ВремяДерево
 | |
| Оригинальный автор(ы) | С. Блэр Хеджес, Джоэл Дадли, Судхир Кумар |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 2006 |
| Стабильная версия | v5.0 / 2022 г. |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | Бесплатное ПО |
| Веб-сайт | www |
TimeTree — это бесплатная общедоступная база данных, разработанная С. Блэром Хеджесом и Судхиром Кумаром, сейчас работающими в Университете Темпл , для представления времен расхождения в древе жизни . [1] [2] Основная концепция заключалась в том, чтобы создать и представить консенсус сообщества относительно временного древа жизни. [3] [4] из опубликованных исследований и обеспечить легкий доступ к этой информации в Интернете или на мобильном устройстве. [2] База данных позволяет искать среднее время узла между двумя видами или более высокими таксонами, просматривать временную шкалу с точки зрения таксона, которая показывает все расхождения вплоть до происхождения жизни, и строить временное дерево выбранного таксона или представленной пользователем группы видов. таксоны. [5] TimeTree использовался в государственном образовании для концептуализации эволюции жизни, например, в средней школе. [6] [7] [8] В кино- и телепрограмме Дэвида Аттенборо « Восстание животных», удостоенной премии «Эмми» , использовались Хеджес и Кумар. [3] круговое древо жизни жизни, созданное на основе базы данных TimeTree, в качестве основы для производства. Дерево времени было воплощено в жизнь с помощью анимированных компьютерных изображений в сценах каждые 10 минут в течение двухчасового фильма. Первоначальная разработка TimeTree Хеджесом и Кумаром датируется концом 1990-х годов при первоначальной поддержке Института астробиологии НАСА. [ нужна ссылка ] С тех пор он был поддержан дополнительными грантами НАСА, а также NSF и NIH. [ нужна ссылка ] Текущая версия (v5) была выпущена в 2022 году и содержит данные 4075 исследований и 137 306 видов. [5]
Функции
[ редактировать ]
Пользователи TimeTree могут искать названия двух видов, таких как кошка и собака, чтобы получить средние и медианные оценки времени их расхождения в миллионах лет. Результаты также показывают все индивидуальные оценки времени каждого исследования рядом с геологической шкалой времени, указывающей геологические периоды. Рядом с временной шкалой для сравнения показаны различные аспекты окружающей среды Земли, включая воздействие на Землю, солнечную светимость, уровень углекислого газа и уровень кислорода. В отдельной таблице приведены оценки времени, которые можно загрузить в виде электронной таблицы, для каждого исследования, а также ссылки на рефераты оригинальных статей. Пользователи могут загрузить исходные данные исследования в виде временных деревьев в формате Ньюика для дальнейших исследований. При поиске по временной шкале пользователи вводят название таксона, и все отклонения от происхождения жизни отображаются с названиями таксонов в виде вертикальной лестничной фигуры. Временные панели окружающей среды Земли также отображаются рядом с геологической шкалой времени, как и во всех трех вариантах поиска. Третий вариант поиска, по дереву времени поиск включает в себя построение дерева времени путем указания названия таксона (группы) или загрузки списка видов или других таксонов. После указания имени группы пользователь может выбрать, какой таксономический уровень он предпочитает просматривать. Например, с именем группы семейства можно выбрать дерево времени на уровне вида или рода. Затем дерево времени отображается , которое можно вывести в виде файла Newick или изображения для публикации. Время в дереве можно просмотреть, щелкнув узлы и получив таблицы данных, относящиеся к узлу. База данных также позволяет осуществлять поиск статей Timetree по имени автора. Вся книга в открытом доступе Древо жизни. [3] представлен на сайте.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Хеджес, С. Блэр; Дадли, Джоэл; Кумар, Судхир (4 октября 2006 г.). «TimeTree: общедоступная база знаний о времени расхождения среди организмов» (PDF) . Биоинформатика . 22 (23). Издательство Оксфордского университета: 2971–2972. doi : 10.1093/биоинформатика/btl505 . ISSN 1367-4811 . ПМИД 17021158 .
- ^ Jump up to: а б Кумар, Судхир; Хеджес, С. Блэр (15 июля 2011 г.). «TimeTree2: время дивергенции видов на iPhone» . Биоинформатика . 27 (14): 2023–2024. doi : 10.1093/биоинформатика/btr315 . ISSN 1367-4803 . ПМК 3129528 . ПМИД 21622662 .
- ^ Jump up to: а б с Хеджес, С. Блэр; Кумар, Судхир (23 апреля 2009 г.). Древо времени жизни . Оксфорд, Великобритания: Издательство Оксфордского университета. ISBN 978-0-19-953503-3 .
- ^ Хеджес, С. Блэр; Марин, Джули; Сулески, Майкл; Пеймер, Мэдлин; Кумар, Судхир (2015). «Древо жизни демонстрирует видообразование и разнообразие, подобные часам» . Молекулярная биология и эволюция . 32 (4): 835–845. arXiv : 1412.4312 . дои : 10.1093/molbev/msv037 . ISSN 1537-1719 . ПМЦ 4379413 . ПМИД 25739733 .
- ^ Jump up to: а б Кумар, Судхир; Сулески, Майкл; Крейг, Джек; Каспрович, Адриенн; Сандерфорд, Максвелл; Ли, Майкл; Стечер, Глен; Хеджес, С. Блэр (2022). «TimeTree 5: Расширенный ресурс по времени дивергенции видов» . Молекулярная биология и эволюция . 39 (8). дои : 10.1093/molbev/msac174 . ПМК 9400175 . ПМИД 35932227 .
- ^ Мецгер К.Дж. (2011). «Помощь студентам концептуализировать события дивергенции видов с помощью онлайн-инструмента «TimeTree: временная шкала жизни» ». Американский учитель биологии . 73 (2): 106–108. дои : 10.1525/около 2011.73.2.9 . S2CID 85026876 .
- ^ Бабаян, Кэрин; Кумар, Судхир (2018). «Путешествие во времени и записная книжка натуралиста: Владимир Набоков знакомится с Древом Времени Жизни» . Американский учитель биологии . 80 (9): 650–658. дои : 10.1525/ок.2018.80.9.650 . S2CID 91951552 .
- ^ Бабаян, Кэрин; Кумар, Судхир (2020). «Молекулярные воспоминания кембрийского окаменелости» . Американский учитель биологии . 82 (9): 586–595. дои : 10.1525/ок.2020.82.9.586 . ПМК 8104914 . ПМИД 33967280 . S2CID 227304077 .