Радиогеномика

Термин «радиогеномика» используется в двух контекстах: либо для обозначения изучения генетических вариаций, связанных с реакцией на радиацию (радиационная геномика), либо для обозначения корреляции между особенностями визуализации рака и экспрессией генов (визуальная геномика).

Радиационная геномика

В радиационной геномике радиогеномика используется для обозначения изучения генетических вариаций, связанных с реакцией на лучевую терапию . Генетические вариации, такие как однонуклеотидные полиморфизмы , изучаются в связи с риском развития токсичности у онкологических больных после лучевой терапии . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Он также используется в контексте изучения геномики ответа опухоли на лучевую терапию . ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

Термин радиогеномика был придуман в 2002 году Андреассеном и др. (2002) ^{[ 6 ]} по аналогии с фармакогеномикой , которая изучает генетические вариации, связанные с реакцией на лекарства. См. также West et al. (2005) ^{[ 7 ]} и Бентцен (2006). ^{[ 8 ]}

Консорциум радиогеномики

В 2009 году ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]} Консорциум радиогеномики (RGC) был создан для облегчения и продвижения многоцентрового сотрудничества исследователей, связывающих генетические варианты с ответом на лучевую терапию. Консорциум радиогеномики ( http://epi.grants.cancer.gov/radiogenomics/ ) — это консорциум эпидемиологии рака, поддерживаемый Программой эпидемиологических и генетических исследований Национального института рака Национальных институтов здравоохранения. ^{[ 11 ]} Исследователи RGC завершили многочисленные клинические исследования, которые выявили генетические варианты, связанные с радиационной токсичностью, у пациентов с раком простаты, молочной железы, легких, головы и шеи и другими видами рака.

Прошедшие встречи

2009 – Манчестер, Великобритания. Предложил консорциум.
2010 г. – Нью-Йорк, США.
2011 – Лондон, Великобритания.
2012 – Бостон, США.
2013 г. – Кембридж (также НЕОБХОДИМЫЙ запуск), Великобритания.
2014 г. – Гейдельберг, Германия.
2015 – Монпелье, Франция.
2016 – Маастрихт, Нидерланды.
2017 – Барселона, Испания.
2018 – Манчестер, Великобритания.
2019 – Рочестер, США.
2020 - Онлайн.
2021 - Онлайн.
2022 – Гронинген, Нидерланды.
2023 – Манчестер, Великобритания.

Геномика изображений ^{[ 12 ]}

Радиологические изображения используются для диагностики заболеваний в больших масштабах: визуализация тканей коррелирует с патологией тканей . Добавление геномных данных, включая микрочипы ДНК , микроРНК и секвенирование РНК, позволяет установить новые корреляции между клеточной геномикой и визуализацией в масштабе ткани.

