Кристофер Фойгт
Кристофер А. Фойгт | |
---|---|
Рожденный | |
Национальность | ВША |
Гражданство | ВША |
Альма-матер | Мичиганский университет Калифорнийский технологический институт Калифорнийский университет - Беркли |
Научная карьера | |
Поля | Синтетическая биология , Биотехнология , Генная инженерия , Биологическая инженерия |
Учреждения | Массачусетский технологический институт , UCSF |
Докторантура | Чжэнь-Ганг Ван, Фрэнсис Арнольд , Стивен Мэйо , Адам П. Аркин (постдокторант) |
Кристофер Фойгт — американский синтетический биолог, молекулярный биофизик и инженер. [1] [2]
Карьера
[ редактировать ]Фойгт — профессор передовой биотехнологии Дэниела И. К. Ванга на факультете биологической инженерии Массачусетского технологического института (MIT). Он работает в развивающейся области синтетической биологии . Он является содиректором Центра синтетической биологии. [3] в Массачусетском технологическом институте и соучредителем MIT-Broad Foundry. [4] [5]
Его исследовательские интересы сосредоточены на программировании клеток для выполнения скоординированных и сложных задач для применения в медицине, сельском хозяйстве и промышленности. Его работы включают:
- Проектирование генетических цепей в клетках бактерий, дрожжей и млекопитающих. [6] [7] [8] [9] [10] [11] [12] Закодированные в ДНК, эти схемы реализуют вычислительные операции внутри клеток.
- Программное обеспечение для программирования живых клеток (Cello), основанное на принципах автоматизации электронного проектирования и основанное на Verilog . [13] [14]
- Генетически закодированные датчики, позволяющие клеткам реагировать на химические вещества, сигналы окружающей среды и цветной свет. [15] [16] [17] [18]
- Вычислительные инструменты для создания прецизионных генетических частей, основанные на биофизике, биоинформатике и машинном обучении. [19] [20]
- Лечебные бактерии для навигации по человеческому организму, выявления и коррекции болезненных состояний. [21] [22]
- Модернизация кластера генов фиксации азота для облегчения его передачи между организмами и управления с помощью синтетических датчиков и схем. [23] [24]
- Фармацевтические открытия на основе больших баз данных последовательностей ДНК, включая микробиом кишечника человека, посредством высокопроизводительного перекодирования путей и синтеза ДНК. [25] [26]
- Использование клеток для производства материалов, включая паутину, нейлон-6 и наноматериалы ДНК. [27] [28] [29]
Кроме того, он является:
- Член-основатель Центра инженерных исследований синтетической биологии (SynBERC), финансируемого Национальным научным фондом, [30] переименован в Научно-исследовательский центр инженерной биологии (EBRC). [31]
- Главный редактор журнала ACS Synthetic Biology. [32]
- Сооснователь компании Азимов [33] (клеточное программирование) и Pivot Biotechnologies [34] (сельское хозяйство).
- Соучредитель серии конференций «Синтетическая биология: инженерная эволюция и дизайн» (SEED). [35]
- Председатель совета директоров голландской химической компании DSM .
Его бывшие ученики основали компанию Asimov. [36] (синтетическая биология млекопитающих), ДНК De Novo [37] (расчетный дизайн), Болтовая резьба [38] (текстиль на основе паутины), Pivot Bio [39] (сельское хозяйство) и промышленные микробы [40] (организмы, потребляющие метан).
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Официальный сайт группы
- Профиль редактора ACS
- Доклад SB7.0: фундаментальные инструменты и инженерия
- Синтетическая биология: программирование живых бактерий
- Расшифровка синтетической биологии
- Инженерная биология
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Броган, Джейкоб (3 апреля 2017 г.). «Ваша шпаргалка по синтетической биологии» - через Slate.
- ^ Квок, Роберта (20 января 2010 г.). «Пять суровых истин синтетической биологии» . Природа . 463 (7279): 288–290. дои : 10.1038/463288a . ПМИД 20090726 .
- ^ «Центр синтетической биологии MIT» .
- ^ «МИТ-Брод Литейный завод» .
- ^ «DARPA выделило лаборатории Массачусетского технологического института 32 миллиона долларов на программирование живых клеток» . Популярная наука . 2015 . Проверено 30 сентября 2015 г.
- ^ Тамсир А., Табор Дж. Дж., Фойгт Калифорния (2011). «Надежные многоклеточные вычисления с использованием генетически закодированных вентилей NOR и химических «проводов» » . Природа . 469 (7329): 212–5. Бибкод : 2011Natur.469..212T . дои : 10.1038/nature09565 . ПМК 3904220 . ПМИД 21150903 .
