Биобаза (компания)

БИОБЕЙС ГмбХ
Тип компании	Частный
Промышленность	биоинформатики Базы данных
Основан	Вольфенбюттель , Германия (1997)
Штаб-квартира	Вольфенбюттель , Германия
Ключевые люди	Майкл Тисиак ( генеральный директор и финансовый директор ) , доктор Франк Шахерер ( технический директор )
Продукты	Библиотека знаний BIOBASE, TRANSFAC , базы данных протеома, ExPlain,
Услуги	Аутсорсинг процессов знаний , индивидуальное курирование, анализ ExPlain
Количество сотрудников	~150 (2008)
Веб-сайт	www .biobase-международная .с

BIOBASE — международная биоинформатическая компания со штаб-квартирой в Вольфенбюттеле , Германия . Компания специализируется на создании, обслуживании и лицензировании баз данных в области молекулярной биологии и связанных с ними программных платформ.

История

Компания была основана в 1997 году как дочернее предприятие Немецкого исследовательского центра биотехнологий (GBF) в Брауншвейге, Германия, известного сегодня как Исследовательский центр исследований инфекций имени Гельмгольца. *Учредителями выступили ученые исследовательской группы GBF Bioinformatics, которую в то время возглавлял Эдгар Вингендер. Сейчас компанией управляют Михаэль Тисиак (генеральный директор/финансовый директор) и Фрэнк Шечерер (операционный директор). ^{[ нужна ссылка ]}

Оригинальным продуктом компании была база данных TRANSFAC, платформа для описания и анализа событий и сетей генной регуляции. Впоследствии это было дополнено рядом более мелких баз данных, относящихся к аспектам регуляции генов, а также базой данных ранних сигнальных путей (TRANSPATH). TRANSPATH представлял собой самую раннюю базу данных сигнальных путей наряду с базой данных клеточной сигнальной сети (CSNDB), которую курировал Т. Такаи в Национальном институте медицинских наук (NIHS) в Токио.

К концу 1999 года BIOBASE приобрела венчурный капитал у фондов IMH, которыми сейчас управляет Triginta Capital, MBG (Ганновер; до 2007 года) и tbg. В 2002 году компания Intec W&G, Токио, Япония, инвестировала в компанию и оставалась акционером до 2005 года. В начале 2005 года компания приобрела базы данных, произведенные Incyte, Уилмингтон, Делавэр, США, которые в то время эксплуатировались дочерней компанией Incyte, Proteome Inc в Беверли, Массачусетс. Ранним флагманом Proteome была база данных протеомов дрожжей (YPD), которая была дополнена рядом аналогичных баз данных. Их последним достижением перед приобретением была база данных исследования протеома человека (HumanPSD).

BIOBASE со всеми дочерними компаниями была приобретена QIAGEN GmbH 2 апреля 2014 года.

Дочерние компании

BIOBASE GmbH имеет три дочерние компании, находящиеся в полной собственности: BIOBASE Corporation в Беверли/Массачусетс, США (с 2005 г.), ^{[ 1 ]} Базы данных BIOBASE India Pvt Ltd. в Бангалоре, Индия (с 2006 г.), ^{[ 2 ]} и BIOBASE Japan KK в Иокогаме, Япония (с 2007 г.). ^{[ 3 ]}

Продукты и услуги

Базы данных компании содержат тщательно отобранный вручную контент, собранный и структурированный на основе первичных рецензируемых научных публикаций.

Библиотека знаний BIOBASE (BKL) представляет собой интегрированную базу данных, состоящую из следующих модулей: ^{[ 4 ]}

ТРАНСФАК: Эукариотические транскрипционные факторы, их сайты связывания геномной ДНК и профили связывания ДНК. ^{[ 5 ]}
TRANSCompel: составные элементы, регулирующие транскрипцию
TRANSPro: промоторные последовательности ряда избранных видов эукариот.
PathoDB: Патологически значимые мутации в факторах транскрипции и сайтах их связывания.
ТРАНСПУТЬ: сигнальная трансдукция и метаболические пути у млекопитающих. ^{[ 6 ]}
YPD: полный протеом дрожжей (отчеты о белках для всех известных белков Saccharomyces cerevisiae) ^{[ 7 ]}
PombePD, MycopathPD: протеомы Schizosaccharomyces pombe и патологических грибов. ^{[ 7 ]}
WormPD: протеом Caenorhabditis elegans. ^{[ 7 ]}
HumanPSD: Протеомы человека, мыши и крысы [8]
GPCR-PD: отчеты о рецепторах, связанных с G-белком ^{[ 8 ]}

Кроме того, BIOBASE разработала систему ExPlain для биологической интерпретации данных экспрессии генов и протеомики посредством интегрированного функционального анализа, анализа промоторов и путей.

