✖


Jump to content

РНК-полимераза II голофермент

    Add links

    Голофермент РНК-полимеразы II представляет собой форму эукариотической РНК-полимеразы II, которая рекрутируется в промоторы белок -кодирующих генов в живых клетках. [1] [2] Он состоит из РНК-полимеразы II , подмножества общих факторов транскрипции , и регуляторных белков, известных как белки SRB. [ нужны разъяснения ] .

    РНК-полимераза II

    [ редактировать ]
    Основная статья: РНК-полимераза II

    РНК-полимераза II (также называемая РНКП II и Пол II ) представляет собой фермент, обнаруженный в эукариотических клетках. Он катализирует транскрипцию ДНК для синтеза предшественников мРНК и большинства мяРНК и микроРНК . [3] [4] У человека РНКП II состоит из семнадцати белковых молекул (продуктов гена, кодируемых POLR2A-L, где белки, синтезированные из POLR2C , POLR2E и POLR2F , образуют гомодимеры).

    Общие факторы транскрипции

    [ редактировать ]
    Основная статья: Общий фактор транскрипции

    Общие факторы транскрипции (GTF) или базальные факторы транскрипции представляют собой белков факторы транскрипции , которые, как было показано, играют важную роль в транскрипции генов класса II на матрицы мРНК . [5] Многие из них участвуют в образовании преинициаторного комплекса , который вместе с РНК-полимеразой II связывается и считывает одноцепочечную ДНК-матрицу гена. [6] Кластер РНК-полимеразы II и различных факторов транскрипции известен как базальный транскрипционный комплекс (БТК).

    Прединициационный комплекс

    [ редактировать ]
    Основная статья: Комплекс преинициации транскрипции

    Преинициативный комплекс (PIC) — большой комплекс белков , необходимый для транскрипции белок-кодирующих генов у эукариот и архей . PIC помогает расположить РНК-полимеразу II над сайтами начала транскрипции гена , денатурировать ДНК и позиционировать ДНК в активном сайте РНК-полимеразы II для транскрипции. [5]

    Типичный PIC состоит из шести общих факторов транскрипции: TFIIA ( GTF2A1 , GTF2A2 ), TFIIB ( GTF2B ), B-TFIID ( BTAF1 , TBP ), TFIID ( BTAF1 , BTF3 , BTF3L4 , EDF1 , TAF1-15, всего 16). , TFIIE , TFIIF , TFIIH и TFIIJ .

    Построение полимеразного комплекса происходит на гена промоторе . ТАТА -бокс — один из хорошо изученных примеров промоторного элемента, который встречается примерно в 10% генов. Он консервативен у многих (хотя и не у всех) модельных эукариот и обнаруживается во части промоторов этих организмов. Последовательность ТАТА (или ее варианты) расположена примерно на 25 нуклеотидов выше точки начала транскрипции (TSP). Кроме того, существуют некоторые слабоконсервативные функции , включая элемент распознавания TFIIB (BRE), расположенный примерно на 5 нуклеотидов выше (BRE). в ) и на 5 нуклеотидов ниже (BRE д ) коробки ТАТА. [7]

    Сборка ПОС

    [ редактировать ]

    Хотя последовательность этапов сборки PIC может варьироваться, в целом они следуют этапу 1 — связыванию с промотором .

