Anton Yuryev

Антон Юрьев — российский американский учёный .

Карьера

Антон Юрьев родился в Москве , Россия, в 1966 году. Он сын Дмитрия Фурмана , российского политолога, социолога и религиоведа.

Юрьеву присвоено звание кандидата биологических наук. в Университете Джонса Хопкинса за открытие нового семейства белков, взаимодействующих с С-концевым доменом голофермента РНК-полимеразы II, дрожжей с использованием двухгибридного скрининга . Сходство последовательностей этих белков с факторами сплайсинга предполагает существование физической связи между транскрипцией и посттранскрипционной модификацией информационной РНК . Он продолжил свои исследования в качестве научного сотрудника в Novartis Pharmaceuticals , где продемонстрировал, что ARAF протеинкиназа млекопитающих может импортироваться в митохондрии . После завершения секвенирования генома человека он начал работать в новой развивающейся области биоинформатики. Работая в Orchid Biosciences с 2001 по 2003 год, он разработал несколько алгоритмов для разработки праймеров для ПЦР с использованием статистического моделирования. Антон Юрьев был одним из первых владельцев компании Ariadne Genomics Inc, где он разработал методы обработки естественного языка , вычислительного анализа путей и изучил свойства биологических сетей. . Антон Юрьев отредактировал несколько научных книг и множество исследовательских статей. Ariadne Genomics Inc была приобретена Elsevier в 2011 году. Сейчас он работает директором по консалтингу и профессиональным услугам в Elsevier .

Личная жизнь

Антон Юрьев женат на Александре Беленькой. У него две дочери от первого брака – Алиса Касимова и Кристина Касимова, падчерица – Виктория Томас и сын Клемент Юрьев от второго брака.

Образование

Доктор Антон Юрьев получил степень бакалавра наук. Кандидат физики в Московском физико-техническом институте в 1987 году. Доктор Антон Юрьев получил степень доктора философии. Степень доктора молекулярной биологии и генетики Университета Джонса Хопкинса в 1995 году.

Статьи

Сравнительная геномика двух видов джута и понимание биогенеза волокон Ислам М.С., Сайто Дж.А., Эмдад Э.М., Ахмед Б., Ислам М.М., Халим А., Хоссен К.М., Хоссейн М.З., Ахмед Р., Хоссейн М.С., Кабир С.М., Хан М.С., Хан М.М., Хасан Р., Актар Н., Хони Ю, Ислам Р., Рашид ММ, Ван ММ, Элиас С.М., Хасан А.М., Махмуд Н., Шафиуддин М., Шахид С., Шомму Н.С., Джахан С., Рой С., Чоудхури А., Акханд А.И., Нишо Г.М., Уддин К.С., Рабея Т., Хок С.М., Снигдха А.Р., Мортоза С., Матин С.А., Ислам МК, Лашкар МЗ, Заман М, Юрьев А, Уддин МК, Рахман М.С., Хак М.С., Алам М.М., Хан Х., Алам М. Нат Плантс. 2017 янв 30;3:16223
Глубокое профилирование РНК выявило гены CLOCK и молекулярные часы как патофизиологические признаки миопатии коллагена VI. Скоттон С., Боволента М., Шварц Е., Фальзарано М.С., Мартони Е., Пассарелли С., Армароли А., Осман Х., Родолико С., Мессина С., Пегораро Е., D. Амико А., Бертини Е., Гуаланди Ф., Нери М., Селватичи Р., Боффи П., Майоли М.А., Лохмюллер Х., Штрауб В., Бушби. К, Кастриньяно Т, Песоле Г, Сабателли П, Мерлини Л, Брагетта П, Бональдо П, Бернарди П, Фоли Р, Чирак С, Захариева И, Мунтони Ф, Капитанио Д, Гелфи С, Котельникова Е, Юрьев А, Лебовиц М, Чжан X, Ходж Б.А., Эссер К.А., Ферлини А.Дж. Cell Sci, апрель 2016 г. 15;129(8):1671-84
Профилирование экспрессии генов для таргетного лечения рака Юрьев А. Экспертное мнение Drug Discov. Январь 2015 г.;10(1):91-9
Лицевая боль с локализованными и распространенными проявлениями: отдельные пути уязвимости Слейд Г.Д., Смит С.Б., Зайкин Д.В., Чивилева И.Е., Гибсон Д.Г., Юрьев А., Мазо И., Баир Е., Филлингим Р., Орбах Р., Гринспен Дж., Майкснер В., Дьяченко Л. . Боль. Ноябрь 2013 г.;154(11):2335-43
Проект последовательности генома каучукового дерева Hevea brasiliensis Рахман А.Ю., Ушаррадж А.О., Мисра Б.Б., Тоттатил Г.П., Джаясекаран К., Фенг Ю., Хоу С., Онг С.Ю., Нг ФЛ, Ли Л.С., Тан Х.С., Сакафф М.К., Тех Б.С., Ху Б.Ф. , Бадай С.С., Азиз Н.А., Юрьев А., Кнудсен Б., Дионн-Лапорт А., Мчуну Н.П., Ю К., Лэнгстон Б.Дж., Фрейтас Т.А., Янг А.Г., Чен Р., Ван Л., Наджимудин Н., Сайто Дж.А., Алам М. BMC Genomics. 2013 фев 2;14:75
Контекстная интеграция данных при открытии лекарств . Юрьев А. Экспертное мнение о лекарствах. 2012 август;7(8):659-66.
10.4056/sigs.2445005 Полное секвенирование и анализ генома Saprospira grandis str. Левин, хищная морская бактерия. Со Дж. Х., Юрьев А., Канбе М., Хоу С., Янг А.Г., Айзава С., Алам М. Stand Genomic Sci. 19 марта 2012 г.;6(1):84-93.
Интеграция фрагментированных программных приложений в целостные решения: фокус на открытии лекарств Юрьев А., Экспертное мнение об открытии лекарств, апрель 2011 г., 6(4):383-392(10)
Анализ и построение регуляторных путей островка патогенности в сероварах Salmonella enterica Typhi Ong SY, Ng FL, Badai SS, Юрьев A, Алам M, J Интегр Биоинформ. 2010, 23 сентября;7(1)
Пользовательское профилирование массива CGH вариаций числа копий (CNV) на хромосоме 6p21.32 (локус HLA) у пациентов с венозными пороками развития, связанными с рассеянным склерозом . Джеммати Д., Либони А., Замбони П., BMC Med Genet. 2010 апр 28;11(1):64
Atlas of Signaling for Interpretation of Microarray experiments Kotelnikova E, Ivanikova N, Kalinin A, Yuryev A, Daraselia N, PLoS One 2010, v5(2):e9256
Вычислительные подходы к репозиционированию лекарств и разработке комбинированной терапии Котельникова Е.А., Юрьев А., Дараселия Н. Журнал биоинформатики и вычислительной биологии, журнал Bioinform Comput Biol. Июнь 2010 г.;8(3):593-606
База знаний Ariadne's ChemEffect и Pathway Studio Юрьев А., Котельникова Е., Дараселия Н. Экспертное мнение об открытии лекарств 2009, v4(12) 1307-1318
Анализ путей in silico: последний рубеж на пути к полностью рациональному дизайну лекарств Юрьев А. Экспертное мнение об открытии лекарств 2008; v3(8):867-876(10)
Окисление метана чрезвычайно ацидофильными бактериями типа Verrucomicrobia Данфилд П.Ф., Юрьев А., Сенин П., Смирнова А.В., Стотт М.Б., Хоу С., Ли Б., Соу Дж.Х., Чжоу З., Рен Ю., Ван Дж., Маунтин Б.В., Кроу М.А., Weatherby TM, Боделье П.Л., Лисак В., Фэн Л., Ван Л., Алам М. Природа. 6 декабря 2007 г.; 450 (7171): 879-82. Epub 2007, 14 ноября.
Разработка статистической модели для дизайна праймеров Хуан Дж., Юрьев А. Методы Мол Биол 2007; 402:105-38. Обзор.
Разработка ПЦР-праймеров с использованием статистического моделирования Юрьев А. Методы Мол Биол. 2007 г.; 402:93-104.
Прогнозирование белок-белковых взаимодействий на основе эволюционной консервативности функций белков Котельникова Е., Калинин А., Юрьев А., Маслов С. Эволюционная биоинформатика 2007: 3
Молекулярные сети в микроматричном анализе Сиваченко А.Ю., Юрьев А., Дараселия Н., Мазо И. Дж. Bioinform Comput Biol. Апрель 2007 г.;5(2b):429-56.
Автоматическое извлечение аннотации онтологии гена и ее корреляция с кластерами в белковых сетях Дараселия Н., Юрьев А., Егоров С., Мазо И., Исполатов И. Биоинформатика BMC. 2007, 10 июля;8(1):243
Анализ путей для создания беспорядочных наркотиков и селективных смесей лекарств Сиваченко А, Калинин А, Юрьев А. Curr Drug Discov Technol. 2006 декабрь;3(4):269-77
P Программное обеспечение для анализа путей действия как инструмент выбора мишени препарата, определения приоритетов и проверки механизма действия препарата Сиваченко А.Ю., Юрьев А. Экспертное мнение о терапевтических мишенях, март 2007 г.;11(3):411-21
Нацеливание на транскрипционные факторы в регуляции клеток Юрьев А. Экспертное мнение о терапевтических мишенях, июнь 2006 г.; Том. 10, № 3, 345-349
Нахождение мезоскопических сообществ в разреженных сетях Исполатов И., Мазо И., Юрьев А.Ю. Стат. Механика, 2006 P09014.
Анализ путей в разработке лекарств. Бадретдинов А., Юрьев А., Фармацевтические и биоингредиенты, март 2006 г.
Automatic pathway building in biological association networks Yuryev A, Mulyukov Z, Kotelnikova E, Maslov S, Egorov S, Nikitin A, Daraselia N, Mazo I. BMC Bioinformatics. 2006 Mar 24; 7:171.
Идентификация закономерностей экспрессии локальных генов в биомолекулярных сетях Сиваченко А.Ю., Юрьев А., Дараселия Н., Мазо И. Конференция IEEE по биоинформатике вычислительных систем, 8-11 августа 2005 г.
Клики и рост сети дупликации-дивергенции Исполатов И., Крапивский П.Л., Мазо И., Юрьев А. New J.Phys. 2005 г.; 7:145
Связывающие свойства и эволюция гомодимеров в сетях белок-белковых взаимодействий Исполатов И., Юрьев А., Мазо И., Маслов С. Нуклеиновые кислоты Рез. 27 июня 2005 г.; 33 (11): 3629-35.
Экспериментальная проверка данных, полученных по однонуклеотидным полиморфизмам из нескольких баз данных и последовательных построений dbSNP Эдвардсен Х., Ирен Гренакер Алнаес Г., Цаленко А., Малкахи Т., Юрьев А., Линдерссон М., Лиен С., Омхолт С., Сиванен А.С., Борресен-Дейл А.Л., Кристенсен ВН. Фармакогенет Геномика. Март 2006 г.; 16 (3): 207–217.
Модель дупликации-дивергенции сети взаимодействия белков Исполатов, П.Л. Крапивский, Юрьев А. Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. июнь 2005 г.;71
Извлечение взаимодействий белков человека из MEDLINE с использованием анализатора полных предложений Дараселия Н., Юрьев А., Егоров С., Новичкова С., Никитин А., Мазо И. Биоинформатика. 2004 г., 22 марта; 20(5): 604-11
Простой и практичный подход на основе словаря для идентификации белков в рефератах Medline Егоров С., Юрьев А., Дараселия Н.Т. J Am Med Inform Assoc. 2004, май-июнь;11(3):174-8.
Автоматическая проверка анализа генотипирования расширения флуоресцентного праймера с использованием кластеризации сигналов и нейронных сетей Хуан С-Ю, Студебекер Дж, Юрьев А, Хуанг Дж, Скотт К, Кюблер Дж, Варде С. Альфиси С, Гельфанд Г, Пол М, Бойс-Джасино МТ. БМК Биоинформатика. 2 апреля 2004 г.; 5(1): 36