«Портал генной регуляции» предлагает бесплатно пользователям из некоммерческих организаций ряд более ранних версий продуктов компании.

BIOBASE также распространяется ряд продуктов сторонних производителей:

S/MARt DB: области, прикрепленные к каркасу/матрице (HZI Брауншвейг) ^{[ 9 ]}
БРЕНДА: База данных ферментов Брауншвейга ( Ферменты Технического университета Брауншвейга ) ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}
HGMD: База данных мутаций генов человека ( Кардиффский университет ) ^{[ 12 ]}
CI: Cell Illustrator для моделирования путей ( Токийский университет /GNI, Токио) ^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}

В дополнение к этим продуктам BIOBASE предлагает услуги аутсорсинга процессов знаний (КПО). Они могут включать разработку и заполнение индивидуальных баз данных с конкретным содержанием или систематический анализ данных об экспрессии генов.

Научные проекты/исследования

BIOBASE является членом следующих финансируемых государством исследовательских консорциумов, первые два из которых координирует BIOBASE (Александр Кел): ^{[ 15 ]}

Net2Drug: Интегрированные лабораторные, био- и хемининформатические технологии для борьбы с раком молочной железы (9 партнеров; финансируется в рамках EU6) https://web.archive.org/web/20110111035825/http://www.biobase.de/pages/index. php?id=437 ^{[ 16 ]}
Sysco: Комбинированные экспериментальные, биоинформатические и симуляционные подходы для анализа внутриклеточного паразитизма (8 партнеров; финансируется в рамках EU6) ^{[ 17 ]}^{[ 18 ]}
ТРАНЗИСТОР: Биоинформатическое моделирование регуляторных цепей растений (7 партнеров; проект Марии-Кюри, финансируемый в рамках ЕС6) ^{[ 19 ]}
Valapodyn: Динамическое моделирование данных о патологиях головного мозга (7 партнеров; финансируется в рамках EU6)
Евродия: Потенциальные цели для профилактики и лечения дисфункциональной секреции инсулина при диабете 2 типа (20 партнеров; финансируется в рамках ЕС6)
Gen2Phen: Единая база данных генотипов-фенотипов (19 партнеров; финансируется в рамках ЕС7) ^{[ 20 ]}
LipidomicNet: Идентификация мишеней и биомаркеров заболеваний, связанных с энергетической перегрузкой, посредством взаимодействия липидов с белками (21 партнер; финансируется в рамках ЕС7);
GlobCell: анализ глобального масштаба и прогнозирование поведения клеток человека в сложной среде (4 партнера; финансируется Eurotrans-Bio, ETB).
TCellTalk: (3 партнера; финансируется Министерством исследований Германии в рамках партнерской программы Forsys)

Кроме того, BIOBASE вступила в исследовательское партнерство с

Университетская медицина Геттингенского университета имени Георга Августа , Геттинген, Германия (Э. Вингендер);
Токийский университет , Токио, Япония (С. Мияно);
Windber Research Institute & Strategic Medicine, Inc, Виндбер/Пенсильвания, США (М. Либман);
Институт токсикологии и экспериментальной медицины Фраунгофера, Ганновер, Германия; ^{[ 21 ]}
Национальная лаборатория Лоуренса Беркли, Беркли/Калифорния, США (И. Дубчак) ^{[ 22 ]}

