Анна Крещук

Анна Крещук
Анна Крещук
Альма-матер	Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (диплом) ; Гейдельбергский университет (доктор философии) ;
Известный	эластичный
	Научная карьера
Поля	Машинное обучение ; Компьютерное зрение ; Биомедицинский анализ изображений ;
Учреждения	Европейская лаборатория молекулярной биологии ; Гейдельбергский университет (постдок) ; Исследовательский кампус Джанелии (приглашенный ученый) ; ЦЕРН ; Центр исследований тяжелых ионов GSI имени Гельмгольца ;
Диссертация	Автоматизированный анализ биомедицинских данных от низкого до высокого разрешения (2012 г.)
Докторантура	Фред Хампрехт
Веб-сайт	Крещук Лаборатория

Анна Крещук — руководитель группы Европейской лаборатории молекулярной биологии в Гейдельберге , Германия . Она присоединилась к отделу клеточной биологии и биофизики в июле 2018 года, где ее группа использует машинное обучение для разработки автоматизированных методов, помогающих биологам ускорить анализ изображений . ^[1]^[2]

Образование

Крещук изучала математику в Московском государственном университете имени Ломоносова закончила , который в 2003 году. учеба, Крещук работал в ЦЕРН (2004–2007 гг.). ^[3]^[4]^[5] и Центр исследований тяжелых ионов имени Гельмгольца GSI (2007–2008 гг.) в качестве научного программиста. С 2008 по 2011 год она получила степень доктора философии. Доктор компьютерных наук , работает в Гейдельбергской лаборатории обработки изображений (HCI) при Гейдельбергском университете под руководством профессора доктора Фреда Хампрехта. ^[6]

Карьера и исследования

С 2012 по 2018 год Крещук работала в Гейдельбергской лаборатории обработки изображений (HCI) Гейдельбергского университета , одновременно обучаясь в аспирантуре. ^[7]^[8]

С 2018 года Крещук является руководителем группы в Европейской лаборатории молекулярной биологии в Гейдельберге , Германия . ^[1]

Ее исследовательская группа разработала набор инструментов для интерактивного обучения и сегментации ( Ilastik ), чтобы предоставить методы, основанные на машинном обучении , членам сообщества медико-биологических наук, не имеющим опыта компьютерного зрения . ^[9]^[10]^[11]

Алгоритмы Ilastik универсальны и удобны для пользователя и способны решать широкий спектр задач анализа изображений. Однако сложные наборы данных биоизображений часто требуют более индивидуального подхода. Поэтому команда Крещука особенно сосредоточена на решении сложных задач сегментации для 3D и крупномасштабной световой или электронной микроскопии (ЛМ или ЭМ). Недавно они разработали методы и инструменты для сегментации всех клеток и ядер молодых червей вида Platynereis dumerilii (EM). ^[12] а также в различных органах и тканях растений (ЛМ). ^[13]

Крещук — известный учёный-компьютерщик. Поэтому ее часто приглашают на мастер-классы. ^[14] семинары, ^[15]

Награды и почести

, 2021 г., Инициатива Чана Цукерберга Грант на визуализацию визуальной протеомики ^[16]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б «Добро пожаловать: Анна Крещук» . 20 апреля 2018 г.
^ «Крешук Групп – Машинное обучение для анализа биоизображений» .
^ Крещук, Анна; Брун, Р.; Анчевам, И.; Монета, Лоренцо (2008). «Статистическое программное обеспечение ROOT» . doi : 10.5170/CERN-2008-001.179 .
^ Брун, Р.; Канал, П.; Франк, М.; Крещук А.; Линев, С.; Руссо, П.; Радемейкерс, Ф. (2008). «Развитие ROOT ввода-вывода и деревьев» . Физический журнал: серия конференций . 119 (4): 042006. arXiv : 0901.0886 . Бибкод : 2008JPhCS.119d2006B . дои : 10.1088/1742-6596/119/4/042006 .
^ Анчева, И.; Баллинтайн, М.; Белленот, Б.; Бишоп, М.; Брун, Р.; Бунцич, Н.; Канал, доктор философии; Касадей, Д.; Куэт, О.; Хорошо, В.; Франко, Л.; Ганис, Г.; Геата, А.; Малин, Д. Гонсалес; Гото, М.; Ивашкевич Дж.; Крещук А.; Сегура, Д. Маркос; Маундер, Р.; Монета, Л.; Науманн, А.; Офферманн, Э.; Онучин В.; Паначек, С.; Радемейкерс, Ф.; Руссо, П.; Тадель, М. (2009). «ROOT — платформа C++ для хранения петабайтных данных, статистического анализа и визуализации» . Компьютерная физика. Коммуникации . 180 (12): 2499–2512. arXiv : 1508.07749 . Бибкод : 2009CoPhC.180.2499A . дои : 10.1016/j.cpc.2009.08.005 . S2CID 2616728 .
^ Крещук, Анна; Стреле, Кристоф Н.; Соммер, Кристоф; Кете, Ульрих; Кантони, Марко; Нотт, Грэм; Хампрехт, Фред А. (2011). «Автоматическое обнаружение и сегментация синаптических контактов на почти изотропных последовательных изображениях электронной микроскопии» . ПЛОС ОДИН . 6 (10): e24899. Бибкод : 2011PLoSO...624899K . дои : 10.1371/journal.pone.0024899 . ПМК 3198725 . ПМИД 22031814 .
^ Крещук, Анна; Кете, Ульрих; Пакс, Элизабет; Бок, Дэви Д.; Хампрехт, Фред А. (2014). «Автоматическое обнаружение синапсов в стопках изображений просвечивающей электронной микроскопии последовательных срезов» . ПЛОС ОДИН . 9 (2): e87351. Бибкод : 2014PLoSO...987351K . дои : 10.1371/journal.pone.0087351 . ПМЦ 3916342 . ПМИД 24516550 .
^ Красовский, штат Невада; Бейер, Т.; Нотт, Г.В.; Коте, У.; Хампрехт, ФА; Крещук, А. (2018). «Сегментация нейронов с биологическими приорами высокого уровня» . Транзакции IEEE по медицинской визуализации . 37 (4): 829–839. дои : 10.1109/TMI.2017.2712360 . ПМИД 28600240 . S2CID 4560617 .
^ Набор инструментов интерактивного обучения и сегментации ilastik.org.
^ Берг, Стюарт; Кутра, Доминик; Крегер, Торбен; Стреле, Кристоф Н.; Кауслер, Бернхард X.; Хаубольд, Карстен; Шигг, Мартин; Алесь, Янез; Байер, Торстен; Руди, Маркус; Эрен, Кемаль; Сервантес, Хайме И.; Сюй, Буоте; Бойтенмюллер, Финн; Вольни, Адриан; Чжан, Чонг; Кете, Ульрих; Хампрехт, Фред А.; Крещук, Анна (2019). «Иластик: Интерактивное машинное обучение для анализа (био)изображений» . Природные методы . 16 (12): 1226–1232. дои : 10.1038/s41592-019-0582-9 . ПМИД 31570887 . S2CID 203609613 .
^ Эйзенштейн, Майкл (2023). «ИИ под микроскопом: алгоритмы поиска клеток» . Природа . 623 (7989): 1095–1097. Бибкод : 2023Natur.623.1095E . дои : 10.1038/d41586-023-03722-y . ПМИД 38012372 .
^ Вергара, Эрнандо М.; Папа Константин; Мичан, Кимберли И.; Зинченко Валентина; Жену, Кристель; Ваннер, Адриан А.; Каттер, Кевин Нзумби; Титце, Бенджамин; Темплин, Рэйчел М.; Бертуччи, Паола Ю.; Симаков Олег; Дюрихен, Вибке; Мачадо, Питер; Сэвидж, Эмили Л.; Шермелле, Лотар; Шваб, Янник; Фридрих, Райнер В.; Крещук, Анна; Тишер, Кристиан; Арендт, Уйти (2021). «Интеграция экспрессии генов и морфологии отдельных клеток во всем организме» . Ячейка 184 (18):4819–4837.e22. дои : 10.1016/j.cell.2021.07.017 . ПМЦ 8445025 . ПМИД 34380046 .
^ Вольни, Адриан; Серроне, Лоренцо; Виджаян, Атул; Тофанелли, Рашель; Барро, Амайя Вилчес; Луво, Марион; Венцль, Кристиан; Штраус, Серен; Уилсон-Санчес, Дэвид; Лимбуриду, Рена; Штайгедер, Сюзанна С.; Папе, Константин; Байлони, Альберто; Дюран-Небреда, Сальва; Бассель, Джордж В.; Ломанн, Ян У.; Циантис, Милтос; Хампрехт, Фред А.; Шнайц, Кей; Майзель, Алексис; Крещук, Анна (2020). «Точная и универсальная 3D-сегментация растительных тканей с клеточным разрешением» . электронная жизнь . 9 . doi : 10.7554/eLife.57613 . ПМЦ 7447435 . ПМИД 32723478 .
^ «Глубокое обучение анализу изображений – Офис курсов и конференций» .
^ «Семинар по биофизике и развитию: Анна Крещук, EMBL» .
^ «Гибридные технологии структурной клеточной биологии с околоатомным разрешением» .

[auto-1] Jump up to: ^а ^б «Добро пожаловать: Анна Крещук» . 20 апреля 2018 г.

[2] «Крешук Групп – Машинное обучение для анализа биоизображений» .

[3] Крещук, Анна; Брун, Р.; Анчевам, И.; Монета, Лоренцо (2008). «Статистическое программное обеспечение ROOT» . doi : 10.5170/CERN-2008-001.179 .

[4] Брун, Р.; Канал, П.; Франк, М.; Крещук А.; Линев, С.; Руссо, П.; Радемейкерс, Ф. (2008). «Развитие ROOT ввода-вывода и деревьев» . Физический журнал: серия конференций . 119 (4): 042006. arXiv : 0901.0886 . Бибкод : 2008JPhCS.119d2006B . дои : 10.1088/1742-6596/119/4/042006 .

[5] Анчева, И.; Баллинтайн, М.; Белленот, Б.; Бишоп, М.; Брун, Р.; Бунцич, Н.; Канал, доктор философии; Касадей, Д.; Куэт, О.; Хорошо, В.; Франко, Л.; Ганис, Г.; Геата, А.; Малин, Д. Гонсалес; Гото, М.; Ивашкевич Дж.; Крещук А.; Сегура, Д. Маркос; Маундер, Р.; Монета, Л.; Науманн, А.; Офферманн, Э.; Онучин В.; Паначек, С.; Радемейкерс, Ф.; Руссо, П.; Тадель, М. (2009). «ROOT — платформа C++ для хранения петабайтных данных, статистического анализа и визуализации» . Компьютерная физика. Коммуникации . 180 (12): 2499–2512. arXiv : 1508.07749 . Бибкод : 2009CoPhC.180.2499A . дои : 10.1016/j.cpc.2009.08.005 . S2CID 2616728 .

[6] Крещук, Анна; Стреле, Кристоф Н.; Соммер, Кристоф; Кете, Ульрих; Кантони, Марко; Нотт, Грэм; Хампрехт, Фред А. (2011). «Автоматическое обнаружение и сегментация синаптических контактов на почти изотропных последовательных изображениях электронной микроскопии» . ПЛОС ОДИН . 6 (10): e24899. Бибкод : 2011PLoSO...624899K . дои : 10.1371/journal.pone.0024899 . ПМК 3198725 . ПМИД 22031814 .

