СХЕМА (биоинформатика)
СХЕМА — это вычислительный алгоритм , используемый в белковой инженерии для идентификации фрагментов белков (называемых схемами ), которые можно рекомбинировать , не нарушая целостности трехмерной структуры белков . [1] Алгоритм вычисляет взаимодействия остатками белка, между различными аминокислотными чтобы определить, какие взаимодействия могут быть нарушены путем замены структурных доменов белка. Минимизируя эти нарушения, SCHEMA можно использовать для создания химерных белков , которые стабильно сворачиваются и могут иметь измененную функцию по сравнению с их родительскими белками. [2] Алгоритм SCHEMA был применен в рекомбинантных библиотеках отдаленно родственных β-лактамаз. [3]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Фойгт, Калифорния; Мартинес, К; Ван, З.Г.; Мейо, СЛ; Арнольд, Ф.Х.; и др. (июнь 2002 г.). «Белковые строительные блоки, сохраненные в результате рекомбинации». Структурная биология природы . 9 (7): 553–558. дои : 10.1038/nsb805 . ПМИД 12042875 . S2CID 19170079 .
- ^ Оти, ЧР; Ландвер, М; Эндельман, Дж. Б.; Хирага, К; Блум, Джей Ди; Арнольд, FH (май 2006 г.). «Структурно-ориентированная рекомбинация создает искусственное семейство цитохромов P450» . ПЛОС Биология . 4 (5): е112. дои : 10.1371/journal.pbio.0040112 . ПМЦ 1431580 . ПМИД 16594730 .
- ^ Мейер, М; Хохрейн, Л.; Арнольд, Ф (2006). «Структурно-ориентированная СХЕМА-рекомбинация отдаленно родственных бета-лактамаз» . Протеин Eng Des Sel . 19 (12): 563–570. дои : 10.1093/протеин/gzl045 . ПМИД 17090554 .