    1. ТАТА -связывающий белок (TBP, субъединица TFIID ), TBPL1 или TBPL2 может связывать промотор или ТАТА-бокс . [8] У большинства генов отсутствует ТАТА-бокс , и вместо этого используется инициирующий элемент (Inr) или нижестоящий основной промотор . Тем не менее, TBP всегда участвует и вынужден связываться без специфичности последовательности. TAF из TFIID также могут быть задействованы при поля TATA отсутствии . TFIID TAF будет специфически связывать последовательность и заставлять TBP специфически связываться с непоследовательностью, перенося оставшиеся части TFIID на промотор.
    2. TFIIA взаимодействует с субъединицей TBP TFIID и способствует связыванию TBP с ДНК промотора, содержащей ТАТА-бокс . Хотя TFIIA сама по себе не распознает ДНК, ее взаимодействие с TBP позволяет ей стабилизировать и облегчить образование PIC.
    3. N -концевой домен TFIIB приводит ДНК в правильное положение для входа в активный центр РНК-полимеразы II . TFIIB частично специфично связывается с последовательностью, отдавая предпочтение BRE. Комплекс TFIID-TFIIA-TFIIB (DAB)-промотор впоследствии рекрутирует РНК-полимеразу II и TFIIF. [8]
    4. TFIIF (две субъединицы, RAP30 и RAP74 , демонстрирующие некоторое сходство с бактериальными сигма-факторами ) и Pol II входят в комплекс вместе. TFIIF помогает ускорить процесс полимеризации.
    5. TFIIE присоединяется к растущему комплексу и нанимает TFIIH . TFIIE может участвовать в плавлении ДНК на промоторе : он содержит мотив цинковой ленты , который может связывать одноцепочечную ДНК. [5] TFIIE помогает открывать и закрывать структуру Pol II , челюстную которая обеспечивает движение вниз по цепи ДНК.
    6. ДНК может обернуться на один полный оборот вокруг преинициативного комплекса , и именно TFIIF помогает сохранить эту плотную обертку. [5] При этом скручивающее напряжение ДНК может способствовать плавлению ДНК на промоторе , образуя транскрипционный пузырь .
    7. ТФИИХ входит в комплекс. TFIIH представляет собой большой белковый комплекс, который содержит, среди прочего, комплекс CDK7 / циклин H-киназа и ДНК-хеликазу. TFIIH выполняет три функции: он специфически связывается с цепью матрицы, обеспечивая транскрипцию правильной цепи ДНК, а также плавит или раскручивает ДНК ( АТФ -зависимая), чтобы разделить две цепи, используя свою геликазную активность. Он обладает киназной активностью, которая фосфорилирует С-концевой домен (CTD) Pol II по аминокислоте серину. Это переключает РНК-полимеразу на производство РНК . [9] Наконец, это важно для эксцизионной репарации нуклеотидов (NER) поврежденной ДНК. TFIIH и TFIIE тесно взаимодействуют друг с другом. TFIIE влияет на каталитическую активность TFIIH. Без TFIIE TFIIH не раскрутит промоутер.
    8. TFIIH помогает создать пузырь транскрипции и может потребоваться для транскрипции, если матрица ДНК еще не денатурирована или не имеет сверхскрученной структуры .
    9. Затем медиатор окутывает все факторы транскрипции и Pol II. Он взаимодействует с энхансерами , очень удаленными областями (выше или ниже), которые помогают регулировать транскрипцию. [10]

    Образование преинициативного комплекса (ПИК) аналогично механизму, наблюдаемому при бактериальной инициации. У бактерий сигма-фактор распознает последовательность промотора и связывается с ней. У эукариот . факторы транскрипции эту роль выполняют [9]

    Медиаторный комплекс

    [ редактировать ]
    Основная статья: Медиатор (коактиватор)

    Медиатор — мультибелковый комплекс, выполняющий функцию коактиватора транскрипции . Медиаторный комплекс необходим для успешной транскрипции почти всех промоторов генов класса II у дрожжей. [11] У млекопитающих это работает таким же образом.

    Медиатор действует как коактиватор и связывается с С-концевым доменом (CTD) РНК-полимеразы II голофермента , действуя как мост между этим ферментом и факторами транскрипции . [12]

    С-концевой домен (CTD)

    [ редактировать ]
    РНК Pol II в действии, демонстрирующая расширение CTD до C-конца POLR2A .

    Карбокси-концевой домен (CTD) РНК-полимеразы II — это та часть полимеразы, которая участвует в инициации транскрипции ДНК , кэпировании транскрипта РНК и прикреплении к сплайсосоме для сплайсинга РНК . [13] CTD обычно состоит из 52 повторов (у человека) последовательности Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser. [14] Домен карбокси-концевого повтора (CTD) необходим для жизни. Клетки, содержащие только RNAPII без повторов или только с одной третью его повторов, нежизнеспособны. [15]

    CTD представляет собой расширение, присоединенное к С-концу RPB1, крупнейшей субъединицы РНК-полимеразы II. Он служит гибким каркасом связывания для многочисленных ядерных факторов, определяемых паттерном фосфорилирования повторов CTD. Каждый повтор содержит эволюционно консервативный и повторяющийся гептапептид Tyr1-Ser2-Pro3-Thr4-Ser5-Pro6-Ser7, который подвергается обратимому фосфорилированию во время каждого цикла транскрипции. [16] Этот домен по своей природе неструктурирован, но эволюционно консервативен и у эукариот включает от 25 до 52 тандемных копий семиконсенсусных повторов. [15] Поскольку CTD часто не требуется для инициации, опосредованной общим транскрипционным фактором (GTF), и синтеза РНК, он не является частью каталитической сущности RNAPII, но выполняет другие функции. [16]

    CTD фосфорилирование

    [ редактировать ]

    RNAPII может существовать в двух формах: RNAPII0 с высокофосфорилированным CTD и RNAPIIA с нефосфорилированным CTD. [16] Фосфорилирование происходит в основном на Ser2 и Ser5 повторов, хотя эти позиции не эквивалентны. Состояние фосфорилирования меняется по мере прохождения RNAPII по циклу транскрипции: инициирующая RNAPII представляет собой форму IIA, а элонгирующий фермент - форму II0. Хотя RNAPII0 действительно состоит из РНКП с гиперфосфорилированными CTD, характер фосфорилирования отдельных CTD может варьироваться из-за дифференциального фосфорилирования остатков Ser2 и Ser5 и/или дифференциального фосфорилирования повторов по длине CTD. [16] PCTD (фосфоCTD RNAPII0) физически связывает процессинг пре-мРНК с транскрипцией путем привязки факторов процессинга к удлинению RNAPII, например, кэпирования 5'-конца, расщепления 3'-конца и полиаденилирования . [16]

    Фосфорилирование Ser5 (Ser5PO 4 ) вблизи 5'-концов генов зависит главным образом от киназной активности TFIIH (Kin28 у дрожжей ; CDK7 у многоклеточных животных ). [16] Транскрипционный фактор TFIIH является киназой и гиперфосфорилирует CTD РНКП, вызывая при этом перемещение комплекса РНКП от места инициации. Под действием киназы TFIIH остатки Ser2 фосфорилируются с помощью CTDK-I у дрожжей ( киназа CDK9 у многоклеточных животных). Ctk1 (CDK9) действует в дополнение к фосфорилированию серина 5 и, таким образом, наблюдается в средней и поздней элонгации.

    CDK8 и циклин C (CCNC) являются компонентами голофермента РНК-полимеразы II , которые фосфорилируют карбокси-концевой домен (CTD). CDK8 регулирует транскрипцию, воздействуя на субъединицы CDK7 / циклин H общего фактора инициации транскрипции IIH ( TFIIH ), тем самым обеспечивая связь между медиатором и базальным механизмом транскрипции. [17]

    Ген CTDP1 кодирует фосфатазу , которая взаимодействует с карбокси-концом фактора инициации транскрипции TFIIF , фактора транскрипции, который регулирует элонгацию , а также инициацию РНК-полимеразой II . [18]

    В фосфорилировании и регуляции RPB1 CTD также участвует циклин T1 ( CCNT1 ). [19] Циклин Т1 тесно связывается и образует комплекс с CDK9 киназой , обе из которых участвуют в фосфорилировании и регуляции.

    АТФ + [ДНК-направленная РНК-полимераза II ] <=> АДФ + [ДНК-направленная РНК-полимераза II] фосфат: катализируется CDK9 EC 2.7.11.23.

    TFIIF и FCP1 сотрудничают в переработке RNAPII. FCP1, фосфатаза CTD, взаимодействует с РНК-полимеразой II. Транскрипция регулируется состоянием фосфорилирования гептапептидного повтора. [20] Нефосфорилированная форма RNAPIIA рекрутируется в инициирующий комплекс, тогда как удлиняющаяся полимераза обнаруживается с помощью RNAPII0. Циклы РНКПII во время транскрипции. Активность CTD-фосфатазы регулируется двумя GTF ( TFIIF и TFIIB ). Большая субъединица TFIIF (RAP74) стимулирует активность фосфатазы CTD, тогда как TFIIB ингибирует стимуляцию, опосредованную TFIIF. Дефосфорилирование CTD изменяет миграцию самой большой субъединицы RNAPII (RPB1).

    5' укупорка

    [ редактировать ]

    С-концевой домен также является местом связывания кэп-синтезирующего и кэп-связывающего комплекса. У эукариот после транскрипции 5'-конца транскрипта РНК кэп-синтезирующий комплекс на CTD удаляет гамма-фосфат из 5'-фосфата и присоединяет GMP, образуя 5',5'-трифосфатную связь. . Синтезирующий комплекс отпадает, и кэп затем связывается с кэп-связывающим комплексом (CBC), который связан с CTD.

    5'-кэп транскриптов эукариотической РНК важен для связывания транскрипта мРНК с рибосомой во время трансляции, с CTD РНКП и предотвращает деградацию РНК.

    Сплайсосома

    [ редактировать ]

    С-концевой домен также является местом связывания факторов сплайсосомы , которые участвуют в сплайсинге РНК . Они позволяют осуществлять сплайсинг и удаление интронов (в виде лариатной структуры) во время транскрипции РНК.

    Мутация в CTD

    [ редактировать ]

    крупные исследования, в которых был достигнут нокаут определенных аминокислот Были проведены при CTD. Результаты показывают, что мутации усечения CTD РНК-полимеразы II влияют на способность индуцировать транскрипцию подмножества генов in vivo , а отсутствие ответа на индукцию картирует вышестоящие активирующие последовательности этих генов.

