Алекс К. Шалек

Алекс Шалек
Алекс Шалек
	Алекс Шалек, август 2019 г.
Рожденный	18 декабря 1981 г.
Альма-матер	Колумбийский университет ; Гарвардский университет
Награды	Премия Гарольда Э. Эдгертона за достижения в факультете, Массачусетский технологический институт (2020) ; Стипендиат Благотворительного фонда Пью Пью-Стюарта (2018 г.) ; Фонда Альфреда П. Слоана (2018 г.) Научный сотрудник ; Программа стипендий Сирла (2015) ; Премия Бекмана молодым сыщикам (2015) ; Премия директора НИЗ за новый новатор (2015 г.)
	Научная карьера
Учреждения	Массачусетский технологический институт ; Броуд Институт ; Институт Коха интегративных исследований рака ; Институт Рагона ; Массовая больница общего профиля ; Гарвардская медицинская школа
Докторантура	Парк Хункунь
Веб-сайт	www .shalelab .с

Алекс К. Шалек — биомедицинский инженер , ведущий преподаватель Института медицинской инженерии и науки (IMES), доцент кафедры химии и заочный член Института интегративных исследований рака Коха Массачусетского технологического института. . Кроме того, он является членом Института Рагона и членом Института Броуда , ассистентом по иммунологии в Массачусетской больнице общего профиля и преподавателем медицинских наук и технологий в Гарвардской медицинской школе . Междисциплинарные исследования Лаборатории Шалек направлены на создание и внедрение широко применимых методов изучения и разработки клеточных реакций в тканях, стимулирование биологических открытий и улучшение прогноза, диагностики и терапии аутоиммунных, инфекционных и раковых заболеваний. Шалек и его лаборатория наиболее известны своей работой в области геномики одноклеточных клеток и изучением ряда разрушительных, но трудных для изучения заболеваний человека с партнерами по всему миру. ^{[ 1 ]}

Образование и предыдущие исследования

Шалек получил степень бакалавра с отличием в 2004 году в Колумбийском университете , где он изучал химическую физику в качестве стипендиата Джона Джея вместе с Ричардом Берсоном и Луи Брусом . Затем он выполнил дипломную работу по химической физике, разработав массивы нанопроволок в виде клеточных «шприцов» и электрохимических зондов под руководством Хункуна Парка в Гарвардском университете. ^{[ 2 ]} После этого, будучи постдокторантом, под руководством Пака и Авива Регева в Институте Броуда, Шалек помог разработать одноклеточные закономерности клеточных реакций, чтобы изучить, как клетки по-разному реагируют на одно и то же состояние, показав, что общегеномная ковариация экспрессии генов ячейки могут быть использованы для определения клеточных типов и состояний, их внутренней «схемы», «снизу вверх». ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Будучи независимым исследователем, Шалек и его лаборатория помогли масштабировать и упростить геномику отдельных клеток для изучения сложных клинических образцов с низкими затратами по всему миру. ^{[ 7 ]}^{[ 5 ]}^{[ 8 ]} Параллельно они использовали эти и другие подходы. ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}^{[ чрезмерное цитирование ]} чтобы помочь изучить причины и последствия клеточной гетерогенности при раке, ^{[ 15 ]}^{[ 16 ]}^{[ 17 ]}^{[ 18 ]}^{[ 19 ]} инфекционные заболевания, ^{[ 5 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 20 ]}^{[ 21 ]}^{[ 22 ]}^{[ 23 ]}^{[ 24 ]}^{[ 25 ]}^{[ 26 ]}^{[ 27 ]}^{[ чрезмерное цитирование ]} и воспаление. ^{[ 28 ]}^{[ 29 ]}^{[ 30 ]}

Текущие исследования

Текущая работа в лаборатории Шалека включает в себя как разработку широкомасштабных технологий, так и их применение для характеристики, моделирования и управления многоклеточными системами. Что касается разработки технологий, лаборатория объединяет области исследований в области геномики , химической биологии и нанотехнологий , чтобы разработать доступные подходы к профилированию и контролю клеток и их взаимодействий.

В дополнение к этим инструментам с мировым исследовательским сообществом, ^{[ 31 ]} лаборатория применяет их для анализа заболеваний человека, таких как COVID-19, ^{[ 32 ]}^{[ 33 ]} методично связывая клеточные особенности и клинические наблюдения. Основные области внимания включают то, как: иммунные клетки координируют сбалансированные реакции на стрессы окружающей среды; ^{[ 28 ]}^{[ 29 ]}^{[ 8 ]}^{[ 34 ]} Взаимодействия клетки-хозяина и патогена развиваются во время инфекции; ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 21 ]}^{[ 22 ]}^{[ 23 ]}^{[ 26 ]}^{[ чрезмерное цитирование ]} и опухолевые клетки уклоняются от терапевтического лечения и естественного иммунитета. ^{[ 15 ]}^{[ 17 ]}^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}^{[ 25 ]}^{[ 35 ]}

На основе этих и других наблюдений лаборатория стремится понять, как болезнь изменяет функцию тканей на клеточном уровне, и реализовать терапевтические и профилактические меры для восстановления или поддержки здоровья человека.

Выберите награды и награды

2019-20 Гарольда Э. Эдгертона за достижения преподавателей 2020 г. Премия ^{[ 36 ]}
Премия молодого наставника Гарвардской медицинской школы , 2020 г. ^{[ 37 ]}
Стипендиат Пью-Стюарта, Благотворительный фонд Pew Charitable Trust , 2018–2022 гг. ^{[ 38 ]}
Научный сотрудник Слоана в области химии, Фонд Альфреда П. Слоана , 2018–2020 гг. ^{[ 39 ]}
Профессорская программа развития карьеры Pfizer-Laubach, Массачусетский технологический институт, 2017–2020 гг. ^{[ 40 ]}
Младший научный консультант, Научная трансляционная медицина, 2016 г. ^{[ 41 ]}
Премия директора НИЗ «Новый новатор» , 2015–2020 гг. ^{[ 42 ]}
Премия Бекмана молодым сыщикам Фонда Арнольда и Мейбл Бекман, 2015–2019 гг. ^{[ 43 ]}
Программа стипендий Сирла ^{[ 44 ]}
Первое место в конкурсе «Следуй за этой клеткой» (член команды), НИЗ, 2015 г. ^{[ 45 ]}
Герман Л. Ф. фон Гельмгольц, Профессор по развитию карьеры, Массачусетский технологический институт, 2014–2016 гг. ^{[ 45 ]}
Премия за выдающиеся достижения, Институт Броуда Гарварда и Массачусетский технологический институт, 2013 г. ^{[ 45 ]}
Премия Дадли Р. Хершбаха за преподавание, Гарвардский университет, 2006 г. ^{[ 45 ]}
Аспирантура, NSF, 2005–2008 гг. ^{[ 45 ]}
Сертификат отличия в области преподавания, Гарвардский университет, 2005 г. ^{[ 45 ]}
Фи Бета Каппа, Колумбийский университет, 2004 г. ^{[ 45 ]}
Стипендиат Джона Джея, Колумбийский университет, 2000–2004 гг. ^{[ 45 ]}

