Четырехгаметный тест

В популяционной генетике тест четырех гамет (FGT) представляет собой метод обнаружения исторических событий рекомбинации . ^[1]

Описание

Тест четырех гамет выявляет пары сайтов сегрегации , возникших либо в результате рекомбинации, либо в результате повторной мутации . Тест основан на предположении о бесконечном количестве сайтов (т.е. повторные мутации имеют нулевую вероятность). Согласно этой гипотезе вероятность повторной мутации равна нулю, и, следовательно, предполагается событие рекомбинации. Например, если изучаемые данные состоят из данных о биаллельном однонуклеотидном полиморфизме , то следующая конфигурация может быть создана без рекомбинации. Действительно, например, из генотипа 0, 0 одна мутация может дать начало генотипу 0, 1, а другая мутация может дать начало генотипу 1, 0.

хромосома	Сайт 1	Сайт 2
1	0	0
2	1	0
3	0	1

Однако следующая конфигурация не может быть создана без рекомбинации. Действительно, предположение о модели бесконечного сайта предполагает, что мутация в сайте 1 генотипа 2 с образованием генотипа 4 невозможна (как и мутация в сайте 2 генотипа 3).

хромосома	Сайт 1	Сайт 2
1	0	0
2	1	0
3	0	1
4	1	1

Следовательно, в этом примере наличие генотипа 4 является признаком рекомбинации. FGT обнаруживает события рекомбинации, определяя тип конфигурации, представленной выше в данных. FGT может быть выполнен с использованием R. ^[2]

FGT имеет низкую статистическую мощность для обнаружения рекомбинации. Более того, FGT подходит только тогда, когда скорость мутаций значительно меньше скорости рекомбинации. Если частота мутаций высока, то предположение о бесконечности узлов нарушается. Например, FGT обычно подходит для наборов данных о людях, но не подходит для наборов данных о бактериях.

См. также

Ссылки

^ Хадсон, РК (1 сентября 1985 г.). «Статистические свойства количества событий рекомбинации в истории образца последовательностей ДНК» . Генетика . 111 (1): 147–164. ISSN 0016-6731 . ПМК 1202594 . ПМИД 4029609 .
^ https://search.r-project.org/CRAN/refmans/FourgameteP/html/FourgameteP.html

[1] Хадсон, РК (1 сентября 1985 г.). «Статистические свойства количества событий рекомбинации в истории образца последовательностей ДНК» . Генетика . 111 (1): 147–164. ISSN 0016-6731 . ПМК 1202594 . ПМИД 4029609 .

[2] ttps://search.r-project.org/CRAN/refmans/FourgameteP/html/FourgameteP.html

[1]

[2]