    Геномный комплекс наблюдения

    [ редактировать ]

    Несколько белков-членов BRCA1 -ассоциированного комплекса наблюдения за геномом (BASC) связываются с РНК-полимеразой II и играют роль в транскрипции. [21]

    Транскрипционный фактор TFIIH участвует в инициации транскрипции и репарации ДНК. MAT1 (от «ménage à trois-1») участвует в сборке комплекса CAK. CAK представляет собой мультисубъединичный белок, который включает CDK7 , циклин H ( CCNH ) и MAT1 . CAK является важным компонентом транскрипционного фактора TFIIH, который участвует в инициации транскрипции и репарации ДНК .

    Путь эксцизионной репарации нуклеотидов (NER) представляет собой механизм восстановления повреждений ДНК. ERCC2 участвует в транскрипционно-связанном NER и является неотъемлемым членом комплекса базального фактора транскрипции BTF2/TFIIH. ERCC3 представляет собой АТФ-зависимую ДНК-геликазу, которая функционирует в NER. Он также является субъединицей базального фактора транскрипции 2 (TFIIH) и, таким образом, участвует в транскрипции класса II. XPG ( ERCC5 ) образует стабильный комплекс с TFIIH , который активен в транскрипции и NER. [22] ERCC6 кодирует ДНК-связывающий белок, который важен для транскрипционно-связанной эксцизионной репарации. ERCC8 взаимодействует с синдрома Коккейна типа B ( CSB белком ), с p44 ( GTF2H2 ), субъединицей фактора транскрипции РНК-полимеразы II IIH, и ERCC6. Он участвует в транскрипционно-связанной эксцизионной репарации.

    Более высокие коэффициенты ошибок транскрипции РНК-полимеразой II наблюдаются в присутствии Mn. 2+ по сравнению с мг 2+ . [23]

    Коактиваторы транскрипции

    [ редактировать ]

    Ген EDF1 кодирует белок, который действует как коактиватор транскрипции путем соединения общего белка, связывающего элемент ТАТА фактора транскрипции ( TBP ), и ген-специфичных активаторов. [24]

    Комплексы TFIID и человеческого медиатор-коактиватора ( THRAP3 ) (медиаторный комплекс плюс белок THRAP3) собираются совместно на промоторной ДНК, из которой они становятся частью голофермента RNAPII.

    Инициация транскрипции

    [ редактировать ]

    Завершенная сборка голофермента с транскрипционными факторами и РНК-полимеразой II, связанной с промотором, образует эукариотический комплекс инициации транскрипции. Транскрипция в домене архей аналогична транскрипции у эукариот . [25]

    Транскрипция начинается с сопоставления NTP с первым и вторым в последовательности ДНК. Это, как и большая часть остальной части транскрипции, является энергозависимым процессом, потребляющим аденозинтрифосфат (АТФ) или другие NTP.

    Разрешение промоутера

    [ редактировать ]

    После синтеза первой связи РНК-полимераза должна очистить промотор. В это время наблюдается тенденция к высвобождению транскрипта РНК и образованию укороченных транскриптов. Это называется абортивной инициацией и характерно как для эукариот, так и для прокариот. [26] Абортивная инициация продолжает происходить до тех пор, пока σ-фактор не перестроится, что приведет к образованию комплекса элонгации транскрипции (который дает след на 35 п.о.). Фактор σ высвобождается до синтеза 80 нуклеотидов мРНК. [27] Как только транскрипт достигает примерно 23 нуклеотидов, он больше не соскальзывает и может произойти элонгация.

    Регулирование инициирования

    [ редактировать ]

    Из-за диапазона генов, которые транскрибирует Pol II, именно эта полимераза подвергается наибольшей регуляции со стороны ряда факторов на каждой стадии транскрипции. Это также один из самых сложных с точки зрения задействованных кофакторов полимеразы.

    Инициация регулируется многими механизмами. Их можно разделить на две основные категории:

    1. Белковое вмешательство.
    2. Регуляция посредством фосфорилирования.

    Регулирование с помощью белкового вмешательства

    [ редактировать ]

    Белковая интерференция — это процесс, при котором некоторый сигнальный белок взаимодействует либо с промотором, либо с некоторой стадией частично построенного комплекса, чтобы предотвратить дальнейшее построение полимеразного комплекса и тем самым предотвратить инициацию. В общем, это очень быстрый ответ, который используется для тонкого контроля отдельных генов и для «каскадных» процессов для группы генов, полезных в определенных условиях (например, генов репарации ДНК или генов теплового шока).

    Ингибирование структуры хроматина — это процесс, при котором промотор скрыт структурой хроматина . Структура хроматина контролируется посттрансляционной модификацией вовлеченных гистонов и приводит к грубым уровням высоких или низких уровней транскрипции. См.: хроматин , гистон и нуклеосома .

    Эти методы контроля можно объединить в модульный метод, обеспечивающий очень высокую специфичность контроля инициации транскрипции.

    Регулирование посредством фосфорилирования

    [ редактировать ]

    Самая большая субъединица Pol II (Rpb1) имеет на С-конце домен, называемый CTD (С-концевой домен). Это мишень киназ и фосфатаз . Фосфорилирование CTD является важным механизмом регуляции, поскольку оно позволяет привлекать и отторгать факторы, участвующие в процессе транскрипции. CTD можно рассматривать как платформу для транскрипционных факторов .

    CTD состоит из повторений аминокислотного мотива YSPTSPS, из которого серины и треонины могут фосфорилироваться . Количество этих повторов варьируется; белок млекопитающих содержит 52, а белок дрожжей - 26. Сайт-направленный мутагенез дрожжевого белка показал, что для жизнеспособности необходимо по меньшей мере 10 повторов. В этих повторах возможно множество различных комбинаций фосфорилирования, которые могут быстро меняться во время транскрипции. Регуляция этого фосфорилирования и последствия ассоциации факторов транскрипции играют важную роль в регуляции транскрипции.

    Во время цикла транскрипции CTD большой субъединицы РНКП II обратимо фосфорилируется. РНКП II, содержащий нефосфорилированный CTD, рекрутируется на промотор, тогда как гиперфосфорилированная форма CTD участвует в активной транскрипции. Фосфорилирование происходит в двух сайтах гептапептидного повтора: серина 5 и серина 2. Фосфорилирование серина 5 ограничено областями промотора и необходимо для инициации транскрипции, тогда как фосфорилирование серина 2 важно для элонгации мРНК и процессинга 3'-конца.

    Удлинение

    [ редактировать ]

    Процесс элонгации представляет собой синтез копии ДНК в информационную РНК. РНК Pol II сопоставляет комплементарные нуклеотиды РНК с матричной ДНК с помощью спаривания оснований Уотсона-Крика . Эти нуклеотиды РНК лигируются, в результате чего образуется цепь информационной РНК .

    В отличие от репликации ДНК, транскрипция мРНК может включать несколько РНК-полимераз на одной матрице ДНК и несколько раундов транскрипции (амплификация определенной мРНК), поэтому из одной копии гена можно быстро получить множество молекул мРНК.

    Удлинение также включает в себя механизм корректуры, который может заменить неправильно включенные основы. У эукариот это может соответствовать коротким паузам во время транскрипции, которые позволяют связываться соответствующим факторам редактирования РНК. Эти паузы могут быть присущи РНК-полимеразе или обусловлены структурой хроматина.

    Регулирование удлинения

    [ редактировать ]

    Промоторы элонгации РНК Pol II можно разделить на три класса:

    1. Зависимый от лекарства/последовательности арест влияет на факторы, например, семейства белков SII (TFIIS) и P-TEFb .
    2. Факторы, ориентированные на структуру хроматина. На основе посттрансляционных модификаций гистонов – фосфорилирования, ацетилирования, метилирования и убиквинирования.
      См.: хроматин , гистон и нуклеосома.
    3. Факторы, улучшающие катализ РНК Pol II. Улучшите Vmax или Km РНК Pol II, улучшив тем самым каталитическое качество фермента полимеразы. Например, семейства TFIIF, Elongin и ELL.
      См.: Кинетика ферментов , кинетика Анри – Михаэлиса – Ментен , константа Михаэлиса и график Лайнуивера – Берка.

    Что касается инициации, белковая интерференция, рассматриваемая как «факторы, влияющие на арест, зависящие от лекарства/последовательности» и «факторы, улучшающие катализ РНК Pol II», обеспечивает очень быстрый ответ и используется для контроля отдельных генов на тонком уровне. Также возможно подавление элонгации, в этом случае обычно путем блокирования прогресса полимеразы или путем дезактивации полимеразы.

    Факторы, ориентированные на структуру хроматина, более сложны, чем факторы контроля инициации. Часто фактор изменения хроматина связывается с полимеразным комплексом, изменяя гистоны по мере их обнаружения и обеспечивая полупостоянную «память» о предыдущей промоции и транскрипции.

    Прекращение действия

    [ редактировать ]
    Смотрите также: Полиаденилирование

    Терминация – это процесс разрушения полимеразного комплекса и завершения цепи РНК. У эукариот, использующих РНК Pol II, это терминирование очень вариабельно (до 2000 оснований), что обусловлено посттранскрипционной модификацией.

    При терминации происходит небольшая регуляция, хотя предполагается, что вновь транскрибируемая РНК удерживается на месте, если правильная терминация ингибируется, что обеспечивает очень быструю экспрессию генов при наличии стимула. Это еще не было продемонстрировано у эукариот .

    Транскрипционная фабрика

    [ редактировать ]
    Основная статья: Фабрики транскрипции

    Активные транскрипционные голоферменты РНК Pol II могут группироваться в ядре в отдельных участках, называемых фабриками транскрипции . имеется около 8000 таких фабрик В нуклеоплазме клетки HeLa , но в эритроидных клетках, как и во многих других типах тканей, на ядро ​​приходится только 100–300 фокусов RNAP II. [28] Число фабрик транскрипции в тканях гораздо более ограничено, чем предполагалось предыдущими оценками на культивируемых клетках. [28] Поскольку активная единица транскрипции обычно связана только с одним голоферментом Pol II, фабрика полимеразы II может содержать в среднем ~8 голоферментов. Колокализация транскрибируемых генов не наблюдалась при использовании культивируемых фибробластоподобных клеток. [29] Дифференцированные или коммитированные типы тканей имеют ограниченное количество доступных сайтов транскрипции. [28] По оценкам, эритроидные клетки экспрессируют по меньшей мере 4000 генов, поэтому многие гены вынуждены искать и совместно использовать одну и ту же фабрику. [28]

    Внутриядерное положение многих генов коррелирует с состоянием их активности. Во время транскрипции in vivo дистальные активные гены динамически организуются в общие ядерные субкомпартменты и колокализуются на одной и той же фабрике транскрипции с высокими частотами. [28] Движение в эти фабрики или из них приводит к активации (On) или снижению (Off) транскрипции, а не к рекрутированию и сборке транскрипционного комплекса. [28] Обычно гены мигрируют на заранее собранные фабрики для транскрипции. [28]

    Экспрессируемый ген предпочтительно расположен за пределами территории своей хромосомы , но тесно связанный неактивный ген расположен внутри. [30]

    Холоферментная стабильность

    [ редактировать ]

    Стабильность голофермента РНК-полимеразы II определяет количество пар оснований, которые могут быть транскрибированы до того, как голофермент потеряет способность к транскрипции. Длина CTD важна для стабильности РНК-полимеразы II. [31] Было показано, что стабильность РНК-полимеразы II регулируется посттрансляционным гидроксилированием пролина. [32] Белок-супрессор опухоли фон Хиппеля-Линдау (pVHL, человеческий GeneID: 7428 [33] ) комплекс связывает гиперфосфорилированную большую субъединицу комплекса РНК-полимеразы II зависимым от гидроксилирования пролина и фосфорилирования CTD способом, направляя ее на убиквитинирование. [32]

    См. также

    [ редактировать ]

