Ценорхабдитис нигони

Ценорхабдитис нигони
Научная классификация
Домен:	Эукариоты
Королевство:	животное
Тип:	Нематоды
Сорт:	Хромадория
Заказ:	Рабдитида
Семья:	Рабдитиды
Род:	Ценорхабдитис
Разновидность:	К. нигони
Биномиальное имя
	Ценорхабдитис нигони ; Феликс, Брэндл и Каттер, 2014 г.
Штаммы
	Ю1325 ; Ю1422 ; КК-2011 ; МАФ-2010 ;
Синонимы
	Caenorhabditis sp. 9

Caenorhabditis nigoni — вид мужского и женского пола из группы Elegans рода Caenorhabditis , впервые идентифицированный и описанный как « Caenorhabditis виды 9» или « C. sp. 9». ^{[ 1 ]} прежде чем быть переименованным в « C. nigoni ». ^{[ 2 ]} Видовой эпитет является данью уважения Виктору Нигону , который впервые изучал Caenorhabditis elegans в лаборатории вместе с Эллсвортом Догерти в 1940-х годах (Nigon, 1949). ^{[ 3 ]} Изоляты происходят из Демократической Республики Конго и Кералы , Индия.

C. briggsae Исследование гибридов

C. nigoni примечателен тем, что он очень близок к гермафродитному виду C. briggsae . Несмотря на существенные различия между C. nigoni и C. briggsae в способах полового размножения (50:50% самка:самец против 99:1% гермафродит:самец соответственно), размеры их генома (129 МБ против 108 МБ соответственно) ^{[ 4 ]} и количество генов, кодирующих белок (29 167 против 22 313 соответственно), ^{[ 5 ]} эти два вида могут скрещиваться, производя не только жизнеспособное гибридное потомство мужского и женского пола, но и частично плодовитое гибридное потомство женского пола. ^{[ 6 ]}

Тем не менее гибриды этих двух видов подчиняются закону Холдейна: гетерогаметное потомство (самцы) гораздо менее жизнеспособно, чем самки. Подробная карта сайтов гибридной несовместимости генома C. briggsae была создана в 2015 году. ^{[ 7 ]} Гибридная мужская нежизнеспособность в первую очередь проявляется в период эмбрионального развития и наиболее выражена при более низкой температуре роста. ^{[ 8 ]} Более того, выжившие самцы гибрида C. nigoni / C. briggsae стерильны. Эта стерильность, по крайней мере частично, вызвана наличием любой из двух X-хромосомных субпоследовательностей C. briggsae , каждая из которых связана с аномальным подавлением транскрипции аутосомных генов C. nigoni, кодирующих сперматогенные функции; это подавление может быть связано с аномальной активацией в гибридах подмножества РНК 22G, специфически нацеленных на сперматогенные гены с пониженной регуляцией. ^{[ 9 ]}

Инь и др. (2018) создали сборку генома C. nigoni третьего поколения , которую они использовали, чтобы определить, какие гены различаются между двумя видами, и начать характеризовать функциональные эффекты этих различий. ^{[ 10 ]} Они сообщают, что большая часть различий в количестве генов между C. nigoni и C. briggsae обусловлена потерей генов у последнего вида, что эти утраченные гены кодируют (у C. nigoni ) непропорционально короткие белки с непропорционально высоким уровнем мужских предрасположенностей. Экспрессия RNA-seq, что утраченные гены включают три мужских секретируемых коротких гена ( mss ), и что трансгенное восстановление mss-1 и mss-2 от C. nigoni к C. briggsae становятся самцы C. briggsae намного более эффективными в репродуктивной конкуренции (как против других самцов, так и против гермафродитного самооплодотворения).

Различия в размерах генома не связаны с массовыми изменениями в повторяющейся ДНК, поскольку оба генома имеют очень схожие доли повторяющихся элементов ( C. nigoni 27% против C. briggsae 25%). ^{[ 11 ]} существует более высокая доля сателлитных ДНК, Однако у C. nigoni чем у C. briggsae более видоспецифичные семейства сателлитных ДНК , а также у C. nigoni . ^{[ 12 ]}

Параллельно с использованием независимо полученной сборки генома C. nigoni третьего поколения Ren et al. (2018) проанализировали полногеномное выравнивание хромосом C. nigoni и C. briggsae ; ^{[ 13 ]} они сообщают, что эти два генома имеют широкую хромосомную синтению, но также имеют множество внутри- и межхромосомных перестроек последовательностей. Эти перестройки, вероятно, будут препятствовать мейотической рекомбинации между хромосомами двух видов, а также могут вызывать частичную нежизнеспособность и бесплодие межвидовых гибридов.