- ^ Лу С., Стэнтон Б.К., Чен Ю.Дж., Мански Б., Фойгт К.А. (2012). «Части изолятора на основе рибозимов буферизуют синтетические цепи от генетического контекста» . Природная биотехнология . 30 (11): 1137–42. дои : 10.1038/nbt.2401 . ПМЦ 3914141 . ПМИД 23034349 .
- ^ Брофи Дж. А., Фойгт Калифорния (2014). «Принципы генетического проектирования схем» . Природные методы . 11 (5): 508–20. дои : 10.1038/nmeth.2926 . ПМК 4230274 . ПМИД 24781324 .
- ^ Ян Л., Нильсен А.А., Фернандес-Родригес Дж., МакКлюн С.Дж., Лауб М.Т., Фойгт К.А. (2014). «Постоянная генетическая память емкостью > 1 байта» . Природные методы . 11 (12): 1261–6. дои : 10.1038/nmeth.3147 . ПМЦ 4245323 . ПМИД 25344638 .
- ^ Мун Т.С., Лу С., Тамсир А., Стэнтон BC, Фойгт Калифорния (2012). «Генетические программы, построенные из многоуровневых логических элементов в отдельных клетках» . Природа . 491 (7423): 249–53. Бибкод : 2012Natur.491..249M . дои : 10.1038/nature11516 . ПМЦ 3904217 . ПМИД 23041931 .
- ^ Андерсон Дж.К., Фойгт К.А., Аркин А.П. (2007). «Интеграция сигналов окружающей среды с помощью модульного вентиля И» . Мол. Сист. Биол . 3 (1): 133. дои : 10.1038/msb4100173 . ЧВК 1964800 . ПМИД 17700541 .
- ^ «Язык программирования для живых клеток» . Физика.орг . Проверено 31 марта 2016 г.
- ^ «Программное обеспечение для виолончели» .
- ^ Нильсен А.А., Дер Б.С., Шин Дж., Вайдьянатан П., Параланов В., Стрыхальский Е.А., Росс Д., Денсмор Д., Фойгт К.А. (2016). «Автоматизация проектирования генетических схем» . Наука . 352 (6281): аас7341. дои : 10.1126/science.aac7341 . ПМИД 27034378 .
- ^ Фернандес-Родригес Дж., Мозер Ф., Сонг М., Фойгт Калифорния (2017). «Инженерия цветового зрения RGB в Escherichia coli». Химическая биология природы . 13 (7): 706–8. дои : 10.1038/nchembio.2390 . ПМИД 28530708 .
- ^ Левская А., Вайнер О.Д., Лим В.А., Фойгт К.А. (2009). «Пространственно-временной контроль клеточной передачи сигналов с использованием светопереключаемого взаимодействия белков» . Природа . 461 (7266): 997–1001. Бибкод : 2009Natur.461..997L . дои : 10.1038/nature08446 . ПМЦ 2989900 . ПМИД 19749742 .
- ^ Левская А., Шевалье А.А., Табор Дж.Дж., Симпсон З.Б., Лавери Л.А., Леви М., Дэвидсон Э.А., Скурас А., Эллингтон А.Д., Маркотт Э.М., Фойгт К.А. (2005). «Синтетическая биология: инженерия Escherichia coli, чтобы увидеть свет». Природа . 438 (7067): 441–2. Бибкод : 2005Natur.438..441L . дои : 10.1038/nature04405 . ПМИД 16306980 . S2CID 4428475 .
- ^ Стэнтон BC, Нильсен А.А., Тамсир А., Клэнси К., Петерсон Т., Фойгт К.А. (2014). «Геномный анализ прокариотических репрессоров для ортогональных логических элементов» . Nat Chem Biol . 10 (2): 99–105. дои : 10.1038/nchembio.1411 . ПМК 4165527 . ПМИД 24316737 .
- ^ Чен Ю.Дж., Лю П., Нильсен А.А., Брофи Дж.А., Клэнси К., Петерсон Т., Фойгт К.А. (2013). «Характеристика 582 природных и синтетических терминаторов и количественная оценка их конструктивных ограничений». Природа . 10 (7): 659–64. дои : 10.1038/nmeth.2515 . ПМИД 23727987 . S2CID 205421681 .
- ^ Салис Х., Мирский Э., Фойгт К.А. (2009). «Автоматизированный дизайн сайтов связывания синтетических рибосом для точного контроля экспрессии белка» . Природная биотехнология . 27 (10): 946–50. дои : 10.1038/nbt.1568 . ПМЦ 2782888 . ПМИД 19801975 .
- ^ Андерсон Дж.К., Кларк Э.Дж., Аркин А.П., Фойгт Калифорния (2006). «Контролируемое окружающей средой вторжение в раковые клетки искусственно созданных бактерий». Журнал молекулярной биологии . 355 (4): 619–27. CiteSeerX 10.1.1.161.6839 . дои : 10.1016/j.jmb.2005.10.076 . ПМИД 16330045 .
- ^ Мими М., Такер А., Фойгт К.А., Лу Т.К. (2015). «Программирование человеческой комменсальной бактерии Bacteroides thetaiotaomicron для восприятия и реагирования на стимулы в микробиоте кишечника мыши» . Клеточные системы . 1 (1): 62–71. дои : 10.1016/j.cels.2015.06.001 . ПМК 4762051 . ПМИД 26918244 .
- ^ Темме К., Чжао Д., Фойгт Калифорния (2012). «Рефакторинг кластера генов азотфиксации Klebsiella oxytoca» . Учеб. Натл. акад. Наука . 109 (18): 7085–7090. Бибкод : 2012PNAS..109.7085T . дои : 10.1073/pnas.1120788109 . ПМК 3345007 . ПМИД 22509035 .
- ^ Смански М.Дж., Бхатия С., Чжао Д., Парк Ю., Вудрафф Л.Б., Яннукос Г., Чулла Д., Басби М., Кальдерон Дж., Никол Р., Гордон Д.Б., Денсмор Д., Фойгт Калифорния (2014). «Функциональная оптимизация кластеров генов путем комбинаторного проектирования и сборки». Природная биотехнология . 32 (12): 1241–9. дои : 10.1038/nbt.3063 . ПМИД 25419741 . S2CID 6527069 .
- ^ Смански М.Дж., Чжоу Х., Клаесен Дж., Шен Б., Фишбах М.А., Фойгт К.А. (2016). «Синтетическая биология для доступа и расширения химического разнообразия природы» . Nat Rev Микробиол . 14 (3): 135–149. дои : 10.1038/nrmicro.2015.24 . ПМК 5048682 . ПМИД 26876034 .
- ^ Темме К., Чжао Д., Фойгт Калифорния (2012). «Рефакторинг кластера генов азотфиксации Klebsiella oxytoca» . Учеб. Натл. акад. Наука . 109 (18): 7085–7090. Бибкод : 2012PNAS..109.7085T . дои : 10.1073/pnas.1120788109 . ПМК 3345007 . ПМИД 22509035 .
- ^ Видмайер Д.М., Туллман-Эрчек Д., Мирский Э.А., Хилл Р., Говиндараджан С., Миншалл Дж., Фойгт К.А. (2009). «Разработка системы секреции сальмонеллы типа III для экспорта мономеров паучьего шелка» . Мол сист биол . 5 (309): 309. doi : 10.1038/msb.2009.62 . ПМЦ 2758716 . ПМИД 19756048 .
- ^ Чжоу Х., Вонк Б., Рубос Х.А., Бовенберг Р.А., Фойгт К.А. (2015). «Алгоритмическая совместная оптимизация генетических конструкций и условий роста: применение к 6-ACA, потенциальному предшественнику нейлона-6» . Нуклеиновые кислоты Рез . 43 (21): 10560–70. дои : 10.1093/nar/gkv1071 . ПМЦ 4666358 . ПМИД 26519464 .
- ^ Эльбаз Дж., Инь П., Фойгт Калифорния (2016). «Генетическое кодирование наноструктур ДНК и их самосборка у живых бактерий» . Природные коммуникации . 7 : 11179. Бибкод : 2016NatCo...711179E . дои : 10.1038/ncomms11179 . ПМЦ 4838831 . ПМИД 27091073 .
- ^ «Синберц» .
- ^ «Эбрц» .
- ^ «АКС Синтетическая биология» . Публикации АКС.
- ^ «Азимов» . asimov.io .
- ^ «ПивотБио» .
- ^ «Синтетическая биология: инженерная эволюция и дизайн (SEED)» . 28 августа 2017 г.
- ^ «Азимов — Разумный замысел» .
- ^ «ДНК Де Ново» .
- ^ «Болтовые нити» .
- ^ «Пивот Био» .
- ^ «Промышленные микробы» .