См. также

Ссылки

^ Барнетт Г.К., Эллиотт Р.М., Алснер Дж., Андреассен К.Н., Абдельхай О., Бёрнет Н.Г., Чанг-Клод Дж., Коулз С.Э., Гутьеррес-Энрикес С., Фуэнтес-Распал М.Дж., Алонсо-Муньос М.К., Кернс С., Раабе А., Симондс Р.П., Сейболд П., Тэлбот С.Дж., Венц Ф., Уилкинсон Дж., Ярнольд Дж., Даннинг А.М., Розенштейн Б.С., Вест К.М., Бентцен С.М. (2012). «Метаанализ данных отдельных пациентов не показывает никакой связи между SNP rs1800469 в TGFB и поздней токсичностью лучевой терапии» . Радиотер Онкол . 105 (3): 289–95. дои : 10.1016/j.radonc.2012.10.017 . ПМЦ 3593101 . ПМИД 23199655 .
^ Барнетт Г.К., Коулз С.Э., Эллиотт Р.М., Бэйнс С., Луккарини С., Конрой Д., Уилкинсон Дж.С., Тайрер Дж., Мисра В., Платт Р., Галлифорд С.Л., Сайдс М.Р., Холл Е, Бентцен С.М., Дирнали Д.П., Бёрнет Н.Г., Фароа П.Д. , Даннинг А.М., Уэст К.М. (2012). «Независимая проверка генов и полиморфизмов, которые, как сообщается, связаны с радиационной токсичностью: проспективное аналитическое исследование» . Ланцет Онкол . 13 (1): 65–77. дои : 10.1016/S1470-2045(11)70302-3 . ПМИД 22169268 .
^ Талбот С.Дж., Тантелес Г.А., Барнетт Г.К., Бернет Н.Г., Чанг-Клод Дж., Коулс С.Э., Дэвидсон С., Даннинг А.М., Миллс Дж., Мюррей Р.Дж., Попанда О., Сейболд П., Уэст К.М., Ярнольд Дж.Р., Саймондс Р.П. (2012). «Воспроизведенная связь между полиморфизмами вблизи TNFα и риском побочных реакций на лучевую терапию» . Бр Джей Рак . 107 (4): 748–53. дои : 10.1038/bjc.2012.290 . ПМК 3419947 . ПМИД 22767148 .
^ Дас, АК; Белл М.Х.; Нироди КС; История, доктор медицинских наук; Минна Джей Ди (2010). «Радиогеномика, прогнозирующая реакцию опухоли на лучевую терапию при раке легких» . Сем Радиат Онкол . 20 (3): 149–55. дои : 10.1016/j.semradonc.2010.01.002 . ПМЦ 2917342 . ПМИД 20685577 .
^ Ярд, Брайан Д.; Адамс, Дрю Дж.; Чи, Юи Кю; Тамайо, Пабло; Батталья, Джессика С.; Гопал, Приянка; Рогацки, Кевин; Пирсон, Брэдли Э.; Филлипс, Джеймс (25 апреля 2016 г.). «Генетическая основа вариаций уязвимости рака к повреждению ДНК» . Природные коммуникации . 7 : 11428. Бибкод : 2016NatCo...711428Y . дои : 10.1038/ncomms11428 . ISSN 2041-1723 . ПМЦ 4848553 . ПМИД 27109210 .
^ Андреассен, Китай; Алснер Дж; Овергаард Дж (2002). «Имеет ли изменчивость реакций нормальных тканей после лучевой терапии генетическую основу – где и как ее искать?». Радиотер Онкол . 64 (2): 131–40. дои : 10.1016/s0167-8140(02)00154-8 . ПМИД 12242122 .
^ Уэст CM, Маккей М.Дж., Хёльшер Т., Бауманн М., Стратфорд И.Дж., Бристоу Р.Г., Ивакава М., Имаи Т., Зингде С.М., Аншер М.С., Бурхис Дж., Бегг А.С., Хаустерманс К., Бентцен С.М., Хендри Дж.Х. (2005). «Молекулярные маркеры, прогнозирующие ответ на лучевую терапию: отчет и рекомендации технического совещания Международного агентства по атомной энергии». Int J Radiat Oncol Biol Phys . 62 (5): 1264–73. дои : 10.1016/j.ijrobp.2005.05.001 . ПМИД 16029781 .
^ Бентцен, С.М. (2006). «Предотвращение или уменьшение поздних побочных эффектов лучевой терапии: радиобиология встречается с молекулярной патологией». Нат Преподобный Рак . 6 (9): 702–13. дои : 10.1038/nrc1950 . ПМИД 16929324 . S2CID 1190053 .
^ Уэст С, Розенштейн Б.С., Алснер Дж., Азрия Д., Барнетт Дж., Бегг А., Бентцен С., Бёрнет Н., Чанг-Клод Дж., Чуанг Е., Коулз С., Де Рюик К., Де Рюйшер Д., Даннинг А., Эллиотт Р., Фахал. Л, Холл Дж, Хаустерманс К, Херскинд С, Хельшер Т, Имаи Т, Ивакава М, Джонс Д, Кулич C, EQUAL-ESTRO, Лангендейк Дж. Х., О'Нилс П., Ожахин М., Парламент М., Полански А., Розенштейн Б., Семинара Д., Саймондс П., Талбот С., Тиренс Х., Вега А., Вест С., Ярнольд Дж. (2010). «Создание Консорциума по радиогеномике». Международный журнал радиационной онкологии, биологии, физики . 76 (5): 1295–1296. дои : 10.1016/j.ijrobp.2009.12.017 . ПМИД 20338472 .
^ Запад, С; Розенштейн Б.С. (2010). «Создание консорциума по радиогеномике». Радиотер Онкол . 94 (1): 117–8. дои : 10.1016/j.radonc.2009.12.007 . ПМИД 20074824 .
^ «Национальный институт рака здравоохранения — программа исследований в области эпидемиологии и геномики» .
^ Радиомика