Ссылки

^ Кионтке, Карин С.; Феликс, Мари-Анн; Эйлион, Майкл; Рокман, Мэтью В.; Брэндл, Кристиан; Пениго, Жан-Батист; Fitch, Дэвид Х.А. (21 ноября 2011 г.). «Филогения и молекулярные штрих-коды Caenorhabditis с многочисленными новыми видами из гниющих фруктов» . Эволюционная биология BMC . 11 : 339. дои : 10.1186/1471-2148-11-339 . ISSN 1471-2148 . ПМЦ 3277298 . ПМИД 22103856 .
^ Феликс, Мари-Анн; Брэндл, Кристиан; Каттер, Ашер Д. (2014). «Упрощенная система диагностики видов Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) с обозначениями названий для 15 различных биологических видов» . ПЛОС ОДИН . 9 (4): е94723. Бибкод : 2014PLoSO...994723F . дои : 10.1371/journal.pone.0094723 . ISSN 1932-6203 . ПМЦ 3984244 . ПМИД 24727800 .
^ Нигон, Виктор (1949). «Особенности размножения и половой детерминизм у некоторых свободноживущих нематод». Анналы естественных наук - Зоол. Биол. Анимация . 11 :1–132.
^ Инь, Да; Шварц, Эрих М.; Томас, Кристель Г.; Фельде, Ребекка Л.; Корф, Ян Ф.; Каттер, Ашер Д.; Шартнер, Кейтлин М.; Ралстон, Эдвард Дж.; Мейер, Барбара Дж. (2018). «Быстрое сокращение генома самоплодной нематоды обнаруживает белки конкуренции сперматозоидов» . Наука . 359 (6371): 55–61. Бибкод : 2018Sci...359...55Y . дои : 10.1126/science.aao0827 . ISSN 1095-9203 . ПМЦ 5789457 . ПМИД 29302007 .
^ Инь, Да; Шварц, Эрих М.; Томас, Кристель Г.; Фельде, Ребекка Л.; Корф, Ян Ф.; Каттер, Ашер Д.; Шартнер, Кейтлин М.; Ралстон, Эдвард Дж.; Мейер, Барбара Дж. (2018). «Быстрое сокращение генома самоплодной нематоды обнаруживает белки конкуренции сперматозоидов» . Наука . 359 (6371): 55–61. Бибкод : 2018Sci...359...55Y . дои : 10.1126/science.aao0827 . ISSN 1095-9203 . ПМЦ 5789457 . ПМИД 29302007 .
^ Вудрафф, Гэвин К.; Эке, Ониниечи; Бэрд, Скотт Э.; Феликс, Мэри Энн; Хааг, Эрик С. (2010). «Понимание дивергенции видов и эволюции гермафродитизма от плодовитых межвидовых гибридов нематод Caenorhabditis» . Генетика . 186 (3): 997–1012. дои : 10.1534/генетика.110.120550 . ISSN 1943-2631 . ПМЦ 2975280 . ПМИД 20823339 .
^ : Чунг , ) Цзяофан e1004993 . Би, Юй; Рен, Сяолян ; 10.1371 journal.pgen.1004993 ISSN 1553-7404 PMC 4334894 / PMID 25692300 .
^ Бундус, Джоанна Д.; Алай, Рэвин; Каттер, Ашер Д. (2015). «Гаметический отбор, траектории развития и внешняя гетерогенность в правиле Холдейна». Эволюция; Международный журнал органической эволюции . 69 (8): 2005–2017. дои : 10.1111/evo.12708 . ISSN 1558-5646 . ПМИД 26102479 . S2CID 25705346 .
^ Ли, Жуньшэн; Жэнь, Сяолян; Би, Ю; Хо, Винси Винг Сзе; Се, Цзя-Лин; Янг, Аманда; Чжан, Чжихун; Линь, Тинтинг; Чжао, Яньмей (2016). «Специфическое подавление генов сперматогенеза, на которое нацелены РНК 22G, у гибридных стерильных самцов, связанное с интрогрессией Х-хромосомы» . Геномные исследования . 26 (9): 1219–1232. дои : 10.1101/гр.204479.116 . ISSN 1549-5469 . ПМК 5052035 . ПМИД 27197225 .
^ Инь, Да; Шварц, Эрих М.; Томас, Кристель Г.; Фельде, Ребекка Л.; Корф, Ян Ф.; Каттер, Ашер Д.; Шартнер, Кейтлин М.; Ралстон, Эдвард Дж.; Мейер, Барбара Дж. (2018). «Быстрое сокращение генома самоплодной нематоды обнаруживает белки конкуренции сперматозоидов» . Наука . 359 (6371): 55–61. Бибкод : 2018Sci...359...55Y . дои : 10.1126/science.aao0827 . ISSN 1095-9203 . ПМЦ 5789457 . ПМИД 29302007 .
^ Инь, Да; Шварц, Эрих М.; Томас, Кристель Г.; Фельде, Ребекка Л.; Корф, Ян Ф.; Каттер, Ашер Д.; Шартнер, Кейтлин М.; Ралстон, Эдвард Дж.; Мейер, Барбара Дж. (2018). «Быстрое сокращение генома самоплодной нематоды обнаруживает белки конкуренции сперматозоидов» . Наука . 359 (6371): 55–61. Бибкод : 2018Sci...359...55Y . дои : 10.1126/science.aao0827 . ISSN 1095-9203 . ПМЦ 5789457 . ПМИД 29302007 .
^ Субирана, Хуан А.; Мессегер, Ксавье (28 ноября 2017 г.). «Эволюция тандемных повторяющихся сателлитных последовательностей у двух близкородственных видов Caenorhabditis. Уменьшение количества сателлитов у гермафродитов» . Гены . 8 (12): 351. doi : 10.3390/genes8120351 . ISSN 2073-4425 . ПМЦ 5748669 . ПМИД 29182550 .
^ Жэнь, Сяолян; Ли, Жуньшэн; Вэй, Сяолинь; Би, Ю; Хо, Винси Винг Сзе; Дин, Цютао; Сюй, Чжичао; Чжан, Чжихун; Се, Цзя-Лин (16 февраля 2018 г.). «Геномные основы подавления рекомбинации у гибрида Caenorhabditis briggsae и C. nigoni» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (3): 1295–1307. дои : 10.1093/nar/gkx1277 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 5814819 . ПМИД 29325078 .