Выберите публикации

Хуанг, Сийи и др. (21 января 2021 г.). «Лимфатические узлы иннервируются уникальной популяцией сенсорных нейронов с иммуномодулирующим потенциалом». Клетка . 184 (2): 441–459.e25 ^{[ 34 ]}
Зиглер, CGK и др. (28 мая 2020 г.). «Рецептор ACE2 SARS-CoV-2 представляет собой стимулируемый интерфероном ген в эпителиальных клетках дыхательных путей человека и обнаруживается в определенных подмножествах клеток в тканях», Cell, 181, 1016 (2020). ^{[ 20 ]}
Хьюз, Трэвис К. и др. (13 октября 2020 г.). «Массивно-параллельная секвенирование scRNA на основе синтеза второй цепи выявляет клеточные состояния и молекулярные особенности воспалительных патологий кожи человека». Иммунитет . 53 (4): 878–894.e7. ^{[ 8 ]}
Котлиар, Дилан и др. (25 ноября 2020 г.). «Одноклеточное профилирование болезни, вызванной вирусом Эбола, in vivo выявляет динамику вируса и хозяина». Клетка . 183 (5): 1383–1401.e19. ^{[ 10 ]}
Казер, Сэмюэл В. и др. (2020-04). «Комплексный одноклеточный анализ динамики многоклеточного иммунитета при острой инфекции ВИЧ-1». Природная медицина . 26 (4): 511–518. ^{[ 9 ]}
Смилли, C.# и др. (2019). «Внутри- и межклеточная перестройка толстой кишки человека при язвенном колите» Cell , 178 , 714 (2019). ^{[ 29 ]}
Ордовас-Монтанес, Ж. и др. (2018). «Снижение клеточного разнообразия и измененное состояние базальных клеток-предшественников определяют дисфункцию эпителиального барьера в иммунитете человека 2 типа», Nature , 560 , 649 (2018). ^{[ 28 ]}
Мартин-Гайо, Э. и др. (2018). «Рациональная основа для модуляции ансамблевого иммунного поведения, вдохновленная элитным контролем ВИЧ-1», Genome Biol. , 19 , 10 (2018). ^{[ 26 ]}
ТМ Gierahn и др. (2017) «Seq-Well: портативная и недорогая платформа для секвенирования одноклеточной РНК из образцов с низкими затратами». Природный мет . 14 (2017): 395. ^{[ 5 ]}
И. Тирош и др. (2017) «Изучение многоклеточной экосистемы метастатической меланомы с помощью секвенирования одноклеточной РНК». Наука 352.6282 (2016): 189–96. ^{[ 15 ]}
Э. З. Макоско и др. (2015). «Полногеномное профилирование экспрессии тысяч отдельных клеток с использованием нанолитровых капель». Ячейка 161 (2015 г.): 1202-14. ^{[ 7 ]}
АК Шалек и др. (2014). «Крупномасштабное секвенирование одноклеточной РНК раскрывает стратегии регулирования динамической изменчивости от клетки к клетке посредством паракринной передачи сигналов». Природа 510 (2014): 363. ^{[ 4 ]}
АК Шалек и др. (2013). «Одноклеточная транскриптомика выявляет бимодальность экспрессии и сплайсинга в иммунных клетках». Природа 498 (2013): 236–40. ^{[ 3 ]}
Н. Йосеф и др. (2013). «Динамическая регуляторная сеть, контролирующая дифференцировку клеток Th17». Природа 496 (2013): 461–68. ^{[ 46 ]}

Ссылки

^ «Шалек Лаборатория» . shaleklab.com . Проверено 30 октября 2020 г.
^ Робинсон, Джейкоб Т.; Йорголли, Марсела; Шалек, Алекс К.; Юн, Мён Хан; Гертнер, Рона С.; Пак, Гонконг (март 2012 г.). «Вертикальные электродные массивы из нанопроволок как масштабируемая платформа для внутриклеточного взаимодействия с нейронными цепями» . Природные нанотехнологии . 7 (3): 180–184. Бибкод : 2012НатНа...7..180Р . дои : 10.1038/nnano.2011.249 . ISSN 1748-3395 . ПМК 4209482 . ПМИД 22231664 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Шалек, Алекс К.; Сатиджа, Рахул; Адиконис, Сиань; Гертнер, Рона С.; Гаубломм, Джеллерт Т.; Райчоудхури, Рактима; Шварц, Шрага; Йосеф, Нир; Мальбёф, Кристина; Лу, Диана; Тромбетта, Джон Дж. (июнь 2013 г.). «Одноклеточная транскриптомика обнаруживает бимодальность экспрессии и сплайсинга в иммунных клетках» . Природа . 498 (7453): 236–240. Бибкод : 2013Natur.498..236S . дои : 10.1038/nature12172 . ISSN 1476-4687 . ПМЦ 3683364 . ПМИД 23685454 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Шалек, Алекс К.; Сатиджа, Рахул; Шуга, Джо; Тромбетта, Джон Дж.; Геннерт, Дэйв; Лу, Диана; Чен, Пейлин; Гертнер, Рона С.; Гаубломм, Джеллерт Т.; Йосеф, Нир; Шварц, Шрага (июнь 2014 г.). «Секвенирование одноклеточной РНК демонстрирует динамический паракринный контроль клеточных вариаций» . Природа . 510 (7505): 363–369. Бибкод : 2014Natur.510..363S . дои : 10.1038/nature13437 . ISSN 1476-4687 . ПМК 4193940 . ПМИД 24919153 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Гиран, Тодд М.; Уодсворт, Марк Х.; Хьюз, Трэвис К.; Брайсон, Брайан Д.; Батлер, Эндрю; Сатиджа, Рахул; Фортуна, Сара; С любовью, Дж. Кристофер; Шалек, Алекс К. (апрель 2017 г.). «Seq-Well: портативное и недорогое секвенирование РНК отдельных клеток с высокой производительностью» . Природные методы . 14 (4): 395–398. дои : 10.1038/nmeth.4179 . hdl : 1721.1/113430 . ISSN 1548-7105 . ПМК 5376227 . ПМИД 28192419 .
^ «Сделать секвенирование одноклеточной РНК широко доступным» . Новости Массачусетского технологического института | Массачусетский технологический институт . 13 февраля 2017 года . Проверено 17 февраля 2021 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Макоско, Эван З.; Басу, Аниндита; Сатиджа, Рахул; Немеш, Джеймс; Шекхар, Картик; Гольдман, Мелисса; Тирош, Итай; Биалас, Эллисон Р.; Камитаки, Нолан; Мартерстек, Эмили М.; Тромбетта, Джон Дж. (21 мая 2015 г.). «Высокопараллельное профилирование экспрессии отдельных клеток по всему геному с использованием нанолитровых капель» . Клетка . 161 (5): 1202–1214. дои : 10.1016/j.cell.2015.05.002 . ISSN 0092-8674 . ПМЦ 4481139 . ПМИД 26000488 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Хьюз, Трэвис К.; Уодсворт, Марк Х.; Гиран, Тодд М.; Делай, Тран; Вайс, Дэвид; Андраде, Присцила Р.; Ма, Фейян; Сильва, Бруно Х. де Андраде; Шао, Шуай; Цой, Лам К.; Ордовас-Монтанес, Хосе (13 октября 2020 г.). «Массивно-параллельная секвенирование scRNA на основе синтеза второй цепи выявляет клеточные состояния и молекулярные особенности воспалительных патологий кожи человека» . Иммунитет . 53 (4): 878–894.e7. doi : 10.1016/j.immuni.2020.09.015 . ISSN 1074-7613 . ПМЦ 7562821 . ПМИД 33053333 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Казер, Сэмюэл В.; Айхер, Тоби П.; Муэма, Дэниел М.; Кэрролл, Шайна Л.; Ордовас-Монтанес, Хосе; Мяо, Винсент Н.; Ту, Анг А.; Зиглер, Карли Г.К.; Найквист, Сара К.; Вонг, Эмили Б.; Исмаил, Насрин (апрель 2020 г.). «Комплексный одноклеточный анализ динамики многоклеточного иммунитета при острой инфекции ВИЧ-1» . Природная медицина . 26 (4): 511–518. дои : 10.1038/s41591-020-0799-2 . ISSN 1546-170Х . ПМК 7237067 . ПМИД 32251406 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Котляр, Дилан; Лин, Аарон Э.; Лог, Джеймс; Хьюз, Трэвис К.; Хури, Надин М.; Раджу, Сиддхарт С.; Уодсворт, Марк Х.; Чен, Хан; Курц, Джонатан Р.; Дигеро-Кемп, Бонни; Бьёрнсон, Зак Б. (25 ноября 2020 г.). «Одноклеточное профилирование болезни, вызванной вирусом Эбола, in vivo выявляет динамику вируса и хозяина» . Клетка . 183 (5): 1383–1401.e19. дои : 10.1016/j.cell.2020.10.002 . ISSN 0092-8674 . ПМК 7707107 . ПМИД 33159858 .
^ Геншафт, Алекс С.; Ли, Шуцян; Галлант, Кэролайн Дж.; Дарманис, Спирос; Пракадан, Санджай М.; Зиглер, Карли Г.К.; Лундберг, Мартин; Фредрикссон, Саймон; Хонг, Джойс; Регев, Авив; Ливак, Кеннет Дж. (19 сентября 2016 г.). «Мультиплексное целенаправленное профилирование одноклеточных протеомов и транскриптомов в одной реакции» . Геномная биология . 17 (1): 188. дои : 10.1186/s13059-016-1045-6 . ISSN 1474-760X . ПМК 5027636 . ПМИД 27640647 .
^ Киммерлинг, Роберт Дж.; Ли Сзето, Грегори; Ли, Дженнифер В.; Геншафт, Алекс С.; Казер, Сэмюэл В.; Пайер, Кристофор Р.; де Риба Боррахо, Джейкоб; Блейни, Пол С.; Ирвин, Даррелл Дж.; Шалек, Алекс К.; Маналис, Скотт Р. (6 января 2016 г.). «Микрофлюидная платформа, позволяющая секвенировать одноклеточную РНК в линиях разных поколений» . Природные коммуникации . 7 (1): 10220. Бибкод : 2016NatCo...710220K . дои : 10.1038/ncomms10220 . ISSN 2041-1723 . ПМЦ 4729820 . ПМИД 26732280 .
^ Ту, Анг А.; Гиран, Тодд М.; Мониан, Бринда; Морган, Дункан М.; Мехта, Навин К.; Руитер, Берт; Шреффлер, Уэйн Г.; Шалек, Алекс К.; Лав, Дж. Кристофер (декабрь 2019 г.). «Секвенирование TCR в сочетании с массивно параллельным секвенированием 3'-РНК выявляет клонотипические признаки Т-клеток» . Природная иммунология . 20 (12): 1692–1699. дои : 10.1038/s41590-019-0544-5 . ISSN 1529-2916 . ПМЦ 7528220 . PMID 31745340 .
^ Гален, Питер ван; Ховестадт, Волкер; II, Марк Х. Уодсворт; Хьюз, Трэвис К.; Гриффин, Габриэль К.; Батталья, София; Верга, Юлия А.; Стефански, Джейсон; Пастика, Тимоти Дж.; История, Дженнифер Ломбарди; Пинкус, Джеральдин С. (07 марта 2019 г.). «Секвенирование одноклеточной РНК выявляет иерархию ОМЛ, имеющую отношение к прогрессированию заболевания и иммунитету» . Клетка . 176 (6): 1265–1281.e24. дои : 10.1016/j.cell.2019.01.031 . ISSN 0092-8674 . ПМК 6515904 . ПМИД 30827681 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Тирош, Итай; Изар, Бенджамин; Пракадан, Санджай М.; Уодсворт, Марк Х.; Трейси, Дэниел; Тромбетта, Джон Дж.; Ротем, Асаф; Родман, Кристофер; Лиан, Кристина; Мерфи, Джордж; Фаллахи-Сичани, Мохаммад (8 апреля 2016 г.). «Изучение многоклеточной экосистемы метастатической меланомы с помощью секвенирования одноклеточной РНК» . Наука . 352 (6282): 189–196. Бибкод : 2016Sci...352..189T . doi : 10.1126/science.aad0501 . ISSN 0036-8075 . ПМЦ 4944528 . ПМИД 27124452 .
^ Лор, Йенс Г.; Адальштейнссон, Виктор А.; Цибульскис, Кристиан; Чоудхури, Атиш Д.; Розенберг, Мара; Круз-Гордилло, Питер; Фрэнсис, Джошуа М.; Чжан, Ченг-Чжун; Шалек, Алекс К.; Сатиджа, Рахул; Тромбетта, Джон Дж. (май 2014 г.). «Целоэкзомное секвенирование циркулирующих опухолевых клеток открывает окно в изучение метастатического рака простаты» . Природная биотехнология . 32 (5): 479–484. дои : 10.1038/nbt.2892 . ISSN 1546-1696 . ПМК 4034575 . ПМИД 24752078 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Патель, Ануп П.; Тирош, Итай; Тромбетта, Джон Дж.; Шалек, Алекс К.; Гиллеспи, Шон М.; Вакимото, Хироаки; Кэхилл, Дэниел П.; Нахед, Брайан В.; Карри, Уильям Т.; Мартуза, Роберт Л.; Луи, Дэвид Н. (20 июня 2014 г.). «Секвенирование одноклеточной РНК подчеркивает внутриопухолевую гетерогенность первичной глиобластомы» . Наука . 344 (6190): 1396–1401. Бибкод : 2014Sci...344.1396P . дои : 10.1126/science.1254257 . ISSN 0036-8075 . ПМЦ 4123637 . ПМИД 24925914 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Хамза, Башар; Нг, Шэн Жун; Пракадан, Санджай М.; Дельгадо, Франсиско Фейхо; Чин, Кристофер Р.; Кинг, Эмили М.; Ян, Люси Ф.; Дэвидсон, Шон М.; ДеГувейя, Келси Л.; Чермак, Натан; Навиа, Эндрю В. (05 февраля 2019 г.). «Оптофлюидный сортировщик клеток в реальном времени для продольных исследований ЦОК на мышиных моделях рака» . Труды Национальной академии наук . 116 (6): 2232–2236. Бибкод : 2019PNAS..116.2232H . дои : 10.1073/pnas.1814102116 . ISSN 0027-8424 . ПМК 6369805 . ПМИД 30674677 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Киммерлинг, Роберт Дж.; Пракадан, Санджай М.; Гупта, Алехандро Дж.; Калистри, Николас Л.; Стивенс, Марк М.; Олкум, Селим; Чермак, Натан; Дрейк, Райли С.; Пелтон, Кристина; Де Смет, Фредерик; Лигон, Кейт Л. (27 ноября 2018 г.). «Связывание одноклеточных измерений массы, скорости роста и экспрессии генов» . Геномная биология . 19 (1): 207. дои : 10.1186/s13059-018-1576-0 . ISSN 1474-760X . ПМК 6260722 . ПМИД 30482222 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Зиглер, Карли Г.К.; Аллон, Сэмюэл Дж.; Найквист, Сара К.; Мбано, Ян М.; Мяо, Винсент Н.; Цуанас, Константин Н.; Цао, Юмин; Юсиф, Ашраф С.; Бальс, Юлия; Хаузер, Блейк М.; Фельдман, Джаред (28 мая 2020 г.). «Рецептор ACE2 SARS-CoV-2 представляет собой стимулируемый интерфероном ген в эпителиальных клетках дыхательных путей человека и обнаруживается в определенных подмножествах клеток в тканях» . Клетка . 181 (5): 1016–1035.e19. дои : 10.1016/j.cell.2020.04.035 . ISSN 0092-8674 . ПМК 7252096 . ПМИД 32413319 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Гидеон, Ханна П.; Хьюз, Трэвис К.; Уодсворт, Марк Х.; Ту, Энг Энди; Гиран, Тодд М.; Хопкинс, Форрест Ф.; Вэй, Цзюнь-Ронг; Каммерлоу, Коннер; Грант, Николь Л.; Нарган, Киевершень; Фуа, ЦзяЯо (26 октября 2020 г.). «Одноклеточное профилирование туберкулезных гранулем легких выявляет функциональные признаки лимфоцитов бактериального контроля» . bioRxiv : 2020.10.24.352492. дои : 10.1101/2020.10.24.352492 . S2CID 226229228 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Уолдман, Бенджамин С.; Шварц, Доминик; Уодсворт, Марк Х.; Саэйдж, Джерун П.; Шалек, Алекс К.; Луридо, Себастьян (23 января 2020 г.). «Идентификация главного регулятора дифференцировки токсоплазмы» . Клетка . 180 (2): 359–372.e16. дои : 10.1016/j.cell.2019.12.013 . ISSN 0092-8674 . ПМК 6978799 . ПМИД 31955846 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Дарра, Патрисия А.; Зеппа, Джозеф Дж.; Майелло, Полина; Хакни, Джошуа А.; Уодсворт, Марк Х.; Хьюз, Трэвис К.; Поккали, Суприя; Суонсон, Филипп А.; Грант, Николь Л.; Роджерс, Марк А.; Камат, Мегха (январь 2020 г.). «Профилактика туберкулеза у макак после внутривенной иммунизации БЦЖ» . Природа . 577 (7788): 95–102. Бибкод : 2020Natur.577...95D . дои : 10.1038/s41586-019-1817-8 . ISSN 1476-4687 . ПМК 7015856 . ПМИД 31894150 .
^ Ранасингхе, Шриника; Ламот, Педро А.; Согоян, Дэмиен З.; Казер, Сэмюэл В.; Коул, Майкл Б.; Шалек, Алекс К.; Йосеф, Нир; Джонс, Р. Брэд; Донахи, Фейт; Нвону, Чиома; Джани, Прия (18 октября 2016 г.). «Противовирусные CD8+ Т-клетки, ограниченные человеческим лейкоцитарным антигеном класса II, существуют во время естественной ВИЧ-инфекции и демонстрируют клональную экспансию» . Иммунитет . 45 (4): 917–930. doi : 10.1016/j.immuni.2016.09.015 . ISSN 1074-7613 . ПМК 5077698 . ПМИД 27760342 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Рагхаван, Шриватсан; Зима, Питер С.; Навиа, Эндрю В.; Уильямс, Ханна Л.; ДенАдель, Алан; Калекар, Радха Л.; Гальвез-Рейес, Дженнифер; Лоудер, Кристен Э.; Мулугета, Нолавит; Рагхаван, Маниша С.; Бора, Ашир А. (25 августа 2020 г.). «Перекрестные помехи микроокружения, специфичные для транскрипционных подтипов, и пластичность опухолевых клеток при метастатическом раке поджелудочной железы» . bioRxiv : 2020.08.25.256214. дои : 10.1101/2020.08.25.256214 . S2CID 221355597 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Мартин-Гайо, Энрике; Коул, Майкл Б.; Колб, Келли Э.; Оуян, Чжэнъюй; Кронин, Жаклин; Казер, Сэмюэл В.; Ордовас-Монтанес, Хосе; Лихтерфельд, Матиас; Уокер, Брюс Д.; Йосеф, Нир; Шалек, Алекс К. (29 января 2018 г.). «Вычислительная система, основанная на воспроизводимости, идентифицирует индуцируемое усиленное противовирусное состояние в дендритных клетках из элитных контроллеров ВИЧ-1» . Геномная биология . 19 (1): 10. дои : 10.1186/s13059-017-1385-x . ISSN 1474-760X . ПМЦ 5789701 . ПМИД 29378643 .
^ Клёверприс, Хенрик Н.; Казер, Сэмюэл В.; Мьёсберг, Дженни; Мабука, Дженниффер М.; Веллманн, Аманда; Ндхлову, Заза; Ядон, Мариса С.; Нхамоебонде, пастух; Мюнхгоф, Максимилиан; Симони, Янник; Андерссон, Франк (16 февраля 2016 г.). «Врожденные лимфоидные клетки необратимо истощаются во время острой инфекции ВИЧ-1 в отсутствие вирусной супрессии» . Иммунитет . 44 (2): 391–405. doi : 10.1016/j.immuni.2016.01.006 . ISSN 1074-7613 . ПМК 6836297 . ПМИД 26850658 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Ордовас-Монтанес, Хосе; Дуайер, Дэниел Ф.; Найквист, Сара К.; Буххейт, Кэтлин М.; Вукович, Марко; Деб, Чаарушена; Уодсворт, Марк Х.; Хьюз, Трэвис К.; Казер, Сэмюэл В.; Ёсимото, Эри; Кэхилл, Кэтрин Н. (август 2018 г.). «Аллергическая воспалительная память в клетках-предшественниках респираторного эпителия человека» . Природа . 560 (7720): 649–654. Бибкод : 2018Natur.560..649O . дои : 10.1038/s41586-018-0449-8 . hdl : 1721.1/122932 . ISSN 1476-4687 . ПМК 6133715 . ПМИД 30135581 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Смилли, Кристофер С.; Битон, Моше; Ордовас-Монтанес, Хосе; Салливан, Кэри М.; Бургин, Грейс; Грэм, Дэниел Б.; Хербст, Ребекка Х.; Рогель, Нога; Слайпер, Михал; Уолдман, Джулия; Суд, Малика (25 июля 2019 г.). «Внутри- и межклеточная перестройка толстой кишки человека при язвенном колите» . Клетка . 178 (3): 714–730.e22. дои : 10.1016/j.cell.2019.06.029 . ISSN 0092-8674 . ПМК 6662628 . ПМИД 31348891 .
^ «Методика идентифицирует Т-клетки, подготовленные к определенным аллергиям или инфекциям: исследователи разрабатывают метод выделения и секвенирования РНК Т-клеток, которые реагируют на конкретную мишень» . ScienceDaily . Проверено 17 февраля 2021 г.
^ Маджумдер, Парта П.; Мхланга, Муса М.; Шалек, Алекс К. (октябрь 2020 г.). «Атлас клеток человека и справедливость: извлеченные уроки» . Природная медицина . 26 (10): 1509–1511. arXiv : 2010.16154 . дои : 10.1038/s41591-020-1100-4 . ISSN 1546-170Х . ПМИД 33029017 .
^ «Исследователи идентифицируют клетки, которые, вероятно, являются мишенью вируса Covid-19» . Новости Массачусетского технологического института | Массачусетский технологический институт . 22 апреля 2020 г. Проверено 17 февраля 2021 г.
^ «В легкие и за их пределы» . hms.harvard.edu . 29 апреля 2020 г. Проверено 17 февраля 2021 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Хуан, Сийи; Зиглер, Карли Г.К.; Остин, Джон; Маннун, Наджат; Вукович, Марко; Ордовас-Монтанес, Хосе; Шалек, Алекс К.; Андриан, Ульрих Х. фон (21 января 2021 г.). «Лимфатические узлы иннервируются уникальной популяцией сенсорных нейронов с иммуномодулирующим потенциалом» . Клетка . 184 (2): 441–459.e25. дои : 10.1016/j.cell.2020.11.028 . ISSN 0092-8674 . ПМЦ 9612289 . ПМИД 33333021 .
^ Ниршль, Кристофер Дж.; Суарес-Фариньяс, Майте; Изар, Бенджамин; Пракадан, Санджай; Данненфельзер, Рут; Тирош, Итай; Лю, Юн; Чжу, Цянь; Деви, К. Санджана П.; Кэрролл, Шайна Л.; Чау, Дэвид (29 июня 2017 г.). «IFNγ-зависимый тканеиммунный гомеостаз внедряется в микроокружение опухоли» . Ячейка 170 (1): 127–141.e15. дои : 10.1016/j.cell.2017.06.016 . ISSN 0092-8674 . ПМК 5569303 . ПМИД 28666115 .
^ «Алекс Шалек получает премию факультета Эдгертона» . Новости Массачусетского технологического института | Массачусетский технологический институт . 23 апреля 2020 г. Проверено 11 декабря 2020 г.
^ «Премия за выдающиеся достижения в области наставничества» . Управление по включению разнообразия и общественному партнерству Гарвардской медицинской школы . Проверено 11 декабря 2020 г.
^ «Шалек назван стипендиатом Пью-Стюарта в области исследований рака в 2018 году - химический факультет Массачусетского технологического института» . 14 июня 2018 года . Проверено 11 декабря 2020 г.
^ «Профессор IMES Алекс Шалек выиграл исследовательскую стипендию Слоана в 2018 году» . Институт медицинской инженерии и науки . 15 февраля 2018 г. Проверено 9 февраля 2021 г.
^ «Алекс Шалек назначен профессором по развитию карьеры Pfizer-Laubach – Shalek Lab» . shaleklab.com . 2 июля 2017 года . Проверено 11 декабря 2020 г.
^ «Предыдущие ASA | Научная трансляционная медицина» . stm.sciencemag.org . Проверено 17 февраля 2021 г.
^ «Шалек награжден премией НИЗ «Новый новатор»» . Институт Рагона MGH, Массачусетского технологического института и Гарварда . 06.10.2015 . Проверено 11 декабря 2020 г.
^ «Алекс Шалек» . Фонд Арнольда и Мейбл Бекман . Проверено 11 декабря 2020 г.
^ «Программа стипендиатов Сирла» . Профиль ученого Алекс Шалек . Архивировано из оригинала 5 сентября 2015 года . Проверено 2 июня 2023 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час «Алекс К. Шалек» . Институт медицинской инженерии и науки . Проверено 9 февраля 2021 г.
^ Йосеф, Нир; Шалек, Алекс К.; Гаубломм, Джеллерт Т.; Джин, Хулин; Ли, Юджин; Авасти, Амит; Ву, Чуан; Карвач, Катажина; Сяо, Шэн; Йорголли, Марсела; Геннерт, Дэвид (апрель 2013 г.). «Динамическая регуляторная сеть, контролирующая дифференцировку клеток TH 17» . Природа . 496 (7446): 461–468. Бибкод : 2013Natur.496..461Y . дои : 10.1038/nature11981 . ISSN 1476-4687 . ПМЦ 3637864 . ПМИД 23467089 .

Внешние ссылки

Публикации Алекса К. Шалека , проиндексированные Google Scholar

[1] «Шалек Лаборатория» . shaleklab.com . Проверено 30 октября 2020 г.

[2] Робинсон, Джейкоб Т.; Йорголли, Марсела; Шалек, Алекс К.; Юн, Мён Хан; Гертнер, Рона С.; Пак, Гонконг (март 2012 г.). «Вертикальные электродные массивы из нанопроволок как масштабируемая платформа для внутриклеточного взаимодействия с нейронными цепями» . Природные нанотехнологии . 7 (3): 180–184. Бибкод : 2012НатНа...7..180Р . дои : 10.1038/nnano.2011.249 . ISSN 1748-3395 . ПМК 4209482 . ПМИД 22231664 .

[:1-3] Перейти обратно: ^а ^б Шалек, Алекс К.; Сатиджа, Рахул; Адиконис, Сиань; Гертнер, Рона С.; Гаубломм, Джеллерт Т.; Райчоудхури, Рактима; Шварц, Шрага; Йосеф, Нир; Мальбёф, Кристина; Лу, Диана; Тромбетта, Джон Дж. (июнь 2013 г.). «Одноклеточная транскриптомика обнаруживает бимодальность экспрессии и сплайсинга в иммунных клетках» . Природа . 498 (7453): 236–240. Бибкод : 2013Natur.498..236S . дои : 10.1038/nature12172 . ISSN 1476-4687 . ПМЦ 3683364 . ПМИД 23685454 .

[:2-4] Перейти обратно: ^а ^б Шалек, Алекс К.; Сатиджа, Рахул; Шуга, Джо; Тромбетта, Джон Дж.; Геннерт, Дэйв; Лу, Диана; Чен, Пейлин; Гертнер, Рона С.; Гаубломм, Джеллерт Т.; Йосеф, Нир; Шварц, Шрага (июнь 2014 г.). «Секвенирование одноклеточной РНК демонстрирует динамический паракринный контроль клеточных вариаций» . Природа . 510 (7505): 363–369. Бибкод : 2014Natur.510..363S . дои : 10.1038/nature13437 . ISSN 1476-4687 . ПМК 4193940 . ПМИД 24919153 .

[:0-5] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Гиран, Тодд М.; Уодсворт, Марк Х.; Хьюз, Трэвис К.; Брайсон, Брайан Д.; Батлер, Эндрю; Сатиджа, Рахул; Фортуна, Сара; С любовью, Дж. Кристофер; Шалек, Алекс К. (апрель 2017 г.). «Seq-Well: портативное и недорогое секвенирование РНК отдельных клеток с высокой производительностью» . Природные методы . 14 (4): 395–398. дои : 10.1038/nmeth.4179 . hdl : 1721.1/113430 . ISSN 1548-7105 . ПМК 5376227 . ПМИД 28192419 .

