САДИ

Семантическое автоматическое обнаружение и интеграция ( SADI ) ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} представляет собой легкий набор полностью соответствующих стандартам шаблонов проектирования семантических веб-сервисов , которые упрощают публикацию сервисов того типа, который обычно встречается в биоинформатике и других научных областях. Сервисы SADI используют технологии семантической паутины на каждом уровне «стека» веб-сервисов. Сервисы описаны в OWL-DL , где ограничения свойств в классах OWL используются для определения свойств, ожидаемых от входных и выходных данных. Вызов служб SADI осуществляется посредством HTTP POST данных RDF, представляющих индивидов OWL («экземпляры») определенного входного класса OWL, а результирующими выходными данными будут индивидуумы OWL определенного выходного класса OWL.

Шаблоны проектирования SADI накладывают одно уникальное ограничение на поведение Службы, заключающееся в том, что URI входного индивидуума и URI выходного индивидуума должны быть идентичными. Следствием этого ограничения является то, что поставщик услуг должен соединить выходные данные с входными через определенный предикат; по сути, выходные данные «примерно» входные, а связь между входными и выходными данными очевидна. Таким образом, службы SADI становятся источником новых связанных данных , связывающих входные и выходные данные службы, а цепочки служб SADI создают непрерывные графы связанных данных.

SADI использовался в ряде биоинформатики . по интеграции данных тематических исследований ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} и для семантических запросов к реляционным данным в настройках клинической информатики. ^{[ 6 ]}

Программное обеспечение

Библиотеки Java и Perl для создания сервисов SADI. ^{[ 7 ]}
SHARE — механизм запросов SPARQL для сервисов SADI. ^{[ 8 ]}

Ссылки

^ Уилкинсон, Марк; Вандервалк, Бенджамин; Маккарти, Люк (2011). «Шаблон проектирования веб-сервиса семантического автоматического обнаружения и интеграции (SADI), API и эталонная реализация» . J Биомедицинская семантика . 2 (1): 8. дои : 10.1186/2041-1480-2-8 . ПМЦ 3212890 . ПМИД 22024447 .
^ «Веб-сайт структуры SADI» .
^ Рязанов, Александр; Лаурила, Йонас Бергман; Бейкер, Кристофер Дж.О. (2011). «Развертывание программного обеспечения для анализа текста, влияющего на мутации, с помощью инфраструктуры семантических веб-служб SADI» . БМК Биоинформатика . 12 (Дополнение 4) (Дополнение 4): 18. doi : 10.1186/1471-2105-12-S4-S6 . ПМК 3194198 . ПМИД 21992079 .
^ Чепелев Леонид Л; Рязанов, Александр; Кузнецов, Александр; Лоу, Хонг Сан; Дюмонтье, Мишель; Бейкер, Кристофер Дж.О. (2011). «Прототип семантической инфраструктуры для автоматизированной классификации и аннотации малых молекул в липидомике» . БМК Биоинформатика . 12:14 . дои : 10.1186/1471-2105-12-303 . ПМК 3163564 . ПМИД 21791100 .
^ Рязанов, Александр; Хиндл, Мэтью М.; Гудро, Э. Скотт; Мартынюк, Кристофер Дж; Бейкер, Кристофер Дж.О. (2012). Федерация экотоксикологических данных с семантическими веб-службами SADI (PDF) . Семантические веб-приложения и инструменты для наук о жизни . п. 18.
^ Рязанов, Александр; Кляйн, Артём; Шабан-Нежад, Араш; Роуз, Грегори В.; Форстер, Алан Дж; Бакеридж, Дэвид Л; Бейкер, Кристофер Дж.О. (2013). «Семантический запрос реляционных данных для клинического интеллекта: подход на основе семантических веб-сервисов» . J Биомедицинская семантика . 4 (1): 19. дои : 10.1186/2041-1480-4-9 . ПМК 3698140 . ПМИД 23497556 .
^ «Веб-сайт структуры SADI: Строительные услуги» .
^ Бен Вандервалк. «Система SHARE. Подход на основе семантической сети для оценки запросов в распределенных базах данных и программном обеспечении биоинформатики, магистерская диссертация» (PDF) .

[wilkinson.2011-1] Уилкинсон, Марк; Вандервалк, Бенджамин; Маккарти, Люк (2011). «Шаблон проектирования веб-сервиса семантического автоматического обнаружения и интеграции (SADI), API и эталонная реализация» . J Биомедицинская семантика . 2 (1): 8. дои : 10.1186/2041-1480-2-8 . ПМЦ 3212890 . ПМИД 22024447 .

[sadiframework.org-2] «Веб-сайт структуры SADI» .

[riazanov.2011-3] Рязанов, Александр; Лаурила, Йонас Бергман; Бейкер, Кристофер Дж.О. (2011). «Развертывание программного обеспечения для анализа текста, влияющего на мутации, с помощью инфраструктуры семантических веб-служб SADI» . БМК Биоинформатика . 12 (Дополнение 4) (Дополнение 4): 18. doi : 10.1186/1471-2105-12-S4-S6 . ПМК 3194198 . ПМИД 21992079 .

[chepelev.2011-4] Чепелев Леонид Л; Рязанов, Александр; Кузнецов, Александр; Лоу, Хонг Сан; Дюмонтье, Мишель; Бейкер, Кристофер Дж.О. (2011). «Прототип семантической инфраструктуры для автоматизированной классификации и аннотации малых молекул в липидомике» . БМК Биоинформатика . 12:14 . дои : 10.1186/1471-2105-12-303 . ПМК 3163564 . ПМИД 21791100 .

[riazanov.2012-5] Рязанов, Александр; Хиндл, Мэтью М.; Гудро, Э. Скотт; Мартынюк, Кристофер Дж; Бейкер, Кристофер Дж.О. (2012). Федерация экотоксикологических данных с семантическими веб-службами SADI (PDF) . Семантические веб-приложения и инструменты для наук о жизни . п. 18.

[riazanov.2013-6] Рязанов, Александр; Кляйн, Артём; Шабан-Нежад, Араш; Роуз, Грегори В.; Форстер, Алан Дж; Бакеридж, Дэвид Л; Бейкер, Кристофер Дж.О. (2013). «Семантический запрос реляционных данных для клинического интеллекта: подход на основе семантических веб-сервисов» . J Биомедицинская семантика . 4 (1): 19. дои : 10.1186/2041-1480-4-9 . ПМК 3698140 . ПМИД 23497556 .

[sadi_libraries-7] «Веб-сайт структуры SADI: Строительные услуги» .

[vandervalk.2011-8] Бен Вандервалк. «Система SHARE. Подход на основе семантической сети для оценки запросов в распределенных базах данных и программном обеспечении биоинформатики, магистерская диссертация» (PDF) .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]