Внешние ссылки

Caenorhabditis nigoni в Центре генетики Caenorhabditis, Университет Миннесоты.

[1] Кионтке, Карин С.; Феликс, Мари-Анн; Эйлион, Майкл; Рокман, Мэтью В.; Брэндл, Кристиан; Пениго, Жан-Батист; Fitch, Дэвид Х.А. (21 ноября 2011 г.). «Филогения и молекулярные штрих-коды Caenorhabditis с многочисленными новыми видами из гниющих фруктов» . Эволюционная биология BMC . 11 : 339. дои : 10.1186/1471-2148-11-339 . ISSN 1471-2148 . ПМЦ 3277298 . ПМИД 22103856 .

[2] Феликс, Мари-Анн; Брэндл, Кристиан; Каттер, Ашер Д. (2014). «Упрощенная система диагностики видов Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) с обозначениями названий для 15 различных биологических видов» . ПЛОС ОДИН . 9 (4): е94723. Бибкод : 2014PLoSO...994723F . дои : 10.1371/journal.pone.0094723 . ISSN 1932-6203 . ПМЦ 3984244 . ПМИД 24727800 .

[3] Нигон, Виктор (1949). «Особенности размножения и половой детерминизм у некоторых свободноживущих нематод». Анналы естественных наук - Зоол. Биол. Анимация . 11 :1–132.

[4] Инь, Да; Шварц, Эрих М.; Томас, Кристель Г.; Фельде, Ребекка Л.; Корф, Ян Ф.; Каттер, Ашер Д.; Шартнер, Кейтлин М.; Ралстон, Эдвард Дж.; Мейер, Барбара Дж. (2018). «Быстрое сокращение генома самоплодной нематоды обнаруживает белки конкуренции сперматозоидов» . Наука . 359 (6371): 55–61. Бибкод : 2018Sci...359...55Y . дои : 10.1126/science.aao0827 . ISSN 1095-9203 . ПМЦ 5789457 . ПМИД 29302007 .

