ТМЕМ241
Трансмембранный белок 241 (он же C18orf45, hVVT) представляет собой повсеместно распространенный белок-переносчик сахара, который у людей кодируется геном TMEM241. [ 1 ]
Ген
[ редактировать ]У человека TMEM241 представляет собой ген длиной 142 188 п.н., расположенный в 18q11.2 и содержащий 24 экзона. [ 2 ]
Джин Район
[ редактировать ]TMEM241 расположен рядом с CABLES1, RIOK3 и NPC1 на хромосоме 18. [ 3 ]
мРНК
[ редактировать ]
Первичная мРНК человеческого TMEM241, изоформа 1, [ 3 ] 5'-UTR, содержит шпильку консервативную у приматов. Первичная мРНК изоформы 1 TMEM241 человека содержит сайты связывания в своей 3'-UTR для микроРНК 520f-5p, 378a-5p и 6866-5p. [ 4 ]
Белок
[ редактировать ]Общие свойства
[ редактировать ]Существует более 10 вариантов транскриптов человеческого гена TMEM241, обнаруженных на BLAST. изоформы 1 TMEM241 составляет примерно 31 кДа Масса . Белок имеет изоэлектрическую точку 8,7. и особенно богат аминокислотой фенилаланином, содержащей в два раза больше обычной пропорции этой аминокислоты. [ 5 ]
Сохраненные домены
[ редактировать ]
TMEM241 состоит из 9 трансмембранных доменов, образующих гидрофобный неотъемлемый компонент мембраны. [ 2 ] состоит преимущественно из альфа-спиралей . [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] TMEM241 содержит VRG4 (ванадат-резистентное гликозилирование). [ 9 ] ) домен, гомологичный домену транспортера сахара VRG4 из Saccharomyces cerevisiae (дрожжи). [ 10 ]
Посттрансляционная модификация
[ редактировать ]
Предполагается, что TMEM241 подвергается различному фосфорилированию . [ 11 ] гликирование , [ 11 ] пальмитоилирование . [ 12 ] Например, изоформа 1 TMEM241. [ 13 ] имеет сайты фосфорилирования на S6, 64, 170, 177, 291, 295 и 296; [ 11 ] сайты гликирования на К125, 169 и 172; [ 11 ] сайты пальмитоилирования на C13, 15, 221. [ 12 ]
Взаимодействующие белки
[ редактировать ]Имеются некоторые доказательства того, что этот белок может взаимодействовать с кератиновой нитью на основе двухгибридного скрининга с кератиновым белком KRT40. [ 14 ]
Выражение
[ редактировать ]TMEM241, вероятно, будет экспрессироваться во всех тканях на различных уровнях от базального до умеренного. [ 15 ] Некоторые исследования обнаружили изменения в экспрессии TMEM241. Например, в случаях острого мегакариобластного лейкоза TMEM241 оказался одним из наиболее активно регулируемых генов. [ 16 ] В другом случае было обнаружено, что TMEM241 активируется во время ответа развернутого белка после сверхэкспрессии Ero1α ( эндоплазматический ретикулум оксидоредуклин 1α). [ 10 ]
Гомология
[ редактировать ]TMEM241 консервативен у эукариот.
Ортологи
[ редактировать ]
TMEM241 консервативен у всех животных, а гомологи обнаружены у эукариот. TMEM241 имеет 19% глобальную идентичность и 60% идентичность транспортеру GDP-маннозы из S. cerevisiae , который содержит домен VRG4 . Из-за этого сходства вполне вероятно, что TMEM241 является переносчиком GDP-маннозы. График справа показывает относительный уровень консервации TMEM241 у многих видов организмов с использованием принципа молекулярных часов.
| Научное название | Общее имя | Отличие от H. sapiens (млн лет назад) [ 17 ] | Длина белка (аминокислоты) | % Идентичность H. sapiens [ 18 ] [ 19 ] | Инвенционный номер |
|---|---|---|---|---|---|
| Мудрый человек | Человек | 0 | 296 | 100 | НП_116322 |
| Мышиная мышца | Мышь | 90.1 | 297 | 84 | НП_001276595 |
| Теплый и агрессивный | Ерш (птица) | 320.5 | 296 | 80 | XP_003219697 |
| Бивиттата Python | Питон | 320.5 | 296 | 74 | XP_014793906 |
| Ксенопус левис | Лягушка | 354.4 | 293 | 69 | НП_001091222 |
| Салмо Салар | Лосось | 436.8 | 296 | 63 | XP_014036453 |
| Осьминог двумакулоидный | Осьминог | 903 | 291 | 35 | XP_014776992 |
| Халиоморфа халис | Вонючий клоп | 903 | 257 | 32 | XP_014284006 |
| Сахаромицеты cerevisiae | Дрожжи | 1335.5 | 216 | 25 | AJS02580 |
| Coccomyxa subellipsoidea | Зеленые водоросли | 1570.5 | 296 | 28 | XP_005651133 |
Паралоги
[ редактировать ]TMEM241 имеет два паралога у людей, которые имеют гомологи у эукариот, UGTREL8. [ 20 ] и УГТРЕЛ7. [ 21 ] TMEM241, UGTREL8 и UGTREL7 представляют собой семейство белков-переносчиков сахаров, близких к транспортеру GDP-маннозы, выявленному у S. cerevisiae .
| % Личность [ 18 ] [ 19 ] | ТМЕМ241
( Х. мудрый) |
УГТРЭЛ7
( Х. мудрый) |
УГТРЭЛ8
( Х. мудрый) |
ВВП Переносчик маннозы
( С. cerevisiae ) |
|---|---|---|---|---|
| TMEM241 ( H. sapiens) | 100% | 19.9% | 23.9% | 19.0% |
| UGTREL7 ( H. sapiens) | 19.9% | 100% | 52.2% | 18.8% |
| UGTREL8 ( H. sapiens) | 23.9% | 52.2% | 100% | 19.9% |
| ВВП Переносчик маннозы
( Св. cerevisiae) |
19.0% | 18.8% | 19.9% | 100% |
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Ген Энтрез: Трансмембранный белок 241» . Проверено 9 мая 2013 г.
- ^ Jump up to: а б «Трансмембранный белок 241 TMEM241 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 февраля 2016 г.
- ^ Jump up to: а б «NCBI NM_032933.5» . Проверено 6 февраля 2016 г.
- ^ «miRDB - База данных прогнозирования целей и функциональных исследований микроРНК» . mirdb.org . Проверено 30 апреля 2016 г.
- ^ Брендель, В; Бухер, П; Нурбахш, ИР; Блейсделл, Бельгия; Карлин, С. (1992). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей» . Учеб. Натл. акад. Наука . 89 (6): 2002–2006. Бибкод : 1992PNAS...89.2002B . дои : 10.1073/pnas.89.6.2002 . ПМК 48584 . ПМИД 1549558 .
- ^ «СОСУИ: Результат» . harrier.nagahama-i-bio.ac.jp . Проверено 24 апреля 2016 г.
- ^ «Фобиус» . phobius.sbc.su.se . Проверено 24 апреля 2016 г.
- ^ «Сервер DAS-TMfilter» . mendel.imp.ac.at . Архивировано из оригинала 5 мая 2016 г. Проверено 24 апреля 2016 г.
- ^ «ВРГ4 | СГД» . www.yeastgenome.org . Проверено 30 апреля 2016 г.
- ^ Jump up to: а б Хансен, Х.Г.; Шмидт, доктор медицинских наук; Солтофт, CL; Рамминг, Т.; Гирц-Хансен, HM; Кристенсен, Б.; Соренсен, ЕС; Юнкер, А.С.; Аппенцеллер-Герцог, К.; Эллгаард, Л. (1 октября 2012 г.). «Гиперактивность оксидазы Ero1 вызывает стресс эндоплазматической сети, но не оказывает широкого антиоксидантного ответа» . Журнал биологической химии . 287 (47): 39513–39523. дои : 10.1074/jbc.M112.405050 . ПМК 3501080 . ПМИД 23027870 .
- ^ Jump up to: а б с д «Добро пожаловать на CBS» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 24 апреля 2016 г.
- ^ Jump up to: а б «CSS-Palm — Прогнозирование места пальмитоилирования» . csspalm.biocuckoo.org . Архивировано из оригинала 20 июля 2018 г. Проверено 24 апреля 2016 г.
- ^ «Трансмембранный белок 241, изоформа 1 [Homo sapiens] - Белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 30 апреля 2016 г.
- ^ «mentha: интерактивный браузер» . mentha.uniroma2.it . Проверено 4 мая 2016 г.
- ^ «GDS3834/12797/TMEM241» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 24 апреля 2016 г.
- ^ Пеллери, Мария; Пиовесан, Эллисон; Каракаузи, Мария; Берарди, Анна; Витале, Лоренца; Стрипполи, Пьерлуиджи (2014). «Интегрированные дифференциальные карты транскриптома острого мегакариобластного лейкоза (AMKL) у детей с синдромом Дауна (СД) или без него» . BMC Медицинская Геномика . 7 (1): 63. дои : 10.1186/s12920-014-0063-z . ПМК 4304173 . ПМИД 25476127 .
- ^ Хеджес, Южная Каролина; Марин, Дж; Сулески, М; Кумар, С. «Дерево времени: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 27 апреля 2016 г.
- ^ Jump up to: а б Пирсон, WR (1990). [5] Быстрое и чувствительное сравнение последовательностей с FASTP и FASTA . Методы энзимологии. Том. 183. стр. 63–98. дои : 10.1016/0076-6879(90)83007-в . ISBN 9780121820848 . ПМИД 2156132 .
- ^ Jump up to: а б "ВЫРОВНЯТЬ" . Архивировано из оригинала 11 августа 2003 г.
- ^ «Переносчик УДФ-глюкуроновой кислоты/УДФ-N-ацетилгалактозамина [Homo sapiens - Белок - NCBI]» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 февраля 2016 г.
- ^ «Член D1 семейства растворенных носителей SLC35D1 35 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 26 апреля 2016 г.