Рея (трубопровод)
 | Эта статья предоставляет недостаточный контекст для тех, кто не знаком с предметом . ( Март 2017 г. ) |
 | |
| Разработчик(и) | Илиас Лагкувардос, Сандра Фишер, Нирадж Кумар, Томас Клавель |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 16 ноября 2016 г. |
| Стабильная версия | 1.1.0 |
| Написано в | Р |
| Операционная система | Windows , macOS , Ubuntu , Fedora , Red Hat Linux , openSUSE |
| Лицензия | МОЯ лицензия |
| Веб-сайт | https://lagkouvardos.github.io/Rhea/ |
Рея [1] представляет собой биоинформационный конвейер , написанный на языке R для анализа микробных профилей. Он был выпущен в конце 2016 года и общедоступен в репозитории GitHub . [2]
Начиная с таблицы оперативных таксономических единиц (OTU), конвейер содержит сценарии, которые выполняют следующие общие аналитические шаги:
- Нормализация таблицы OTU
- Расчет альфа-разнообразия для каждого образца
- Расчет бета-разнообразия и визуализация результатов с помощью PCoA
- Таксономическое бинирование
- Статистическое тестирование
- Корреляционный анализ
Имя Rhea изначально было дано конвейеру как фонетическая и визуальная связь с языком R , используемым на протяжении всей разработки. Более того, как сказано в оригинальной публикации, [1] название было выбрано, чтобы отразить плавный и развивающийся характер письменности, поскольку «поток» — одна из предполагаемых этимологий имени мифологической богини Реи .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Лагкувардос, Илиас; Фишер, Сандра; Кумар, Нирадж; Клавель, Томас (11 января 2017 г.). «Рея: прозрачный и модульный R-конвейер для микробного профилирования на основе ампликонов гена 16S рРНК» . ПерДж . 5 : е2836. дои : 10.7717/peerj.2836 . ПМЦ 5234437 . ПМИД 28097056 .
- ^ «Рея от Лагкувардоса» . lagkouvardos.github.io .
| Функции |  | |
|---|---|---|
| Реализации |
| |
| Пакеты | ||
| Интерфейсы | ||
| Люди | ||
| Организации |
| |
| Публикации | ||
 | Эта научная статья о программном обеспечении незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |