ЮниКарб-ДБ
ЮниКарб-ДБ [ 1 ] представляет собой структурную и масс-спектрометрическую базу данных, используемую в гликомике . UniCarb-DB предоставляет более 1000 спектров ЖХ-МС/МС для N- и O -связанных гликанов, высвобождаемых из гликопротеинов, которые были аннотированы вручную. Каждая запись содержит ссылку на опубликованную работу, информацию о структуре, номер доступа GlyToucan , фрагментацию MS/MS с полными списками пиков, биологический контекст и экспериментальные метаданные. [ 2 ] База данных была создана в результате сотрудничества Университета Гетеборга и Университета Маккуори. [ 3 ] [ 4 ] а с ноября 2016 года проводится Швейцарским институтом биоинформатики . База данных является первой, в которой реализован стандарт минимальной информации MIRAGE ( Минимальная информация, необходимая для эксперимента по гликомике ) для подачи данных гликомного МС/МС в базу данных. [ 5 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «ЮниКарб-ДБ» . unicarb-db.expasy.org . Проверено 14 ноября 2016 г.
- ^ Лисачек, Фредерик; Мариетоз, Жюльен; Алоччи, Давиде; Радд, Полин М.; Абрахамс, Джоди Л.; Кэмпбелл, Мэтью П.; Пакер, Николь Х.; Столе, Йонас; Видмальм, Йоран (01 января 2017 г.). «Базы данных и сопутствующие инструменты для гликомики и гликопротеомики» . В Лауке, Гордан; Вюрер, Манфред (ред.). Высокопроизводительная гликомика и гликопротеомика . Методы молекулярной биологии. Том. 1503. Спрингер, Нью-Йорк. стр. 235–264. дои : 10.1007/978-1-4939-6493-2_18 . ISBN 9781493964918 . ПМИД 27743371 .
- ^ Кэмпбелл, Мэтью П.; Нгуен-Хуонг, Терри; Хейс, Кэтрин А.; Цветы, Сара А.; Алагесан, Катирвел; Коларич, Дэниел; Пакер, Николь Х.; Карлссон, Никлас Г. (01 января 2014 г.). «Проверка процесса курирования UniCarb-DB: создание глобального эталонного хранилища гликанов MS/MS». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Белки и протеомика . 1844 (1 часть А): 108–116. дои : 10.1016/j.bbapap.2013.04.018 . ISSN 0006-3002 . ПМИД 23624262 .
- ^ Хейс, Кэтрин А.; Карлссон, Никлас Г.; Струве, Уэстон Б.; Лисачек, Фредерик; Радд, Полин М.; Пакер, Николь Х.; Кэмпбелл, Мэтью П. (1 мая 2011 г.). «UniCarb-DB: ресурс базы данных для открытия гликомии» . Биоинформатика . 27 (9): 1343–1344. doi : 10.1093/биоинформатика/btr137 . ISSN 1367-4811 . ПМИД 21398669 .
- ^ Рохас-Масиас, Майкл А.; Мариетоз, Жюльен; Андерссон, Питер; Цзинь, Чуньшэн; Венкатакришнан, Винеш; Аоки, Нобуюки П.; Шинмати, Дайсуке; Эшвуд, Кристофер; Мадунич, Кэтрин (27 августа 2018 г.). «Электронный рабочий процесс для регистрации данных гликомной масс-спектрометрии в соответствии с правилами отчетности» . биоRxiv . дои : 10.1101/401141 .