Сюжет с двойным фонариком
В статистике график с двумя фонариками представляет собой тип диаграммы рассеяния, в которой стандартизированное среднее значение переменной контраста ( SMCV ) отображается в зависимости от среднего значения переменной контрастности, представляющей сравнение представляющих интерес. . [1] Обычно используемый график с двумя вспышками предназначен для определения разницы между двумя группами в экспериментах с высокой пропускной способностью, таких как микроматрицы и высокопроизводительные скрининговые исследования, в которых мы отображаем SSMD в зависимости от среднего логарифмического изменения кратности по осям y и x . соответственно, для всех генов или соединений (таких как миРНК или малые молекулы ), исследованных в эксперименте. [1] В целом точки на графике с двумя фонариками выглядят как лучи фонаря с двумя головками, отсюда и название графика с двумя фонариками. [1]
С помощью графика с двойным фонариком мы можем увидеть, как гены или соединения распределяются по каждой категории по величине эффекта, как показано на рисунке. Между тем, мы также можем видеть среднее кратное изменение для каждого гена или соединения. Сюжет с двойным фонариком аналогичен сюжету вулкана . На графике вулкана значение p (или значение q) [ нужны разъяснения ] ), вместо SMCV или SSMD, отображается в зависимости от среднего кратного изменения. [2] . [3] Преимущество использования SMCV перед значением p (или значением q) заключается в том, что, если существуют какие-либо ненулевые истинные эффекты для гена или соединения, расчетное значение SMCV переходит к его популяционному значению, тогда как значение p (или q-значение) значение) для тестирования отсутствия средней разницы (или нулевого контрастного среднего значения) обращается в ноль при увеличении размера выборки . [4] Следовательно, значение SMCV сопоставимо, тогда как значение p-значения или q-значения несопоставимо в экспериментах с разным размером выборки, особенно когда многие исследованные гены или соединения не имеют точно нулевых эффектов. График с двумя фонариками имеет то же преимущество, что и SMCV, по сравнению с графиком вулкана .
См. также
[ редактировать ]Дальнейшее чтение
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с Чжан XHD (2010). «Оценка размера эффектов гена или РНКи в многофакторных экспериментах с высокой производительностью». Фармакогеномика . 11 (2): 199–213. дои : 10.2217/PGS.09.136 . ПМИД 20136359 .
- ^ Джин В., Райли Р.М., Вулфингер Р.Д., Уайт К.П., Пассадор-Гургель Дж., Гибсон Дж. (2001). «Вклад пола, генотипа и возраста в изменчивость транскрипции у Drosophila melanogaster». Природная генетика . 29 (4): 389–95. дои : 10.1038/ng766 . ПМИД 11726925 . S2CID 16841881 .
- ^ Кюи X, Черчилль, Джорджия (2003). «Статистические тесты дифференциальной экспрессии в экспериментах с микрочипами кДНК» . Геномная биология . 4 (4): 210. doi : 10.1186/gb-2003-4-4-210 . ПМК 154570 . ПМИД 12702200 .
- ^ Чжан XHD (2010). «Строго стандартизированная разница средних значений, стандартизированная разница средних значений и классический t-критерий для сравнения двух групп». Статистика биофармацевтических исследований . 2 (2): 292–99. дои : 10.1198/sbr.2009.0074 . S2CID 119825625 .