База данных семейств структурно подобных белков
Семейства структурно подобных белков или FSSP представляют собой базу данных «Distance-matrix ALIgnment» (DALI) структурно наложенных белков, созданную с использованием алгоритма . В настоящее время база данных содержит расширенное структурное семейство для каждой из 330 репрезентативных белковых цепей. Каждый набор данных содержит структурные выравнивания одной поисковой структуры со всеми другими структурно значимо сходными белками в репрезентативном наборе (удаленные гомологи, <30% идентичности последовательностей), а также со всеми структурами в Банке данных белков с относительной идентичностью последовательностей 70-30%. к структуре поиска (средние гомологи). Очень близкие гомологи (идентичность последовательностей более 70%) исключаются, поскольку они редко имеют заметные структурные различия. Выравнивание удаленных гомологов является результатом парных структурных сравнений «все против всех» в наборе из 330 репрезентативных белковых цепей. Все такие сравнения основаны исключительно на трехмерных координатах белков и производятся с помощью автоматических (объективных) программ сравнения структур. Значимость структурного сходства оценивается на основе статистических критериев. База данных FSSP доступна в электронном виде с файлового сервера EMBL и по анонимному FTP (протокол передачи файлов). [1] База данных полезна для сравнения белковых структур .
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Холм Л., Узунис С., Сандер С., Тупарев Г., Вриенд Г. (1992). «База данных семейств белковых структур с общими мотивами сворачивания» . Белковая наука . 1 (12): 1691–1698. дои : 10.1002/pro.5560011217 . ПМК 2142138 . ПМИД 1304898 .
Внешние ссылки
[ редактировать ] | Эта белках статья о незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |