Программа последовательного выравнивания структуры
 | Эта статья может быть слишком технической для понимания большинства читателей . ( Октябрь 2021 г. ) |
Программа последовательного выравнивания структуры (SSAP) в химии , физике и биологии — это метод, который использует двойное динамическое программирование для создания структурного выравнивания на основе межатомных векторов в структурном пространстве. [1] [2] Вместо альфа-углеродов, обычно используемых для структурного выравнивания, SSAP конструирует свои векторы из бета-углеродов для всех остатков, кроме глицина, метод, который, таким образом, учитывает ротамерное состояние каждого остатка, а также его расположение вдоль основной цепи. SSAP работает, сначала создавая серию векторов расстояний между остатками между каждым остатком и его ближайшими несмежными соседями в каждом белке. Затем строится серия матриц, содержащая векторные различия между соседями для каждой пары остатков, для которых были построены векторы. Динамическое программирование, применяемое к каждой результирующей матрице, определяет ряд оптимальных локальных согласований, которые затем суммируются в «сводную» матрицу, к которой снова применяется динамическое программирование для определения общего структурного согласования.
Первоначально SSAP создавал только попарные выравнивания, но с тех пор был расширен и до множественных выравниваний. [3] Он был применен по принципу «все ко всем» для создания иерархической схемы классификации, известной как CATH (класс, архитектура, топология, гомология). [4] который использовался для создания базы данных классификации структуры белков CATH .
Как правило, баллы SSAP выше 80 связаны с очень похожими структурами. Оценки между 70 и 80 указывают на аналогичную кратность с небольшими вариациями. Структуры, получившие оценку от 60 до 70, обычно не содержат одной и той же складки, но обычно принадлежат к одному и тому же классу белков с общими структурными мотивами. [5]
См. также
[ редактировать ]- Структурное выравнивание
- Класс, архитектура, топология, гомология (CATH)
- RMSD — другая мера сравнения структур.
- TM-score — другой показатель сравнения структур.
- GDT — другая мера сравнения структур.
- LCS — другая мера сравнения структур.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Тейлор, WR; Оренго, Калифорния (1989). «Выравнивание структуры белка». Журнал молекулярной биологии . 208 (1): 1–22. дои : 10.1016/0022-2836(89)90084-3 . ПМИД 2769748 .
- ^ Оренго, Калифорния; Тейлор, WR (1996). «SSAP: программа последовательного выравнивания структур для сравнения структур белков». Компьютерные методы анализа макромолекулярных последовательностей . Методы энзимологии. Том. 266. стр. 617–635. дои : 10.1016/s0076-6879(96)66038-8 . ISBN 9780121821678 . ПМИД 8743709 .
- ^ Тейлор, WR; Флорес, ТП; Оренго, Калифорния (1994). «Множественное выравнивание белковых структур» . Белковая наука . 3 (10): 1858–1870. дои : 10.1002/pro.5560031025 . ПМК 2142613 . ПМИД 7849601 .
- ^ Оренго, Калифорния; Мичи А.Д.; Джонс С; Джонс Д.Т.; Суинделлс МБ; Торнтон Дж. М. (1997). «CATH — иерархическая классификация структур белковых доменов» . Структура . 5 (8): 1093–1108. дои : 10.1016/S0969-2126(97)00260-8 . ПМИД 9309224 .
- ^ Порвал, Г.; Джайн, С.; Бабу, СД; Сингх, Д.; Нанавати, Х.; Норонья, С. (2007). «Предсказание структуры белка с помощью геометрических и вероятностных ограничений». Журнал вычислительной химии . 28 (12): 1943–1952. дои : 10.1002/jcc.20736 . ПМИД 17450548 . S2CID 5710322 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Сервер SSAP для попарного структурного сравнения