    Ссылки

    [ редактировать ]
    1. ^ Колеске, AJ; Янг, Р.А. (1994). «Голофермент РНК-полимеразы II, реагирующий на активаторы». Природа . 368 (6470): 466–469. Бибкод : 1994Natur.368..466K . дои : 10.1038/368466a0 . ПМИД   8133894 . S2CID   4309666 .
    2. ^ Майер В.Е., Янг Р.А. (октябрь 1998 г.). «РНК-полимераза II, голоферменты и субкомплексы» . Ж. Биол. Хим . 273 (43): 27757–60. дои : 10.1074/jbc.273.43.27757 . ПМИД   9774381 .
    3. ^ Корнберг Р. (1999). «Эукариотический контроль транскрипции» . Тенденции в клеточной биологии . 9 (12): М46–М49. дои : 10.1016/S0962-8924(99)01679-7 . ПМИД   10611681 .
    4. ^ Симс, Р.Дж., третий; Мандал, СС; Рейнберг, Д. (июнь 2004 г.). «Недавние события транскрипции, опосредованной РНК-полимеразой II» . Современное мнение в области клеточной биологии . 16 (3): 263–271. дои : 10.1016/j.ceb.2004.04.004 . ISSN   0955-0674 . ПМИД   15145350 . {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
    5. ^ Jump up to: а б с д Ли Т.И., Молодой РА (2000). «Транскрипция генов, кодирующих эукариотические белки». Анну преподобный Жене . 34 : 77–137. дои : 10.1146/annurev.genet.34.1.77 . ПМИД   11092823 .
    6. ^ Орфанидес Г., Лагранж Т., Рейнберг Д. (1996). «Общие факторы транскрипции РНК-полимеразы II» . Генс Дев . 10 (21): 2657–83. дои : 10.1101/gad.10.21.2657 . ПМИД   8946909 .
    7. ^ «Полимераза II» . Архивировано из оригинала 18 октября 2004 г.
    8. ^ Jump up to: а б Оссипов В., Фоньялиаз П., Шиблер У. (февраль 1999 г.). «Комплекс РНК-полимеразы II, содержащий все основные факторы инициации, связывается с доменом активации фактора транскрипции лейциновой молнии PAR, эмбрионального фактора щитовидной железы» . Мол Клеточная Биол . 19 (2): 1242–50. дои : 10.1128/mcb.19.2.1242 . ПМК   116053 . ПМИД   9891058 .
    9. ^ Jump up to: а б Пирс, Бенджамин К. (2007). Генетика: концептуальный подход (3-е изд.). Сан-Франциско: WH Freeman. стр. 360–1. ISBN  978-0-7167-7928-5 .
    10. ^ Ривз В.М., Хан С. (январь 2003 г.). «Независимые от активатора функции дрожжевого медиаторного комплекса Sin4 в формировании преинициативного комплекса и повторной инициации транскрипции» (PDF) . Мол Клеточная Биол . 23 (1): 349–58. дои : 10.1128/MCB.23.1.349-358.2003 . ПМК   140685 . ПМИД   12482986 . Архивировано из оригинала (PDF) 13 июля 2011 г.
    11. ^ Биддик Р., Young ET (2005). «Дрожжевой медиатор и его роль в регуляции транскрипции» . Comptes Rendus Biologies . 328 (9): 773–82. дои : 10.1016/j.crvi.2005.03.004 . ПМИД   16168358 .
    12. ^ Бьёрклунд С., Густафссон К.М. (2005). «Медиаторный комплекс дрожжей и его регуляция». Тенденции биохимии. Наука . 30 (5): 240–4. дои : 10.1016/j.tibs.2005.03.008 . ПМИД   15896741 .
    13. ^ Брики У.Дж., Гринлиф А.Л. (июнь 1995 г.). «Функциональные исследования карбокси-концевого повторяющегося домена РНК-полимеразы II дрозофилы in vivo» . Генетика . 140 (2): 599–613. дои : 10.1093/генетика/140.2.599 . ПМК   1206638 . ПМИД   7498740 .
    14. ^ Мейнхарт А., Крамер П. (июль 2004 г.). «Распознавание карбоксиконцевого домена РНК-полимеразы II факторами процессинга 3'-РНК» (аннотация) . Природа . 430 (6996): 223–6. Бибкод : 2004Natur.430..223M . дои : 10.1038/nature02679 . hdl : 11858/00-001M-0000-0015-8512-8 . ПМИД   15241417 . S2CID   4418258 .
    15. ^ Jump up to: а б Корден Дж.Л. (1990). «Хвосты РНК-полимеразы II». Тенденции биохимии. Наука . 15 (10): 383–7. дои : 10.1016/0968-0004(90)90236-5 . ПМИД   2251729 .
    16. ^ Jump up to: а б с д и ж Фатнани Х.П., Гринлиф А.Л. (ноябрь 2006 г.). «Фосфорилирование и функции РНК-полимеразы II CTD» . Генс Дев . 20 (1): 2922–36. дои : 10.1101/gad.1477006 . ПМИД   17079683 .
    17. ^ «Циклинзависимая киназа 8 CDK8 [Homo sapiens]» .
    18. ^ «CTDP1 CTD (карбокси-концевой домен, РНК-полимераза II, полипептид А) фосфатаза, субъединица 1 [Homo sapiens]» .
    19. ^ «CCNT1 циклин Т1 [Homo sapiens]». {{cite web}}: Отсутствует или пусто |url= ( помощь )
    20. ^ Чо Х, Ким ТК, Мансебо Х, Лейн В.С., Флорес О, Рейнберг Д. (июнь 1999 г.). «Протеиновая фосфатаза осуществляет переработку РНК-полимеразы II» . Генс Дев . 13 (12): 1540–52. дои : 10.1101/gad.13.12.1540 . ПМК   316795 . ПМИД   10385623 .
