 28–34. дои : 10.1038/nmeth.2309 . ПМЦ 3943160 . ПМИД 23269374 .
- ^ Инь Ву; Йехия Мечреф; Ивета Клоукова; Ануп Маямпурат; Милош В. Новотный; Хайсю Тан (2010). «Картирование сайт-специфических белковых N-гликозилирований посредством жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии и целевой тандемной масс-спектрометрии». Быстрая связь в масс-спектрометрии . 24 (7): 965–972. дои : 10.1002/rcm.4474 . ПМИД 20209665 .
- ^ «ГлипИД» . Индиана.edu .