Филоскан
| Разработчик(и) | Центр Уодсворта, Департамент здравоохранения штата Нью-Йорк |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 14 марта 2005 г. |
| Стабильная версия | 2.2
/ 28 января 2010 г. |
| Платформа | веб-сервис |
| Доступно в | Английский |
| Тип | биоинформатики Инструмент |
| Веб-сайт | http://ccmbweb.ccv.brown.edu/cgi-bin/phyloscanV2.pl |
Филоскан [1] [2] — это веб-сервис для анализа последовательностей ДНК , бесплатный и открытый для всех пользователей (без необходимости входа в систему). Для поиска совпадений с заданным пользователем мотивом последовательности регуляторного сайта связывания Phyloscan обеспечивает статистически чувствительное сканирование предоставленных пользователем смешанных данных о выровненных и невыровненных последовательностях ДНК. Сильная сторона Филоскана в том, что он объединяет
- метод Стадена [3] для вычисления статистической значимости ,
- функция сканирования «филогенетической модели мотива» программного обеспечения MONKEY [4] который моделирует эволюционные отношения между выровненными последовательностями,
- использование метода Бейли и Грибскова [5] для объединения статистики по данным несовмещенных последовательностей и
- метод Нойвальда и Грина [6] для объединения статистики по нескольким сайтам связывания, обнаруженным в одной области промотора гена.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Палумбо, MJ; Ньюберг, Луизиана (1 июля 2010 г.). «Филоскан: поиск сайтов связывания, регулирующих транскрипцию, в данных смешанных выровненных и невыровненных последовательностей» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W268–W274. дои : 10.1093/нар/gkq330 . ПМК 2896078 . ПМИД 20435683 .
- ^ Кармак, CS; МакКью, Луизиана; Ньюберг, Луизиана; Лоуренс, CE (23 января 2007 г.). «PhyloScan: идентификация сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием межвидовых данных» . Алгоритмы молекулярной биологии . 2 (1): статья 1. doi : 10.1186/1748-7188-2-1 . ПМЦ 1794230 . ПМИД 17244358 .
- ^ Стаден, Р. (апрель 1989 г.). «Методы расчета вероятностей обнаружения закономерностей в последовательностях». Компьютерные приложения в биологических науках . 5 (2): 89–96. дои : 10.1093/биоинформатика/5.2.89 . ПМИД 2720468 .
- ^ Моисей, AM; Чан, Д.Ю.; Поллард, Д.А.; Айер, В.Н.; Эйзен, МБ (30 ноября 2004 г.). «ОБЕЗЬЯНА: идентификация консервативных сайтов связывания транскрипционных факторов во многих выравниваниях с использованием эволюционной модели, специфичной для сайта связывания» . Геномная биология . 5 (12): 98 рэндов. дои : 10.1186/gb-2004-5-12-r98 . ПМК 545801 . ПМИД 15575972 .
- ^ Бейли, ТЛ; Грибсков М. (лето 1998 г.). «Методы и статистика объединения результатов совпадения мотивов». Журнал вычислительной биологии . 5 (2): 211–221. дои : 10.1089/cmb.1998.5.211 . ПМИД 9672829 .
- ^ Нойвальд, AF; Грин, П. (24 июня 1994 г.). «Обнаружение закономерностей в белковых последовательностях». Журнал молекулярной биологии . 239 (5): 698–712. дои : 10.1006/jmbi.1994.1407 . ПМИД 8014990 .