Общий язык рабочего процесса
 | В этой статье есть несколько проблем. Пожалуйста, помогите улучшить его или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалять эти шаблонные сообщения )
|
| Стандарты общего языка рабочего процесса | |
 Логотип КВЛ | |
| Аббревиатура | КВЛ |
|---|---|
| Статус | Опубликовано |
| Год начался | 10 июля 2014 г. |
| Последняя версия | 1.2 7 августа 2020 г. |
| Сопутствующие стандарты | Биокомпьютерный объект |
| Лицензия | Апач 2.0 |
| Веб-сайт | общий |
Common Workflow Language ( CWL ) — это стандарт для описания рабочих процессов вычислительного анализа данных. [ 1 ] Развитие CWL сосредоточено, в частности, на обслуживании наук с интенсивным использованием данных, таких как биоинформатика , [ 2 ] медицинская визуализация , астрономия , физика и химия .
Стандартный
[ редактировать ]Ключевая цель CWL — обеспечить возможность создания переносимого рабочего процесса, который, таким образом, может воспроизводиться в различных вычислительных средах. [ 3 ]
CWL возникла в результате обсуждений в 2014 году между Питером Амстутцем , Джоном Чилтоном , Небойшей Тияничем и Майклом Р. Крузо (в то время их соответствующими филиалами были: Galaxy , Arvados, Seven Bridges и Университет штата Мичиган ) в Открытом фонде биоинформатики BOSC 2014. кодфест.
CWL поддерживается множеством средств анализа и платформ. [ 4 ] например Apache Airflow (через CWL-Airflow [ 5 ] ), Арвадос , Рабикс , [ 6 ] Cromwell Workflow Engine , Toil , REANA — Reusable Analyses и CWLEXEC для IBM Spectrum LSF и был определён в 2017 году как один из будущих трендов развития конвейера биоинформатики. [ 2 ] Несколько дополнительных сред анализа в настоящее время реализуют поддержку CWL, включая Pegasus. [ 7 ] и Галактика . [ 8 ]
Доступность
[ редактировать ]Проект CWL [ 9 ] представляет собой многостороннюю рабочую группу, состоящую как из организаций, так и из отдельных лиц. Являясь членом проекта Software Freedom Conservancy , он публикует стандарты CWL, свободно доступные через свой репозиторий GitHub под разрешительной лицензией Apache License 2.0 .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Питер, Амштуц; Р., Крузо, Майкл; Небойша, Тиянич; Брэд, Чепмен; Джон, Чилтон; Михаэль, Хойер; Андрей, Карташов; Дэн, Лир; Эрве, Менажер (08 июля 2016 г.). «Общий язык рабочего процесса, v1.0» . Фиговая доля . doi : 10.6084/m9.figshare.3115156.v2 .
{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ Перейти обратно: а б Лейпциг, Джереми (01 мая 2017 г.). «Обзор биоинформатических систем конвейера» . Брифинги по биоинформатике . 18 (3): 530–536. дои : 10.1093/нагрудник/bbw020 . ISSN 1467-5463 . ПМК 5429012 . ПМИД 27013646 .
- ^ Перкель, Джеффри М. (2019). «Системы рабочих процессов превращают необработанные данные в научные знания» . Природа . 573 (7772): 149–150. Бибкод : 2019Natur.573..149P . дои : 10.1038/d41586-019-02619-z . ISSN 0028-0836 . PMID 31477884 . S2CID 201713827 .
- ^ «Реализации CWL» . Общий язык рабочего процесса (CWL) . Проверено 10 октября 2021 г.
- ^ Барский, Артем; Карташов Андрей Владимирович; Котляр, Михаил (01.07.2019). «CWL-Airflow: легкий менеджер конвейеров, поддерживающий общий язык рабочих процессов» . ГигаСайенс . 8 (7). doi : 10.1093/gigascience/giz084 . ПМК 6639121 . ПМИД 31321430 .
- ^ Кошик, Гаурав; Ивкович, Синиша; Симонович, Янко; Тиянич, Небойша; Дэвис-Дусенбери, Брэнди; Курал, Дениз (январь 2017 г.). «Rabix: исполнитель рабочих процессов с открытым исходным кодом, поддерживающий пересчитываемость и совместимость описаний рабочих процессов». Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютерам 2017 . Материалы Тихоокеанского симпозиума. Том. 22. С. 154–165. дои : 10.1142/9789813207813_0016 . ISBN 978-981-320-780-6 . ПМК 5166558 . ПМИД 27896971 .
- ^ «11.6. pegasus-cwl-converter — документация Pegasus WMS 5.0.1» . pegasus.isi.edu . Проверено 10 октября 2021 г.
- ^ Чилтон, Джон; Сорансо, Никола. «Реализовать подмножество общего языка рабочего процесса. автор jmchilton · Pull Request #47 · common-workflow-language/galaxy» . Гитхаб . Проверено 10 октября 2021 г.
- ^ Крузо, Майкл Р.; Абельн, Санне; Иосуп, Александру; Амштуц, Питер; Чилтон, Джон; Тиянич, Небойша; Менажер, Эрве; Сойланд-Рейес, Стиан; Гаврилович, Богдан; Гобл, Кэрол; Сообщество CWL (2022 г.). «Включенные методы: стандартизация повторного использования вычислений и переносимости с помощью общего языка рабочего процесса». Коммуникации АКМ . 65 : 54–63. arXiv : 2105.07028 . дои : 10.1145/3486897 . S2CID 234742536 .