Молекулярное фенотипирование

Молекулярное фенотипирование описывает метод количественной оценки репортерных генов пути, то есть заранее выбранных генов, которые конкретно модулируются метаболическими и сигнальными путями , чтобы сделать вывод об активности этих путей. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

В большинстве случаев молекулярное фенотипирование позволяет количественно оценить изменения экспрессии репортерного гена пути , чтобы охарактеризовать модуляцию активности пути, вызванную такими возмущениями, как терапевтические агенты или стресс, в клеточной системе in vitro . В таких контекстах измерения в ранние моменты времени часто более информативны, чем более поздние наблюдения, поскольку они фиксируют первичную реакцию на возмущение клеточной системы. ^{[ 3 ]} В сочетании с количественными изменениями фенотипа , вызванными возмущением, молекулярное фенотипирование может выявить пути, которые способствуют фенотипическим изменениям.

В настоящее время молекулярное фенотипирование использует секвенирование РНК и экспрессию мРНК для определения активности пути. другие технологии и методы измерения, такие как масс-спектрометрия и определение содержания белка или уровней фосфорилирования. Потенциально могут быть использованы и ^{[ 4 ]}

Применение в раннем открытии лекарств

Текущие данные показывают, что путем количественной оценки экспрессии репортерного гена пути молекулярное фенотипирование позволяет группировать соединения на основе профилей пути и одновременно анализировать связи между активностью пути и фенотипами заболевания . ^{[ 5 ]} Кроме того, молекулярное фенотипирование может быть применимо к соединениям с диапазоном специфичности связывания и позволяет отсортировать ложноположительные результаты, полученные в результате скрининговых анализов с высоким содержанием. Более того, молекулярное фенотипирование позволяет интегрировать данные, полученные на моделях in vitro и in vivo , а также данные пациентов в процесс разработки лекарств. ^{[ нужна ссылка ]}

Ссылки

^ Чжан, доктор юридических наук; Кюнг, Э; Бесс, Ф; Черта, У; Эбелинг, М. (24 апреля 2015 г.). «Гены-репортеры пути определяют молекулярные фенотипы клеток человека» . БМК Геномика . 16 (1): 342. doi : 10.1186/s12864-015-1532-2 . ПМЦ 4415216 . ПМИД 25903797 .
^ Чжан, доктор юридических наук; Шиндлер, Т; Кюнг, Э; Эбелинг, М; Черта, У (5 июля 2014 г.). «Высокочувствительная количественная оценка транскриптов на основе ампликонов методом полупроводникового секвенирования» . БМК Геномика . 15 (1): 565. дои : 10.1186/1471-2164-15-565 . ПМК 4101174 . ПМИД 24997760 .
^ Чжан, доктор юридических наук; Бернтенис, Н; Рот, А; Эбелинг, М. (июнь 2014 г.). «Интеллектуальный анализ данных раскрывает сеть генов раннего ответа как консенсусный признак токсичности, вызванной лекарствами in vitro и in vivo» . Журнал «Фармакогеномика» . 14 (3): 208–16. дои : 10.1038/tpj.2013.39 . ПМК 4034126 . ПМИД 24217556 .
^ Моффат, Дж. Г. (18 мая 2017 г.). «Включение света в черный ящик открытия фенотипических лекарств» . Клеточная химическая биология . 24 (5): 545–547. doi : 10.1016/j.chembiol.2017.05.005 . ПМИД 28525769 .
^ Доренел, FM; Чжан, доктор юридических наук; Кюнг, Э; Аояма, Н; Бенмансур, Ф; Араужо Дель Росарио, А; Йенсен Цоффманн, С; Делобель, Ф; Пруммер, М; Вейбель, Ф; Карлсон, К; Энсон, Б; Яконе, Р; Черта, У; Сингер, Т; Эбелинг, М; Прунотто, М. (18 мая 2017 г.). «Молекулярное фенотипирование объединяет молекулярную информацию, биологическую значимость и данные пациентов для повышения продуктивности раннего открытия лекарств» . Клеточная химическая биология . 24 (5): 624–634.е3. doi : 10.1016/j.chembiol.2017.03.016 . ПМИД 28434878 .

[1] Чжан, доктор юридических наук; Кюнг, Э; Бесс, Ф; Черта, У; Эбелинг, М. (24 апреля 2015 г.). «Гены-репортеры пути определяют молекулярные фенотипы клеток человека» . БМК Геномика . 16 (1): 342. doi : 10.1186/s12864-015-1532-2 . ПМЦ 4415216 . ПМИД 25903797 .

[2] Чжан, доктор юридических наук; Шиндлер, Т; Кюнг, Э; Эбелинг, М; Черта, У (5 июля 2014 г.). «Высокочувствительная количественная оценка транскриптов на основе ампликонов методом полупроводникового секвенирования» . БМК Геномика . 15 (1): 565. дои : 10.1186/1471-2164-15-565 . ПМК 4101174 . ПМИД 24997760 .

[3] Чжан, доктор юридических наук; Бернтенис, Н; Рот, А; Эбелинг, М. (июнь 2014 г.). «Интеллектуальный анализ данных раскрывает сеть генов раннего ответа как консенсусный признак токсичности, вызванной лекарствами in vitro и in vivo» . Журнал «Фармакогеномика» . 14 (3): 208–16. дои : 10.1038/tpj.2013.39 . ПМК 4034126 . ПМИД 24217556 .

[4] Моффат, Дж. Г. (18 мая 2017 г.). «Включение света в черный ящик открытия фенотипических лекарств» . Клеточная химическая биология . 24 (5): 545–547. doi : 10.1016/j.chembiol.2017.05.005 . ПМИД 28525769 .

[5] Доренел, FM; Чжан, доктор юридических наук; Кюнг, Э; Аояма, Н; Бенмансур, Ф; Араужо Дель Росарио, А; Йенсен Цоффманн, С; Делобель, Ф; Пруммер, М; Вейбель, Ф; Карлсон, К; Энсон, Б; Яконе, Р; Черта, У; Сингер, Т; Эбелинг, М; Прунотто, М. (18 мая 2017 г.). «Молекулярное фенотипирование объединяет молекулярную информацию, биологическую значимость и данные пациентов для повышения продуктивности раннего открытия лекарств» . Клеточная химическая биология . 24 (5): 624–634.е3. doi : 10.1016/j.chembiol.2017.03.016 . ПМИД 28434878 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]