ЗВЕРЬ 2
| Стабильная версия | 2.7.4 / 2023-03-20 |
|---|---|
| Репозиторий | https://github.com/CompEvol/beast2 |
| Написано в | Ява |
| Операционная система | Windows , Mac OS X , Linux |
| Тип | Программное обеспечение для филогенетики |
| Лицензия | Меньшая стандартная общественная лицензия GNU |
| Веб-сайт | http://www.beast2.org/ |
BEAST 2 — кроссплатформенная программа для байесовского анализа молекулярных последовательностей . [1] Используя MCMC , он оценивает укоренившиеся, синхронизированные филогении, используя ряд моделей замещения и часов , а также различные априорные деревья. Существует связанный инструмент BEAUTi для настройки стандартного анализа (который задается с помощью XML ). BEAST 2 — это полная переработка более ранней (все еще активно разрабатываемой) программы BEAST. [2] и поэтому требует большого объема работы. Примечательной особенностью BEAST 2 является система упаковки, которая упростила процесс внедрения новых моделей.
Taming the BEAST — это ресурс, управляемый сообществом, который обучает использованию BEAST 2 и связанного с ним филогенетического программного обеспечения. [3]
КРАСАВИЦА
[ редактировать ]BEAUti означает «Утилита байесовского эволюционного анализа». Это графический пользовательский интерфейс (GUI), который используется для создания входных файлов для BEAST 2. Он позволяет пользователям легко указывать различные параметры и настройки для филогенетического анализа, такие как файл данных, модель молекулярной эволюции и априорные распределения параметров модели. BEAUti также позволяет пользователям указывать параметры анализа MCMC, такие как длина цепи и частота дискретизации. Это делает запуск BEAST 2 удобным для пользователя, поскольку избавляет пользователей от необходимости вручную редактировать входные XML-файлы.
BEAUti позволяет пользователям легко устанавливать и управлять различными пакетами, такими как модели молекулярной эволюции или коалесцентные модели. Эти пакеты можно установить непосредственно из BEAUti. Это упрощает добавление новых функций в анализ без необходимости вручную загружать и устанавливать пакеты.
ЦБАН
[ редактировать ]Комплексная архивная сеть BEAST (CBAN) является официальным репозиторием пакетов BEAST 2. Пакеты в CBAN можно устанавливать через BEAUti «из коробки». [4]
LinguaPhylo
[ редактировать ]Связанный проект — LinguaPhylo (LPhy). [5] LPhy — это вероятностный язык программирования для определения филогенетического анализа с синтаксисом, похожим на OpenBUGS . Он обеспечивает способ создания XML-файлов BEAST 2 (и аналогичных спецификаций моделей для других филогенетических пакетов) без необходимости писать XML вручную.
МАСТЕР/ремастер
[ редактировать ]Особенно важным пакетом в экосистеме BEAST 2 является ремастер. [6] (ранее МАСТЕР [7] ). Remaster — это инструмент для моделирования популяционных траекторий и филогении на основе моделей рождения-смерти и слияния. Он используется в симуляционных исследованиях для проверки новых методологий.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Букерт, Ремоко (08 апреля 2019 г.). «BEAST 2.5: Передовая программная платформа для байесовского эволюционного анализа» . PLOS Вычислительная биология . 15 (4): e1006650. Бибкод : 2019PLSCB..15E6650B . дои : 10.1371/journal.pcbi.1006650 . ПМК 6472827 . ПМИД 30958812 . S2CID 104294209 .
- ^ Сушард, Марк (8 июня 2018 г.). «Интеграция байесовских филогенетических и филодинамических данных с использованием BEAST 1.10» . Эволюция вирусов . 4 (1): вей016. дои : 10.1093/ve/vey016 . ПМК 6007674 . ПМИД 29942656 .
- ^ Баридо-Соттани, Жоэль (январь 2018 г.). «Укрощение ЗВЕРЯ — ресурс сообщества по обучающим материалам для BEAST 2» . Систематическая биология . 67 (1): 170–174. дои : 10.1093/sysbio/syx060 . ПМЦ 5925777 . ПМИД 28673048 .
- ^ «Комплексная архивная сеть BEAST» .
- ^ Драммонд, Алексей Дж.; Чен, Кайли; Мендес, Фабио К.; Се, Донг (2023). «LinguaPhylo: язык спецификации вероятностных моделей для воспроизводимого филогенетического анализа» . PLOS Вычислительная биология . 19 (7): e1011226. дои : 10.1371/journal.pcbi.1011226 . ПМЦ 10381047 . ПМИД 37463154 .
- ^ Воган, Тимоти Г. (2024). «ReMASTER: улучшенное филодинамическое моделирование для BEAST 2.7». Биоинформатика . 40 (1): btae015. doi : 10.1093/биоинформатика/btae015 . hdl : 20.500.11850/655887 .
- ^ Воган, Тимоти Г.; Драммонд, Алексей Дж. (2013). «Стохастический симулятор основных уравнений рождения и смерти с применением к филодинамике» . Молекулярная биология и эволюция . 30 (6): 1480–1493. дои : 10.1093/molbev/mst057 . ПМЦ 3649681 .
Внешние ссылки
[ редактировать ] | Эта научная статья о программном обеспечении незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |