Изобарная метка для относительного и абсолютного количественного определения
Изобарические метки для относительного и абсолютного количественного определения ( iTRAQ ) — это метод изобарного мечения, используемый в количественной протеомике с помощью тандемной масс-спектрометрии для определения количества белков из разных источников в одном эксперименте. [1] [2] [3] стабильными В нем используются молекулы, меченные изотопами , которые могут быть ковалентно связаны с N-концевыми и боковыми аминами белков.
Процедура
[ редактировать ]Метод ITRAQ основан на ковалентном мечении N-конца и боковой цепи аминов пептидов , полученных в результате расщепления белков, метками различной массы. В настоящее время в основном используются два реагента: 4-плекс и 8-плекс, которые можно использовать для мечения всех пептидов из различных образцов/обработок. [ нужна ссылка ] Затем эти образцы объединяют и обычно фракционируют с помощью жидкостной хроматографии и анализируют с помощью тандемной масс-спектрометрии (МС/МС). Затем выполняется поиск в базе данных с использованием данных фрагментации для идентификации меченых пептидов и, следовательно, соответствующих белков. Фрагментация прикрепленной метки генерирует репортерный ион с низкой молекулярной массой, который можно использовать для сравнительного количественного определения пептидов и белков, из которых они произошли.
Оценка данных
[ редактировать ]На уровне пептидов сигналы репортерных ионов каждого спектра МС/МС позволяют рассчитать относительное содержание (соотношение) пептида(ов), идентифицированного(ых) по этому спектру. [ нужна ссылка ] Обилие репортерных ионов может состоять из более чем одного сигнала в данных МС/МС, и эти сигналы необходимо каким-то образом интегрировать из спектра гистограммы.
На уровне белка объединенные соотношения пептидов белков представляют собой относительную количественную оценку этого белка.
Спектры МС/МС можно анализировать с помощью бесплатно доступного программного обеспечения: i-Tracker. [4] и jTraqX [5] [6]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Росс П.Л., Хуанг Ю.Н., Марчезе Дж.Н., Уильямсон Б., Паркер К., Хаттан С., Хаиновски Н., Пиллаи С., Дей С., Дэниэлс С., Пуркайаста С., Юхас П., Мартин С., Бартлет-Джонс М., Хе Ф, Джейкобсон А, Паппин DJ (2004). «Мультиплексное количественное определение белка в Saccharomyces cerevisiae с использованием аминореактивных изобарных меченых реагентов» . Мол. Клетка. Протеомика . 3 (12): 1154–69. дои : 10.1074/mcp.M400129-MCP200 . ПМИД 15385600 .
- ^ Зиеске Л.Р. (2006). «Перспектива использования технологии реагентов iTRAQ для исследования белковых комплексов и профилирования» . Дж. Эксп. Бот . 57 (7): 1501–8. дои : 10.1093/jxb/erj168 . ПМИД 16574745 .
- ^ Гафкен П.Р., Лампе П.Д. (2006). «Методика характеристики фосфопротеинов методом масс-спектрометрии» . Сотовая коммуникация. Клеи . 13 (5–6): 249–62. дои : 10.1080/15419060601077917 . ПМК 2185548 . ПМИД 17162667 .
- ^ Шадфорт И.П., Даннли П.Дж., Лилли К.С., Бессант С. (2005). «i-Tracker: для количественной протеомики с использованием iTRAQ» . БМК Геномика . 6 : 145. дои : 10.1186/1471-2164-6-145 . ПМЦ 1276793 . ПМИД 16242023 .
- ^ Мут, Т. и др., jTraqX: бесплатный, независимый от платформы инструмент для количественного определения изобарных меток на уровне белка , Proteomics, 2010, 10 (6): 1223-1225, два : 10.1002/pmic.200900374
- ^ протеин-ms - просмотрите /jTraqX на SourceForge.net
Дальнейшее чтение
[ редактировать ] | Эта белках статья о незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |