Джеймс О. Макинерни

Джеймс О. Макинерни — микробиолог ирландского происхождения, вычислительный биолог-эволюционист, профессор и бывший руководитель Школы наук о жизни. ^[1] в Ноттингемском университете . Он является избранным членом Американского общества микробиологии и избранным членом Линнеевского общества . В июне 2020 года он был избран назначенным президентом Общества молекулярной биологии и эволюции , а в 2022 году вступил в должность президента.

Ранняя жизнь и образование

Макинерни получил степень бакалавра в NUI Galway . ^[2] В 1994 году ему была присвоена степень доктора философии (также в NUI Galway ). ^[2] В 2013 году ему была присвоена степень доктора наук (DSc) Национального университета Ирландии. ^{[ нужна ссылка ]}

Карьера и исследования

После защиты докторской степени Макинерни работал научным сотрудником в Национальном диагностическом центре в Голуэе и в отделе зоологии Музея естественной истории в Лондоне . В 1999 году Макинерни вернулся в Ирландию, чтобы основать исследовательскую группу по биоинформатике в NUI Maynooth и стать директором курса генетики и биоинформатики. В 2012–2013 годах взял творческий отпуск в Центре динамики инфекционных заболеваний Гарвардского университета . В 2015 году исследовательская группа Макинерни переехала в Манчестерский университет , где Макинерни занял кафедру эволюционной биологии. В 2016 году Макинерни был назначен директором исследовательского направления « Эволюция, системы и геномика » факультета биологии, медицины и здравоохранения университета Манчестерского . В 2018 году Макинерни переехала из Манчестера в Ноттингемский университет , чтобы занять кафедру эволюционной биологии и должность руководителя Школы наук о жизни. ^[3]

Ранняя исследовательская карьера Макинерни была сосредоточена на изучении использования кодонов в различных организмах, включая Trichomonas vaginalis и Borrelia burgdorferi . МакИнерни был первым, кто показал, что ведущие и отстающие цепи репликации в геноме прокариот могут иметь существенно разные модели использования кодонов из-за того, как полимеразы реплицируют ДНК. ^[4] Один из его первых программных пакетов, GCUA, ^[5] позволил доступный и воспроизводимый анализ использования кодонов другими биологами. С тех пор исследовательская группа Макинерни опубликовала несколько биоинформатических программ, включая Clann: ^[6] Программное обеспечение для вывода филогенетических супердеревьев , Крэнн: ^[7] Программное обеспечение для вывода выбора, Modelgenerator: ^[8] Выбор модели замены аминокислот и нуклеотидов, PutGaps: файл с пробелами в ДНК в результате выравнивания аминокислот и TIGER: ^[9] Идентификация быстро развивающихся персонажей в эволюционных данных.

В настоящее время лаборатория МакИнерни занимается изучением происхождения эукариот. ^[10] и о понимании горизонтального переноса генов , прокариотических пангеномов и совокупности генов внутри них. ^[11]

Макинерни финансировался Исследовательским советом по биотехнологиям и биологическим наукам (BBSRC), Фондом Темплтона , Европейской организацией молекулярной биологии и Ирландским научным фондом .

Награды и почести

Назначен старшим редактором отдела «Эволюция и реакция на вмешательства» журнала «Микробная геномика» .
Избран президентом Общества молекулярной биологии и эволюции (избранный президент на 2021 год, президент на 2022 год, бывший президент на 2023 год).
Избранный член Лондонского Линнеевского общества (2016 г.).
Избранный член Американского общества микробиологии (2015 г.).
Признан правительством Ирландии наградой посла конференции от министра туризма (2015 г.).
Избранный секретарь Общества молекулярной биологии и эволюции (2013-2017).
Заместитель редактора отдела молекулярной биологии и эволюции (2009–2018 гг.)

Работа с общественностью

Краткий обзор статьи Nature Micro (2017) «Почему у прокариот есть пангеномы » ^[12]
Разговор о непорочном зачатии ( партеногенезе ) для научно-тематического адвент-календаря FBMH ^[13]
Статья Synopsis of Nature (2015) «Эндосимбиотическое происхождение и дифференциальная потеря эукариотических генов» ^[14]
Радиоинтервью для радиосериала RTE "Яркие искры" ^[15]
Краткое изложение статьи о белых медведях. Статья Cell (2014 г.) «Популяционная геномика раскрывает недавнее видообразование и быструю эволюционную адаптацию белых медведей» ^[16]

Ссылки

^ «Джеймс МакИнерни - Ноттингемский университет» . www.nottingham.ac.uk . Проверено 19 июля 2019 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б «Джеймс Макинерни» . Университет Ноттингема . Проверено 21 сентября 2019 г.
^ «Добро пожаловать в Школу естественных наук Ноттингемского университета» . www.nottingham.ac.uk . Проверено 28 июля 2019 г.
^ Макинерни, Дж.О. (1 сентября 1998 г.). «Репликационная и транскрипционная селекция использования кодонов у Borrelia burgdorferi» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (18): 10698–10703. Бибкод : 1998PNAS...9510698M . дои : 10.1073/pnas.95.18.10698 . ISSN 0027-8424 . ПМК 27958 . ПМИД 9724767 .
^ Макинерни, Дж. О. (1 января 1998 г.). «GCUA: общий анализ использования кодонов» . Биоинформатика . 14 (4): 372–373. дои : 10.1093/биоинформатика/14.4.372 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 9632833 .
^ Криви, CJ; Макинерни, Дж. О. (1 февраля 2005 г.). «Кланн: исследование филогенетической информации посредством анализа супердеревьев» . Биоинформатика . 21 (3): 390–392. doi : 10.1093/биоинформатика/bti020 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 15374874 .
^ Макинерни, Джо; Криви, CJ (1 сентября 2003 г.). «CRANN: обнаружение адаптивной эволюции в последовательностях ДНК, кодирующих белок». Биоинформатика . 19 (13): 1726. doi : 10.1093/bioinformatics/btg225 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 15593409 .
^ Кин, Томас М.; Криви, Кристофер Дж.; Пентони, Мелисса М.; Нотон, Томас Дж.; Маклнерни, Джеймс О. (24 марта 2006 г.). «Оценка методов выбора аминокислотной матрицы и их использования на эмпирических данных показывает, что специальные предположения по выбору матрицы не оправданы» . Эволюционная биология BMC . 6 (1): 29. дои : 10.1186/1471-2148-6-29 . ISSN 1471-2148 . ПМЦ 1435933 . ПМИД 16563161 .
^ Камминс, Карла А.; Макинерни, Джеймс О. (декабрь 2011 г.). «Метод определения скорости эволюции гомологичных признаков, который потенциально может улучшить филогенетические выводы, устранить глубокие расхождения и исправить систематические ошибки» . Систематическая биология . 60 (6): 833–844. дои : 10.1093/sysbio/syr064 . ISSN 1076-836X . ПМИД 21804093 .
^ Мартин, Уильям Ф.; Лэндан, Гидди; Макинерни, Джеймс О.; Хазкани-Ково, Эйнат; Дэвид Брайант; Локхарт, Питер Дж.; Соуза, Филиппа Л.; Реттгер, Мэйо; Нельсон-Сати, Шиджулал (август 2015 г.). «Эндосимбиотическое происхождение и дифференциальная потеря эукариотических генов» (PDF) . Природа . 524 (7566): 427–432. Бибкод : 2015Natur.524..427K . дои : 10.1038/nature14963 . ISSN 1476-4687 . ПМИД 26287458 . S2CID 4411690 .
^ О'Коннелл, Мэри Дж.; МакНелли, Алан; Макинерни, Джеймс О. (апрель 2017 г.). «Почему у прокариот есть пангеномы» (PDF) . Природная микробиология . 2 (4): 17040. doi : 10.1038/nmicrobiol.2017.40 . ISSN 2058-5276 . ПМИД 28350002 . S2CID 19612970 .
^ «Короткое видео, объясняющее пангеномы» . Веб-сайт лаборатории Джеймса Макинерни . 29 марта 2017 года . Проверено 19 июля 2019 г.
^ «Профессор Макинерни говорит о непорочном зачатии (партеногенезе)» . Веб-сайт лаборатории Джеймса МакИнерни . 30 ноября 2016 г. Проверено 19 июля 2019 г.
^ «Короткое видео о недавней статье в природе» . Веб-сайт лаборатории Джеймса МакИнерни . 25 августа 2015 года . Проверено 19 июля 2019 г.
^ «Профессор Макинерни дал интервью для радиосериала RTE «Яркие искры»» . Веб-сайт лаборатории Джеймса МакИнерни . 1 июня 2015 года . Проверено 19 июля 2019 г.
^ Университет Мейнута (9 мая 2014 г.), профессор Джеймс Макинерни - новый рассвет генетики белого медведя , получено 19 июля 2019 г.

[1] «Джеймс МакИнерни - Ноттингемский университет» . www.nottingham.ac.uk . Проверено 19 июля 2019 г.

