Независимый от данных сбор
В масс-спектрометрии независимое от данных получение ( DIA ) — это метод определения молекулярной структуры, при котором все ионы в выбранном диапазоне m/z фрагментируются и анализируются на втором этапе тандемной масс-спектрометрии . [1] [2] Тандемные масс-спектры получаются либо путем фрагментации всех ионов, которые попадают в масс-спектрометр в данный момент (так называемый широкополосный DIA), либо путем последовательного выделения и фрагментации диапазонов m/z . [3] DIA является альтернативой сбору данных на основе данных (DDA), при котором фиксированное количество ионов-предшественников отбирается и анализируется с помощью тандемной масс-спектрометрии .
Широкополосный доступ
[ редактировать ]Одним из первых подходов DIA был метод диссоциации сопла-скиммера, называемый диссоциацией, вызванной столкновением дробовика (CID). [4] [5] Фрагментация может происходить в источнике ионов масс-спектрометра за счет увеличения напряжения сопла-скиммера при ионизации электрораспылением .
РС И представляет собой широкополосный метод DIA, в котором используются чередующиеся низкоэнергетические CID и высокоэнергетические CID. Низкоэнергетический CID используется для получения масс-спектров ионов-предшественников , тогда как высокоэнергетический CID используется для получения информации о дочерних ионах с помощью тандемной масс-спектрометрии. [5]
Анализ данных
[ редактировать ]Анализ данных обычно является сложной задачей для методов DIA, поскольку полученные спектры фрагментированных ионов сильно мультиплексированы. Таким образом, в спектрах DIA прямая связь между ионом-предшественником и его ионами-фрагментами теряется, поскольку ионы-фрагменты в спектрах DIA потенциально могут возникать из нескольких ионов-предшественников (любой ион-предшественник, присутствующий в диапазоне m/z, из которого был получен спектр DIA). .
Один из подходов к анализу данных DIA пытается использовать поисковые системы на основе баз данных, используемые при сборе данных в зависимости от данных, для поиска полученных мультиплексированных спектров. [4] [6] Этот подход можно улучшить, отнеся отдельный фрагментный ион к ионам-предшественникам, наблюдаемым при сканировании ионов-предшественников, используя профиль элюирования фрагментных ионов и ионов-предшественников, а затем выполняя поиск в результирующих «псевдоспектрах». [5]
Второй подход к анализу данных DIA основан на целевом анализе, также известном как SWATH-MS (последовательное оконное получение всех масс-спектров теоретических фрагментов ионов). [7] Этот подход использует целенаправленное извлечение следов фрагментных ионов непосредственно для идентификации и количественного определения без явной попытки демультиплексирования спектров фрагментных ионов DIA.
См. также
[ редактировать ]- Фрагментация (масс-спектрометрия)
- Спектрометрия ионной подвижности – масс-спектрометрия
- Направленная масс-спектрометрия
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Дорр, Эллисон (2014). «ДИА масс-спектрометрия». Природные методы . 12 (1): 35. дои : 10.1038/nmeth.3234 . ISSN 1548-7091 . S2CID 83712891 .
- ^ Ло, Кай Понг; Лим, Юн Пин (2014). «Последние достижения в масс-спектрометрии: анализ, независимый от данных, и мониторинг гиперреакций». Экспертное обозрение по протеомике . 10 (6): 551–566. дои : 10.1586/14789450.2013.858022 . ISSN 1478-9450 . ПМИД 24206228 . S2CID 29969570 .
- ^ Чепмен, Джон Д.; Гудлетт, Дэвид Р.; Масселон, Кристоф Д. (2014). «Мультиплексная и независимая от данных тандемная масс-спектрометрия для глобального профилирования протеома». Обзоры масс-спектрометрии . 33 (6): 452–470. Бибкод : 2014MSRv...33..452C . дои : 10.1002/mas.21400 . ISSN 0277-7037 . ПМИД 24281846 .
- ^ Jump up to: а б Пурвин, Сэмюэл; Эппель, Джейсон-Томас; Йи, Юджин С.; Гудлетт, Дэвид Р. (2003). «Диссоциация пептидов, вызванная столкновением дробовика, с использованием времяпролетного масс-анализатора». Протеомика . 3 (6): 847–850. дои : 10.1002/pmic.200300362 . ISSN 1615-9853 . ПМИД 12833507 . S2CID 31639003 .
- ^ Jump up to: а б с Пламб, Роберт С.; Джонсон, Келли А.; Рейнвилл, Пол; Смит, Брайан В.; Уилсон, Ян Д.; Кастро-Перес, Хосе М.; Николсон, Джереми К. (2006). «UPLC/MSE; новый подход к получению информации о молекулярных фрагментах для выяснения структуры биомаркеров». Быстрая связь в масс-спектрометрии . 20 (13): 1989–1994. Бибкод : 2006RCMS...20.1989P . дои : 10.1002/rcm.2550 . ISSN 0951-4198 . ПМИД 16755610 .
- ^ Венейбл Дж.Д., Донг М.К., Вольшлегель Дж., Диллин А., Йейтс-младший (2004). «Автоматизированный подход к количественному анализу сложных смесей пептидов по тандемным масс-спектрам». Нат. Методы . 1 (1): 39–45. дои : 10.1038/nmeth705 . ПМИД 15782151 . S2CID 9780065 .
- ^ Жилле Л.С., Наварро П., Тейт С., Рёст Х., Селевсек Н., Райтер Л., Боннер Р., Эберсолд Р. (2012). «Целевое извлечение данных из спектров МС/МС, полученных путем независимого сбора данных: новая концепция последовательного и точного анализа протеома» . Мол. Клетка. Протеомика . 11 (6): О111.016717. дои : 10.1074/mcp.O111.016717 . ПМЦ 3433915 . ПМИД 22261725 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Бильбао, Айветт; Варесио, Эммануэль; Любан, Джереми; Страмбио-Де-Кастилия, Катерина; Хопфгартнер, Жерар; Мюллер, Маркус; Лисачек, Фредерик (2015). «Стратегии обработки и программные решения для независимого от данных сбора данных в масс-спектрометрии» . Протеомика . 15 (5–6): 964–980. дои : 10.1002/pmic.201400323 . ISSN 1615-9853 . ПМИД 25430050 . S2CID 24822571 .