Одноцепочечный конформационный полиморфизм
Одноцепочечный конформационный полиморфизм ( SSCP ) или полиморфизм одноцепочечной цепи определяется как конформационное различие одноцепочечных нуклеотидных последовательностей одинаковой длины, вызванное различиями в последовательностях в определенных экспериментальных условиях. Это свойство позволяет различать последовательности с помощью гель -электрофореза , который разделяет фрагменты в соответствии с их различными конформациями. [1]
Физический фон
[ редактировать ]Изменение одного нуклеотида в определенной последовательности, наблюдаемое в двухцепочечной ДНК, не может быть различено методами гель-электрофореза, что можно объяснить тем фактом, что; физические свойства двойных цепей практически идентичны для обоих аллелей. После денатурации одноцепочечная ДНК претерпевает характерное трехмерное сворачивание и может принимать уникальное конформационное состояние в зависимости от последовательности ее ДНК. Разница в форме двух одноцепочечных цепей ДНК с разными последовательностями может привести к тому, что они по-разному мигрируют через гель для электрофореза, даже если количество нуклеотидов одинаковое, что, по сути, и является применением SSCP.
Приложения в молекулярной биологии
[ редактировать ]Раньше SSCP был способом обнаружения новых полиморфизмов ДНК помимо секвенирования ДНК, но теперь его вытесняют методы секвенирования из-за эффективности и точности. [2] В наши дни SSCP наиболее применим в качестве диагностического инструмента в молекулярной биологии. Его можно использовать при генотипировании для выявления гомозиготных особей с различными аллельными состояниями, а также гетерозиготных особей, каждая из которых должна демонстрировать разные закономерности в эксперименте по электрофорезу. [3] SSCP также широко используется в вирусологии для обнаружения вариаций в различных штаммах вируса. Идея состоит в том, что конкретная вирусная частица, присутствующая в обоих штаммах, претерпит изменения из-за мутации, и что эти изменения заставят две частицы принять разные конформации. и, таким образом, быть дифференцируемыми на SSCP-геле. [4]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Масато Орита; Хироюки Ивахана; Хироши Кназава; Кенши Хаяши; Такато Секия (1989). «Обнаружение полиморфизмов ДНК человека методом гель-электрофореза как однонитевых конформационных полиморфизмов» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 86 (8): 2766–2770. Бибкод : 1989PNAS...86.2766O . дои : 10.1073/pnas.86.8.2766 . ПМЦ 286999 . ПМИД 2565038 .
- ^ Тахира, Т.; Куки, Ю.; Хигаса, К.; Оказаки, Ю.; Ёсинага, А.; Хаяши, К. (2009). Оценка частот аллелей SNP с помощью SSCP-анализа объединенной ДНК . Методы молекулярной биологии. Том. 578. стр. 101-1. 193–207. дои : 10.1007/978-1-60327-411-1_12 . ISBN 978-1-60327-410-4 . ПМИД 19768595 .
- ^ Мичии Ото; Сатоши Мияке; Ясухито Юаса (1993). «Оптимизация анализа нерадиоизотопного одноцепочечного конформационного полиморфизма с помощью обычного минилабораторного аппарата для гель-электрофореза». Аналитическая биохимия . 213 (1): 19–22. дои : 10.1006/abio.1993.1379 . ПМИД 8238876 .
- ^ Карен Сумире Кубо; Р. М. Стюарт; Х. Фрейтас-Астуа1; Р. Антониоли-Луисон; EC Locali-Fabris; HD Колетта-Фильо1; М. А. Мачадо; Э. В. Китадзима (21 мая 2009 г.). «Оценка генетической изменчивости вируса пятнистости орхидеи путем анализа однонитевого конформационного полиморфизма и секвенирования нуклеотидов фрагмента гена нуклеокапсида». Архив вирусологии . 154 (6). Отдел вирусологии Международного союза микробиологических обществ: 1009–14. дои : 10.1007/s00705-009-0395-8 . ПМИД 19458901 . S2CID 27491943 .
{{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )