Универсальный идентификатор нуклеотида

( Универсальный идентификатор нуклеотида nuID) в молекулярной биологии предназначен для уникальной и глобальной идентификации зондов олигонуклеотидных микрочипов .

Фон

Олигонуклеотидные зонды микрочипов, имеющие идентичную последовательность, могут иметь разные идентификаторы у разных производителей и даже у разных версий микрочипов одной и той же компании; а иногда один и тот же идентификатор используется повторно и представляет собой совершенно другой олигонуклеотид, что приводит к неоднозначности и потенциально неправильной идентификации генов, гибридизующихся с этим зондом. Это также затрудняет интерпретацию данных и интеграцию различных пакетов данных. nuID был разработан для решения этих проблем. Это уникальная невырожденная схема кодирования, которую можно использовать в качестве универсального представления для идентификации олигонуклеотида разных производителей. Разработка nuID была вдохновлена тем фактом, что необработанная последовательность олигонуклеотида является истинным определением идентичности зонда, а алгоритм кодирования уникальным и невырожденным образом преобразует саму последовательность в компактный идентификатор ( сжатие без потерь ). Кроме того, была добавлена проверка избыточностью ( контрольная сумма ) для проверки целостности идентификатора. Эти два шага (кодирование плюс контрольная сумма) приводят к созданию nuID, который является уникальным, невырожденным, постоянным, надежным и эффективным представлением последовательности зонда. Для коммерческих приложений, требующих конфиденциальности идентификатора последовательности, для nuID также можно добавить схему шифрования. Утилита nuIDs реализована для аннотации Микрочипы Illumina , которые можно загрузить с Bioconductor веб-сайта [1] . Он также имеет универсальную применимость в качестве соглашения об именовании олигомеров, независимого от источника.

Схема nuID имеет три существенных преимущества по сравнению с использованием олигопоследовательности непосредственно в качестве идентификатора: во-первых, она более компактна благодаря кодировке Base-64; во-вторых, имеет встроенные средства обнаружения ошибок и самоидентификации; и в-третьих, она может быть зашифрована в тех случаях, когда последовательности желательно не раскрывать. Более подробную информацию можно найти в документе nuID. ^{[ 1 ]} Реализацию алгоритмов кодирования и декодирования nuID можно найти в пакете lumi или по адресу [2].