[6] «Сделать секвенирование одноклеточной РНК широко доступным» . Новости Массачусетского технологического института | Массачусетский технологический институт . 13 февраля 2017 года . Проверено 17 февраля 2021 г.

[:6-7] Перейти обратно: ^а ^б Макоско, Эван З.; Басу, Аниндита; Сатиджа, Рахул; Немеш, Джеймс; Шекхар, Картик; Гольдман, Мелисса; Тирош, Итай; Биалас, Эллисон Р.; Камитаки, Нолан; Мартерстек, Эмили М.; Тромбетта, Джон Дж. (21 мая 2015 г.). «Высокопараллельное профилирование экспрессии отдельных клеток по всему геному с использованием нанолитровых капель» . Клетка . 161 (5): 1202–1214. дои : 10.1016/j.cell.2015.05.002 . ISSN 0092-8674 . ПМЦ 4481139 . ПМИД 26000488 .

[:13-8] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Хьюз, Трэвис К.; Уодсворт, Марк Х.; Гиран, Тодд М.; Делай, Тран; Вайс, Дэвид; Андраде, Присцила Р.; Ма, Фейян; Сильва, Бруно Х. де Андраде; Шао, Шуай; Цой, Лам К.; Ордовас-Монтанес, Хосе (13 октября 2020 г.). «Массивно-параллельная секвенирование scRNA на основе синтеза второй цепи выявляет клеточные состояния и молекулярные особенности воспалительных патологий кожи человека» . Иммунитет . 53 (4): 878–894.e7. doi : 10.1016/j.immuni.2020.09.015 . ISSN 1074-7613 . ПМЦ 7562821 . ПМИД 33053333 .

[:9-9] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Казер, Сэмюэл В.; Айхер, Тоби П.; Муэма, Дэниел М.; Кэрролл, Шайна Л.; Ордовас-Монтанес, Хосе; Мяо, Винсент Н.; Ту, Анг А.; Зиглер, Карли Г.К.; Найквист, Сара К.; Вонг, Эмили Б.; Исмаил, Насрин (апрель 2020 г.). «Комплексный одноклеточный анализ динамики многоклеточного иммунитета при острой инфекции ВИЧ-1» . Природная медицина . 26 (4): 511–518. дои : 10.1038/s41591-020-0799-2 . ISSN 1546-170Х . ПМК 7237067 . ПМИД 32251406 .

[:10-10] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Котляр, Дилан; Лин, Аарон Э.; Лог, Джеймс; Хьюз, Трэвис К.; Хури, Надин М.; Раджу, Сиддхарт С.; Уодсворт, Марк Х.; Чен, Хан; Курц, Джонатан Р.; Дигеро-Кемп, Бонни; Бьёрнсон, Зак Б. (25 ноября 2020 г.). «Одноклеточное профилирование болезни, вызванной вирусом Эбола, in vivo выявляет динамику вируса и хозяина» . Клетка . 183 (5): 1383–1401.e19. дои : 10.1016/j.cell.2020.10.002 . ISSN 0092-8674 . ПМК 7707107 . ПМИД 33159858 .

[:11-11] Геншафт, Алекс С.; Ли, Шуцян; Галлант, Кэролайн Дж.; Дарманис, Спирос; Пракадан, Санджай М.; Зиглер, Карли Г.К.; Лундберг, Мартин; Фредрикссон, Саймон; Хонг, Джойс; Регев, Авив; Ливак, Кеннет Дж. (19 сентября 2016 г.). «Мультиплексное целенаправленное профилирование одноклеточных протеомов и транскриптомов в одной реакции» . Геномная биология . 17 (1): 188. дои : 10.1186/s13059-016-1045-6 . ISSN 1474-760X . ПМК 5027636 . ПМИД 27640647 .

[:12-12] Киммерлинг, Роберт Дж.; Ли Сзето, Грегори; Ли, Дженнифер В.; Геншафт, Алекс С.; Казер, Сэмюэл В.; Пайер, Кристофор Р.; де Риба Боррахо, Джейкоб; Блейни, Пол С.; Ирвин, Даррелл Дж.; Шалек, Алекс К.; Маналис, Скотт Р. (6 января 2016 г.). «Микрофлюидная платформа, позволяющая секвенировать одноклеточную РНК в линиях разных поколений» . Природные коммуникации . 7 (1): 10220. Бибкод : 2016NatCo...710220K . дои : 10.1038/ncomms10220 . ISSN 2041-1723 . ПМЦ 4729820 . ПМИД 26732280 .

[13] Ту, Анг А.; Гиран, Тодд М.; Мониан, Бринда; Морган, Дункан М.; Мехта, Навин К.; Руитер, Берт; Шреффлер, Уэйн Г.; Шалек, Алекс К.; Лав, Дж. Кристофер (декабрь 2019 г.). «Секвенирование TCR в сочетании с массивно параллельным секвенированием 3'-РНК выявляет клонотипические признаки Т-клеток» . Природная иммунология . 20 (12): 1692–1699. дои : 10.1038/s41590-019-0544-5 . ISSN 1529-2916 . ПМЦ 7528220 . PMID 31745340 .

[14] Гален, Питер ван; Ховестадт, Волкер; II, Марк Х. Уодсворт; Хьюз, Трэвис К.; Гриффин, Габриэль К.; Батталья, София; Верга, Юлия А.; Стефански, Джейсон; Пастика, Тимоти Дж.; История, Дженнифер Ломбарди; Пинкус, Джеральдин С. (07 марта 2019 г.). «Секвенирование одноклеточной РНК выявляет иерархию ОМЛ, имеющую отношение к прогрессированию заболевания и иммунитету» . Клетка . 176 (6): 1265–1281.e24. дои : 10.1016/j.cell.2019.01.031 . ISSN 0092-8674 . ПМК 6515904 . ПМИД 30827681 .

[:3-15] Перейти обратно: ^а ^б ^с Тирош, Итай; Изар, Бенджамин; Пракадан, Санджай М.; Уодсворт, Марк Х.; Трейси, Дэниел; Тромбетта, Джон Дж.; Ротем, Асаф; Родман, Кристофер; Лиан, Кристина; Мерфи, Джордж; Фаллахи-Сичани, Мохаммад (8 апреля 2016 г.). «Изучение многоклеточной экосистемы метастатической меланомы с помощью секвенирования одноклеточной РНК» . Наука . 352 (6282): 189–196. Бибкод : 2016Sci...352..189T . doi : 10.1126/science.aad0501 . ISSN 0036-8075 . ПМЦ 4944528 . ПМИД 27124452 .

[16] Лор, Йенс Г.; Адальштейнссон, Виктор А.; Цибульскис, Кристиан; Чоудхури, Атиш Д.; Розенберг, Мара; Круз-Гордилло, Питер; Фрэнсис, Джошуа М.; Чжан, Ченг-Чжун; Шалек, Алекс К.; Сатиджа, Рахул; Тромбетта, Джон Дж. (май 2014 г.). «Целоэкзомное секвенирование циркулирующих опухолевых клеток открывает окно в изучение метастатического рака простаты» . Природная биотехнология . 32 (5): 479–484. дои : 10.1038/nbt.2892 . ISSN 1546-1696 . ПМК 4034575 . ПМИД 24752078 .