    21. ^ «Рак молочной железы BRCA1 1, раннее начало [Homo sapiens]» .
    22. ^ Айер Н., Рейган М.С., Ву К.Дж. и др. (1996). «Взаимодействия с участием комплекса транскрипции / эксцизионного восстановления нуклеотидов РНК-полимеразы II человека TFIIH, белка эксцизионной репарации нуклеотидов XPG и белка группы B (CSB) синдрома Коккейна». Биохимия . 35 (7): 2157–67. дои : 10.1021/bi9524124 . ПМИД   8652557 . S2CID   21846012 .
    23. ^ Шомбург Д., Шомбург И., Чанг А., ред. (2007). «ДНК-направленная РНК-полимераза». ДНК-направленная РНК-полимераза в: Springer Handbook of Enzymes . Том. 38. Берлин: Шпрингер. стр. 103–17. дои : 10.1007/978-3-540-71526-9_11 . ISBN  978-3-540-71525-2 .
    24. ^ «Фактор 1, связанный с эндотелиальной дифференцировкой EDF1 [Homo sapiens]» .
    25. ^ Ухаммуш М., Дьюхерст Р.Э., Хауснер В., Томм М., Гейдушек Э.П. (2003). «Активация архейной транскрипции путем привлечения ТАТА-связывающего белка» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 100 (9): 5097–102. Бибкод : 2003PNAS..100.5097O . дои : 10.1073/pnas.0837150100 . ПМК   154304 . ПМИД   12692306 .
    26. ^ Гольдман, С.; Эбрайт, Р .; Никельс, Б. (май 2009 г.). «Прямое обнаружение абортивных транскриптов РНК in vivo» . Наука . 324 (5929): 927–928. Бибкод : 2009Sci...324..927G . дои : 10.1126/science.1169237 . ПМЦ   2718712 . ПМИД   19443781 .
    27. ^ Двир, А. (сентябрь 2002 г.). «Ускользание промотора с помощью РНК-полимеразы II». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) – Структура и экспрессия генов . 1577 (2): 208–223. дои : 10.1016/s0167-4781(02)00453-0 . ISSN   0006-3002 . ПМИД   12213653 .
    28. ^ Jump up to: а б с д и ж г Осборн К.С., Чакалова Л., Браун К.Е., Картер Д., Хортон А., Дебранд Е., Гойенечеа Б., Митчелл Дж.А., Лопес С., Рейк В., Фрейзер П. (октябрь 2001 г.). «Активные гены динамически колокализуются на общих участках продолжающейся транскрипции» . Природная генетика . 36 (10): 1065–71. дои : 10.1038/ng1423 . ПМИД   15361872 .
    29. ^ Шопленд Л.С., Джонсон К.В., Байрон М., МакНил Дж., Лоуренс Дж.Б. (2003). «Кластеризация множества специфических генов и богатых генами R-полос вокруг доменов SC-35: свидетельства существования локальных эухроматических соседств» . Дж. Клеточная Биол . 162 (6): 981–90. дои : 10.1083/jcb.200303131 . ПМК   2172856 . ПМИД   12975345 .
    30. ^ Шамбейрон С., Бикмор, Вашингтон (2004). «Деконденсация хроматина и ядерная реорганизация локуса HoxB при индукции транскрипции» . Генс Дев . 18 (10): 1119–30. дои : 10.1101/gad.292104 . ПМК   415637 . ПМИД   15155579 .
    31. ^ Кишор С.П., Перкинс С.Л., Темплтон Т.Дж., Дейч К.В. (июнь 2009 г.). «Необычное недавнее расширение C-концевого домена РНК-полимеразы II у малярийных паразитов приматов имеет мотив, который в противном случае встречается только у полимераз млекопитающих» . Джей Мол Эвол . 68 (6): 706–14. Бибкод : 2009JMolE..68..706K . дои : 10.1007/s00239-009-9245-2 . ПМК   3622039 . ПМИД   19449052 .
    32. ^ Jump up to: а б Кузнецова А.В., Меллер Дж., Шнелл П.О., Нэш Дж.А., Игначак М.Л., Санчес Ю., Конэвей Дж.В., Конэвей Р.К., Чижик-Кржеска М.Ф. (март 2003 г.). «Белок фон Хиппель-Линдау связывает гиперфосфорилированную большую субъединицу РНК-полимеразы II посредством мотива гидроксилирования пролина и нацеливает ее на убиквитинирование» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 100 (5): 2706–11. Бибкод : 2003PNAS..100.2706K . дои : 10.1073/pnas.0436037100 . ПМК   151405 . ПМИД   12604794 .
    33. ^ «Супрессор опухоли VHL фон Хиппель-Линдау [Homo sapiens]» .
    [ редактировать ]
    Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=RNA_polymerase_II_holoenzyme&oldid=1217574805"
    Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
    Arc.Ask3.Ru
    Номер скриншота №: e95b1718e1bb70372a21c753d3792e33__1712412300
    URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/e9/33/e95b1718e1bb70372a21c753d3792e33.html
    Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
    RNA polymerase II holoenzyme - Wikipedia
    Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)