Caenorhabditis briggsae
| Caenorhabditis briggsae | |
|---|---|
Научная классификация 
| |
| Домен: | Эукариоты |
| Королевство: | животное |
| Тип: | Нематоды |
| Сорт: | Хромадория |
| Заказ: | Рабдитида |
| Семья: | Рабдитиды |
| Род: | Ценорхабдитис |
| Разновидность: | C. briggsae
|
| Биномиальное имя | |
| Caenorhabditis briggsae (Догерти и Нигон, 1949)
| |
| Синонимы | |
Caenorhabditis briggsae — небольшая нематода, близкородственная Caenorhabditis elegans . Различия между этими двумя видами невелики. Хвост самца C. briggsae имеет несколько иную морфологию, чем у C. elegans . Другие различия включают изменения в компетентности предшественников вульвы и расположении отверстия выводного протока. [1] C. briggsae часто используется для изучения различий между ним и более изученным C. elegans , особенно на уровне последовательностей ДНК и белков. Также было выделено несколько мутантных штаммов C. briggsae , которые облегчают генетический анализ этого организма. [2] C. briggsae , как и C. elegans , является гермафродитом . [3] Последовательность генома была C. briggsae определена в 2003 году. [4]
История
[ редактировать ]C. briggsae была первоначально обнаружена Маргарет Бриггс в 1944 году. Первые особи были выделены из кучи листьев, найденных в кампусе Пало-Альто Стэнфордского университета . Бриггс, которая изучала рассеянный склероз, идентифицировала нематод как неизвестный вид рода Rhabditis . [5] Они были официально описаны в 1949 году Догерти и Нигоном и названы Rhabditis briggsae . И C. briggsae , и C. elegans (тогда известные как Rhabditis elegans ) были помещены в новый подрод Caenorhabditis в 1952 году. Позже в 1955 году подрод был повышен до рода. Первоначальная работа Бриггса с этим организмом рассматривала его жизненный цикл в различных видах. сред в присутствии и в отсутствие бактерий. Позже она использовала этот организм в исследованиях воздействия антибиотиков. Эта работа сыграла важную роль в разработке методов аксенической культуры. [6]
среда обитания
[ редактировать ]C. briggsae часто можно найти в компосте, на грядках, влажных грибах или гниющих фруктах, богатых микроорганизмами и различными питательными веществами. Основным местом обитания организма часто считают умеренные регионы земного шара, часто сопровождая своих родственников C. elegans и C. remanei . [7]
Обзор генома
[ редактировать ]Геном C. briggsae имеет размер примерно 100 МБ и, по прогнозам, кодирует около 20 000 генов. [8] Весь проект секвенирования генома [9] выявили, что геномы C. briggsae и C. elegans имеют много общего. Например, оба червя имеют одинаковое количество хромосом (шесть), одинаковый размер генома и одинаковое количество генов, кодирующих и не кодирующих белок. Дальнейший анализ показал, что около 62% генов, кодирующих белок, у C. briggsae имеют ортологи у C. elegans . Тем не менее, существует множество интересных видоспецифичных особенностей, в том числе генов, которые служат основой для сравнительного анализа. [10]
Сравнительная геномика
[ редактировать ]В филогенетических исследованиях этот вид группируется с C. nigoni в супергруппе Elegans.
- с C. elegans
C. briggsae — почвенная нематода, которая, по оценкам, отделилась от C. elegans около 80–100 миллионов лет назад, но морфологически почти неотличима от нее. Области белков, кодирующих последовательности, в основном консервативны между двумя видами, в то время как большинство межгенных и интронных последовательностей расходятся. Области сходства между последовательностями двух организмов могут указывать на кодирующие экзоны или указывать на регуляторные области и гены РНК, пропущенные в стандартном анализе. [11]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Гупта, БП; Штернберг, PW (2003). «Проект последовательности генома нематоды Caenorhabditis briggsae , компаньона C. elegans » . Геномная биология . 4 (12): 238. doi : 10.1186/gb-2003-4-12-238 . ПМК 329410 . ПМИД 14659008 .
- ^ нематоды C. briggsae Исследовательский ресурс
- ^ Хааг, Эрик С. (2005). «Эволюция определения пола нематод: C. elegans как ориентир для сравнительной биологии» . WormBook: Интернет-обзор биологии C. Elegans : 1–14. дои : 10.1895/wormbook.1.120.1 . ПМЦ 4781019 . ПМИД 18050417 .
- ^ Штейн, Л.Д.; Блазиар, Дарин; и др. (2003). «Последовательность генома Caenorhabditis briggsae : платформа для сравнительной геномики» . ПЛОС Биология . 1 (2): 166–192. doi : 10.1371/journal.pbio.0000045 . ПМК 261899 . ПМИД 14624247 .
- ↑ Эллсворт К. Догерти. Архивировано 26 мая 2008 г. в Wayback Machine.
- ^ Феррис, Ховард; Хиб, ВФ (2015). «Элсворт К. Догерти: пионер в выборе Caenorhabditis elegans в качестве модельного организма» . Генетика . 200 (4): 991–1002. дои : 10.1534/genetics.115.178913 . ПМЦ 4574257 . ПМИД 26272995 .
- ^ Уотсон Л.Д.; и др. (2007). « Caenorhabditis briggsae » . Вашингтонский университет в Сент-Луисе . Архивировано из оригинала 1 июня 2010 г. Проверено 9 марта 2010 г.
- ^ «WormBase: информационный ресурс о нематодах» . Архивировано из оригинала 20 апреля 2017 г. Проверено 1 июня 2017 г.
- ^ Штейн и др., 2003.
- ^ Геномика и биология нематоды Caenorhabditis briggsae.
- ^ C. briggsae Проект
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Просмотрите сборку генома cb3 в браузере генома UCSC .