[:19-17] Перейти обратно: ^а ^б Патель, Ануп П.; Тирош, Итай; Тромбетта, Джон Дж.; Шалек, Алекс К.; Гиллеспи, Шон М.; Вакимото, Хироаки; Кэхилл, Дэниел П.; Нахед, Брайан В.; Карри, Уильям Т.; Мартуза, Роберт Л.; Луи, Дэвид Н. (20 июня 2014 г.). «Секвенирование одноклеточной РНК подчеркивает внутриопухолевую гетерогенность первичной глиобластомы» . Наука . 344 (6190): 1396–1401. Бибкод : 2014Sci...344.1396P . дои : 10.1126/science.1254257 . ISSN 0036-8075 . ПМЦ 4123637 . ПМИД 24925914 .

[:20-18] Перейти обратно: ^а ^б Хамза, Башар; Нг, Шэн Жун; Пракадан, Санджай М.; Дельгадо, Франсиско Фейхо; Чин, Кристофер Р.; Кинг, Эмили М.; Ян, Люси Ф.; Дэвидсон, Шон М.; ДеГувейя, Келси Л.; Чермак, Натан; Навиа, Эндрю В. (05 февраля 2019 г.). «Оптофлюидный сортировщик клеток в реальном времени для продольных исследований ЦОК на мышиных моделях рака» . Труды Национальной академии наук . 116 (6): 2232–2236. Бибкод : 2019PNAS..116.2232H . дои : 10.1073/pnas.1814102116 . ISSN 0027-8424 . ПМК 6369805 . ПМИД 30674677 .

[:21-19] Перейти обратно: ^а ^б Киммерлинг, Роберт Дж.; Пракадан, Санджай М.; Гупта, Алехандро Дж.; Калистри, Николас Л.; Стивенс, Марк М.; Олкум, Селим; Чермак, Натан; Дрейк, Райли С.; Пелтон, Кристина; Де Смет, Фредерик; Лигон, Кейт Л. (27 ноября 2018 г.). «Связывание одноклеточных измерений массы, скорости роста и экспрессии генов» . Геномная биология . 19 (1): 207. дои : 10.1186/s13059-018-1576-0 . ISSN 1474-760X . ПМК 6260722 . ПМИД 30482222 .

[:4-20] Перейти обратно: ^а ^б Зиглер, Карли Г.К.; Аллон, Сэмюэл Дж.; Найквист, Сара К.; Мбано, Ян М.; Мяо, Винсент Н.; Цуанас, Константин Н.; Цао, Юмин; Юсиф, Ашраф С.; Бальс, Юлия; Хаузер, Блейк М.; Фельдман, Джаред (28 мая 2020 г.). «Рецептор ACE2 SARS-CoV-2 представляет собой стимулируемый интерфероном ген в эпителиальных клетках дыхательных путей человека и обнаруживается в определенных подмножествах клеток в тканях» . Клетка . 181 (5): 1016–1035.e19. дои : 10.1016/j.cell.2020.04.035 . ISSN 0092-8674 . ПМК 7252096 . ПМИД 32413319 .

[:5-21] Перейти обратно: ^а ^б Гидеон, Ханна П.; Хьюз, Трэвис К.; Уодсворт, Марк Х.; Ту, Энг Энди; Гиран, Тодд М.; Хопкинс, Форрест Ф.; Вэй, Цзюнь-Ронг; Каммерлоу, Коннер; Грант, Николь Л.; Нарган, Киевершень; Фуа, ЦзяЯо (26 октября 2020 г.). «Одноклеточное профилирование туберкулезных гранулем легких выявляет функциональные признаки лимфоцитов бактериального контроля» . bioRxiv : 2020.10.24.352492. дои : 10.1101/2020.10.24.352492 . S2CID 226229228 .

[:15-22] Перейти обратно: ^а ^б Уолдман, Бенджамин С.; Шварц, Доминик; Уодсворт, Марк Х.; Саэйдж, Джерун П.; Шалек, Алекс К.; Луридо, Себастьян (23 января 2020 г.). «Идентификация главного регулятора дифференцировки токсоплазмы» . Клетка . 180 (2): 359–372.e16. дои : 10.1016/j.cell.2019.12.013 . ISSN 0092-8674 . ПМК 6978799 . ПМИД 31955846 .

[:16-23] Перейти обратно: ^а ^б Дарра, Патрисия А.; Зеппа, Джозеф Дж.; Майелло, Полина; Хакни, Джошуа А.; Уодсворт, Марк Х.; Хьюз, Трэвис К.; Поккали, Суприя; Суонсон, Филипп А.; Грант, Николь Л.; Роджерс, Марк А.; Камат, Мегха (январь 2020 г.). «Профилактика туберкулеза у макак после внутривенной иммунизации БЦЖ» . Природа . 577 (7788): 95–102. Бибкод : 2020Natur.577...95D . дои : 10.1038/s41586-019-1817-8 . ISSN 1476-4687 . ПМК 7015856 . ПМИД 31894150 .

[24] Ранасингхе, Шриника; Ламот, Педро А.; Согоян, Дэмиен З.; Казер, Сэмюэл В.; Коул, Майкл Б.; Шалек, Алекс К.; Йосеф, Нир; Джонс, Р. Брэд; Донахи, Фейт; Нвону, Чиома; Джани, Прия (18 октября 2016 г.). «Противовирусные CD8+ Т-клетки, ограниченные человеческим лейкоцитарным антигеном класса II, существуют во время естественной ВИЧ-инфекции и демонстрируют клональную экспансию» . Иммунитет . 45 (4): 917–930. doi : 10.1016/j.immuni.2016.09.015 . ISSN 1074-7613 . ПМК 5077698 . ПМИД 27760342 .

[:22-25] Перейти обратно: ^а ^б Рагхаван, Шриватсан; Зима, Питер С.; Навиа, Эндрю В.; Уильямс, Ханна Л.; ДенАдель, Алан; Калекар, Радха Л.; Гальвез-Рейес, Дженнифер; Лоудер, Кристен Э.; Мулугета, Нолавит; Рагхаван, Маниша С.; Бора, Ашир А. (25 августа 2020 г.). «Перекрестные помехи микроокружения, специфичные для транскрипционных подтипов, и пластичность опухолевых клеток при метастатическом раке поджелудочной железы» . bioRxiv : 2020.08.25.256214. дои : 10.1101/2020.08.25.256214 . S2CID 221355597 .

[:17-26] Перейти обратно: ^а ^б ^с Мартин-Гайо, Энрике; Коул, Майкл Б.; Колб, Келли Э.; Оуян, Чжэнъюй; Кронин, Жаклин; Казер, Сэмюэл В.; Ордовас-Монтанес, Хосе; Лихтерфельд, Матиас; Уокер, Брюс Д.; Йосеф, Нир; Шалек, Алекс К. (29 января 2018 г.). «Вычислительная система, основанная на воспроизводимости, идентифицирует индуцируемое усиленное противовирусное состояние в дендритных клетках из элитных контроллеров ВИЧ-1» . Геномная биология . 19 (1): 10. дои : 10.1186/s13059-017-1385-x . ISSN 1474-760X . ПМЦ 5789701 . ПМИД 29378643 .

