Рукоположение (статистика)

Ординационный или градиентный анализ в многомерном анализе является методом, дополняющим кластеризацию данных и используемым в основном при исследовательском анализе данных (а не при проверке гипотез ). В отличие от кластерного анализа, ординация упорядочивает количества в скрытом пространстве (обычно более низкой размерности). В пространстве ординации величины, находящиеся рядом друг с другом, имеют общие атрибуты (т. е. в некоторой степени схожи), а разнородные объекты находятся дальше друг от друга. Такие отношения между объектами по каждой из нескольких осей или скрытых переменных затем характеризуются численно и/или графически на двухграфическом графике .

Первый метод ординации — анализ главных компонент — был предложен Карлом Пирсоном в 1901 году.

Методы

Методы ординации можно в общих чертах разделить на методы, основанные на собственных векторах, алгоритмах или моделях. многие классические методы ординации, в том числе анализ главных компонент, анализ соответствий (СА) и его производные ( анализ соответствий без тренда , анализ канонических соответствий и анализ избыточности К первой группе относятся ).

Вторая группа включает в себя некоторые методы, основанные на расстоянии, такие как неметрическое многомерное масштабирование , и методы машинного обучения, такие как T-распределенное стохастическое встраивание соседей и нелинейное уменьшение размерности .

Третья группа включает методы ординации на основе моделей, которые можно рассматривать как многомерное расширение обобщенных линейных моделей . ^[1]^[2]^[3]^[4] Методы ординации на основе моделей более гибки в своем применении, чем классические методы ординации, так что, например, можно включать случайные эффекты. ^[5] В отличие от двух вышеупомянутых групп, в ординации нет (явной или неявной) меры расстояния. Вместо этого для ответов необходимо указать распределение, типичное для статистических моделей. Эти и другие предположения, такие как предполагаемое соотношение среднего и дисперсии, могут быть проверены с использованием остаточной диагностики, в отличие от других методов ординации.

Приложения

Ординацию можно использовать при анализе любого множества многомерных объектов. Он часто используется в ряде экологических наук, особенно в экологии растительных сообществ . Он также используется в генетике и системной биологии для микрочипов анализа данных и в психометрии .

См. также

Ссылки

^ Хуэй, Фрэнсис К.К.; Таскинен, Сара; Залогодатель, Ширли; Фостер, Скотт Д.; Уортон, Дэвид И. (2015). О'Хара, Роберт Б. (ред.). «Модельные подходы к неограниченному рукоположению» . Методы экологии и эволюции . 6 (4): 399–411. дои : 10.1111/2041-210X.12236 . ISSN 2041-210X . S2CID 62624917 .
^ Уортон, Дэвид И.; Бланше, Ф. Гийом; О'Хара, Роберт Б.; Оваскайнен, Отсо; Таскинен, Сара; Уокер, Стивен С.; Хуэй, Фрэнсис К.К. (01 декабря 2015 г.). «Так много переменных: совместное моделирование в общественной экологии» . Тенденции в экологии и эволюции . 30 (12): 766–779. дои : 10.1016/j.tree.2015.09.007 . ISSN 0169-5347 . ПМИД 26519235 .
^ Да, Томас В. (2004). «Новый метод максимально правдоподобного канонического гауссовского ординирования» . Экологические монографии . 74 (4): 685–701. дои : 10.1890/03-0078 . ISSN 0012-9615 .
^ Хавинкель, Стейн; Керкхоф, Фредерик-Мартен; Бийненс, Люк; Это, Оливье (13 февраля 2019 г.). «Единая система для неограниченного и ограниченного упорядочения данных подсчета считываний микробиома» . ПЛОС ОДИН . 14 (2): e0205474. дои : 10.1371/journal.pone.0205474 . ISSN 1932-6203 . ПМК 6373939 . ПМИД 30759084 .
^ ван дер Вин, Берт; Хуэй, Фрэнсис К.К.; Ховстад, Кнут А.; О'Хара, Роберт Б. (2023). «Параллельная ординация: одновременное моделирование скрытых переменных без ограничений и с ограничениями» . Методы экологии и эволюции . 14 (2): 683–695. дои : 10.1111/2041-210X.14035 . hdl : 11250/3050891 . ISSN 2041-210X .

Дальнейшее чтение

Биркс, HJB , 1998. Аннотированная библиография анализа канонического соответствия и связанных с ним методов ограниченной ординации 1986–1996. Ботанический институт Бергенского университета. Всемирная паутина: http://www.bio.umontreal.ca/Casgrain/cca_bib/index.html.
Браак, CJF тер и IC Прентис 1988 Теория градиентного анализа. Адв. Экол. Рез. 18:271-313.
Гауч, Х.Г. , младший, 1982. Многомерный анализ в общественной экологии. Издательство Кембриджского университета, Кембридж.
Джонгман и др. , 1995. Анализ данных в области общественной и ландшафтной экологии. Издательство Кембриджского университета, Кембридж.
Пагани и др. , 2015. Methodi Ordinatio: предлагаемая методология отбора и ранжирования соответствующих научных работ с учетом импакт-фактора, количества цитирований и года публикации. Scientometrics, декабрь 2015 г., том 105, выпуск 3, стр. 2109–2135.

Внешние ссылки

Общий
- http://ordination.okstate.edu/ Веб-страница рукоположения – методы рукоположения для экологов
- https://www.davidzeleny.net/anadat-r/doku.php/en:start
- https://link.springer.com/article/10.1007/s11192-015-1744-x
Конкретные методы
- http://www.statsoft.com/textbook/stcoran.html
- http://www.statsoft.com/textbook/stmulsca.html
- http://www.statsoft.com/textbook/glosfra.html
- https://link.springer.com/article/10.1007/s11192-015-1744-x Метод ординации статей с использованием года публикации, импакт-фактора и количества цитирований.
Программное обеспечение
- http://home.centurytel.net/~mjm/pcordwin.htm
- http://www.microcomputerpower.com/catalog/canoco.html
- http://www.brodgar.com
- http://www.VisuMap.com
- https://cran.r-project.org/web/packages/vegan/vegan.pdf Пакет R для классических методов рукоположения.
- https://cran.r-project.org/package=seriation Пакет R для упорядочивания объектов
- https://cran.r-project.org/web/packages/gllvm/index.html Пакет R для рукоположения на основе модели
- https://cran.r-project.org/web/packages/VGAM/index.html Пакет R для рукоположения на основе модели
- https://cran.r-project.org/web/packages/boral/index.html Пакет R для рукоположения на основе модели

[1] Хуэй, Фрэнсис К.К.; Таскинен, Сара; Залогодатель, Ширли; Фостер, Скотт Д.; Уортон, Дэвид И. (2015). О'Хара, Роберт Б. (ред.). «Модельные подходы к неограниченному рукоположению» . Методы экологии и эволюции . 6 (4): 399–411. дои : 10.1111/2041-210X.12236 . ISSN 2041-210X . S2CID 62624917 .

[2] Уортон, Дэвид И.; Бланше, Ф. Гийом; О'Хара, Роберт Б.; Оваскайнен, Отсо; Таскинен, Сара; Уокер, Стивен С.; Хуэй, Фрэнсис К.К. (01 декабря 2015 г.). «Так много переменных: совместное моделирование в общественной экологии» . Тенденции в экологии и эволюции . 30 (12): 766–779. дои : 10.1016/j.tree.2015.09.007 . ISSN 0169-5347 . ПМИД 26519235 .

[3] Да, Томас В. (2004). «Новый метод максимально правдоподобного канонического гауссовского ординирования» . Экологические монографии . 74 (4): 685–701. дои : 10.1890/03-0078 . ISSN 0012-9615 .

[4] Хавинкель, Стейн; Керкхоф, Фредерик-Мартен; Бийненс, Люк; Это, Оливье (13 февраля 2019 г.). «Единая система для неограниченного и ограниченного упорядочения данных подсчета считываний микробиома» . ПЛОС ОДИН . 14 (2): e0205474. дои : 10.1371/journal.pone.0205474 . ISSN 1932-6203 . ПМК 6373939 . ПМИД 30759084 .

[5] ван дер Вин, Берт; Хуэй, Фрэнсис К.К.; Ховстад, Кнут А.; О'Хара, Роберт Б. (2023). «Параллельная ординация: одновременное моделирование скрытых переменных без ограничений и с ограничениями» . Методы экологии и эволюции . 14 (2): 683–695. дои : 10.1111/2041-210X.14035 . hdl : 11250/3050891 . ISSN 2041-210X .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]