Дальнейшее чтение

https://epi.grants.cancer.gov/radiogenomics/
Кернс, Сара Л.; Дорлинг, Лейла; Фахал, Лаура; Бентцен, Сорен; Фароа, Пол Д. П.; Барнс, Дэниел Р.; Гомес-Кааманьо, Антонио; Карбальо, Ана М.; Дирнали, Дэвид П.; Пелетейро, Паула; Галлифорд, Сара Л.; Холл, Эмма; Михаилиду, Кириаки; Карраседо, Анхель; Сиа, Майкл; Сток, Ричард; Стоун, Нельсон Н.; Сайдс, Мэтью Р.; Тайрер, Джонатан П.; Ахмед, Шахана; Парламент, Мэтью; Острер, Гарри; Розенштейн, Барри С.; Вега, Ана; Бернет, Нил Г.; Даннинг, Элисон М.; Барнетт, Джиллиан К.; Уэст, Кэтрин М.Л.; Радиогеномика, Консорциум. (август 2016 г.). «Метаанализ исследований общегеномных ассоциаций идентифицирует генетические маркеры поздней токсичности после лучевой терапии рака простаты» . Электронная биомедицина . 10 : 150–163. дои : 10.1016/j.ebiom.2016.07.022 . ПМК 5036513 . ПМИД 27515689 .
Зинн, Паскаль О.; Сатьян, Пратиш; Махаджан, Бхану; Брюйер, Джон; Хеги, Моника; Маджумдер, Садхан; Колен, Ривка Р. (2012). Лесняк, Мацей С (ред.). «Новая классификация глиобластомы по объему-возрасту-KPS (VAK) идентифицирует прогностическую родственную сигнатуру гена микроРНК» . ПЛОС Один . 7 (8): е41522. Бибкод : 2012PLoSO...741522Z . дои : 10.1371/journal.pone.0041522 . ПМЦ 3411674 . ПМИД 22870228 .
Сигал, Эран; Сирлин, Клод Б; Ой, Клара; Адлер, Адам С; Голлуб, Джереми; Чен, Синь; Чан, Брайан К; Матчук, Джордж Р.; и др. (2007). «Расшифровка глобальных программ экспрессии генов при раке печени с помощью неинвазивной визуализации». Природная биотехнология . 25 (6): 675–80. дои : 10.1038/nbt1306 . ПМИД 17515910 . S2CID 10499664 .
Андреассен К.Н., Барнетт Г.К., Лангендейк Дж.А., Алснер Дж., Де Рюйшер Д., Краузе М., Бентцен С.М., Хэвиленд Дж.С., Гриффин С., Портманс П., Ярнольд Дж.Р. (2012). «Проведение радиогеномных исследований – Не забывайте внимательно относиться к клиническим данным». Радиотер Онкол . 105 (3): 337–40. дои : 10.1016/j.radonc.2012.11.004 . ПМИД 23245646 .
Уэст, СМ; Барнетт Г.К. (2011). «Генетика и геномика токсичности лучевой терапии: на пути к прогнозированию» . Геном Мед . 3 (8): 52. дои : 10,1186/гм268 . ПМК 3238178 . ПМИД 21861849 .
О, Дж. Х.; Кернс, С; Острер, Х; Пауэлл, С.Н.; Розенштейн, Б; Дизи, Джо (2017). «Вычислительные методы, использующие полногеномные исследования ассоциаций для прогнозирования осложнений лучевой терапии и выявления коррелирующих молекулярных процессов» . Научный представитель . 7 : 43381. Бибкод : 2017NatSR...743381O . дои : 10.1038/srep43381 . ПМК 5324069 . ПМИД 28233873 .
Холл, Уильям А.; Бергом, Кармен; Томпсон, Рид Ф.; Башнагель, Эндрю М.; Виджаякумар, Шринивасан; Виллерс, Хеннинг; Ли, К. Аллен; Шульц, Кристофер Дж.; Уилсон, Джордж Д.; Уэст, Кэтрин М.Л.; Капала, Яцек; Коулман, К. Норман; Торрес-Рока, Хавьер Ф.; Вайдхас, Джоан; Фэн, Феликс Ю. (июнь 2018 г.). «Точная онкология и геномно-ориентированная лучевая терапия: отчет Американского общества радиационной онкологии/Американской ассоциации медицинских физиков/Конференции по точной медицине Национального института рака». Международный журнал радиационной онкологии, биологии, физики . 101 (2): 274–284. дои : 10.1016/j.ijrobp.2017.05.044 . ПМИД 28964588 .
Ли, С; Кернс, С; Острер, Х; Розенштейн, Б; Дизи, Джо; О, Джей Х. (2018). «Машинное обучение в рамках полногеномного исследования ассоциаций для прогнозирования поздней мочеполовой токсичности после лучевой терапии простаты» . Int J Radiat Oncol Biol Phys . 101 (1): 128–135. дои : 10.1016/j.ijrobp.2018.01.054 . ПМЦ 5886789 . ПМИД 29502932 .
Джонсон, К; Чанг-Клод, Дж; Кричли, AM; Кириаку, К; Лаверс, С; Раттай, Т; Зейболд, П; Уэбб, А; Запад, С; Саймондс, Р.П.; Талбот, CJ; Консорциум, Requite (январь 2019 г.). «Генетические варианты предсказывают оптимальные сроки лучевой терапии для уменьшения побочных эффектов у пациентов с раком молочной железы» . Клин Онкол (R Coll Radiol) . 31 (1): 9–16. дои : 10.1016/j.clon.2018.10.001 . hdl : 2381/43295 . ПМИД 30389261 .
Мбах, К; Де Рюйк, К; Де Шрийвер, С.; Де Саттер, К.; Шьеткетте, К.; Монтен, К.; Пелинк, Л.; ДеНев, В.; Тьеренс, Х.; Вест, К.; Аморим, Г.; Тас, О.; Вельдеман, Л. (2018). «Новый подход к моделированию общей радиочувствительности пациентов и прогнозированию множественных конечных точек токсичности для пациентов с раком молочной железы» . Акта Онкологика . 57 (5): 604–12. дои : 10.1080/0284186X.2017.1417633 . ПМИД 29299946 .