[5] Инь, Да; Шварц, Эрих М.; Томас, Кристель Г.; Фельде, Ребекка Л.; Корф, Ян Ф.; Каттер, Ашер Д.; Шартнер, Кейтлин М.; Ралстон, Эдвард Дж.; Мейер, Барбара Дж. (2018). «Быстрое сокращение генома самоплодной нематоды обнаруживает белки конкуренции сперматозоидов» . Наука . 359 (6371): 55–61. Бибкод : 2018Sci...359...55Y . дои : 10.1126/science.aao0827 . ISSN 1095-9203 . ПМЦ 5789457 . ПМИД 29302007 .

[6] Вудрафф, Гэвин К.; Эке, Ониниечи; Бэрд, Скотт Э.; Феликс, Мэри Энн; Хааг, Эрик С. (2010). «Понимание дивергенции видов и эволюции гермафродитизма от плодовитых межвидовых гибридов нематод Caenorhabditis» . Генетика . 186 (3): 997–1012. дои : 10.1534/генетика.110.120550 . ISSN 1943-2631 . ПМЦ 2975280 . ПМИД 20823339 .

[7] : Чунг , ) Цзяофан e1004993 . Би, Юй; Рен, Сяолян ; 10.1371 journal.pgen.1004993 ISSN 1553-7404 PMC 4334894 / PMID 25692300 .

[8] Бундус, Джоанна Д.; Алай, Рэвин; Каттер, Ашер Д. (2015). «Гаметический отбор, траектории развития и внешняя гетерогенность в правиле Холдейна». Эволюция; Международный журнал органической эволюции . 69 (8): 2005–2017. дои : 10.1111/evo.12708 . ISSN 1558-5646 . ПМИД 26102479 . S2CID 25705346 .

[9] Ли, Жуньшэн; Жэнь, Сяолян; Би, Ю; Хо, Винси Винг Сзе; Се, Цзя-Лин; Янг, Аманда; Чжан, Чжихун; Линь, Тинтинг; Чжао, Яньмей (2016). «Специфическое подавление генов сперматогенеза, на которое нацелены РНК 22G, у гибридных стерильных самцов, связанное с интрогрессией Х-хромосомы» . Геномные исследования . 26 (9): 1219–1232. дои : 10.1101/гр.204479.116 . ISSN 1549-5469 . ПМК 5052035 . ПМИД 27197225 .

[10] Инь, Да; Шварц, Эрих М.; Томас, Кристель Г.; Фельде, Ребекка Л.; Корф, Ян Ф.; Каттер, Ашер Д.; Шартнер, Кейтлин М.; Ралстон, Эдвард Дж.; Мейер, Барбара Дж. (2018). «Быстрое сокращение генома самоплодной нематоды обнаруживает белки конкуренции сперматозоидов» . Наука . 359 (6371): 55–61. Бибкод : 2018Sci...359...55Y . дои : 10.1126/science.aao0827 . ISSN 1095-9203 . ПМЦ 5789457 . ПМИД 29302007 .

[11] Инь, Да; Шварц, Эрих М.; Томас, Кристель Г.; Фельде, Ребекка Л.; Корф, Ян Ф.; Каттер, Ашер Д.; Шартнер, Кейтлин М.; Ралстон, Эдвард Дж.; Мейер, Барбара Дж. (2018). «Быстрое сокращение генома самоплодной нематоды обнаруживает белки конкуренции сперматозоидов» . Наука . 359 (6371): 55–61. Бибкод : 2018Sci...359...55Y . дои : 10.1126/science.aao0827 . ISSN 1095-9203 . ПМЦ 5789457 . ПМИД 29302007 .

[12] Субирана, Хуан А.; Мессегер, Ксавье (28 ноября 2017 г.). «Эволюция тандемных повторяющихся сателлитных последовательностей у двух близкородственных видов Caenorhabditis. Уменьшение количества сателлитов у гермафродитов» . Гены . 8 (12): 351. doi : 10.3390/genes8120351 . ISSN 2073-4425 . ПМЦ 5748669 . ПМИД 29182550 .

[13] Жэнь, Сяолян; Ли, Жуньшэн; Вэй, Сяолинь; Би, Ю; Хо, Винси Винг Сзе; Дин, Цютао; Сюй, Чжичао; Чжан, Чжихун; Се, Цзя-Лин (16 февраля 2018 г.). «Геномные основы подавления рекомбинации у гибрида Caenorhabditis briggsae и C. nigoni» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (3): 1295–1307. дои : 10.1093/nar/gkx1277 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 5814819 . ПМИД 29325078 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]