Синтелог
Синтелог : особый случай генов гомологии , когда наборы генов происходят из одной и той же наследственной геномной области. Это может возникнуть в результате событий видообразования или в результате событий полной или частичной дупликации генома (например, полиплоидии ). Этот термин отличается от ортолога , паралога , в-паралога, вне-паралога и ксенолога , поскольку он относится только к эволюционной истории генов, о чем свидетельствует сходство последовательностей и относительное геномное положение. [1]
Пример
[ редактировать ]Сравнение двух геномных областей Arabidopsis thaliana, полученных на основе последнего случая дупликации генома. Синтелоги обозначены красными линиями, аналогичным образом соединяющими области последовательности (красные прямоугольники):
Анализ последовательностей и визуализация синтелогов, выполненный GEvo. [2] Восстановите этот анализ в GEvo CoGe, используя эту ссылку . Последовательности GEvo сравнивались с использованием алгоритма BlastZ .
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Тан, Хайбао; Бомхофф, Мэтью Д.; Брионес, Эван; Чжан, Ляншэн; Шнабль, Джеймс К.; Лайонс, Эрик (2015). «SynFind: компиляция синтетических регионов любого набора геномов по требованию» . Геномная биология и эволюция . 7 (12): 3286–3298. дои : 10.1093/gbe/evv219 . ISSN 1759-6653 . ПМЦ 4700967 . ПМИД 26560340 .
- ^ Лайонс, Эрик; Педерсен, Брент; Кейн, Джош; Фрилинг, Майкл (2008). «Ценность немодельных геномов и пример использования SynMap в CoGe для анализа гексаплоидии, которая предшествовала розидам» . Биология тропических растений . 1 (3–4): 181–190. дои : 10.1007/s12042-008-9017-y .