[1] Барнетт Г.К., Эллиотт Р.М., Алснер Дж., Андреассен К.Н., Абдельхай О., Бёрнет Н.Г., Чанг-Клод Дж., Коулз С.Э., Гутьеррес-Энрикес С., Фуэнтес-Распал М.Дж., Алонсо-Муньос М.К., Кернс С., Раабе А., Симондс Р.П., Сейболд П., Тэлбот С.Дж., Венц Ф., Уилкинсон Дж., Ярнольд Дж., Даннинг А.М., Розенштейн Б.С., Вест К.М., Бентцен С.М. (2012). «Метаанализ данных отдельных пациентов не показывает никакой связи между SNP rs1800469 в TGFB и поздней токсичностью лучевой терапии» . Радиотер Онкол . 105 (3): 289–95. дои : 10.1016/j.radonc.2012.10.017 . ПМЦ 3593101 . ПМИД 23199655 .

[2] Барнетт Г.К., Коулз С.Э., Эллиотт Р.М., Бэйнс С., Луккарини С., Конрой Д., Уилкинсон Дж.С., Тайрер Дж., Мисра В., Платт Р., Галлифорд С.Л., Сайдс М.Р., Холл Е, Бентцен С.М., Дирнали Д.П., Бёрнет Н.Г., Фароа П.Д. , Даннинг А.М., Уэст К.М. (2012). «Независимая проверка генов и полиморфизмов, которые, как сообщается, связаны с радиационной токсичностью: проспективное аналитическое исследование» . Ланцет Онкол . 13 (1): 65–77. дои : 10.1016/S1470-2045(11)70302-3 . ПМИД 22169268 .