[nottprofile-2] Перейти обратно: ^а ^б «Джеймс Макинерни» . Университет Ноттингема . Проверено 21 сентября 2019 г.

[3] «Добро пожаловать в Школу естественных наук Ноттингемского университета» . www.nottingham.ac.uk . Проверено 28 июля 2019 г.

[4] Макинерни, Дж.О. (1 сентября 1998 г.). «Репликационная и транскрипционная селекция использования кодонов у Borrelia burgdorferi» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (18): 10698–10703. Бибкод : 1998PNAS...9510698M . дои : 10.1073/pnas.95.18.10698 . ISSN 0027-8424 . ПМК 27958 . ПМИД 9724767 .

[5] Макинерни, Дж. О. (1 января 1998 г.). «GCUA: общий анализ использования кодонов» . Биоинформатика . 14 (4): 372–373. дои : 10.1093/биоинформатика/14.4.372 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 9632833 .

[6] Криви, CJ; Макинерни, Дж. О. (1 февраля 2005 г.). «Кланн: исследование филогенетической информации посредством анализа супердеревьев» . Биоинформатика . 21 (3): 390–392. doi : 10.1093/биоинформатика/bti020 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 15374874 .

[7] Макинерни, Джо; Криви, CJ (1 сентября 2003 г.). «CRANN: обнаружение адаптивной эволюции в последовательностях ДНК, кодирующих белок». Биоинформатика . 19 (13): 1726. doi : 10.1093/bioinformatics/btg225 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 15593409 .

[8] Кин, Томас М.; Криви, Кристофер Дж.; Пентони, Мелисса М.; Нотон, Томас Дж.; Маклнерни, Джеймс О. (24 марта 2006 г.). «Оценка методов выбора аминокислотной матрицы и их использования на эмпирических данных показывает, что специальные предположения по выбору матрицы не оправданы» . Эволюционная биология BMC . 6 (1): 29. дои : 10.1186/1471-2148-6-29 . ISSN 1471-2148 . ПМЦ 1435933 . ПМИД 16563161 .

[9] Камминс, Карла А.; Макинерни, Джеймс О. (декабрь 2011 г.). «Метод определения скорости эволюции гомологичных признаков, который потенциально может улучшить филогенетические выводы, устранить глубокие расхождения и исправить систематические ошибки» . Систематическая биология . 60 (6): 833–844. дои : 10.1093/sysbio/syr064 . ISSN 1076-836X . ПМИД 21804093 .

[10] Мартин, Уильям Ф.; Лэндан, Гидди; Макинерни, Джеймс О.; Хазкани-Ково, Эйнат; Дэвид Брайант; Локхарт, Питер Дж.; Соуза, Филиппа Л.; Реттгер, Мэйо; Нельсон-Сати, Шиджулал (август 2015 г.). «Эндосимбиотическое происхождение и дифференциальная потеря эукариотических генов» (PDF) . Природа . 524 (7566): 427–432. Бибкод : 2015Natur.524..427K . дои : 10.1038/nature14963 . ISSN 1476-4687 . ПМИД 26287458 . S2CID 4411690 .

[11] О'Коннелл, Мэри Дж.; МакНелли, Алан; Макинерни, Джеймс О. (апрель 2017 г.). «Почему у прокариот есть пангеномы» (PDF) . Природная микробиология . 2 (4): 17040. doi : 10.1038/nmicrobiol.2017.40 . ISSN 2058-5276 . ПМИД 28350002 . S2CID 19612970 .

[12] «Короткое видео, объясняющее пангеномы» . Веб-сайт лаборатории Джеймса Макинерни . 29 марта 2017 года . Проверено 19 июля 2019 г.

[13] «Профессор Макинерни говорит о непорочном зачатии (партеногенезе)» . Веб-сайт лаборатории Джеймса МакИнерни . 30 ноября 2016 г. Проверено 19 июля 2019 г.

[14] «Короткое видео о недавней статье в природе» . Веб-сайт лаборатории Джеймса МакИнерни . 25 августа 2015 года . Проверено 19 июля 2019 г.

[15] «Профессор Макинерни дал интервью для радиосериала RTE «Яркие искры»» . Веб-сайт лаборатории Джеймса МакИнерни . 1 июня 2015 года . Проверено 19 июля 2019 г.

[16] Университет Мейнута (9 мая 2014 г.), профессор Джеймс Макинерни - новый рассвет генетики белого медведя , получено 19 июля 2019 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

Базы данных авторитетного контроля
Международный	ВИАФ WorldCat
Национальный	Соединенные Штаты
академики	Google Академика ОРЦИД Идентификатор исследователя Скопус