ГОКОМОКО
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Кураторская коллекция моделей связывания транскрипционных факторов человека и мыши. |
| Типы данных захвачен | Профили связывания факторов транскрипции |
| Организмы | Человек разумный , Mus musculus
лаборатория: autosome.org author: Vorontsov, Makeev, Kulakovskiy |
| Контакт | |
| Первичное цитирование | Vorontsov et al [ 1 ] |
| Доступ | |
| Веб-сайт | ГОКОМОКО |
ГОКОМОКО [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] представляет собой базу данных с открытым доступом, содержащую тщательно подобранные и проверенные мотивы связывания факторов транскрипции человека и мыши . Он фиксирует следующие типы данных: Homo sapiens (человек) и Mus musculus (мышь) факторы транскрипции , их мотивы сайтов связывания ДНК и подтипы мотивов.
Введение
[ редактировать ]Факторы транскрипции (ТФ) — это белки , которые связывают ДНК и таким образом регулируют процесс транскрипции . Связывание является специфичным для последовательности. Мотив последовательности [ 5 ] это модель, описывающая общий характер сайтов связывания ДНК. [ 6 ] что конкретный TF предпочитает связываться. Одним из возможных представлений модели является Матрица веса позиции (PWM) . [ 7 ]
Организмы
[ редактировать ]Признание
[ редактировать ]По данным Web of Science , публикация HOCOMOCO за 2018 год [ 2 ] цитировалось 396 раз (по состоянию на январь 2024 г.). Публикации [ 3 ] [ 4 ] цитировались 144 и 151 раз.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Vorontsov, Ilya E; Eliseeva, Irina A; Zinkevich, Arsenii; Nikonov, Mikhail; Abramov, Sergey; Boytsov, Alexandr; Kamenets, Vasily; Kasianova, Alexandra; Kolmykov, Semyon; Yevshin, Ivan S; Favorov, Alexander; Medvedeva, Yulia A; Jolma, Arttu; Kolpakov, Fedor; Makeev, Vsevolod J; Kulakovskiy, Ivan V (16 November 2023). "HOCOMOCO in 2024: a rebuild of the curated collection of binding models for human and mouse transcription factors" . Nucleic Acids Research . 52 (D1): D154–D163. doi : 10.1093/nar/gkad1077 . ISSN 0305-1048 . PMC 10767914 . PMID 37971293 .
- ^ Jump up to: а б Kulakovskiy, Ivan V.; Vorontsov, Ilya E.; Yevshin, Ivan S.; Sharipov, Ruslan N.; Fedorova, Alla D.; Rumynskiy, Eugene I.; Medvedeva, Yulia A.; Magana-Mora, Arturo; Bajic, Vladimir B.; Papatsenko, Dmitry A.; Kolpakov, Fedor A.; Makeev, Vsevolod J. (4 January 2018). "HOCOMOCO: towards a complete collection of transcription factor binding models for human and mouse via large-scale ChIP-Seq analysis" . Nucleic Acids Research . 46 (D1): 252–D259. doi : 10.1093/nar/gkx1106 . ISSN 1362-4962 . PMC 5753240 . PMID 29140464 .
- ^ Jump up to: а б Кулаковский И.В., Воронцов И.Е., Евшин И.С., Соболева А.В., Касьянов А.С., Ашур Х. и др. (январь 2016 г.). «HOCOMOCO: расширение и улучшение коллекции моделей сайтов связывания транскрипционных факторов» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д116–Д125. дои : 10.1093/nar/gkv1249 . ПМК 4702883 . ПМИД 26586801 .
- ^ Jump up to: а б Кулаковский Иван Васильевич; Медведева Юлия А.; Шефер, Ульф; Касьянов Артем С.; Воронцов Илья Евгеньевич; Баич, Владимир Б.; Макеев, Всеволод Ю. (1 января 2013 г.). «HOCOMOCO: полная коллекция моделей сайтов связывания факторов транскрипции человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (выпуск базы данных): 195–202. дои : 10.1093/nar/gks1089 . ISSN 1362-4962 . ПМК 3531053 . ПМИД 23175603 .
- ^ Инукай, Сачи; Кок, Киан Хонг; Булык, Марта Л. (1 апреля 2017 г.). «Связывание фактора транскрипции с ДНК: помимо мотивов сайта связывания» . Текущее мнение в области генетики и развития . Архитектура и экспрессия генома. 43 : 110–119. дои : 10.1016/j.gde.2017.02.007 . ISSN 0959-437X . ПМК 5447501 . ПМИД 28359978 .
- ^ Вассерман, Уайет В.; Санделин, Альбин (апрель 2004 г.). «Прикладная биоинформатика для идентификации регуляторных элементов» . Обзоры природы Генетика . 5 (4): 276–287. дои : 10.1038/nrg1315 . ISSN 1471-0064 . ПМИД 15131651 . S2CID 16599073 .
- ^ Стормо, Джорджия (январь 2000 г.). «Сайты связывания ДНК: представление и открытие». Биоинформатика . 16 (1): 16–23. дои : 10.1093/биоинформатика/16.1.16 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 10812473 .