[3] Талбот С.Дж., Тантелес Г.А., Барнетт Г.К., Бернет Н.Г., Чанг-Клод Дж., Коулс С.Э., Дэвидсон С., Даннинг А.М., Миллс Дж., Мюррей Р.Дж., Попанда О., Сейболд П., Уэст К.М., Ярнольд Дж.Р., Саймондс Р.П. (2012). «Воспроизведенная связь между полиморфизмами вблизи TNFα и риском побочных реакций на лучевую терапию» . Бр Джей Рак . 107 (4): 748–53. дои : 10.1038/bjc.2012.290 . ПМК 3419947 . ПМИД 22767148 .

[4] Дас, АК; Белл М.Х.; Нироди КС; История, доктор медицинских наук; Минна Джей Ди (2010). «Радиогеномика, прогнозирующая реакцию опухоли на лучевую терапию при раке легких» . Сем Радиат Онкол . 20 (3): 149–55. дои : 10.1016/j.semradonc.2010.01.002 . ПМЦ 2917342 . ПМИД 20685577 .

[5] Ярд, Брайан Д.; Адамс, Дрю Дж.; Чи, Юи Кю; Тамайо, Пабло; Батталья, Джессика С.; Гопал, Приянка; Рогацки, Кевин; Пирсон, Брэдли Э.; Филлипс, Джеймс (25 апреля 2016 г.). «Генетическая основа вариаций уязвимости рака к повреждению ДНК» . Природные коммуникации . 7 : 11428. Бибкод : 2016NatCo...711428Y . дои : 10.1038/ncomms11428 . ISSN 2041-1723 . ПМЦ 4848553 . ПМИД 27109210 .

[6] Андреассен, Китай; Алснер Дж; Овергаард Дж (2002). «Имеет ли изменчивость реакций нормальных тканей после лучевой терапии генетическую основу – где и как ее искать?». Радиотер Онкол . 64 (2): 131–40. дои : 10.1016/s0167-8140(02)00154-8 . ПМИД 12242122 .

[7] Уэст CM, Маккей М.Дж., Хёльшер Т., Бауманн М., Стратфорд И.Дж., Бристоу Р.Г., Ивакава М., Имаи Т., Зингде С.М., Аншер М.С., Бурхис Дж., Бегг А.С., Хаустерманс К., Бентцен С.М., Хендри Дж.Х. (2005). «Молекулярные маркеры, прогнозирующие ответ на лучевую терапию: отчет и рекомендации технического совещания Международного агентства по атомной энергии». Int J Radiat Oncol Biol Phys . 62 (5): 1264–73. дои : 10.1016/j.ijrobp.2005.05.001 . ПМИД 16029781 .

[8] Бентцен, С.М. (2006). «Предотвращение или уменьшение поздних побочных эффектов лучевой терапии: радиобиология встречается с молекулярной патологией». Нат Преподобный Рак . 6 (9): 702–13. дои : 10.1038/nrc1950 . ПМИД 16929324 . S2CID 1190053 .

[9] Уэст С, Розенштейн Б.С., Алснер Дж., Азрия Д., Барнетт Дж., Бегг А., Бентцен С., Бёрнет Н., Чанг-Клод Дж., Чуанг Е., Коулз С., Де Рюик К., Де Рюйшер Д., Даннинг А., Эллиотт Р., Фахал. Л, Холл Дж, Хаустерманс К, Херскинд С, Хельшер Т, Имаи Т, Ивакава М, Джонс Д, Кулич C, EQUAL-ESTRO, Лангендейк Дж. Х., О'Нилс П., Ожахин М., Парламент М., Полански А., Розенштейн Б., Семинара Д., Саймондс П., Талбот С., Тиренс Х., Вега А., Вест С., Ярнольд Дж. (2010). «Создание Консорциума по радиогеномике». Международный журнал радиационной онкологии, биологии, физики . 76 (5): 1295–1296. дои : 10.1016/j.ijrobp.2009.12.017 . ПМИД 20338472 .

[10] Запад, С; Розенштейн Б.С. (2010). «Создание консорциума по радиогеномике». Радиотер Онкол . 94 (1): 117–8. дои : 10.1016/j.radonc.2009.12.007 . ПМИД 20074824 .

[11] «Национальный институт рака здравоохранения — программа исследований в области эпидемиологии и геномики» .

[12] Радиомика

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]