[:14-27] Клёверприс, Хенрик Н.; Казер, Сэмюэл В.; Мьёсберг, Дженни; Мабука, Дженниффер М.; Веллманн, Аманда; Ндхлову, Заза; Ядон, Мариса С.; Нхамоебонде, пастух; Мюнхгоф, Максимилиан; Симони, Янник; Андерссон, Франк (16 февраля 2016 г.). «Врожденные лимфоидные клетки необратимо истощаются во время острой инфекции ВИЧ-1 в отсутствие вирусной супрессии» . Иммунитет . 44 (2): 391–405. doi : 10.1016/j.immuni.2016.01.006 . ISSN 1074-7613 . ПМК 6836297 . ПМИД 26850658 .

[:7-28] Перейти обратно: ^а ^б ^с Ордовас-Монтанес, Хосе; Дуайер, Дэниел Ф.; Найквист, Сара К.; Буххейт, Кэтлин М.; Вукович, Марко; Деб, Чаарушена; Уодсворт, Марк Х.; Хьюз, Трэвис К.; Казер, Сэмюэл В.; Ёсимото, Эри; Кэхилл, Кэтрин Н. (август 2018 г.). «Аллергическая воспалительная память в клетках-предшественниках респираторного эпителия человека» . Природа . 560 (7720): 649–654. Бибкод : 2018Natur.560..649O . дои : 10.1038/s41586-018-0449-8 . hdl : 1721.1/122932 . ISSN 1476-4687 . ПМК 6133715 . ПМИД 30135581 .

[:8-29] Перейти обратно: ^а ^б ^с Смилли, Кристофер С.; Битон, Моше; Ордовас-Монтанес, Хосе; Салливан, Кэри М.; Бургин, Грейс; Грэм, Дэниел Б.; Хербст, Ребекка Х.; Рогель, Нога; Слайпер, Михал; Уолдман, Джулия; Суд, Малика (25 июля 2019 г.). «Внутри- и межклеточная перестройка толстой кишки человека при язвенном колите» . Клетка . 178 (3): 714–730.e22. дои : 10.1016/j.cell.2019.06.029 . ISSN 0092-8674 . ПМК 6662628 . ПМИД 31348891 .

[30] «Методика идентифицирует Т-клетки, подготовленные к определенным аллергиям или инфекциям: исследователи разрабатывают метод выделения и секвенирования РНК Т-клеток, которые реагируют на конкретную мишень» . ScienceDaily . Проверено 17 февраля 2021 г.

[31] Маджумдер, Парта П.; Мхланга, Муса М.; Шалек, Алекс К. (октябрь 2020 г.). «Атлас клеток человека и справедливость: извлеченные уроки» . Природная медицина . 26 (10): 1509–1511. arXiv : 2010.16154 . дои : 10.1038/s41591-020-1100-4 . ISSN 1546-170Х . ПМИД 33029017 .

[32] «Исследователи идентифицируют клетки, которые, вероятно, являются мишенью вируса Covid-19» . Новости Массачусетского технологического института | Массачусетский технологический институт . 22 апреля 2020 г. Проверено 17 февраля 2021 г.

[33] «В легкие и за их пределы» . hms.harvard.edu . 29 апреля 2020 г. Проверено 17 февраля 2021 г.

[:18-34] Перейти обратно: ^а ^б Хуан, Сийи; Зиглер, Карли Г.К.; Остин, Джон; Маннун, Наджат; Вукович, Марко; Ордовас-Монтанес, Хосе; Шалек, Алекс К.; Андриан, Ульрих Х. фон (21 января 2021 г.). «Лимфатические узлы иннервируются уникальной популяцией сенсорных нейронов с иммуномодулирующим потенциалом» . Клетка . 184 (2): 441–459.e25. дои : 10.1016/j.cell.2020.11.028 . ISSN 0092-8674 . ПМЦ 9612289 . ПМИД 33333021 .

[35] Ниршль, Кристофер Дж.; Суарес-Фариньяс, Майте; Изар, Бенджамин; Пракадан, Санджай; Данненфельзер, Рут; Тирош, Итай; Лю, Юн; Чжу, Цянь; Деви, К. Санджана П.; Кэрролл, Шайна Л.; Чау, Дэвид (29 июня 2017 г.). «IFNγ-зависимый тканеиммунный гомеостаз внедряется в микроокружение опухоли» . Ячейка 170 (1): 127–141.e15. дои : 10.1016/j.cell.2017.06.016 . ISSN 0092-8674 . ПМК 5569303 . ПМИД 28666115 .

[36] «Алекс Шалек получает премию факультета Эдгертона» . Новости Массачусетского технологического института | Массачусетский технологический институт . 23 апреля 2020 г. Проверено 11 декабря 2020 г.

[37] «Премия за выдающиеся достижения в области наставничества» . Управление по включению разнообразия и общественному партнерству Гарвардской медицинской школы . Проверено 11 декабря 2020 г.

[38] «Шалек назван стипендиатом Пью-Стюарта в области исследований рака в 2018 году - химический факультет Массачусетского технологического института» . 14 июня 2018 года . Проверено 11 декабря 2020 г.

[39] «Профессор IMES Алекс Шалек выиграл исследовательскую стипендию Слоана в 2018 году» . Институт медицинской инженерии и науки . 15 февраля 2018 г. Проверено 9 февраля 2021 г.

[40] «Алекс Шалек назначен профессором по развитию карьеры Pfizer-Laubach – Shalek Lab» . shaleklab.com . 2 июля 2017 года . Проверено 11 декабря 2020 г.

[41] «Предыдущие ASA | Научная трансляционная медицина» . stm.sciencemag.org . Проверено 17 февраля 2021 г.

[42] «Шалек награжден премией НИЗ «Новый новатор»» . Институт Рагона MGH, Массачусетского технологического института и Гарварда . 06.10.2015 . Проверено 11 декабря 2020 г.

[43] «Алекс Шалек» . Фонд Арнольда и Мейбл Бекман . Проверено 11 декабря 2020 г.

[44] «Программа стипендиатов Сирла» . Профиль ученого Алекс Шалек . Архивировано из оригинала 5 сентября 2015 года . Проверено 2 июня 2023 г.

[:23-45] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час «Алекс К. Шалек» . Институт медицинской инженерии и науки . Проверено 9 февраля 2021 г.

[46] Йосеф, Нир; Шалек, Алекс К.; Гаубломм, Джеллерт Т.; Джин, Хулин; Ли, Юджин; Авасти, Амит; Ву, Чуан; Карвач, Катажина; Сяо, Шэн; Йорголли, Марсела; Геннерт, Дэвид (апрель 2013 г.). «Динамическая регуляторная сеть, контролирующая дифференцировку клеток TH 17» . Природа . 496 (7446): 461–468. Бибкод : 2013Natur.496..461Y . дои : 10.1038/nature11981 . ISSN 1476-4687 . ПМЦ 3637864 . ПМИД 23467089 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]

[ 43 ]

[ 44 ]

[ 45 ]

[ 46 ]