Патема

Патема был одним из восьми ресурсных центров биоинформатики , финансируемых Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), входящим в состав Национального института здравоохранения (NIH), который является агентством Министерства здравоохранения и социальных служб США .

Pathema финансировалась в течение пяти лет с 2004 года по контракту с Институтом Дж. Крейга Вентера , и в настоящее время ее возглавляет П.И. Грейнджер Саттон .

Pathema — это веб-ресурс Ресурсного центра биоинформатики, финансируемого JCVI при поддержке NIAID, и один из восьми таких центров, предназначенных для поддержки исследований в области биозащиты и инфекционных заболеваний. Основная цель Pathema — предоставить основной ресурс, который ускорит научный прогресс в понимании, обнаружении, диагностике и лечении заболеваний, вызванных шестью кладами патогенов категории AC ( Bacillus anthracis , Clostridium botulinum , Burkholderia mallei , Burkholderia pseudomallei , Clostridium perfringens , и Entamoeba histolytica ), участвующих в возникновении новых и вновь возникающих инфекционных заболеваний. Pathema предоставляет комплексные наборы данных для целевых кладов патогенов, а также передовые возможности биоинформатики, специально предназначенные для нужд биозащиты и идентификации потенциальных целей для разработки вакцин, терапии и диагностики.

Поддерживаемые организмы Pathema

Патема-бацилла

Бацилла сибирской язвы
Бацилла цереус
Бацилла Тюрингская
Бацилла субтилис
Бацилла пумилюс

Патема-Буркхолдерия

Буркхолдерия Маллей
Буркхолдерия псевдомаллеи
Буркхолдерия Таиландская
Буркхолдерия амбифария
Буркхолдерия ценоцепакия
Буркхолдерия мультиворанс
Буркхолдерия вьетнамская
Буркхолдерия ксеноворанс
Буркхолдерия сп.
Фаги буркхолдерий
синегнойная палочка
Ральстония пасленовая

Патема-Клостридия

Клостридия ацетобутиликум
Клостридия ботулиническая
Клостридиум бутирикум
Клостридия трудная
Клостридия клюйвери
Clostridium nový
Клостридия перфрингенс
Клостридии фитоферментанс
Клостридия столбняка
Клостридия термоцеллюм

Патема-Энтамёба

Энтамеба гистолитическая
Энтамеба диспар
Вторжение Энтамебы

Инструменты анализа патемы

Pathema поддерживает набор из более чем 50 веб-инструментов для сравнения отдельных генов, целых геномов и мультигеномов, которые облегчают анализ геномной последовательности и аннотаций более 80 прокариотических патогенов категории AC NIAID. Инструменты, доступные на ресурсе BRC, разработаны и адаптированы для наилучшего удовлетворения научных потребностей сообщества исследователей патогенов на основе отзывов, полученных в ходе работы с сообществом. Кроме того, они предназначены для облегчения научных исследований в области функционального лечения, патогенности, терапии, сравнительного анализа и функциональной геномики. Хотя каждый инструмент имеет несколько применений, вместе взятые они предоставляют множество возможностей для открытий и генерации гипотез.

Набор инструментов анализа Pathema включает в себя:

Более 25 различных возможностей поиска позволяют пользователям извлекать и извлекать данные, хранящиеся в сравнительной базе данных BRC. Инструменты поиска запрашивают гены, геномы, последовательности или текст, сопоставляя заданные пользователем строки в локусах генов, символах генов и названиях белковых продуктов. Другие запросы включают поиск по EC#, GenBank, SwissProt и GO id. Также доступны общие методы поиска последовательностей, такие как BLAST, HMM и поиск белковых мотивов.
Более 20 различных отображений и анализов полногеномных данных. Данные всего генома могут отображаться графически в виде линейного представления генов в участках хромосомы или в виде полного круга для всей хромосомы. Пользователи могут исследовать биохимические пути, таблицы использования кодонов, процентные графики GC, созданные на компьютере двумерные и рестрикционные гели, а также получать сводную информацию, такую как средний размер гена или количество кодирующих областей, в виде таблиц и списков, которые можно просмотреть и загрузить.
Более 15 различных инструментов сравнительного анализа. Основой сравнительных инструментов Pathema являются либо предварительно сгенерированные белковые кластеры, либо поиск «Все против всех». Incorporated — самые популярные инструменты общедоступного пакета сравнительного анализа Sybil. Sybil использует предварительно сгенерированные белковые кластеры в качестве базовых данных для градиента синтении и сравнительного геномного отображения, при этом пользователю доступны данные об ортологах, паралогах и одиночных элементах белковых кластеров.
Отдельные страницы генов, на которых выделены данные аннотаций и связанные с ними доказательства, а также инструменты анализа отдельных генов. Отображаемые и загружаемые аннотационные данные включают название продукта, символ гена, номер EC, идентификаторы GO, назначение категории функциональной роли, последовательность ДНК и последовательность белка. Расчет профиля TmHMM, вторичной структуры и перекоса GC-третьей позиции — это лишь несколько типов анализа, которые могут выполнять пользователи. Также доступны ссылки на другие соответствующие ресурсы, такие как Swiss-Prot, GenBank, Prosite, Pfam и т. д.

Ссылки

Бринкак Л.М., Дэвидсен Т., Бек Э. и др. (январь 2010 г.). «Патема: ресурсный центр биоинформатики по конкретной кладе для исследования патогенов» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D408–14. дои : 10.1093/нар/gkp850 . ПМЦ 2808925 . ПМИД 19843611 .
Грин Дж.М., Коллинз Ф., Лефковиц Э.Дж. и др. (июль 2007 г.). «Ресурсные центры биоинформатики Национального института аллергии и инфекционных заболеваний: новые активы для информатики патогенов» . Инфекция и иммунитет . 75 (7): 3212–9. дои : 10.1128/IAI.00105-07 . ЧВК 1932942 . ПМИД 17420237 .

Внешние ссылки

Публикации Патемы
Презентации Патемы
Домашняя страница НИАИД
Ресурсные центры биоинформатики Страница NIAID, описывающая цели и деятельность BRC.
PathogenPortal — центральный сайт BRC; предоставляет сводную информацию