ГорькийДБ
 | В этой статье есть несколько проблем. Пожалуйста, помогите улучшить его или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалять эти шаблонные сообщения )
|
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Горькие соединения. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Еврейский университет в Иерусалиме, Реховот, Израиль. |
| Лаборатория | Сельскохозяйственный факультет Роберта Х. Смита |
| Авторы | Аяна Винер |
| Первичное цитирование | Винер и др. (2012) [1] |
| Дата выпуска | 2011 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | https://bitterdb.agri.huji.ac.il |
| Инструменты | |
| Интернет | взрыв |
BitterDB людям — это база данных соединений, которые, как сообщается, кажутся на вкус. горькими [1] Целью базы данных BitterDB является сбор информации о природных и синтетических соединениях, имеющих горький вкус, а также о родственных им рецепторах горького вкуса (T2R или TAS2R ). [2]
Краткое содержание
[ редактировать ]BitterDB включает более 670 соединений, которые, как сообщается, кажутся людям горькими на вкус. Соединения можно искать по названию, химической структуре , сходству с другими горькими соединениями, ассоциации с конкретным рецептором горького вкуса человека, а также по другим свойствам. База данных также содержит информацию о мутациях рецепторов горького вкуса, которые, как было показано, влияют на активацию рецепторов горькими соединениями.
Обзор базы данных
[ редактировать ]Горькие соединения
[ редактировать ]
BitterDB в настоящее время содержит более 670 соединений, которые в литературе упоминаются как горькие. Для каждого соединения база данных предлагает информацию о его молекулярных свойствах, ссылки на горечь соединения, включая дополнительную информацию о категории горечи соединения (например, аннотации «горько-сладкий» или «слегка горький»), различные идентификаторы соединений ( SMILES) . , CAS номер реестра , систематическое название IUPAC ), указание того, получено ли соединение из природного источника или является синтетическим, ссылка на запись соединения в PubChem и различные форматы файлов для загрузки (sdf, изображение, смайлы).Более 200 горьких соединений были экспериментально связаны с соответствующими человеческим рецепторам горького вкуса. Для этих соединений BitterDB предоставляет дополнительную информацию, включая ссылки на публикации, указывающие на эти взаимодействия лиганд-рецептор, эффективную концентрацию для активации рецептора и/или значение EC50 , а также ссылки на соответствующие записи рецепторов горького вкуса в BitterDB.
Запрос и просмотр
[ редактировать ]Горькие соединения можно запрашивать и просматривать разными способами. Например, опция «расширенный поиск» позволяет пользователю находить соединения, соответствующие различным критериям, таким как комбинация определенных физических свойств или комбинация связанных с ней рецепторов горького вкуса человека. В дополнение к параметрам запроса пользователь может просматривать сортируемую таблицу со всеми соединениями BitterDB.
Рецепторы горького вкуса
[ редактировать ]BitterDB содержит данные о 25 известных рецепторах горького вкуса человека. Для каждого рецептора отображается несколько свойств. Рецепторы горького вкуса можно искать по разным критериям: названию, известным лигандам и инвентарному номеру UniProt . Используя таблицу, в которой представлены все рецепторы горького вкуса и некоторую информацию о них, пользователь может просматривать и сортировать их по различным параметрам, например по количеству лигандов горького вкуса, связанных с рецептором.
Локальный сервис BLAST и глобальное согласование
[ редактировать ]BitterDB предлагает две дополнительные функции: локальный сервис BLAST для определения локального сходства между последовательностью запроса и различными рецепторами горького вкуса человека, а также глобальное выравнивание 25 рецепторов горького вкуса человека. Выравнивание было создано с помощью ClustalW2 и отображает вторичную структуру каждого рецептора, предсказанную сервером TOPCONS.
Загрузка соединений
[ редактировать ]BitterDB предлагает опцию «загрузки», при которой пользователям предлагается отправлять информацию о горьких соединениях. Эти данные будут рассмотрены авторами и соответствующим образом загружены в базу данных. Пользователи могут присоединиться к списку рассылки, чтобы получать обновления базы данных.
Примеры
[ редактировать ]![[икона]](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/1c/Wiki_letter_w_cropped.svg/20px-Wiki_letter_w_cropped.svg.png){kind=small} | Этот раздел пуст. Вы можете помочь, добавив к нему . ( февраль 2013 г. ) |
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Винер, Аяна; Шудлер Марина; Левит Анат; Нив Маша Ю (январь 2012 г.). «BitterDB: база данных горьких соединений» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (Проблема с базой данных). Англия: D413–9. дои : 10.1093/nar/gkr755 . ПМК 3245057 . ПМИД 21940398 .
- ^ «БиттерДБ» . БиттерДБ . Проверено 14 февраля 2022 г.