Люми (программное обеспечение)
| Стабильная версия | 2.0 / 4 марта 2007 г. |
|---|---|
| Операционная система | Linux , UNIX , Mac OS X , Windows |
| Платформа | Язык программирования R и Биокондуктор |
| Тип | Анализ Illumina микрочипов |
| Лицензия | Стандартная общественная лицензия GNU |
| Веб-сайт | Веб-сайт выпуска программного обеспечения Lumi |
lumi — это бесплатный проект программного обеспечения с открытым исходным кодом и открытой разработкой для анализа и понимания Illumina данных микрочипов экспрессии и метилирования . Проект был начат летом 2006 года и направлен на предоставление алгоритмов и инструментов управления данными Illumina в рамках Bioconductor . Он основан на статистическом языке программирования R.
Функции
[ редактировать ]Пакет lumi предоставляет конвейер анализа данных микрочипов Illumina об экспрессии и метилировании на уровне зонда, включая управление идентификаторами зондов ( nuID ), обновленное картирование зонда и гена и аннотацию с использованием последней версии RefSeq (nuIDblast), преобразование интенсивности зонда. (VST) и нормализации (RSN), контроля качества (QA/QC) и методов предварительной обработки, специфичных для данных метилирования Illumina. Расширяя объект ExprSet специфичными для Illumina функциями, lumi предназначен для работы с другими пакетами Bioconductor, такими как Limma и GOstats, для обнаружения дифференциальных генов и проведения анализа онтологии генов.
История
[ редактировать ]Проект lumi был начат летом 2006 года в Центре биоинформатики Комплексного онкологического центра имени Роберта Х. Лурье Северо -Западного университета . Первоначально lumi был разработан для анализа данных Illumina Expression BeadArray. Начиная с 2010 года (версия > 2.0) добавлены функции анализа данных микрочипов метилирования Illumina. Команда проекта состоит из Drs. Пан Ду, Саймон М. Лин и Уоррен А. Киббе. Проект был начат по просьбе доктора Сердара Э. Булуна о сотрудничестве для анализа набора новых данных микрочипов Illumina, полученных в его лаборатории по изучению влияния ретиноевых кислот на рак. Доктор Пан Ду руководил разработкой программного обеспечения для проекта. lumi был первым программным пакетом, в котором использовалась уникальная конструкция резервирования beadArrays для процессов преобразования и нормализации данных. Первый выпуск lumi состоялся 3 января 2007 года на сайте Bioconductor . Перед официальным выпуском он прошел бета-тестирование в Норвежской радиевой больнице, Медицинском центре Лейденского университета, Амстердамском университете, Университете Студии Брешии, Калифорнийском университете в Дэвисе, Государственном университете Уэйна, НИЗ, Онкологическом центре доктора медицины Андерсона, Университете Кейс Вестерн Резерв, Гарвардском университете. , Вашингтонский университет и Институт медицинских исследований Уолтера и Элизы Холл.
См. также
[ редактировать ]
- Bioconductor , интегрированное программное обеспечение для статистического анализа данных влажных лабораторий в молекулярной биологии.
- Illumina Inc. и ее технология beadArray
Внешние ссылки
[ редактировать ]| Функции |  | |
|---|---|---|
| Реализации |
| |
| Пакеты | ||
| Интерфейсы | ||
| Люди | ||
| Организации |
| |
| Публикации | ||