См. также

Ссылки

^ BIOBASE приобретает Proteome у Incyte
↑ BIOBASE открывает офис в Бангалоре. Архивировано 25 мая 2010 г., в Wayback Machine.
^ «BIOBASE открывает офис в Иокогаме» . Рейтер . Архивировано из оригинала 1 февраля 2013 г. Проверено 30 июня 2017 г.
^ Вингендер, Э; Красс, Т; Хоган, доктор юридических наук; Кел, А.Е.; Кель-Маргулис, О.В.; Потапов, АП (2007). «Интегративные контент-ориентированные концепции для биоинформатики «за пределами клетки» » . Журнал биологических наук . 32 (1): 169–80. дои : 10.1007/s12038-007-0015-2 . ПМИД 17426389 . S2CID 16360290 .
^ Матыс, В; Кель-Маргулис, О.В.; Фрике, Э; Либих, Я; Земля, С; Барре-Дирри, А; Рейтер, я; Чекменев Д; и др. (2006). «ТРАНСФАК и его модуль ТРАНСКомпель: регуляция транскрипционных генов у эукариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D108–10. дои : 10.1093/nar/gkj143 . ПМЦ 1347505 . ПМИД 16381825 .
^ Крулл, М; Пистор, С; Восс, Н; Кел, А; Рейтер, я; Кроненберг, Д; Майкл, Х; Шварцер, К; и др. (2006). «TRANSPATH: информационный ресурс для хранения и визуализации сигнальных путей и их патологических отклонений» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D546–51. дои : 10.1093/nar/gkj107 . ПМЦ 1347469 . ПМИД 16381929 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Костанцо, MC; Кроуфорд, Мэн; Хиршман, Дж. Э.; Кранц, Дж. Э.; Олсен, П; Робертсон, Л.С.; Скшипек, М.С.; Браун, БР; и др. (2001). «YPD, PombePD и WormPD: объемы модельных организмов из библиотеки BioKnowledge, интегрированного ресурса информации о белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (1): 75–9. дои : 10.1093/нар/29.1.75 . ПМК 29810 . ПМИД 11125054 .
^ Ходжес, ЧП; Каррико, премьер-министр; Хоган, доктор медицинских наук; О'Нил, Кентукки; Оуэн, Джей-Джей; Манган, М; Дэвис, BP; Брукс, Дж. Э.; Гаррелс, Джи (2002). «Аннотирование протеома человека: база данных исследования протеома человека (HumanPSD) и углубленная целевая база данных для рецепторов, связанных с G-белком (GPCR-PD), от Incyte Genomics» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 137–41. дои : 10.1093/нар/30.1.137 . ПМК 99168 . ПМИД 11752275 .
^ Либих, Я; Боде, Дж; Фриш, М; Вингендер, Э. (2002). «S/MARt DB: база данных по регионам, прикрепленным к каркасу/матрице» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 372–4. дои : 10.1093/нар/30.1.372 . ПМК 99064 . ПМИД 11752340 .
^ Кафедра биоинформатики и биохимии - Брауншвейгский технический университет, Германия.
^ фермента
^ Домашняя страница HGMD
^ Язык разметки клеточной системы (CSML) — Cell Illustrator
^ «Cell Illustartor — новая_версия» .
^ Проекты ЕС на BIOBASE ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ Net2Drug
^ Биологические базы данных BIOBASE: SysCo - Функциональный анализ. Архивировано 11 января 2011 г., в Wayback Machine.
^ Главная - Систематический функциональный анализ внутриклеточного паразитизма как модель конфликта геномов ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ Биологические базы данных BIOBASE: TRANSISTOR. Архивировано 11 января 2011 г., в Wayback Machine.
↑ Gen2Phen . Архивировано 24 мая 2008 г., в Wayback Machine.
^ Кел, А.Е.; Нихоф, М; Матыс, В; Землян, Р; Борлак, Дж (2008). «Полногеномное предсказание функциональных сайтов связывания HNF4альфа с использованием локального и глобального контекста последовательностей» . Геномная биология . 9 (2): Р36. дои : 10.1186/gb-2008-9-2-r36 . ПМК 2374721 . ПМИД 18291023 .
^ Миновицкий С; Стегмайер, П; Кел, А; Кондрашов А.С.; Дубчак, И (2007). «Мотивы короткой последовательности, чрезмерно представленные в консервативных некодирующих последовательностях млекопитающих» . БМК Геномика . 8 : 378. дои : 10.1186/1471-2164-8-378 . ПМК 2176071 . ПМИД 17945028 .

Внешние ссылки

[1] BIOBASE приобретает Proteome у Incyte

[2] BIOBASE открывает офис в Бангалоре. Архивировано 25 мая 2010 г., в Wayback Machine.

[3] «BIOBASE открывает офис в Иокогаме» . Рейтер . Архивировано из оригинала 1 февраля 2013 г. Проверено 30 июня 2017 г.

[4] Вингендер, Э; Красс, Т; Хоган, доктор юридических наук; Кел, А.Е.; Кель-Маргулис, О.В.; Потапов, АП (2007). «Интегративные контент-ориентированные концепции для биоинформатики «за пределами клетки» » . Журнал биологических наук . 32 (1): 169–80. дои : 10.1007/s12038-007-0015-2 . ПМИД 17426389 . S2CID 16360290 .

[5] Матыс, В; Кель-Маргулис, О.В.; Фрике, Э; Либих, Я; Земля, С; Барре-Дирри, А; Рейтер, я; Чекменев Д; и др. (2006). «ТРАНСФАК и его модуль ТРАНСКомпель: регуляция транскрипционных генов у эукариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D108–10. дои : 10.1093/nar/gkj143 . ПМЦ 1347505 . ПМИД 16381825 .

[6] Крулл, М; Пистор, С; Восс, Н; Кел, А; Рейтер, я; Кроненберг, Д; Майкл, Х; Шварцер, К; и др. (2006). «TRANSPATH: информационный ресурс для хранения и визуализации сигнальных путей и их патологических отклонений» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D546–51. дои : 10.1093/nar/gkj107 . ПМЦ 1347469 . ПМИД 16381929 .

[Costanzo_MC_2001-7] Перейти обратно: ^а ^б ^с Костанцо, MC; Кроуфорд, Мэн; Хиршман, Дж. Э.; Кранц, Дж. Э.; Олсен, П; Робертсон, Л.С.; Скшипек, М.С.; Браун, БР; и др. (2001). «YPD, PombePD и WormPD: объемы модельных организмов из библиотеки BioKnowledge, интегрированного ресурса информации о белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (1): 75–9. дои : 10.1093/нар/29.1.75 . ПМК 29810 . ПМИД 11125054 .

[8] Ходжес, ЧП; Каррико, премьер-министр; Хоган, доктор медицинских наук; О'Нил, Кентукки; Оуэн, Джей-Джей; Манган, М; Дэвис, BP; Брукс, Дж. Э.; Гаррелс, Джи (2002). «Аннотирование протеома человека: база данных исследования протеома человека (HumanPSD) и углубленная целевая база данных для рецепторов, связанных с G-белком (GPCR-PD), от Incyte Genomics» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 137–41. дои : 10.1093/нар/30.1.137 . ПМК 99168 . ПМИД 11752275 .

[9] Либих, Я; Боде, Дж; Фриш, М; Вингендер, Э. (2002). «S/MARt DB: база данных по регионам, прикрепленным к каркасу/матрице» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 372–4. дои : 10.1093/нар/30.1.372 . ПМК 99064 . ПМИД 11752340 .

[10] Кафедра биоинформатики и биохимии - Брауншвейгский технический университет, Германия.

[11] фермента

[12] Домашняя страница HGMD

[13] Язык разметки клеточной системы (CSML) — Cell Illustrator

[14] «Cell Illustartor — новая_версия» .

[15] Проекты ЕС на BIOBASE ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[16] Net2Drug

[17] Биологические базы данных BIOBASE: SysCo - Функциональный анализ. Архивировано 11 января 2011 г., в Wayback Machine.

[18] Главная - Систематический функциональный анализ внутриклеточного паразитизма как модель конфликта геномов ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[19] Биологические базы данных BIOBASE: TRANSISTOR. Архивировано 11 января 2011 г., в Wayback Machine.

[20] Gen2Phen . Архивировано 24 мая 2008 г., в Wayback Machine.

[21] Кел, А.Е.; Нихоф, М; Матыс, В; Землян, Р; Борлак, Дж (2008). «Полногеномное предсказание функциональных сайтов связывания HNF4альфа с использованием локального и глобального контекста последовательностей» . Геномная биология . 9 (2): Р36. дои : 10.1186/gb-2008-9-2-r36 . ПМК 2374721 . ПМИД 18291023 .

[22] Миновицкий С; Стегмайер, П; Кел, А; Кондрашов А.С.; Дубчак, И (2007). «Мотивы короткой последовательности, чрезмерно представленные в консервативных некодирующих последовательностях млекопитающих» . БМК Геномика . 8 : 378. дои : 10.1186/1471-2164-8-378 . ПМК 2176071 . ПМИД 17945028 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]