[7] Крещук, Анна; Кете, Ульрих; Пакс, Элизабет; Бок, Дэви Д.; Хампрехт, Фред А. (2014). «Автоматическое обнаружение синапсов в стопках изображений просвечивающей электронной микроскопии последовательных срезов» . ПЛОС ОДИН . 9 (2): e87351. Бибкод : 2014PLoSO...987351K . дои : 10.1371/journal.pone.0087351 . ПМЦ 3916342 . ПМИД 24516550 .

[8] Красовский, штат Невада; Бейер, Т.; Нотт, Г.В.; Коте, У.; Хампрехт, ФА; Крещук, А. (2018). «Сегментация нейронов с биологическими приорами высокого уровня» . Транзакции IEEE по медицинской визуализации . 37 (4): 829–839. дои : 10.1109/TMI.2017.2712360 . ПМИД 28600240 . S2CID 4560617 .

[9] Набор инструментов интерактивного обучения и сегментации ilastik.org.

[10] Берг, Стюарт; Кутра, Доминик; Крегер, Торбен; Стреле, Кристоф Н.; Кауслер, Бернхард X.; Хаубольд, Карстен; Шигг, Мартин; Алесь, Янез; Байер, Торстен; Руди, Маркус; Эрен, Кемаль; Сервантес, Хайме И.; Сюй, Буоте; Бойтенмюллер, Финн; Вольни, Адриан; Чжан, Чонг; Кете, Ульрих; Хампрехт, Фред А.; Крещук, Анна (2019). «Иластик: Интерактивное машинное обучение для анализа (био)изображений» . Природные методы . 16 (12): 1226–1232. дои : 10.1038/s41592-019-0582-9 . ПМИД 31570887 . S2CID 203609613 .

[11] Эйзенштейн, Майкл (2023). «ИИ под микроскопом: алгоритмы поиска клеток» . Природа . 623 (7989): 1095–1097. Бибкод : 2023Natur.623.1095E . дои : 10.1038/d41586-023-03722-y . ПМИД 38012372 .

[12] Вергара, Эрнандо М.; Папа Константин; Мичан, Кимберли И.; Зинченко Валентина; Жену, Кристель; Ваннер, Адриан А.; Каттер, Кевин Нзумби; Титце, Бенджамин; Темплин, Рэйчел М.; Бертуччи, Паола Ю.; Симаков Олег; Дюрихен, Вибке; Мачадо, Питер; Сэвидж, Эмили Л.; Шермелле, Лотар; Шваб, Янник; Фридрих, Райнер В.; Крещук, Анна; Тишер, Кристиан; Арендт, Уйти (2021). «Интеграция экспрессии генов и морфологии отдельных клеток во всем организме» . Ячейка 184 (18):4819–4837.e22. дои : 10.1016/j.cell.2021.07.017 . ПМЦ 8445025 . ПМИД 34380046 .

[13] Вольни, Адриан; Серроне, Лоренцо; Виджаян, Атул; Тофанелли, Рашель; Барро, Амайя Вилчес; Луво, Марион; Венцль, Кристиан; Штраус, Серен; Уилсон-Санчес, Дэвид; Лимбуриду, Рена; Штайгедер, Сюзанна С.; Папе, Константин; Байлони, Альберто; Дюран-Небреда, Сальва; Бассель, Джордж В.; Ломанн, Ян У.; Циантис, Милтос; Хампрехт, Фред А.; Шнайц, Кей; Майзель, Алексис; Крещук, Анна (2020). «Точная и универсальная 3D-сегментация растительных тканей с клеточным разрешением» . электронная жизнь . 9 . doi : 10.7554/eLife.57613 . ПМЦ 7447435 . ПМИД 32723478 .

[14] «Глубокое обучение анализу изображений – Офис курсов и конференций» .

[15] «Семинар по биофизике и развитию: Анна Крещук, EMBL» .

[16] «Гибридные технологии структурной клеточной биологии с околоатомным разрешением» .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

Базы данных авторитетного контроля
Международный	ЯВЛЯЮТСЯ ВИАФ
Национальный	Германия
академики	Google Академика ОРЦИД
Другой	ИдРеф