Разработка праймеров и кластеризация маркеров для реакции генотипирования мультиплексного удлинения праймера с использованием статистического моделирования Юрьев А., Хуанг Дж., Дональдсон М., Пол М., Патч Р., Бойс-Джасино М.Т. Исследования нуклеиновых кислот, 2002, Vol. 30, № 23 е131.
Новые белок-белковые взаимодействия киназы RAF, обнаруженные с помощью исчерпывающего двухгибридного анализа дрожжей Юрьев А. и Венногле Л.П. Геномика, февраль 2003 г.;81(2):112-25.
Прогнозирование успеха анализа генотипирования удлинения праймера с использованием статистического моделирования Юрьев А., Хуанг Дж., Пол М., Патч Р., Уотсон Ф., Белл П., Дональдсон М., Филлипс М.С. и Бойс-Джасино М.Т. Исследования нуклеиновых кислот, 2002, Vol. 30, № 23 е131.
A set of novel tools for PCR primer design Gorelenkov V, Antipov A, Lejnine S, Daraselia N, Yuryev A. Biotechniques. 2001 Dec;31(6):1326-30.
Длинная ПЦР-обнаружение нулевого аллеля C4A в B8-C4AQ0-C4B1-DR3 Грант С.Ф., Кристьянсдоттир Х., Стейнссон К., Блондал Т., Юрьев А., Стефанссон К., Гульчер Дж.Р. J Иммуноловые методы. 20 октября 2000 г.; 244(1-2):41-7.
Изоформ-специфическая локализация A-RAF в митохондриях Юрьев А., Оно М., Гофф С.А., Макалузо Ф., Венногле Л.П. Мол Клеточная Биол. 2000 г., 1 июля; 20 (13): 4870–4878.
Понимание клеточного поглощения фосфопептидов Аллентофф А.Дж., Мандиян С., Лян Х., Юрьев А., Влаттас I, Дуэльфер Т., Сытву II, Венногле Л.П. Клеточная биохимия Биофиз. 1999 год; 31 (2): 129–40.
Семейство RAF: расширяющаяся сеть посттрансляционного контроля и белок-белковых взаимодействий Юрьев А., Венногле Л.П. Cell Res 1998; 2:81-98 (обзор)
Картирование субстратных предпочтений протеинтирозинфосфатазы PTP-1B с использованием подходов комбинаторной химии Pellegrini MC, Liang H, Mandiyan S, Wang K, Yuryev A, Vlattas I, Sytwu T, Li YC, Wennogle LP. Биохимия 1998; 8: 15598–15606.
Молекулярная и клеточная характеристика C-Raf павиана как мишени для антипролиферативного действия антисмысловых олигонуклеотидов Мандиян С., Шумахер С., Чиоффи С., Шариф Х., Юрьев А., Лаппе Р., Мония Б., Хансон С., Гофф С., Венногле Л.П. Разработчик антисмысловых нуккислотных препаратов, 1997 г.; 6:539-548.
С-концевой домен крупнейшей субъединицы РНК-полимеразы II взаимодействует с новым набором белков, богатых серином/аргинином. Юрьев А., Паттураян М., Литтингтунг Ю., Джоши Р.В., Джентиле С., Гебара М., Корден Дж.Л. Proc Natl Acad Sci USA, 1996; 93 (14): 6975–6980.
Анализ подавления выявляет функциональное различие между серинами во втором и пятом положениях консенсусной последовательности С-концевого домена дрожжевой РНК-полимеразы II Юрьев А. и Корден Дж.Л. Генетика 1996; 143 (2): 661–671.
Ген Saccharomyces cerevisiae, кодирующий потенциальную аденинфосфорибозилтрансферазу Юрьев А. и Корден Дж.Л. Дрожжи 1994; 10 (5): 659–662.
Определение структурной основы селективного связывания вируса Эпштейна-Барр с рецептором комплемента человека типа 2 Мартин Д.Р., Юрьев А., Калли КР, Фирон Д.Т., Ахерн Дж.М. J Exp Med 1991; 174 (6): 1299-1311
Синтез биотиновой метки и ее объединение с олигонуклеотидом. Юрьев АД. Московский физико-технический институт, Годовые отчеты, 1988 г. (на русском языке)
Молекулярное клонирование кДНК Na.K-TPase. Юрьев АД, Макаревич ОИ. Московский физико-технический институт, Годовые отчеты, 1988 г. (на русском языке)

Книги

От сетей знаний к биологическим моделям А. Юрьев, Н. Дараселия Bentham Science Publishers, 2011 г.
ПЦР Праймер Дизайн А. Юрьев Humana Press, 19 ноября 2010 г.
Анализ путей открытия лекарств: вычислительная инфраструктура и приложения А. Юрьев John Wiley & Sons, 17 сентября 2008 г.