Минимальная информация, необходимая для эксперимента по гликомике
Инициатива « Минимальная информация, необходимая об эксперименте по гликомике» ( МИРАЖ ) является частью « Стандартов минимальной информации» и конкретно применяется к рекомендациям по составлению отчетов (описанию метаданных ) по экспериментам по гликомике . Инициативу поддерживает Институт развития химических наук Байльштейна . [1] Проект MIRAGE фокусируется на разработке руководств по публикации данных о взаимодействии и структурной гликомике, а также на разработке форматов обмена данными. Проект стартовал в 2011 году в Сиэтле и начался с описания целей проекта MIRAGE. [2]
Организация
[ редактировать ]Комиссия MIRAGE состоит из трех групп, которые тесно взаимодействуют друг с другом. Консультативный совет состоит из ведущих ученых в области гликобиологии, которые, например, критически рассматривают результаты работы рабочей группы и продвигают рекомендации по отчетности в сообществе. Рабочая группа ищет внешние консультации и напрямую взаимодействует с сообществом гликомииков. Члены группы выполняют определенные подпроекты (например, разработку и пересмотр руководств), концентрируясь на конкретных областях исследований для достижения общих целей проекта MIRAGE. Координационная группа связывает подпроекты рабочей группы вместе и передает результаты на рассмотрение консультативного совета.
Рекомендации по составлению отчетов
[ редактировать ]Были разработаны и опубликованы следующие рекомендации по отчетности:
- Рекомендации MIRAGE MS по составлению отчетов по масс-спектрометрическому анализу гликанов . [2] Эти рекомендации основаны на шаблоне рекомендаций MIAPE , т.е. версии MIAPE-MS 2.24. [3]
- Рекомендации по подготовке проб MIRAGE [4] которые считаются общей основой для любых дальнейших рекомендаций по отчетности MIRAGE, чтобы требования к анализу данных были краткими и последовательными.
- Рекомендации по использованию микроматриц MIRAGE Glycan для всестороннего описания экспериментов с матрицей гликанов . Разработаны рекомендации по составлению отчетов по анализу микрочипов гликанов. [5] Чтобы помочь авторам составлять отчеты в соответствии с настоящими рекомендациями, предоставляются образцы публикаций и шаблон с примером данных. [6]
- Рекомендации MIRAGE по жидкостной хроматографии для представления данных жидкостной хроматографии (ЖХ) гликанов. [7]
Производные
[ редактировать ] | в этом разделе Использование внешних ссылок может не соответствовать политике и рекомендациям Википедии . ( Май 2022 г. ) |
Руководящие принципы отчетности MIRAGE обеспечивают необходимую основу для последующих проектов, связанных с разработкой как программных инструментов для анализа экспериментальных данных по гликанам, так и баз данных для хранения данных анализа взаимодействия (например, из экспериментов на микрочипах гликанов) и данных структурного анализа (например, из масс-спектрометрии). и эксперименты по жидкостной хроматографии). Поскольку руководящие принципы включают определения минимальной информации, необходимой для полного отчета об экспериментах по гликомике, эта информация включается в структуры баз данных, формы сбора данных и форматы обмена данными.
Следующие базы данных соответствуют рекомендациям MIRAGE:
- UniCarb-DB , в которой хранятся тщательно подобранные данные и информация о структурах гликанов и связанных с ними фрагментах, характеризуемых стратегиями LC- Tandem_mass-спектрометрии .
- GlycoStore — тщательно подобранная с помощью хроматографии , электрофореза и масс-спектрометрии . база данных композиций N-, O-, гликосфинголипидных (GSL) гликанов и свободных олигосахаридов, связанных с рядом гликопротеинов, гликолипидов и биотерапевтических средств, полученных
- ЮниКарб-ДР [8] МС н хранилище данных для гликановых структур
- GlycoPOST - хранилище масс-спектров гликомики и гликопротеомики.
Следующие проекты относятся к стандартам MIRAGE:
- GlyTouCan — это хранилище структур гликанов, в котором уникальные идентификаторы присваиваются индивидуально сообщаемым структурам гликанов.
- UniCarbKB база данных гликанов и гликопротеинов.
- GlyGen , проект интеграции и распространения данных, связанных с углеводами и гликоконъюгатами.
- GlyConnect — интегрированная платформа для гликомики и гликопротеомики.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «МИРАЖ в Институте Байльштейна» .
- ^ Перейти обратно: а б Коларич, Дэниел; Рапп, Эрдманн; Струве, Уэстон Б.; Хаслам, Стюарт М.; Зая, Джозеф; Макбрайд, Райан; Аграват, Санджай; Кэмпбелл, Мэтью П.; Като, Масаки; Ранцингер, Рене; Кеттнер, Карстен; Йорк, Уильям С. (1 апреля 2013 г.). «Минимальная информация, необходимая для проекта гликомического эксперимента (МИРАЖ): улучшение стандартов представления гликоаналитических данных, основанных на масс-спектрометрии» . Молекулярная и клеточная протеомика . 12 (4): 991–995. дои : 10.1074/mcp.O112.026492 . ISSN 1535-9476 . ПМЦ 3617344 . ПМИД 23378518 .
- ^ Тейлор, Крис Ф; Бинц, Пьер-Ален; Эберсольд, Руди; Аффольтер, Мишель; Баркович, Роберт; Дойч, Эрик В; Хорн, Дэвид М; Хюмер, Андреас; Куссманн, Мартин; Лилли, Кэтрин; Махт, Маркус; Манн, Матиас; Мюллер, Дитер; Нойберт, Томас А; Никсон, Дженис; Паттерсон, Скотт Д.; Расо, Роберто; Ресинг, Кэтрин; Сеймур, Шон Л.; Цугита, Акира; Ксенарий, Иоаннис; Цзэн, Ронг; Джулиан, Рэндалл К. (1 августа 2008 г.). «Руководство по отчетности об использовании масс-спектрометрии в протеомике». Природная биотехнология . 26 (8): 860–861. дои : 10.1038/nbt0808-860 . ПМИД 18688232 . S2CID 205270031 .
- ^ Струве и др. (сентябрь 2016 г.). «Минимум информации, необходимой для проекта гликомического эксперимента (МИРАЖ): рекомендации по подготовке проб для надежного предоставления наборов данных по гликомике» . Гликобиология . 26 (9): 907–910. дои : 10.1093/гликоб/cww082 . ПМК 5045532 . ПМИД 27654115 .
- ^ Лю и др. (апрель 2017 г.). «Минимум информации, необходимой для проекта гликомического эксперимента (МИРАЖ): улучшение стандартов представления данных на основе гликановых микрочипов» . Гликобиология . 27 (4): 280–284. дои : 10.1093/гликоб/cww118 . ПМЦ 5444268 . ПМИД 27993942 .
- ^ Примеры - MIRAGE - Проекты - Институт развития химических наук Байльштейна
- ^ Кэмпбелл, Мэтью П.; Абрахамс, Джоди Л; Рапп, Эрдманн; Струве, Уэстон Б; Костелло, Кэтрин Э; Новотный, Милош; Ранцингер, Рене; Йорк, Уильям С; Коларич, Дэниел; Радд, Полин М; Кеттнер, Карстен (19 февраля 2019 г.). «Минимальная информация, необходимая для проекта гликомического эксперимента (МИРАЖ): Рекомендации LC». Гликобиология . 29 (5): 349–354. дои : 10.1093/гликоб/cwz009 . ПМИД 30778580 .
- ^ Карлссон, Николас; Лисачек, Фредерик; Аоки-Киношита, Киёко Ф.; Пакер, Николь Х.; Кеттнер, Карстен; Вюрер, Манфред; Радд, Полин М.; Коларич, Дэниел; Лаванда, Фредерик; Струве, Уэстон Б.; Хорлахер, Оливер; Миллер, Ребекка Л.; Чжан, Тао; Мадунич, Кэтрин; Эшвуд, Кристофер; Шинмати, Дайсуке; Аоки, Нобуюки П.; Венкатакришнан, Винеш; Цзинь, Чуньшэн; Андерссон, Питер; Мариетоз, Жюльен; Рохас-Масиас, Майкл А. (27 августа 2018 г.). «Электронный рабочий процесс для записи данных гликомной масс-спектрометрии в соответствии с правилами отчетности» . bioRxiv : : 401141 .