ФлайЭкспресс
 | |
| Стабильная версия | v7
|
|---|---|
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | Бесплатное ПО |
| Веб-сайт | www |
FlyExpress — это бесплатная база данных, в которой собраны закономерности экспрессии Drosophila melanogaster в эмбриогенезе с помощью серии изображений, предоставленных BDGP , Fly-FISH и публикаций других исследователей, содержащих более 100 000 изображений более 4000 генов. [ 1 ] В настоящее время он доступен бесплатно как онлайн, так и в виде приложения для iPhone . [ 2 ] [ 3 ]
История
[ редактировать ]FlyExpress был разработан Центром эволюционной медицины и информатики Института биодизайна Университета штата Аризона и выпущен в 2011 году при финансировании и поддержке гранта NIH .
Функции
[ редактировать ]Основными изображениями, доступными во FlyExpress, являются GEM, или карты экспрессии всего генома, которые отображают пространственные закономерности генов во время развития мух с помощью тепловых карт. Это не только дает визуальное представление о том, где экспрессируются эти гены, но также и о том, сколько из них экспрессируются в одном и том же районе, поскольку более темные области тепловой карты коррелируют с более высоким количеством экспрессируемых генов. [ 4 ]
При поиске изображений (по названию гена, идентификатору PubMed , идентификатору изображения или определенным ключевым словам) из двух баз данных отображается серия GEM, включающая ген на нисходящих стадиях и изображения эмбриона. [ 5 ] Также показаны различные детали, такие как источник и протокол эксперимента с эмбрионом. Все образцы экспрессии отражают аллель дикого типа этого гена.
Классификация генов как изображений позволяет не только визуализировать понимание влияния гена, но и противопоставить закономерности между несколькими различными генами. FlyExpress имеет основную функцию поиска между изображениями. [ 6 ] для аналогичных шаблонов экспрессии с использованием указанного пространственного профиля с помощью инструмента поиска базовых выражений для изображений (или BESTi), выявляя все изображения и гены, соответствующие критериям шаблона. Определенные классификации и места экспрессии генов также можно искать в базах данных BDGP и Fly-FISH, чтобы получить аналогичные результаты без указания конкретного гена для начала. Поиск между GEM, как правило, дает лучшие результаты, чем поиск генов по текстовым критериям, которые не всегда могут содержать всеобъемлющие текстовые аннотации и маркировки и, таким образом, при поиске перечислять меньшее количество перекрывающихся генов .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Вольф, MJ; Рокман, ХА (2011). «Дрозофила, генетический экран и сердечная функция» . Исследование кровообращения . 109 (7): 794–806. дои : 10.1161/CIRCRESAHA.111.244897 . ПМЦ 3678974 . ПМИД 21921272 .
- ^ Кумар, С.; Коников, К.; Ван Эмден, Б.; Бусик, К.; Дэвис, Коннектикут; Джи, С.; Ву, Л.-В.; Рамос, Х.; Броуди, Т.; Панчанатан, С.; Йе, Дж.; Карр, ТЛ; Джерольд, К.; Маккатчан, М.; Ньюфельд, С.Дж. (2011). «FlyExpress: Визуальный анализ пространственно-временных закономерностей генов и публикации по эмбриогенезу дрозофилы» . Биоинформатика . 27 (23): 3319–3320. doi : 10.1093/биоинформатика/btr567 . ПМЦ 3223365 . ПМИД 21994220 .
- ^ Кумар, С.; Бочча, К.; Маккатчан, М.; Йе, Дж. (2012). «Изучение пространственных закономерностей экспрессии генов в процессе эмбриогенеза плодовых мух на iPhone» . Биоинформатика . 28 (21): 2847–2848. doi : 10.1093/биоинформатика/bts518 . ПМЦ 3476331 . ПМИД 22923306 .
- ^ Коников, CE; Карр, ТЛ; Маккатчан, М.; Ньюфелд, С.Дж.; Кумар, С. (2012). «Сравнение экспрессии эмбрионов в мультигенных семьях с использованием платформы открытий Flyexpress выявляет скорее пространственные, чем временные расхождения» . Динамика развития . 241 (1): 150–160. дои : 10.1002/dvdy.22749 . ПМК 3241901 . ПМИД 21960044 .
- ^ «Лучшее в Интернете: FlyExpress» , GEN: Новости генной инженерии и биотехнологии , 15 октября 2012 г.
- ^ Го, Фань; Ли, Лей; Фалуцсос, Христос; Син, Эрик П. (2008). «C-DEM: мультимодальная система запросов к базам данных эмбрионов дрозофилы». Труды Фонда VLDB . 1 (2): 1508–1511. дои : 10.14778/1454159.1454214 . S2CID 2071437 .