Конст
| Разработчик(и) | Дэвид Гордон |
|---|---|
| Операционная система | UNIX, Linux, Mac OS X |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | Собственный |
| Веб-сайт | http://bozeman.mbt.washington.edu/consed/consed.html |
Конст [1] — это программа для просмотра, редактирования и завершения сборок последовательностей ДНК . Первоначально разработанный для сборок последовательностей, созданных с помощью phrap , последние версии также поддерживают другие программы сборки последовательностей, такие как Newbler.
История
[ редактировать ]Первоначально Consed был разработан как инструмент редактирования и окончательной обработки контигов для крупномасштабного секвенирования космидных дробовиков в рамках проекта «Геном человека» . В центрах секвенирования генома Consed использовался для проверки сборок, созданных с помощью phrap , решения проблем сборки, например, вызванных очень идентичными повторами, и выполнения таких задач, как выбор праймера и закрытие пробелов. Развитие Consed продолжилось после завершения проекта «Геном человека» . Текущие версии Consed поддерживают очень большие проекты с миллионами операций чтения, что позволяет использовать новые методы секвенирования, такие как секвенирование 454 и секвенирование Solexa . Consed также предлагает расширенные инструменты для выполнения задач, таких как автоматический подбор капсюлей. [2]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Гордон Д., Абаджян С., Грин П. (1998). «Consed: графический инструмент для завершения последовательности» . Геномные исследования . 8 (3): 195–202. дои : 10.1101/гр.8.3.195 . ПМИД 9521923 .
- ^ Гордон Д., Десмаре С., Грин П. (2001). «Автоматическая финишная обработка с помощью Autofinish» . Геномные исследования . 11 (4): 614–625. дои : 10.1101/гр.171401 . ПМК 311035 . ПМИД 11282977 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]
  | Эта статья, посвященная биоинформатике, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |