РедТоЛ

RedToL , или «Древо жизни из красных водорослей» , является частью совместной деятельности Национального научного фонда «Сборка Древа жизни» (AToL), финансируемой через Отдел биологии окружающей среды Управления биологических наук . Общая цель AToL — выяснить эволюционные взаимоотношения больших групп организмов на протяжении всей истории жизни, при этом в исследованиях часто участвуют большие группы, работающие в разных учреждениях и дисциплинах. Исследователи обычно получают поддержку в проектах по сбору, анализу, разработке и распространению данных в области вычислительной филогенетики и филоинформатики.

Филогенетические и геномные подходы к реконструкции Древа жизни красных водорослей сосредоточены на Rhodophyta ( красных водорослях ), одном из самых древних эукариот типов с ископаемыми свидетельствами существования Bangiales, возраст которых насчитывает 1,2 миллиарда лет. Красные водоросли не только являются ключевыми представителями морской и пресноводной водной среды, но и являются источниками важных пищевых продуктов для человека, таких как дульсе и обертки для суши , а также имеют множество фармацевтических и промышленных применений (например, агароза и каррагинаны ). Возможно, наиболее важной является роль красных водорослей в симбиогенезе . Красная водоросль была древним (> 1 миллиарда лет назад) донором пластиды в хлорофилл С -содержащих водорослях ( гетероконта или страменопилес), которые приобрели известность в морских экосистемах после конца перми , причем такие группы, как диатомовые водоросли, в настоящее время обеспечивают ок. 20% мирового фиксированного углерода .

Цели

Целями RedToL являются: 1) реконструировать надежную филогению 471 вида красных водорослей, используя конкатенированный набор данных, состоящий из 2 ядерных , 4 пластидных и 2 митохондриально кодируемых генных маркеров; 2) секвенировать пластидные геномы и создавать базы данных транскриптомов для 16 ключевых таксонов, которые представляют филогенетическую (например, на уровне классов и порядков) широту красных водорослей, 3) предоставлять свободный доступ к мультигенным и геномным данным красных водорослей путем публикации в GenBank и веб-сайт, посвященный конкретному проекту. Программа информационно-просветительской деятельности и наставничества для студентов является важным компонентом инициативы RedToL.

471 выбранный вид из 294 родов представляет разнообразие ок. Будет включено 6000 видов красных водорослей (т.е. около 35% всех родов красных водорослей, которые представляют все существующие отряды). Надежная филогенетическая основа, полученная в результате этого исследования, является основой для всестороннего таксономического пересмотра красных водорослей и обеспечивает основу для интерпретации ключевых инноваций в ходе эволюции красных водорослей . Поскольку выбранные маркерные гены используются в разных проектах «Сборка Древа Жизни» (AToL), они обеспечат общую основу для будущего комплексного эукариотического дерева. Полный пластидный геном и данные транскриптома 16 основных таксонов красных водорослей обеспечат инвентаризацию генома, которая облегчит понимание эволюции красных водорослей, а также послужит основой для филогенетического анализа с использованием богатого набора (т.е. сотен) вертикально наследуемых генов. Данные генома будут специально проверять взаимоотношения между основными классами и отрядами красных водорослей. Члены команды RedToL представляют восемь учреждений, включая двух иностранных сотрудников и пятнадцать членов консультативного совета, и представляют наиболее выдающихся активных национальных и международных специалистов по красным водорослям разных поколений, которые используют разные методы (от от таксономии к филогеномике ) для улучшения понимания биологии красных водорослей.

Внешние ссылки